分子生物学知识点.doc

Four short words sum up what has lifted most successful individuals above the crowd: a little bit more.-author-date分子生物学知识点染色体与DNA第一章 染色体与DNA1.原核生物的DNA的主要特征：一般只有一条染色体且大都带有单拷贝基因，只有少数的基因是以多拷贝形式存在的；整个染色体DNA几乎全部由功能基因与调控序列所组成；几乎每个基因序列都与它所编码的蛋白质序列呈线性对应状态。2.真核生物染色体所具有的特征：分子结构稳定；能够自我复制，使亲代之间保持连续性；能够知道蛋白质的合成，从而控制整个生命活动过程；能够产生可遗传的变异。3.染色体上的蛋白质主要包括组蛋白和非组蛋白。组蛋白是染色体的结构蛋白，与DNA组成核小体。其中组蛋白又分为：H1、H2、H2B、H3及H4。4.组蛋白的特性：进化上的极端保守性：不同种生物组蛋白的氨基酸组成是十分相似的无组织特异性肽链上的氨基酸分布的不对称性：碱性氨基酸集中分布在N端的半条链上组蛋白的修饰作用：包括甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素华及ADP核糖基化（修饰作用只发生在细胞周期的特定时间和组蛋白的特定位点上）富含赖氨酸的组蛋白H5。5.非组蛋白包括酶类，与细胞分裂有关的收缩蛋白、骨架蛋白、核孔复合蛋白以及肌动蛋白、肌球蛋白、微管蛋白、原基蛋白等。 HMG蛋白：其特点在于能与DNA结合，也能与H1作用，但都容易用低盐溶液抽提，说明他们与DNA的结合并不牢靠。 DNA结合蛋白：相对分子质量较低的蛋白质，约占非组蛋白的20%，可能是一些与DNA的复制或者转录相关的酶或调节物质。 A24非组蛋白：其有两个N端，呈酸性，含有较多的谷氨酸和天冬氨酸，总含量大约是H2A的1%，位于核小体内。6.C值（C value）：一种生物单倍体基因组DNA的总量。 C值反常现象：某些两栖类的C值甚至比哺乳动物还大，而在两栖类中C值的变化也很大，可相差100倍。7.真核细胞的DNA序列大概可分为三类（根据对DNA的动力学）： 不重复序列：这些序列一般只有一个或几个拷贝，它占DNA总量的40%80%。注：单拷贝基因通过基因扩增仍可合成大量蛋白质。 中度重复序列：序列的重复次数为10-10000，约占总DNA的10%40%。 高度重复序列（卫星序列）：只在真核生物中发现，这类DNA是高度浓缩的，是异染色质的组成部分。8.真核生物基因组的结构特点总结：基因组庞大，一般大于原核生物的基因组存在大量的重复序列大部分为非编码序列，占整个基因组序列的90%以上，该特点是真核生物与细菌和病毒之间的最主要区别转录产物为单顺反子存在大量的顺式作用元件，包括启动子、增强子、沉默子等存在大量的DNA多态性。DNA多态性指DNA序列中发生变异而导致的个体间核苷酸序列的差异真核基因是断裂基因，有内含子结构具有端粒结构。端粒是真核生物线性基因组DNA末端的一段特殊结构，它是一段DNA序列和蛋白质形成的复合体。9.染色体形成过程中长度与宽度的变化：过程成分名称宽度增加长度压缩第一级DNA+组蛋白核小体5倍7倍第二级核小体螺线管3倍6倍第三级螺线管超螺旋13倍40倍第四级超螺旋染色体2.5-5倍5倍合计500-1000倍8400倍（8000-10000）10. 原核生物基因组的特点：结构简练，绝大部分用来编码蛋白质，只有非常小的一部分不转录存在转录单元有重复基因。11. DNA的一级结构：指4种脱氧核苷酸的链接及其排列顺序。 DNA的二级结构：指两条多核苷酸链反向平行盘绕所生成的双螺旋结构。其特点：DNA分子由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成DNA分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，构成基本骨架，碱基排在内侧。DNA的二级结构分为两大类：一类是右手螺旋，如A-DNA和B-DNA，DNA通常是以右手螺旋形式存在的；另一类是左手螺旋，即Z-DNA。12. B-NDA的结构：它即规则又稳定，是由两条反向平行的多核苷酸链围绕同一中心轴构成的右手螺旋结构。多核苷酸的方向由核苷酸见的磷酸二酯键的走向决定，一条从53，另一条是从35。链间有螺旋形的凹槽，其中一个较浅，叫小沟；一个较深称为大沟。顺着螺旋轴心从上向下看，可见碱基平面与纵轴垂直，且螺旋的轴心穿过氢键的中心。相邻碱基对平面之间的距离为0.34nm,脱氧核糖环平面与纵轴大致平行，双螺旋直径为2.0nm。 A-DNA的结构：碱基对倾斜大，并偏向双螺旋的边缘，因此具有一个深窄的大沟和宽浅的小沟。 Z-DNA的结构：螺旋细长，每圈螺旋含有12对碱基，大沟平坦，小沟深而窄，核苷酸构想顺反相间，螺旋骨架呈Z字型。13. 增色效应：在DNA变性解链过程中，由于碱基之中的共轭双键被暴露出来，使DNA在260nm处的吸光值增加，称为增色效应。 减色效应：变性DNA复性形成双螺旋结构后，其260nm紫外吸收会降低，这种现象叫减色效应。14. Tm值：吸光度增加到最大值一半时的温度成为DNA的解链温度或熔点，用Tm表示。影响Tm值的主要因素：DNA中的G+C的含量。常用如下公式：Tm=69.3+0.41(G+C)%来计算DNA的Tm值，小于25mer的寡核苷酸的Tm值计算公式为：Tm=4(G+C)+2(A+T)溶液中的离子强度。在高离子强度下，负电荷可以被阳离子中和，双螺旋的结构较稳定保持;在低离子强度下，未被中和的负电荷将会降低双螺旋的稳定性。DNA的均一性。均质DNA解链温度范围小，而异质DNA的解链温度范围宽，所以Tm值也是衡量DNA样品均一性的标准。15. DNA的高级结构：指DNA双螺旋进一步扭曲盘绕所形成的更复杂的特定空间结构，包括超螺旋、线性双链中的纽结、多重螺旋等。超螺旋结构是DNA高级结构的主要形式，可分为正超螺旋（右手螺旋）与负超螺旋（左手螺旋）两大类，负超螺旋是细胞内常见的DNA高级结构形式，正超螺旋是过度缠绕的双螺旋，他们在不同类型的拓扑异构酶作用下或在特殊情况下可以相互转变。在电场作用下，相同分子质量的超螺旋DNA比线性DNA迁移率大，线性DNA又比开环的DNA迁移率大，以此可以判断质粒结构是否被破坏。DNA分子的这种变化可以用一个数学公式来表示：L=T+W，其中L为连接数，是指环形DNA分子两条链间交叉的次数，T为双螺旋的盘绕数，W为超螺旋数。16. 复制子：生物体内能独立进行复制的单位，从复制起点到终止点的区域为一个复制子。 复制叉：复制时，双链DNA要解开成两股链分别进行，所以这个复制起始点呈现叉子的形式。 复制终止点：复制中控制复制终止的位点。17. DNA链的复制过程：DNA改变双螺旋构想，解链酶解开双链，在单链DNA结合蛋白（SSB）和DNA聚合酶的共同作用下合成先导链，方向与复制叉推进动的方向一致。在后随链上，当复制叉进一步打开时，RNA引物才能与DNA单链结合；后随链合成时，产生冈崎片段；复制叉继续前进，引物酶合成新的RNA引物，与DNA单链相结合准备引发合成新的冈崎片段。18. DNA的复制方向：单向复制:从一个复制起点开始，只有一个复制叉在移动双向复制：复制起始点只有一个，但向两侧分别形成复制叉，向相反方向移动。此复制方式最为普通相向复制：从两个起始点分别起始两条链的复制，此模式虽有两个复制叉的生长端，但在每个复制叉中只有一条链作为模板合成DNA，复制方式较为特殊。19. DNA合成的半不连续性：前导链是持续合成的，而后导链则是以不连续方式合成的。20. DNA复制的几种方式：线性DNA双链的复制：复制叉生长方式有单一起点的单向及双向和多个起始点的双向几种，DNA双向复制时复制叉处呈“眼”形，在DNA末端形成发夹结构环状DNA双链的复制：可分为型、滚环型和D环型。21. DNA解链酶：能通过水解ATP获得能量来解开双链DNA。 单链结合蛋白（SSB蛋白）：作用是保持单链的存在，并没有解链的功能。 DNA拓扑异构酶：能够消除解链造成的正超螺旋的堆积，消除阻碍解链继续进行的这种压力，使复制得以延伸。22. 原核生物DNA复制的特点：DNA双螺旋的解旋：在拓扑异构酶的作用下解开负超螺旋，并与解链酶共同作用，在复制起始点处解开双链，SSB蛋白稳定解开的单链，以保证局部结构不会恢复为双链结构DNA复制的引发：后随链的引发过程往往由引发体来完成，引发体由6种蛋白质n、n、n”、Dna B、C和I共同组成复制的延伸：前导链和后随链的合成同时进行，前导链持续合成，合成方向与复制叉一致。后随链的合成分段进行，形成中间产物冈崎片段，再通过共价键接成一条连续完整的新DNA链，其中包括4个步骤复制的终止：当复制叉前移，遇到约22个碱基的重复性终止子序列（Ter）时，Ter-Tus复合物能使DnaB不再将DNA解链，阻挡复制叉的继续前移，等到相反方向的复制叉到达后停止复制，在DNA拓扑异构酶的作用下使复制叉解体，释放子链DNA。23. DNA聚合酶：大肠杆菌中存在DNA聚合酶、和。 DNA聚合酶：用以除去冈崎片段5端RNA引物，使冈崎片段间缺口消失，保证连接酶将片段连接起来。 DNA聚合酶：具有53方向聚合酶活性，但酶活性较低，主要作用是修复DNA。 DNA聚合酶：包含7种不同的亚单位和9个亚基。既有53方向聚合酶活性，也有35核酸外切酶活性。 DNA聚合酶和：分别由dimB和umnD2C基因编码，主要在SOS修复过程中发挥功能。24、 真核生物DNA复制的特点：与原核生物DNA复制存在着很多不同，真核生物每条染色体上可以有多处复制起始点，而原核生物只有一个起始点；真核生物在全部完成复制之前，各个起点上的DNA复制不能再开始，而在快速生长的原核生物中，复制起始点上可以连续开始新的DNA复制，表现为虽有一个复制单元，但可以有多个复制叉。25、 真核细胞DNA的复制调控：细胞生活周期水平调控：决定细胞停留在G1期还是进入S期染色体水平调控：决定不同染色体或同一染色体不同部位的复制子按一定顺序在S期起始复制复制子水平调控：决定复制的起始与否。真核生物生活周期可分为4个时期：G1、S、G2和M期。G1期是复制预备期，S期是复制期，G2期是有丝分裂准备期，M期是有丝分裂期。26.真核生物DNA聚合酶的特性比较性质 DNA 聚合酶 DNA 聚合酶 DNA 聚合酶 DNA 聚合酶DNA聚合酶亚基数412231在细胞内分布核内核内线粒体核内核内功能DNA引物合成损伤修复线粒体DNA复制负责DNA复制酶复制修复35外切无无有有有53外切无无无无无27. DNA的修复:错配修复：保存母链，修正子链切除修复：包括碱基切除修复和核苷酸切除修复重组修复DNA的直接修复SOS反应：包括诱导DNA损伤修复、诱变效应、细胞分裂的抑制以及溶原性细菌释放噬菌体等。28. 转座子（Tn）:存在于染色体DNA上可自我复制和位移的基本单位。 转座子分为两大类：插入序列（IS）：最简单的转座子，不含有任何宿主基因复合型转座子：一类带有某些抗药性基因（或其他宿主基因）的转座子，其两翼往往是两个相同或高度同源的IS。 转座作用的遗传学效应：引起插入突变产生新的基因产生的染色体畸变。29. 单核苷酸多态性（SNP）:指基因组DNA序列中由于单个核苷酸的突变引起的多态性。根据SNP在基因组中的分布位置可分为基因编码区SNP（cSNP）、基因调控区SNP(pSNP)和基因间随机非编码区SNP（rSNP）等三类。第二章 生物信息的传递（上）1. 基因表达过程包括转录和翻译两个阶段，转录是指拷贝出一条与DNA链序列完全相同的RNA单链过程，是基因表达的核心步骤；翻译是指以新的mRNA为模板，把核苷酸三联体密码子翻译成氨基酸序列、合成多肽链的过程，是基因表达的目的。2. RNA的结构特点：含有核糖和嘧啶，通常是单链线性分子自身折叠形成局部双螺旋可折叠形成复杂的三级结构。 RNA的功能：作为细胞内蛋白质生物合成的主要参与者部分RNA可以作为核酶在细胞中催化一些化学反应，主要作用于初始转录产物的剪接加工参与基因表达的调控，与生物的生长发育密切相关在某些病毒中是遗传物质。3. RNA转录的过程：RNA是按53方向合成的，以DNA双链中的反义链（模板链）为模板，在RNA聚合酶催化下，以四种三磷酸核苷（NTPs）为原料，根据碱基配对原则，各核苷酸间通过形成磷酸二酯键相连，不需要引物的参与，合成的RNA带有与DNA编码链相同的序列。转录的基本过程包括模板识别、转录开始、通过启动子及转录的延伸和终止。 模板识别：DNA聚合酶与启动子DNA双链相互作用并与之相结合。 转录起始：RNA聚合酶全酶对启动子的识别，聚合酶与启动子可逆性结合形成封闭复合物伴随着DNA封闭性复合物转变为开放复合物，聚合酶全酶所结合的DNA序列中有一小段双链被解开开放复合物与最初的两个NTP相结合并在这两个核苷酸之间形成磷酸二酯键后转变成RNA聚合酶、DNA和新生RNA的三元复合物。聚合酶全酶的作用是启动子的选择和转录的起始，在真核生物转录过程中至少需要7种辅助因子（转录因子）参与。 转录延伸：底物NTP不断地被添加到新生RNA链的3-OH端，随着RNA聚合酶的移动，DNA双螺旋持续解开，暴露出新的单链DNA模板，新生的RNA链的3末端不断延伸，在解链区形成RNA-DNA杂合物，而在解链区的后面，DNA模板链与其原先配对的非模板链重新结合为双螺旋，RNA链逐步被释放。 转录终止：当RNA链延伸到转录终止位点时，RNA聚合酶不再形成新的磷酸二酯键，RNA-DNA杂合物分离，转录泡瓦解，DNA恢复为双链状态，而RNA聚合酶和RNA链都被从模板链上释放出来。4. 抗转录终止主要的两种方式：破坏终止位点RNA的茎-环结构依赖于蛋白质因子的转录抗终止。5. 原核生物RNA聚合酶：大肠杆菌RNA聚合酶首先由2个亚基、一个亚基、一个亚基和一个亚基组成核心酶，加上一个亚基后则成为聚合酶全酶。因子的作用是负责模板链的选择和转录的起始，是酶的别构效应物，使酶专一性识别模板上的启动子。6. 真核生物RNA聚合酶：酶细胞内定位转录产物相对活性对-鹅膏蕈碱的敏感程度RNA聚合酶核仁rRNA50%70%不敏感RNA聚合酶核质hnRNA20%40%敏感RNA聚合酶核质tRNA约10%存在物种特异性7. 转录单位：一段从启动子开始至终止子结束的DNA序列。8. 细菌中常见的两种启动子突变：下降突变和上升突变。9. 增强子（强化子）：能强化转录起始的序列。 增强子的特点：远距离效应无方向性顺式调节：只调节位于同一染色体上的靶基因无物种和基因的特异性具有组织特异性有相位性，其作用与DNA的构想有关有的增强子可以对外部信号产生反应。10. TATA区和上游启动子元件（TATA区上游的保守序列）的作用有所不同，前者是使转录精确的起始。GAAT区和GC区主要控制转录起始的频率，基本上不参与起始位点的确定。注：基因转录实际上是RNA聚合酶、转录调控因子和启动子区各种调控元件相互作用的结果。11. RNA转录的抑制剂主要分为两大类：DNA模板功能抑制剂（放线菌素D）和RNA聚合酶抑制剂（利福霉素、利迪链霉素、放射线素D和-鹅膏蕈碱等）。12. 原核生物与真核生物转录产物的比较：只有一种RNA聚合酶参与所有类型的原核生物基因转录，而真核生物有3种以上的RNA聚合酶来负责不同类型的基因转录，合成不同类型的、在细胞核内有不同定位的RNA转录产物有差别。原核生物的初级产物多为编码序列，而真核生物的初级产物很大，含有内含子序列，成熟的mRNA只占初级产物的一小部分原核生物的初级产物几乎不需要剪接加工，就可直接作为成熟的mRNA进一步行驶翻译模板的功能；真核生物转录产物需要经过剪接、修饰后加工成熟过程才能成为成熟的mRNA在原核生物细胞中，转录和翻译不仅发生在用一个细胞内，而且这两个过程是几乎同时进行的，蛋白质的合成往往在mRNA刚开始转录时就被引发了。真核生物mRNA的合成和蛋白质的合成则发生在不同的空间和时间范畴内。13. 原核生物常以AUG（有时GUG,甚至UUG）作为起始密码子，而真核生物几乎永远以AUG作为起始密码子。 原核生物mRNA的特征：原核生物mRNA的半衰期短许多原核生物mRNA可能以多顺反子的形式存在原核生物mRNA的5端无帽子结构，3端没有或只有较短的polyA结构。 真核生物mRNA的特征：真核生物mRNA的5端存在帽子结构绝大多数真核生物mRNA具有polyA尾巴。14. 内含子的特点：长度和序列没有共同性位于反密码子的下游内含子和外显子间的边界没有保守序列。15. 真核生物tRNA的加工主要包括3个需要酶催化的过程：内含子剪接：tRNA核酸内切酶切割前体分子中的内含子，RNA连接酶将外显子部分接连在一起3端添加CAA：真核生物所有tRNA前体的3端缺乏-CCA-OH结构，在蛋白质翻译过程中没有活性，故需在tRNA核苷酸转移酶的催化下在其3端添加CCA核苷酸修饰。 哺乳动物细胞内rRNA前体的剪切过程：在5端切除非编码的序列，生成41S中间产物41S RNA再被切割为两段，一段为32S，含有28SrRNA和5.8S rRNA,另一段为20S，含有18S rRNA32S RNA进一步被剪切成28S rRNA和5.8S rRNA20S RNA被剪切生成18S rRNA16. 真核生物mRNA的剪接（不包括tRNA的加工过程）主要有3种：pre-mRNA剪接、类和类自剪接内含子。 RNA的剪接是由两步转酯反应完成的：第一步是转酯反应是由位于分支位点的保守腺苷酸的2-OH引发的;第二步转酯反应中，5外显子作为亲核基团，攻击3剪接位点的磷酰基团，导致两个结果：一是把5和3外显子连接起来，二是把内含子作为离去基团释放出去。注：在这两步转酯反应中，没有增加新的化学键，只是断开了两个磷酸二酯键，同时形成了两个新的磷酸二酯键。17.核小RNA（snRNA）在剪接中的功能：识别5剪接位点和分支点按需要把这两个位点集结在一起催化或协助催化RNA的剪接和连接方式。18.介导RNA编辑的两种机制：位点性脱氨基作用和引导RNA指导的尿嘧啶插入或删除。 RNA编辑的生物学意义：校正作用：有些基因在突变过程中丢失的遗传信息可能通过RNA编辑得以恢复调控翻译：通过编辑可以构建或去除起始密码子和终止密码子，是基因表达调控的一种方式扩充遗传信息：能使基因产物获得新的结构和功能，有利于生物的进化。19. 核酶：一类具有催化功能的RNA分子，通过催化靶位点RNA链中磷酸二酯键的断裂，特异性地剪切底物RNA分子，从而阻断基因的表达。核酶主要分为两种：剪切型核酶和剪接型核酶。 剪切型核酶：只剪不接，能够催化自身RNA或不同的RNA分子，切下特异的核苷酸序列。反应形成新的磷酸二酯键 剪接型核酶：既能切割RNA分子，也能通过转酯反应形成新的磷酸二酯键，连接切割后的RNA分子。20. 获得性遗传：指有机体在生长发育过程中由于环境的影响而不是基因突变所形成的新的遗传性状。第三章 生物信息的传递（下）1. 蛋白质的生物合成过程：翻译的起始：核糖体与mRNA结合并与氨基酰-tRNA生成起始复合物肽链的延伸：核糖体沿mRNA5端向3移动，开始了从N端到C端的多肽合成肽链的终止及释放：核糖体从mRNA上解离，准备新一轮的合成反应。2. 三联体密码（密码子）：mRNA上能够翻译成蛋白质多肽上的一个氨基酸的3个核苷酸。翻译时从起始密码子AUG开始，沿着mRNA5-3端的方向连续阅读密码子，直至终止密码子为止，生成一条具有特定序列的多肽链。新生的多肽链中氨基酸的组成和排列顺序取决于其DNA的碱基组成及其顺序。3. 遗传密码的性质：密码子的连续性密码子的简并性：UAA、UGA和UAG为终止密码子，能够被终止因子或释放因子识别，终止肽链的合成，3种密码子的使用频率是不同的密码子的通用性和特殊性密码子与反密码子的相互作用：在蛋白质合成过程中，tRNA的反密码子在核糖体内是通过碱基的反向配对与mRNA上的密码子相互作用的。 “摆动学说”4. tRNA的特征：存在特殊的修饰碱基，tRNA的3端都以CCA-OH结束，该位点是tRNA与相应氨基酸结合的位点。 tRNA的三叶草形二级结构：tRNA的二级结构由四臂、四环组成.已配对的片断称为臂,未配对的片断称为环叶柄是氨基酸臂.其上含有CCA-OH3,此结构是接受氨基酸的位置氨基酸臂对面是反密码子环.在它的中部含有三个相邻碱基组成的反密码子,可与mRNA上的密码子相互识别左环是二氢尿嘧啶环(D环),它与氨基酰-tRNA合成酶的结合有关右环是假尿嘧啶环(TC环),它与核糖体的结合有关在反密码子与假尿嘧啶环之间的是可变环,它的大小决定着tRNA分子大小。 tRNA的L形三级结构：氨基酸臂与TC臂构成L的一横，-CCAOH3末端就在这一横的端点上，是结合氨基酸的部位，而二氢尿嘧啶臂与反密码臂及反密码环共同构成L的一竖，反密码环在一竖的端点上，能与mRNA上对应的密码子识别，二氢尿嘧啶环与TC环在L的拐角上。形成三级结构的很多氢键与tRNA中不变的核苷酸密切有关，这就使得各种tRNA三级结构都呈倒L形的。在tRNA中碱基堆积力是稳定tRNA构型的主要因素。5. tRNA的种类： 起始RNA和延伸RNA：能特异性识别mRNA模板上起始密码子的tRNA叫起始tRNA，其他的tRNA称为延伸tRNA。原核生物起始tRNA携带甲酰甲硫氨酰（fMet），真核生物起始tRNA携带甲硫氨酸（Met）同工tRNA：几个代表相同氨基酸的tRNA。在一个同工tRNA组内，所有tRNA均专一于相同的氨基酸-tRNA合成酶。同工tRNA既要有不同的反密码子以识别该氨基酸的各种同义密码，又要有某种结构上的共同性，能被AA-tRNA合成酶识别校正tRNA。 “无义突变与错义突变”6. 氨酰-tRNA合成酶：AA-tRNA合成酶是一类催化氨基酸与tRNA结合的特异性酶，其反应如下：AA+tRNA+ATPAA-tRNA+AMP+PPi。蛋白质合成的真实性主要取决于tRNA能否把正确的氨基酸放到新生多肽链的正确位置上，而这一步主要取决于AA-tRNA合成酶是否能使氨基酸与对应的tRNA结合。7. 核糖体：核糖体包括两个亚基，大亚基约为小亚基相对分子质量的两倍。完整的原核生物细胞的核糖体为70s(50s和30s)核糖体，真核细胞中的核糖体为80s(60s和40s)核糖体。 核糖体结构：由大小两个亚基组成，每个亚基都还有一个相对分子质量较大的rRNA和许多不同的蛋白质分子，核糖体上有多个活性中心，每个中心都由一组特殊的核糖体蛋白组成。 核糖体rRNA(r-RNA):5S rRNA:有两个高度保守的区域，其中一区域含有保守序列CGAAC，另一区域含有保守序列GCGCCGAAUGGUAGU16S rRNA：它与mRNA、50S亚基以及P位和A位的tRNA的反密码子直接作用5.8S rRNA：是真核生物核糖体大亚基特有的rRNA,含有修饰碱基。8. 核糖体的3个tRNA结合位点：A位点、P位点和E位点。其中A位点是新到来的AA-tRNA的结合位点;P位点是肽酰-tRNA结合位点；E位点是延伸过程中的多肽链转移到AA-tRNA上释放tRNA的位点。9. 蛋白质的生物合成的过程：氨基酸的活化、肽链的起始、伸长、终止以及新合成多肽链的折叠与加工。 氨基酸的活化所需成分：20种氨基酸、20种氨酰-tRNA合成酶、20种或更多的tRNA、ATP与二价镁离子。 翻译的起始：原核生物的起始tRNA是fMet-tRNAfMet，真核生物是Met-tRNAMet。原核生物翻译的起始：翻译器是过程中需要7种成分，30S小亚基、模板mRNA、fMet-tRNAfMet、3种翻译起始因子（IF-1、IF-2和IF-3）、GTP、50S大亚基和Mg2+。翻译的起始又被分为三步：第一步：30S小亚基首先与翻译起始因子IF-1和IF-3结合，通过SD序列与mRNA模板相结合。第二步：在IF-2和GTP的帮助下，fMet-tRNAfMe进入小亚基复合物的P位点，tRNA上的反密码子与mRNA上的起始密码子配对。第三步：带有tRNA、mRNA、3个翻译起始因子的小亚基复合物与50S大亚基结合，GTP水解，释放翻译起始因子。30S亚基具有专一性的识别和选择mRNA起始点的性质，而IF-3能协助该亚基完成这种选择。SD序列：5-AGGAGGU-3，富含嘌呤。IF-2对于30S起始复合物与50S亚基的连接是必须的，而IF-1则在70S起始复合物生成后促进IF-2的释放，从而完成蛋白质合成的其实过程。真核生物翻译的起始：真核生物蛋白质生物合成的过程机制与原核生物基本相同，其差异主要是核糖体较大，有较多的起始因子参与，其mRNA具有m7GpppNp帽子结构，fMet-tRNAfMet不甲酰化，mRNA分子5端的“帽子”和3端的Poly-A都参与形成翻译起始复合物。40S起始复合物形成过程中有一种蛋白因子帽子结合蛋白（eIF-4E），能专一的识别mRNA的帽子结构，与mRNA的5端结合生成蛋白质-mRNA复合物，并利用该复合物对eIF-3的亲和力与含有eIF-3的40S亚基结合。 肽链的延伸：起始复合物生成，第一个氨基酸（fMet/Met-tRNA）与核糖体结合以后，肽链开始伸长。按照mRNA模板密码子的排列，氨基酸通过新生肽链的方式被有序的结合上去。肽链延伸过程由许多循环组成，每加上一个氨基酸就是一个循环，每个循环包括AA-tRNA与核糖体结合、肽键的生成与移位。后续AA-tRNA与核糖体结合：起始复合物合成后，第二个AA-tRAN在延伸因子EF-Tu及GTP的作用下，生成AA-tRNA·EF-Tu·GTP复合物，然后结合到核糖体的A位点上。这时GTP被水解释放，通过延伸因子EF-Ts再生GTP，形成EF-Tu·GTP复合物，进入新一轮的循环。肽键的生成：AA-tRNA与核糖体结合后，在核糖体mRNA·AA-tRNA复合物中，AA-tRNA占据A位点，fMet-tRNAfMet占据P位点。在肽基转移酶的催化下，A位点上的AA-tRNA转移到P位点，与fMet-tRNAfMet上的氨基酸生成肽键。起始tRNA在完成使命后离开核糖体P位点，A位点准备接受新的AA-tRNA，开始下一轮的合成反应。移位：核糖体向mRNA3端方向移动一个密码子。此时，仍与第二个密码子相结合的二肽酰-tRNA2从A位点进入P位点，去氨酰-tRNA被挤入E位点，mRNA上的第三位密码子则对应于A位点。EF-G是移位所需的蛋白质因子，移位的能量来自另一个GTP的水解。肽链的终止：当终止密码子UAA、UAG或UGA出现在核糖体的A位点时，没有相应的AA-tRNA能与之结合，而释放因子（RF）能识别这些密码子并与之结合，水解P位点上多肽链与tRNA之间的二酯键。接着新生的肽链和tRNA从核糖体上释放，核糖体大、小亚基解体，蛋白质合成结束。释放因子具有GTP活性，它能催化GTP水解，使肽链与核糖体解离。主要有两类：类释放因子识别终止密码子，并能催化新合成的多肽链从P位点的tRNA中释放出来；类释放因子在多肽链释放后刺激类释放因子从核糖体中解离出来。总述：蛋白质合成是一个循环过程，每一个循环过程包括大、小亚基之间及其与tRNA的结合，翻译mRNA，然后各自分离，这种结合与循环称为核糖体循环。当mRNA和起始tRNA结合于游离的小亚基上，翻译过程就开始了，这个小亚基-mRNA复合物随后就能吸引大亚基的结合，从而形成完整的、结合有mRNA的核糖体。蛋白质合成开始，从mRNA的5端起始密码子向3端移动。当核糖体从一个密码子移位到另一个密码子，一个接一个的活化tRNA就进入核糖体的解码和肽基转移酶中心。当核糖体遇到终止密码子时，已合成的多肽链就被释放出来，核糖体大、小亚基分离，各自离开mRNA。这些已分离的亚基就可以结合到新的mRNA分子上，开始下一轮蛋白质合成的循环。注：体外反应体系中，核糖体的解离或结合取决于离子浓度。10. 蛋白质前体的加工：新生的多肽链大多数没有功能，必须经过加工修饰才能转变为有活性的蛋白质。 N端fMet或Met的切除：新生蛋白质N端的甲硫氨酸在合成完毕之前被切除，使之成为有功能的蛋白质。 二硫键的形成：蛋白质合成后通过两个半胱氨酸的氧化作用生成二硫键，二硫键的正确形式对稳定蛋白的天然构象具有重要作用。 特定氨基酸的修饰：氨基酸侧链的修饰作用包括磷酸化（主要由多种蛋白激酶催化）、糖基化（真核生物蛋白质的特征之一，大多数由内质网中的糖基化酶催化进行）、甲基化（由N-甲基转移酶催化，该酶主要存在于细胞质基质中）、乙酰化（N-乙酰转移酶催化多肽链的N端乙酰化）、泛素化、羟基化和羧基化等。 切除新生多肽链中的非功能片段：新合成的胰岛素前体是前胰岛素原，必须先切去信号肽变成胰岛素原，再切去B-肽，才变成有活性的胰岛素。11. 蛋白质的折叠：由核糖体合成的所有新生多肽链必须通过正确的折叠才能形成动力学和热力学稳定的构象，从而表现出生物学功能。有些蛋白质只有在另一些蛋白质存在的情况下才能正确完成折叠过程。分子伴侣：一类序列上没有相关性但有共同功能的保守性蛋白质，它们在细胞内能帮助其他多肽进行正确的折叠、组装、运转和降解。分子伴侣在新生肽链折叠中主要通过防止或消除肽链的错误折叠，增加功能性蛋白质折叠产率来发挥作用，而并非加快折叠反应速度，其本身并不参与最终产物的形成。两类分子伴侣家族：热休克蛋白家族（应激反应性蛋白，包括HSP70、HSP40和GrpE三个家族，广泛存在于原核和真核细胞中）和伴侣素（包括HSP60和HSP10，主要为非自发性折叠蛋白提供能够折叠形成天然结构的微环境）。 12. 蛋白质合成的抑制剂：主要是一些抗生素和其他核糖体灭活蛋白。 抗生素对蛋白质合成的作用可能是阻止mRNA与核糖体结合（氯霉素），或阻止AA-tRNA与核糖体结合（四环素类），或干扰AA-tRNA与核糖体结合而产生错读（链霉素、新霉素、卡那霉素等），或作为竞争性抑制剂抑制蛋白质的合成。13. 蛋白质运转机制：一般来说，蛋白质运转可分为两大类：翻译运转同步机制（某个蛋白质的合成与运转时同时发生的）和翻译后运转机制（蛋白质从核糖体上释放后才发生运转）。 A.翻译-运转同步机制：信号序列在结合核糖体上合成后便与膜上特定受体相互作用，产生通道，允许这段多肽在延长的同时穿过膜结构，这种方式是边翻译边运转。在起始密码子后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA区域，这个氨基酸序列被称为信号肽。信号肽的特点：一般带有1015个疏水氨基酸在靠近该序列N端常常有一个或数个带正电荷的氨基酸在其C端靠近蛋白酶切割位点处有数个极性氨基酸，离切割位点最近的那个氨基酸往往带有很短的侧链（丙氨酸或甘氨酸）。信号肽的功能：信号肽可使正在翻译的核糖体附着到粗面内质网膜上；能够指导蛋白质在细胞内的输运。 新生蛋白质通过同步转运途径进入内质网内腔的主要过程：核糖体组装、翻译起始位于蛋白质N端的信号肽序列首先被翻译SRP（信号识别颗粒）与核糖体、GTP以及带有信号肽的新生蛋白结合，暂时中止肽链延伸核糖体-SRP复合物与膜上的受体结合GTP水解，释放SRP并进入新的循环肽链重新开始延伸并不断向内腔运输信号肽被切除多肽合成结束，核糖体解离并恢复到翻译起始前的状态。 B.翻译后转运机制：叶绿体和线绿体中有许多蛋白质和酶是由细胞质提供的，其中绝大多数以翻译后转运机制进入细胞器内。 线粒体蛋白质跨膜运转特征：通过线粒体膜的蛋白质在运转之前大多数以前体形式存在，它由成熟蛋白质和位于N端的一段前导肽共同组成；蛋白质通过线粒体内膜的运转是一种耗能的过程；蛋白质通过线粒体膜运转时，首先由外膜的Tom受体符合蛋白识别与Hsp70或MSF等分子伴侣结合的待运转多肽，通过Tom和Tim组成的膜通道进入线粒体内腔。蛋白质跨膜运转时的能量来自线粒体Hsp70引发的ATP水解和膜电位差。 前导肽的作用：对线粒体蛋白质的识别和跨膜运转起着关键作用。前导肽具有如下特性：带正电荷的碱性氨基酸（具有重要作用）含量特别丰富，它们分布于不带电荷的氨基酸序列之间；缺少带负电荷的酸性氨基酸；羟基氨基酸含量较高；有形成两亲（既有亲水性又有疏水性部分）-螺旋结构的能力。 叶绿体蛋白质的跨膜运转：叶绿体定位信号肽一般有两个部分，第一部分决定该蛋白质能否进入叶绿体基质；第二部分决定该蛋白能否进入类囊体。叶绿体蛋白质运转过程的特点：活性蛋白水解酶位于叶绿体基质内，这是鉴别翻译后运转的指标之一，在叶绿体蛋白质的翻译后转运机制中，活体蛋白酶是可溶性的，这一点不同于分泌蛋白质的翻译-运转同步机制，因为后者活性蛋白酶位于运转膜上，因此可根据蛋白水解酶的可溶性特征来区别这两种不同的运转机制；叶绿体膜能够特异地与叶绿体蛋白的前体结合，叶绿体蛋白质前体与膜之间存在着特异性相互作用，或者说叶绿体膜上有识别叶绿体蛋白质的特异性受体，这种受体保证叶绿体蛋白质只能进入叶绿体内，而不是其他细胞内；叶绿体蛋白质前体内可降解序列因植物和蛋白质种类不同而表现出明显的差异。14. 核定位蛋白的运转机制：通过核孔进出细胞核的蛋白质需要在其氨基酸序列上带有特殊的核定位信号（NLS）序列和出核信号（NES）序列，才能被相应的核运转蛋白识别。 核定位序列（NLS）：具有一个带正电荷的肽核心，通常是一段 富含碱性氨基酸的序列，能与入核载体相互作用，将蛋白质运进细胞核，NLS可以位于核蛋白的任何部位，也能够引导其他非核蛋白进入细胞核。入核信号与导肽的区别：由含水的核孔通道来鉴别入核信号是蛋白质的永久性部分，在引导入核过程中，并不被切除，可以反复使用，有利于细胞分裂后核蛋白质重新入核。注：蛋白质向核内运输过程需要一系列循环于核内和细胞质基质的蛋白因子包括核运转因子、和一个低相对分子质量GTP酶（Ran）参与。15. 在大肠杆菌中，蛋白质的降解是通过一