7基因芯片数据分析.pptx

一、一、cDNA微阵列芯片微阵列芯片一、基因芯片数据提取与过滤一、基因芯片数据提取与过滤(一一) cDNA微阵列芯片微阵列芯片)22/()11(BCHICHBCHICHRatio(二二) Affymetrix公司的原位合成芯片公司的原位合成芯片定性信息提取：P/A/M(Present/Absent/Marginal） 定量信息提取：基于探针集汇总后的基因水平的荧光信号强度值 RG2log)/(log2GRM = log2R - log2GA = (log2R + log2G)/2cIxxf 实验条件下的表达值通常以2倍差异为阈值，判断基因是否差异表达22212121/nsnsxxt运用t检验法可以判断基因在两不同条件下的表达差异是否具有显著性 2)(ijijxxSS总2)(xxnSSiii组间2)(ijiijxxSS组内组间组间组间vMSSS组内组内组内vMSSS组内组间MSMSF 方差分析可用于基因在两种或多种条件间的表达量的比较，它将基因在样本之间的总变异分解为组间变异和组内变异两部分。通过方差分析的假设检验判断组间变异是否存在，如果存在则表明基因在不同条件下的表达有差异。021ssxxdpdpEdPd1imiippHlog1基本思想基本思想：在不断的学习过程中，输出层的神经元根据输入样本的特点进行权重调整，最后拓朴结构发生了改变 21, 0, 0)(LLbxwxgT决策树分类算法output训练集决策树inputikiippNH12log)()()()(2211NHnnNHnnNHGainkjjpNGini121)()()()(2211NGininnNGininnNGiniGini