miRNA目标位点预测工具介绍.ppt

miRNA目标位点预测工具介绍目标位点预测工具介绍徐徐 辉辉用于预测用于预测miRNA目标位点的工具目标位点的工具1. TargetScan2. miRanda3. PicTar4. Microcosm5. microT-ANN6. miRDB7. Mirgen一、一、TargetScan介绍介绍 2种运行模式：u 本地运行 1、程序用Perl语言编写 2、程序和相关数据下载地址： http:/www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/data_download.cgi?db=vert_50u 网页接口 http:/www.targetscan.org/TargetScan本地运行版本介绍本地运行版本介绍1、需要、需要2个输入文件个输入文件1) 包含了miRNA seed sequences的tab-delimited文件该文件包含了3列数据： Name of the miRNA family The 7 nucleotide long seed region sequence Species ID of this miRNA family例子：let-7/98GAGGUAG10090let-7/98GAGGUAG10116let-7/98GAGGUAG9031let-7/98GAGGUAG9606let-7/98GAGGUAG96152) 包含了所需基因3 UTRs多重比对结果的tab-delimited文件该文件包含了3列数据： Gene symbol or transcript ID Species/taxonomy ID Sequence 例子：CDC2L610090CCCACUCCCU-CU-.CDC2L69615CCG-CCACGG-.LPHN110090GGGGC-CUCAUGGACCCGA.ZNF1979606A-AGACACCACGAGAAACAG2、运行命令行、运行命令行targetscan_50.pl miR_Family_info_sample.txt UTR_Sequences_sample.txt TargetScan_50_output.txt3、输出文件、输出文件包含以下13列数据：GeneID、miRNA_family_ID、species_ID、MSA_start、MSA_end、UTR_start、UTR_end、Group_ID、Site_type、miRNA in this species、Group_type、Species_in_this_group、Species_in_this_group_with_this_site_type实例如下：TargetScan网页接口界面网页接口界面TargetScan网页接口运行结果网页接口运行结果在在UCSC上显示上显示TargetScan运行结果运行结果二、二、miRanda Target Detection介绍介绍 2种运行模式：u 本地运行 1、运行在linux环境下 2、程序和相关数据下载地址： http:/www.microrna.org/microrna/getDownloads.dou网页接口 http:/www.microrna.org/microrna/getGeneForm.domiRanda Target Detection本地运行版本介绍本地运行版本介绍1、需要、需要2个输入文件个输入文件 包含了miRNA序列的fasta文件 包含了目标基因3UTR序列的fasta文件2、运行、运行miRandamiranda file1 file2 options 常用参数：-sc score -en energy -go X -ge Y -out fileout -quiet -trim TmiRanda Target Detection本地运行结果实例本地运行结果实例miRanda Target Detection网页接口界面网页接口界面miRNA searchTarget mRNA searchmiRanda Target Detection查询结果界面查询结果界面miRanda Target Detection结果详情界面结果详情界面三、三、PicTar介绍介绍 http:/pictar.mdc-berlin.de/PicTar 用户界面一用户界面一PicTar 搜索结果界面一搜索结果界面一PicTar 搜索结果界面二搜索结果界面二PicTar 用户界面二用户界面二PicTar 搜索结果界面三搜索结果界面三PicTar结果在结果在UCSC上的数据展示上的数据展示从从UCSC批量下载批量下载PicTar结果结果四、四、Microcosmhttp:/www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/Microcosm Search界面界面Microcosm Enter界面界面Microcosm Download界面界面五、五、microT-ANNhttp:/diana.cslab.ece.ntua.gr/microT_v4/index.phpmicroT-ANN 结果界面结果界面TarBase: miRNA目标基因的可靠数据库，数据有实验支持。http:/diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/六、六、miRDBhttp:/mirdb.org/miRDB/miRDB 结果界面结果界面七、七、 Mirgen http:/www.diana.pcbi.upenn.edu/cgi-bin/miRGen/v3/Targets.cgimiRDB 结果界面结果界面根据具体的研究要求，综合考虑来自多个预测工具的结果。