2022年Haploview导入数据的格式.pdf

不要 haploview在线生成的那种，这个我也会。谁能发个从excel-text-ped 到 input 的图呢回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：从excel 转换成 text文本回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：回复我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：回复缺失的基因型怎么表示，没缺失的怎么表示Haploview 需要导入数据的格式（linkage格式）Haploview 的第一个主界面的linkage格式需要输入两个文件，点击左侧的 Linkage Fofmat就会看到有两个导入文件的地方，一个是Data File ，另一个是 Locus Information File。下面详细的介绍一下这两个数据的格式，我们以Haploview 自带的数据文件为例。在haploview安装的目录下（一般为C:Program FilesHaploView）有两个数据文件：（ 1） (2) 。具体就是 Data File处导入文件， Locus Information File处导入数据。当然两个文件的扩展名你可以自己随意的起， Haploview 有一个默认关联，即：如果你的两文件主要名称一样（比如 chrom），扩展名分别为ped 和 info ，则只要导入 ped 文件，haploview 会自动导入 info 文件。下面以和为例介绍一下Data File和 Locus Information File需要输入文件格式。精品资料 - - - 欢迎下载 - - - - - - - - - - - 欢迎下载 名师归纳 - - - - - - - - - -第 1 页，共 9 页 - - - - - - - - - - 一、Data File 需输入文件格式Data File处应当导入的文件格式同显示的一样，下面列出文件文件部分内容：IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1 IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD058 438 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1 IBD058 470 438 444 2 2 3 3 3 3 1 1 IBD058 444 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD069 543 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1 IBD069 516 543 513 1 2 3 3 3 3 1 1 IBD069 513 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD076 573 0 0 1 0 0 0 3 1 4 1 IBD076 565 573 574 1 2 0 0 3 3 1 1 IBD076 574 0 0 2 0 0 0 3 3 1 1 IBD092 1011 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1 IBD092 639 1011 641 1 2 3 3 3 3 1 1在这个文件中，每一行代表一个样本个体，前六列是表头 ，从第七列开始每 2 列代表一个 SNP 位点( 当然这个 SNP位点叫什么，在那条染色体上， Haploview 用另一个文件给出，比如这个文件对应的SNP描述的信息在中 ) 。有多少个位点后面就是位点数的2 倍的列数。文件的总列数为总列数 =6+2*位点数下面具体解释一下每一列：1、第一列：代表的是家系的ID，如果你做的是家系的研究，那么你的数据家系的编号应该放到第一位。如果你分析的是无关个体，则第一列不能用同一个 ID，建议用自然序号1,2,3 . 来替代。2、第二列表示个体的ID，就是你研究的所有个体的编号。在同一个家系内不可以重复，不同的家系间可以重复。如果做无关个体的研究则每个个体的编号不能重复。3、第三列和第四列代表同第二列个体之间的家系关系，第三列代表父亲的 ID，第四列代表母亲的ID，如果个体的父亲、母亲中某一个没有测精品资料 - - - 欢迎下载 - - - - - - - - - - - 欢迎下载 名师归纳 - - - - - - - - - -第 2 页，共 9 页 - - - - - - - - - - 到样本的话，则标记为0，如果你做无关个体的研究，则第三列，第四列都赋值为 0。例：一个核心家系的数据，来自于文件的前三行IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1 IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1表示家系编号为IBD054，这个家系中有三个个体430,412, 和 431。第一个个体 430的父亲的信息没有检测到，所以第一行第三列用0 表示，他的母亲的信息也没测到，所以第一行第四列用0 表示。第二个个体 412 的父亲为 430，母亲为 431，所以第二行第三列为430，第二行第四列为 431。. 第三个个体 431 的父亲的信息没有检测到，所以第三行第三列用0 表示，他的母亲的信息也没测到，所以第三行第四列用 0 表示。4、第五列表示对应第二列个体的性别信息。 1 代表男性， 2 代表女性。5、第六列表示第二列个体的患病状态。 0 表示疾病状态未知； 1 表示个体未患病， 2 代表个体患病。6、第七列以后，每两列代表一个SNP 位点( 由于是二倍体，所以同一个位置有两个值 )，1 代表碱基 A；2 代表碱基 C；3 代表碱基 G ；4 代表碱基T。缺失数据用 0 表示。当然你也不用这个编码，可以自己任意的定义（比如每个位点都是二态的，就可以用1,2 分别代表该位点的2 个等位，但需要用额外的文件记录好你每个位点1 代表什么， 2代表什么）实例详解：IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1 IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1总的来说，以上面三行数据为例，第一行：表示，个体430 是 IBD054中的一个个体，父亲未知，母亲未知，是个男性，疾病状态未知，第精品资料 - - - 欢迎下载 - - - - - - - - - - - 欢迎下载 名师归纳 - - - - - - - - - -第 3 页，共 9 页 - - - - - - - - - - 一个 SNP位点的两个等位为1,3 （也可以写为 3,1 ）；第二个 SNP位点的两个等位为3,1 （也可以写为 1,3 ）；第三个 SNP位点的两个等位为 4,1 （也可以写为1,4 ）。第二行：表示，个体412 是 IBD054 中的一个个体，父亲是439，母亲是 431，是个女性，疾病状态为患病个体，第一个 SNP位点的两个等位为1,3 ；第二个 SNP位点的两个等位为1,3 ；第三个 SNP 位点的两个等位为4,1 。.这样，就得到了每个个体的详细的SNP 等位的信息。但是我们仍然不知道每个 SNP 位点在染色体的什么位置，这就需要另外一个专门描述信息的文件，也就是Locus Information File需要输入文件格式。二、Locus Information File需要输入文件格式Locus Information File处应当导入的文件格式同显示的一样，下面列出文件：IGR1118a_1 274044 IGR1119a_1 274541 IGR1143a_1 286593 IGR1144a_1 287261 IGR1169a_2 299755 IGR1218a_2 324341 IGR1219a_2 324379 IGR1286a_1 358048 TSC0101718 366811 IGR1373a_1 395079这个文件包含两列，第一列为SNP 的名字，第二列为SNP 的物理位置（bp）。很多情况下我们使用的SNP的名字为 dbSNP中的名字，是用rs# 表示的。因此第一列很多情况下rs 开头的名称。第二列一般都是从小到大的。 这个文件的行数必须和文件中的第七列以后的SNP数目相同，并且一一对应，千万不能错。下面再展示一个以rs 开头的文件。rs 274044 rs5 274541 rs 286593 rs5 287261 rs4 299755 rs45 324341 rs55 324379精品资料 - - - 欢迎下载 - - - - - - - - - - - 欢迎下载 名师归纳 - - - - - - - - - -第 4 页，共 9 页 - - - - - - - - - - 有了这两个文件，我们就可以知道每个个体的，家系情况，性别，患病情况，测量了那些SNP 位点（ SNP名和染色体上的物理位置）还有每个 SNP位置的同源染色提上的2 个等位的详细信息。可以利用这些基本的信息进行后续的分析。第 1 步, 制备基因型的文档, 我用的是 EXCEL, 如图 , 从左至右依次为:pedigree/sample name,individual ID,Fathers ID,Mothers ID,sex(M=1,F=2),Affection status (0=UNKNOWN, 1=UNAFFECTED,2=AFFECTED). 然后是每个SNP的基因型 . 第 2 步: 由于软件无法识别ATCG, 需要将其转化一下, 一般为 :A=1,C=2,G=3,T=1,D=2,分别为 insertion and deletion. 直接 CTRL+H 就行了 . 无基因型的以 (0 0) 表示 , 注意 , 两数字中间有一个空格. （以上的版本可以识别ATCG滴，不需要分成2 列吗）第 3 步, 制备样品 LOCUS 的位置文档 . 也就是以第一个SNP为 1, 第 2 个 SNP与第 1 个相差 N个 bp,N=两个 SNP的 position之差 . 制备成如下的表格.(postion可以用 BLAST得到其物理地址 ) 此图 A列为 SNP_ID,B列为相对位置 . (注意：只有2 列，一个为SNP ，一个为locus)然后将制备好的表格另存为.txt.注意 : 两文档必须是一一对应的, 也就是 SNP的数目要一致. 然后分别上传 . 第一个文档至DATA FILE.完成 , 你不光会得到图, 还会得到其它信息. 你也可以根据一些设置调整图的算法或色彩. 以下是一些步骤图片：第一步示意图（不要表头的）第二步示意图（版本滴就不需要转换了）精品资料 - - - 欢迎下载 - - - - - - - - - - - 欢迎下载 名师归纳 - - - - - - - - - -第 5 页，共 9 页 - - - - - - - - - - 第三步示意图（只有 2 列，这个 SNP的 locus 可以用相对距离，也可以用绝对距离）第四步示意图第五步示意图看到有朋友发了利用HAPMAP 制备 HAPLOVIEW 分析 . 我顺便发一下 , 如何利用试验获得的数据制备HAPLOVIEW, 请大家讨论 . 第 1 步, 制备基因型的文档, 我用的是 EXCEL, 如图 , 从左至右依次为:pedigree/sample name,individual ID,Fathers ID,Mothers ID,sex(M=1,F=2),Affection status (0=UNKNOWN, 1=UNAFFECTED,2=AFFECTED). 然后是每个 SNP的基因型 . 投票 14 收藏 146 回帖 85 浏览 7675 向左向右推荐帖prevnext【求助】什么叫基因单倍型，如何分析（是不是太弱了)【求助】 haploview数据输入【资源】 SNP单体型分析软件PHASE 和 fastPHASE 免费下载地址【求助】如何将实验中所得的SNP数据用 Haploview 进行分析【求助】关于挑选tag snps和分析单体型前先做LD分析的困惑【求助】求助高手指点 haploview 结果分析【求助】分别使用SHEsis 和 haploview分别单体型结果怎么不一致精品资料 - - - 欢迎下载 - - - - - - - - - - - 欢迎下载 名师归纳 - - - - - - - - - -第 6 页，共 9 页 - - - - - - - - - - 【求助】 haploview单倍型分析后怎么做case-control【求助】 haploview和 hapstat分析单倍型的疑惑【求助】关于haploview LD结果的问题draco603 edited on 2009-11-24 02:17 举报draco603常驻站友3积分26得票45粉丝加关注2009-11-24 02:02 回复：【资源分享】图解用试验数据进消息引用 分享2 楼第 2 步: 由于软件无法识别ATCG, 需要将其转化一下, 一般为:A=1,C=2,G=3,T=4. I=1,D=2, 分别为 insertion and deletion. 直接 CTRL+H 就行了 . 无基因型的以 (0 0) 表示 , 注意 ,两数字中间有一个空格. 查看原图投票 2 收藏 4 举报?承德医学院真火了draco603常驻站友3积分262009-11-24 02:05 回复：【资源分享】图解用试验数据进消息 引用分享3 楼第 3 步,制备样品LOCUS 的位置文档 . 也就是以第一个SNP为 1, 第 2 个 SNP与第 1 个相差 N个 bp,N=两个 SNP的 position之差 . 制备成如下的表格.(postion可以用 BLAST得到其物精品资料 - - - 欢迎下载 - - - - - - - - - - - 欢迎下载 名师归纳 - - - - - - - - - -第 7 页，共 9 页 - - - - - - - - - - 得票45粉丝加关注理地址 ) 此图 A 列为 SNP_ID,B列为相对位置 . 投票 1 收藏 2 draco603 edited on 2009-11-24 02:13 举报draco603常驻站友3积分26得票45粉丝加关注2009-11-24 02:08 回复：【资源分享】图解用试验数据进消息 引用分享4 楼然后将制备好的表格另存为.txt.注意 : 两文档必须是一一对应的,也就是 SNP的数目要一致 . 然后分别上传 . 第一个文档至DATA FILE. 查看原图投票 + 收藏 2 举报JXFSTPRP-24高通量多样品快速研磨仪/ 珠磨仪draco603常驻站友3积分262009-11-24 02:10 回复：【资源分享】图解用试验数据进消息 引用分享5 楼完成 , 你不光会得到图 , 还会得到其它信息. 你也可以根据一些设置调整图的算法或色彩. 精品资料 - - - 欢迎下载 - - - - - - - - - - - 欢迎下载 名师归纳 - - - - - - - - - -第 8 页，共 9 页 - - - - - - - - - - 得票45粉丝加关注精品资料 - - - 欢迎下载 - - - - - - - - - - - 欢迎下载 名师归纳 - - - - - - - - - -第 9 页，共 9 页 - - - - - - - - - -