mega-6-构建系统发育树.ppt
MEGAf全称是全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis f即分子进化遗传分析即分子进化遗传分析fMEGA MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。度、验证进化假说等。下载网址：http:/ 蛋白和核酸序列 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生（即生物系统如何行使功能）的内在规律。f分子进化研究的基础分子进化研究的基础 基本理论：在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。（分子钟理论， Molecular clock 1965 ） 实际情况：虽然很多时候仍然存在争议，但是分子进化确实能阐述一些生物系统发生的内在规律。 （用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。）系统发生树f系统发生树（英文：系统发生树（英文：Phylogenetic treePhylogenetic tree）又称为）又称为演化树（演化树（evolutionary treeevolutionary tree）。以树的表现形式，）。以树的表现形式，描述被认为具有共同祖先的各物种间演化关系。描述被认为具有共同祖先的各物种间演化关系。f系统进化树分有根系统进化树分有根(rooted)(rooted)和无根和无根(unrooted)(unrooted)树。树。f有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。的祖先问题。有根树与无根树两个临近的分支的两个临近的分支的连接处称为连接处称为节点节点（node）表示推断祖先的现表示推断祖先的现存类群在树最底部存类群在树最底部的分支点成为的分支点成为根节根节（root node）分支分支（b branches）分类分类（taxa，the singular form is taxon) )一、参考序列选择原则：fa a，不选非培养，不选非培养(unclutured)(unclutured)微生物为参比；微生物为参比；fb b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；fc c，在保证同属的前提下，优先选择，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA16S rDNA全长全长测序或全基因组测序的种；测序或全基因组测序的种；fd d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。f界界 门门 纲纲 目目 科科 属属 种种二、序列比对f1 1、打开、打开txttxt或或fastafasta格式的序列格式的序列f2 2、用、用ClustalWClustalW做多序列比对，比对结果输出为做多序列比对，比对结果输出为megmeg文件文件f MEGA MEGA只能打开只能打开megmeg格式的文件，但是它可以把其他格式的格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，用多序列比对文件转换过来，用.aln.aln格式（格式（ClustalClustal的输出的输出文件）转换文件）转换.meg.meg文件。文件。f点点File:Convert to MEGA FormatFile:Convert to MEGA Format，打开转换文件对话框，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选文件，点击打开。从目的文件夹中选文件，点击打开。f转换好的转换好的megmeg文件，会弹出一个提示信息，点击文件，会弹出一个提示信息，点击okok。三、构建进化树f主菜单主菜单File:open a fileFile:open a file打开比对结果打开比对结果.meg.meg的文件的文件, ,主窗主窗口举例选择邻位相连法（口举例选择邻位相连法（Neighbor-joiningNeighbor-joining）建树。）建树。f结果输出：这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比，结果输出：这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比，程序就会产生一个树。程序就会产生一个树。四、进化树的优化f1 1、利用该软件可得到不同树型、利用该软件可得到不同树型f2 2、为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进、为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进化树进行树形、字体、字号的修改：化树进行树形、字体、字号的修改：f点击点击ViewView，选择，选择OptionsOptions。弹出窗口中，在。弹出窗口中，在TreeTree标签中可标签中可以修改枝与枝之间的距离（以修改枝与枝之间的距离（Taxon SeparationTaxon Separation）、枝长）、枝长（Branch LengthBranch Length）和树宽（）和树宽（Tree WidthTree Width），调整至美观），调整至美观即可。即可。BranchBranch标签中，可以选择勾选标签中，可以选择勾选“Hide values Hide values lower than %”lower than %”，一般隐藏，一般隐藏50%50%以下的数值。其他的参数以下的数值。其他的参数可以自行研究，一般默认即可。点击主菜单栏里的可以自行研究，一般默认即可。点击主菜单栏里的ImageImage，保存成保存成.pdf.pdf等等, ,这之后用其他软件编辑图片。即可更改字这之后用其他软件编辑图片。即可更改字体字号再导成图片就可以了。体字号再导成图片就可以了。五、总结f构建系统进化树的一般原则构建系统进化树的一般原则1 1、可靠的待分析数据；、可靠的待分析数据；2 2、准确的多序列比对；、准确的多序列比对；3 3、选择合适的建树方法：、选择合适的建树方法： 序列相似程度高，序列相似程度高，MPMP最大简约性法（最大简约性法（Maximum Maximum Parsimony methodsParsimony methods）首选；）首选； 序列相似程度较低，距离法即除权配对法（序列相似程度较低，距离法即除权配对法（UPGMAMUPGMAM）和邻位相连法（和邻位相连法（Neighbor-joiningNeighbor-joining）；）； 其他，其他，MLML最大可能性法（最大可能性法（Maximum Likelihood Maximum Likelihood methodsmethods）一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区别可接受。一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区别可接受。f评估系统发育树评估系统发育树: bootstrap: bootstrap，使构建的，使构建的treetree有统计上的有统计上的意义。意义。16 结束语结束语
