华中农业大学生物信息学ppt课件.ppt

谢为博谢为博Tel：87280350Email: 2016年年04月月生物信息学Bioinformatics 生命科学相关专业的本科生 考研 毕业设计 工作 生命科学相关专业的研究生 课题研究适用者适用者u 了解、掌握和利用了解、掌握和利用Internet上上各种生物数据库各种生物数据库、软件、软件 何处何处查找查找所需所需各种各种生物生物数据信息数据信息 如何如何分析和解释分析和解释所得所得数据信息数据信息学习本课程的目的学习本课程的目的Sequence analysis Genome annotation Analysis of gene expression Analysis of regulation Prediction of protein structure Comparative genomics 1.生物信息学学科的发展和研究内容生物信息学学科的发展和研究内容2.生物数据库生物数据库3.3. 关键词或词组为基础的数据库检索关键词或词组为基础的数据库检索4.4. 核酸和蛋白质序列为基础的数据库检索核酸和蛋白质序列为基础的数据库检索5.5. 多序列对位排列分析和系谱分析多序列对位排列分析和系谱分析6.6. 基因预测和基因结构分析基因预测和基因结构分析7.7. 蛋白质性质和结构分析蛋白质性质和结构分析8.8. 农业类及物种专属数据库的利用农业类及物种专属数据库的利用9.9. 核酸序列的其他分析方法核酸序列的其他分析方法10. 芯片表达谱基本分析及查询芯片表达谱基本分析及查询课程组成课程组成数据库介绍及检索（2,3,4,8）DNA/RNA序列实验两序列比对及blast检索（4）多序列比对及系谱分析（5） 基因预测（6）表达谱（10）核酸序列的其他分析（9）蛋白质性质及结构分析（7）基因功能预测及分析设计芯片本课程各章的关系http:/ （只能校内访问）用户名：weiboxie 密码：2016或http:/ 中国大学资源共享课（包括1-9章课堂视频及大部分练习）http:/ 华中农业大学生物信息学课程维基（包含大量数据库介绍）http:/phylo.croplab.org/wiki/ QQ 群 http:/ 参考教材参考教材u David W. Mount. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. (2nd edition) New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004.u 李霞等，生物信息学，人民卫生李霞等，生物信息学，人民卫生出版社，出版社，2010。 参考教材参考教材u 陈铭等译，精要速览系列陈铭等译，精要速览系列-生物生物信息学（第信息学（第2版），科学出版社，版），科学出版社，2013。u 吴祖建等，生物信息学分析实践，科学吴祖建等，生物信息学分析实践，科学出版社，出版社，2010。注意事项和要求注意事项和要求 应用型课程，自学占很大比重，请课后自觉多练习 建议注册加入icourses（课件、习题仅注册登录后能查看） 按时上课，位置固定，课间不休（连续3个小时），如已掌握内容，经考察通过后可以早退 建议课前打印讲义，以便于上课时在讲义上做笔记 每2-3人为一组，上机练习时可以相互交流讨论，但请控制音量 请注意保持机房卫生，下机时清理自己机位，带走垃圾 共10次课，每次一列课后留下做清洁，不得早退成绩及考试成绩及考试 课程总成绩=课堂练习*28%+课后作业*12%+开卷考试*60% 课堂练习：至少完成7次，完成后命名为“学号_第N章.doc”提交到教师机（快捷键ctrl+T） 课后作业：数据库介绍（详见第一章） 考试方式：开卷（但单号做A卷，双号做B卷，记得带笔），凡修课者必需参加考试，否则0分 考试时间：一般于课程结束后2周内分组情况分组情况本课程有部分作业需要协作完成，建议大家自由组合。每2-3人为一组，相邻就座，上机练习时可以相互交流讨论。尽量靠前坐。