王镜岩生物化学第三版笔记第三章 蛋白质.doc

第三章 蛋白质第一节 蛋白质概论蛋白质是所有生物中非常重要的结构分子和功能分子，几乎所有的生命现象和生物功能都是蛋白质作用的结果，因此，蛋白质是现代生物技术，尤其是基因工程，蛋白质工程、酶工程等研究的重点和归宿点。一、 蛋白质的化学组成与分类1、 元素组成碳 50% 氢7% 氧23% 氮16% 硫 0-3% 微量的磷、铁、铜、碘、锌、钼凯氏定氮：平均含氮16%，粗蛋白质含量=蛋白氮6.252、 氨基酸组成从化学结构上看，蛋白质是由20种L-型氨基酸组成的长链分子。3、 分类（1）、 按组成：简单蛋白：完全由氨基酸组成结合蛋白：除蛋白外还有非蛋白成分（辅基）详细分类，P 75 表 3-1，表 3-2。（注意辅基的组成）。（2）、 按分子外形的对称程度：球状蛋白质：分子对称，外形接近球状，溶解度好，能结晶，大多数蛋白质属此类。纤维状蛋白质：对称性差，分子类似细棒或纤维状。（3）、 功能分：酶、运输蛋白、营养和贮存蛋白、激素、受体蛋白、运动蛋白、结构蛋白、防御蛋白。4、 蛋白质在生物体内的分布 含量(干重) 微生物 50-80% 人 体 45% 一般细胞 50% 种类 大肠杆菌 3000种 人体 10万种 生物界 1010-1012二、 蛋白质分子大小与分子量蛋白质是由20种基本aa组成的多聚物，aa数目由几个到成百上千个，分子量从几千到几千万。一般情况下，少于50个aa的低分子量aa多聚物称为肽，寡肽或生物活性肽，有时也罕称多肽。多于50个aa的称为蛋白质。但有时也把含有一条肽链的蛋白质不严谨地称为多肽。此时，多肽一词着重于结构意义，而蛋白质原则强调了其功能意义。P 76 表3-3 （注意：单体蛋白、寡聚蛋白；残基数、肽链数。）蛋白质分子量= aa数目*110对于任一给定的蛋白质，它的所有分子在氨基酸组成、顺序、肽链长度、分子量等方面都是相同的，均一性。三、 蛋白质分子的构象与结构层次蛋白质分子是由氨基酸首尾连接而成的共价多肽链，每一种天然蛋白质都有自己特有的空间结构，这种空间结构称为蛋白质的（天然）构象。P77 图3-1，蛋白质分子的构象示意图。一级结构 氨基酸顺序二级结构 螺旋、折叠、转角，无规卷曲三级结构 螺旋、折叠、转角、松散肽段四级结构 多亚基聚集四、 蛋白质功能的多样性细胞中含量最丰实、功能最多的生物大分子。1 酶 2 结构成分（结缔组织的胶原蛋白、血管和皮肤的弹性蛋白、膜蛋白）3 贮藏（卵清蛋白、种子蛋白）4 物质运输（血红蛋白、Na+-K+-ATPase、葡萄糖运输载体、脂蛋白、电子传递体）5 细胞运动（肌肉收缩的肌球蛋白、肌动蛋白）6 激素功能（胰岛素）7 防御（抗体、皮肤的角蛋白、血凝蛋白）8 接受、传递信息（受体蛋白，味觉蛋白）9 调节、控制细胞生长、分化、和遗传信息的表达（组蛋白、阻遏蛋白）第二节 氨基酸一、 蛋白质的水解(见P79)氨基酸是蛋白质的基本结构单位。在酸、碱、蛋白酶的作用下，可以被水解成氨基酸单体。酸水解：色氨酸破坏，天冬酰胺、谷胺酰胺脱酰胺基碱水解：消旋，色氨酸稳定酶水解：水解位点特异，用于一级结构分析，肽谱二、 氨基酸的功能：（1）、 组成蛋白质（2）、 一些aa及其衍生物充当化学信号分子g-amino butyric acid (g-氨基丁酸)、Serotonic(5-羟色胺，血清紧张素)、melatonin(褪黑激素，N-乙酰-甲氧基色胺)，都是神经递质，后二者是色氨酸衍生物(神经递质是一个神经细胞产生的影响第二个神经细胞或肌肉细胞功能的物质)。Thyroxine(甲状腺素，动物甲状腺thyroid gland产生的Tyr衍生物)和吲乙酸(植物中的Trp衍生物)都是激素(激素就是一个细胞产生的调节其它细胞的功能的化学信号分子)。（3）、 氨基酸是许多含N分子的前体物核苷酸和核酸的含氮碱基、血红素、叶绿素的合成都需要aa（4）、 一些基本氨基酸和非基本aa是代谢中间物精氨酸、Citrulline(瓜氨酸)、Ornithine(鸟氨酸)是尿素循不(Urea cycle)的中间物，含氮废物在脊椎动物肝脏中合成尿素是排除它们的一种重要机制。三、 氨基酸的结构与分类1809年发现Asp，1938年发Thr，目前已发现180多种。但是组成蛋白质的aa常见的有20种，称为基本氨基酸（编码的蛋白质氨基酸），还有一些称为稀有氨基酸，是多肽合成后由基本aa经酶促修饰而来。此外还有存在于生物体内但不组成蛋白质的非蛋白质氨基酸(约150种)。（一） 编码的蛋白质氨基酸（20种）也称基本氨基酸或标准氨基酸，有对应的遗传密码。近年发现谷胱甘肽过氧化物酶中存在硒代半胱氨酸，有证据表明此氨基酸由终止密码UGA编码，可能是第21种蛋白质氨基酸。结构通式：不变部分，可变部分。L-型，羧酸的-碳上接-NH2，所以都是L-氨基酸。-氨基酸都是白色晶体，熔点一般在200以上。除胱氨酸和酪氨酸外都能溶于水，脯氨酸和羟脯氨酸还能溶于乙醇和乙醚。表 20种氨基酸结构1、 按照R基的化学结构分（蛋白质工程的同源替代）：（1）、 R为脂肪烃基的氨基酸（5种）Gly、Ala、Val、Leu、Ile、图3-2R基均为中性烷基（Gly为H），R基对分子酸碱性影响很小，它们几乎有相同的等电点。（6 .00.03）P 92 表 3-7 （比较等电点。）Gly是唯一不含手性碳原子的氨基酸，因此不具旋光性。从Gly至Ile，R基团疏水性增加，Ile 是这20 种a.a 中脂溶性最强的之一（除Phe 2.5、Trp3.4 、Tyr 2.3以外）。（2）、 R中含有羟基和硫的氨基酸（共4种）含羟基的有两种：Ser和Thr。图3-3Ser的-CH2 OH基（pKa=15），在生理条件下不解离，但它是一个极性基团，能与其它基团形成氢键，具有重要的生理意义。在大多数酶的活性中心都发现有Ser残基存在。Thr 中的-OH是仲醇，具有亲水性，但此-OH形成氢键的能力较弱，因此，在蛋白质活性中心中很少出现。Ser和Thr的-OH往往与糖链相连，形成糖蛋白。含硫的两种：Cys、Met图3-4Cys中R含巯基（-SH），Cys 具有两个重要性质：（1）在较高pH值条件，巯基离解。（2）两个Cys的巯基氧化生成二硫键，生成胱氨酸。CysssCys二硫键在蛋白质的结构中具有重要意义。Cys还常常出现在酶的活性中心。Met的R中含有甲硫基（-SCH3），硫原子有亲核性，易发生极化，因此，Met是一种重要的甲基供体。u Cys与结石在细胞外液如血液中，Cys以胱氨酸(Cystine)氧化形式存在，胱氨酸的溶解性最差。胱氨酸尿(Cystinuria)是一种遗传病，由于胱氨酸的跨膜运输缺陷导致大量的胱氨酸排泄到尿中。胱氨酸在肾(Kidney)、输尿管(ureter)、膀胱(urinary bladder)中结晶形成结石(Calculus, calculi)，结石会导致疼疼、发炎甚至尿血。大量服用青霉胺(Penicillcemine)能降低肾中胱氨的含量，因为青霉胺与半胱氨酸形成的化合物比胱氨酸易溶解。青霉胺的结构（3）、 R中含有酰胺基团（2种）Asn、Gln图3-5酰胺基中氨基易发生氨基转移反应，转氨基反应在生物合成和代谢中有重要意义（4）、 R中含有酸性基团（2种）Asp、Glu，一般称酸性氨基酸图3-6Asp侧链羧基pKa（-COOH）为3.86，Glu侧链羧基pKa（-COOH）为4.25它们是在生理条件下带有负电荷的仅有的两个氨基酸。（5）、 R中含碱性基团（3种）Lys、Arg、His，一般称碱性氨基酸图3-7Lys的R侧链上含有一个氨基，侧链氨基的pKa为10.53。生理条件下，Lys侧链带有一个正电荷（NH3+），同时它的侧链有4个C的直链，柔性较大，使侧链的氨基反应活性增大。（如肽聚糖的短肽间的连接）Arg是碱性最强的氨基酸，侧链上的胍基是已知碱性最强的有机碱，pKa值为12.48，生理条件下完全质子化。His含咪唑环，咪唑环的pKa在游离氨基酸中和在多肽链中不同，前者pKa为6.00，后者为7.35，它是20种氨基酸中侧链pKa值最接近生理pH值的一种，在接近中性pH时，可离解平衡。它是在生理pH条件下唯一具有缓冲能力的氨基酸。His含咪唑环，一侧去质子化和另一侧质子化同步进行，因而在酶的酸碱催化机制中起重要作用。（6）、 R中含有芳基的氨基酸（3种）Phe、Try、Trp图3-8都具有共轭电子体系,易与其它缺电子体系或电子体系形成电荷转移复合物( charge-transfer complex)或电子重叠复合物。在受体底物、或分子相互识别过程中具有重要作用。这三种氨基酸在紫外区有特殊吸收峰，蛋白质的紫外吸收主要来自这三种氨基酸，在280nm处，TrpTyrPhe。Phe疏水性最强.。酪氨酸的-OH磷酸化是一个十分普遍的调控机制，Tyr在较高pH值时，酚羟基离解。Trp有复杂的共轭休系，比Phe和Tyr更易形成电荷转移络合物。（7）、 R为环状的氨基酸（1种）Pro，有时也把His、Trp归入此类。图3-9Pro是唯一的一种环状结构的氨基酸，它的-亚氨基是环的一部分，因此具有特殊的刚性结构。它在蛋白质空间结构中具有极重要的作用，一般出现在两段-螺旋之间的转角处，Pro残基所在的位置必然发生骨架方向的变化，u 必需氨基酸：成年人：Leu、Ile、Val、Thr、Met、Trp、Lys、Phe婴儿期：Arg和His供给不足，属半必须氨基酸。必须氨基酸在人体内不能合成，是由于人体内不能合成这些氨基酸的碳架（-酮酸）2、 按照R基的极性性质(能否与水形成氢键)20种基本aa，可以分为4类：侧链极性(疏水性程度)Gly0Ser-0.3Glu-2.5Lys-3.0Ala0.5Asn-0.2Asp-2.5Arg-3.0Met1.3Gln-0.2His0.5Pro1.4Thr0.4Val1.5Cys1.0Leu1.8Tyr2.3Ile1.8Phe2.5Trp3.4（1）、 非极性氨基酸9种，包括：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、甲硫氨酸氨酸、脯氨酸，这类氨基酸的R基都是疏水性的，在维持蛋白质的三维结构中起着重要作用。（2）、 不带电何的极性氨基酸6种，丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺。这类氨基酸的侧链都能与水形成氢键，因此很容易溶于水。酪氨酸的-OH磷酸化是一个十分普遍的调控机制，Ser和Thr的-OH往往与糖链相连，Asn和Gln的-NH2很容易形成氢键，因此能增加蛋白质的稳定性。（3）、 带负电荷的aa(酸性aa)2种，在pH67时，谷氨酸和天冬氨酸的第二个羧基解离，因此，带负电何。（4）、 带正电何的aa(碱性aa)3种，Arg、Lys、His。在pH7时带净正电荷。当胶原蛋白中的Lys侧链氧化时能形成很强的分子间(内)交联。Arg的胚基碱性很强，与NaOH相当。His是一个弱碱，在pH7时约10%质子化，是天然的缓冲剂，它往往存在于许多酶的活性中心。酶的活性中心：His、Ser、Cys非极性aa一般位于蛋白质的疏水核心，带电荷的aa和极性aa位于表面。（二） 非编码的蛋白质氨基酸也称修饰氨基酸，是在蛋白质合成后，由基本氨基酸修饰而来。Prothrombin(凝血酶原)中含有g-羧基谷氨酸，能结合Ca2+。结缔组织中最丰富的蛋白质胶原蛋白含有大量4-羟脯氨酸和5-羟赖氨酸。图3-10 修饰aa的结构（1）4-羟脯氨酸 （2）5-羟赖氨酸 这两种氨基酸主要存在于结缔组织的纤维状蛋白（如胶原蛋白）中。（3）6-N-甲基赖氨酸（存在于肌球蛋白中） (4)-羧基谷氨酸 存在于凝血酶原及某些具有结合Ca2+离子功能的蛋白质中。（5）Tyr的衍生物： 3.5 -二碘酪氨酸、甲状腺素 （甲状腺蛋白中）（6）锁链素由4个Lys组成（弹性蛋白中）。（三） 非蛋白质氨基酸除参与蛋白质组成的20多种氨基酸外，生物体内存在大量的氨基酸中间代谢产物，它们不是蛋白质的结构单元，但在生物体内具有很多生物学功能，如尿素循环中的L-瓜氨酸和L-鸟氨酸。（1）L-型 氨基酸的衍生物L-瓜氨酸图L-鸟氨酸图（2）D-型氨基酸D-Glu、D-Ala（肽聚糖中）、D-Phe（短杆菌肽S）（3）-、-、-氨基酸-Ala（泛素的前体）、-氨基丁酸（神经递质）。四、 氨基酸的构型、旋光性和光吸收1、 氨基酸的构型除Gly外，19种氨基酸的-碳原子都是不对称碳原子，因此有两种光学异构体，而Thr和Ile的-碳原子也是不对称的，因此Thr、Ile各有两个不对称碳原子，有四种光学异构体。图 P86 L-苏氨酸 D-苏氨酸 L-别一苏 D-别-苏构成蛋白质的氨基酸均属L-型（L-苏氨酸），大部分游离氨基酸也是L-型。2、 旋光性20种氨基酸中，只有Gly无手性碳。Thr、Ile各有两个手性碳。其余17种氨基酸的L型与D型互为镜象关系，互称光学异构体（对映体，或立体异构体）。一个异构体的溶液可使偏振光逆时针旋转（记为（一）。另一个异构体可使偏振光顺时针旋转（计为（+），称为旋光性。光学异构体的其它理化性质完全相同。外消旋物：D-型和L-型的等摩尔混合物。L-苏氨酸和D-苏氨酸、L-别一苏氨酸和D-别-苏氨酸分别组成消旋物，而L-（D-）苏氨酸和L-（D-）别一苏氨酸则是非对映体。旋光性物质在化学反应时经过对称的过度态时会发生消旋现象。蛋白质在与碱共热水解时或用一般的化学方法人工合成氨基酸时也会得到无旋光性的D-、L-消旋物。内消旋物：分子内消旋胱氨酸有三种立体异构体：L-胱氨酸、D-胱氨酸、内消旋胱氨酸。L-胱氨酸和D-胱氨酸是外消旋物图 P86L-胱氨酸 D-胱氨酸 内消旋胱氨酸：（分子内部互相抵消而无旋光性）蛋白质中L型氨基酸的比旋光度P 87 蛋白质中L型氨基酸的比旋光度。氨基酸的旋光符号和大小取决于它的R基的性质，并与溶液的PH值有关（PH值影响氨基和羧基的解离）。3、 氨基酸的光吸收性20种氨基酸在可见光区域无光吸收，在远紫外区（220nm均有光吸收，在近紫外区（220-300nm）只有Tyr、Phe、Trp有吸收。Tyr、Phe、Trp的R基含有共轭双键，在220-300nm紫外区有吸收。（nm） Tyr 275 1.4103 Phe 257 2.0102 Trp 280 5.6103 Lambert-Beer：五、 氨基酸的酸碱性质（重点）1、 氨基酸在晶体和水溶液中主要以兼性离子形式存在-氨基酸都含有-COOH和-NH2，都是不挥发的结晶固体，熔点200-350，不溶于非极性溶剂，而易溶于水，这些性质与典型的羧酸（R-COOH）或胺（R-NH2）明显不同。三个现象：晶体溶点高离子晶格，不是分子晶格。不溶于非极性溶剂极性分子介电常数高（氨基酸使水的介电常数增高，而乙醇、丙酮使水的介电常数降低。）水溶液中的氨基酸是极性分子。原因：-羧基pK1在2.0左右，当pH>3.5，-羧基以-COO-形式存在。-氨基pK2在9.4左右，当pH<8.0时，-氨基以-NH+3形式存在。在pH3.5-8.0时，带有相反电荷，因此氨基酸在水溶液中是以两性离子离子形式存在。Gly溶点232比相应的乙酸（16.5）、乙胺（-80.5）高，可推测氨基酸在晶体状态也是以两性离子形式存在。图2、 氨基酸的两性解离和酸碱滴定曲线HA A- + H+pH=pKa/ +Log共轭碱共轭酸 pOH=pKb/+Log共轭酸共轭碱（1）pH > pKa/ 时，碱 > 酸 pH = pKa/ 时，碱 = 酸 pH < pKa/ 时， 酸 > 碱（2） pKa/ 就是碱 = 酸时溶液的pH值，Ka/就是此时溶液的H+（3）当碱 = 酸时，溶液的pH值等于pKa/（4）Gly的两性解离和滴定曲线图3-14 Gly的滴定曲线在pH2.34和pH9.60处，Gly具有缓冲能力。滴定开始时，溶液中主要是Gly+。起点：100% Gly+ 净电荷：+1第一拐点： 50%Gly + ，50%Gly 平均净电荷：+0.5第二拐点： 100%Gly 净电荷：0 等电点pI第三拐点： 50%Gly ， 50%Gly- 平均净电荷：-0.5终点： 100% Gly- 净电荷：-1第一拐点：pH=pK+lgGly/Gly+，pH=pK1=2.34第二拐点：100%Gly，净电荷为0，此时的pH值称氨基酸的等电点pI。第三拐点：pH=pK2+lgGly-/Gly=pK2=9.6Gly的等电点：等电点时：Gly-=Gly+等电点时氢离子浓度用I表示 I2=K1K2 PI=1/2(pK1+pK2)氨基酸在等电点状态下，溶解度最小pH > pI时，氨基酸带负电荷，-COOH解离成-COO-，向正极移动。pH = pI时，氨基酸净电荷为零pH < pI时，氨基酸带正电荷，-NH2解离成-N+H3，向负极移动。以Gly为例pH>2.34 正 +1.0 +0.5pH=2.34 正 +0.52.34<pH<5.97 正 0.5 05.97<pH<9.60 负 0 -0.5 pH>9.60 负 -0.5 -1.0问题：（1）pH = pKa/ 时，缓冲能力最大，等电点时缓冲能力最小。为什么？（2）pI的计算（氨基酸，寡肽），等电点时各组分的比例分析（3）不同pH下的组成分析和电泳行为pH > pI时，氨基酸带负电荷，-COOH解离成-COO-，向正极移动。pH = pI时，氨基酸净电荷为零，溶解度最小pH < pI时，氨基酸带正电荷，-NH2解离成-N+H3，向负极移动。（4）利用pI和pKa/确定各种氨基酸适合的酸碱缓冲范围（5）计算不同氨基酸水溶液的pH值（6）绘制滴定曲线（Glu）根据P92页表3-7中Glu的数据（pK1-COOH 2.19， pK2-N+H39.67，pKR R-COOH 4.25，pI 3.22）绘出滴定曲线指出Glu-和Glu=各一半时的pH值指出Glu总是带正电荷的pH范围指出Glu和Glu-能作为缓冲液使用的pH范围解：见图Glu-和Glu=各50%时pH为9.67pH<3.22时 Glu总带正电荷Glu和Glu-缓冲范围pH4.25左右P92 表3-7，氨基酸的表观解离常数和等电点从表中（P92）可以看出，氨基酸的-羧基pKa在1.8-2.6间，比典型羧基的pKa（如乙酸pKa为4.76）要小很多，说明氨基酸羧基的酸性此普通羧基强100倍以上。主要原因是氨基酸中-氨基对-羧基解离的影响（场效应）。图表中只有His的咪唑基侧链在生理条件下不带电荷。在生理条件下，只有His有缓冲能力。血红蛋白中His含量高，在血液中具很强的缓冲能力。六、 氨基酸的化学性质（一） -NH2参加的反应1、 酰化反应酰化试剂：苄氧酰氯、叔丁氧甲酰氯、苯二甲酸酐、对-甲苯磺酰氯。这些酰化剂在多肽和蛋白质的人工合成中被用作氨基保护剂。丹磺酰氯（DNS-cl，5二甲基氨基萘-1-磺酰氯）DNScl可用于多肽链NH2末端氨基酸的标记和微量氨基酸的定量测定。图N GlyAlaSerLeuPhe C DNSGlyAlaSerLeuPhe C水解 DNSGly、 Ala、 Ser、 Leu、 PheDNS-氨基酸在紫外光激发后发黄色荧光。蛋白质的合成图（生物体内）在酶和ATP存在条件下，羧酸也可与氨基酸的氨基作用，形成酰基化产物。苯甲酸与Gly的氨基的酰基化反应是生物体内解毒作用的一个典型的例子。将经过匀浆的动物肝脏组织与Gly、苯甲酸和ATP混合保温，从混合液中可分离出N-苯甲酸一Gly。图苯甲酸是食品防腐剂，在生物体内转变成N-苯甲酰-Gly后，可经尿排出。2、 烷基化反应-氨基中的氮是一个亲核中心，能发生亲核取代反应。肌氨酸是存在于生物组织中重要的组分，它是Gly甲基化的产物：图强亲电的有机物能与-NH2发生烷基化反应。第一次大战中使用的芥子气，它的主要作用是使氨基酸的-氨基烷基化，从而破坏蛋白质的正常功能。图Sanger反应（2.4一二硝基氟苯，DNFP）图二硝基苯基氨基酸（DNP-氨基酸），黄色，层析法鉴定，被Sanger用来测定多肽的NH2末端氨基酸。Edman反应（苯异硫氰酸酯，PITC）图苯氨基硫甲酰衍生物（PTC-氨基酸） 苯乙内酰硫脲衍生物（PTH-氨基酸）PTH-氨基酸，无色，可以用层析法分离鉴定。被Edman用来鉴定多肽的NH2末端氨基酸生成西佛碱的反应（Schiff）氨基酸的氨基与醛类反应，生成西佛碱。图西佛碱是某些酶促反应的中间产物（如转氨基反应的中间产物）。 含硫氨基酸的烷基化反应硫原子也是亲核中心，可发生亲核取代反应。生物体内，最重要的甲基化剂是S-腺苷甲硫氨酸（SAM），是由Met与ATP作用得到的S-烷基化产物。图在酶催化下，SAM可以使多种生物分子的氨基甲基化，如磷脂酰胆碱的生物合成。图S-腺嘌呤核苷-高半胱氨酸（比Cys多一个CH2）（二） -羧基参加的反应成盐、成酯分别与碱、醇作用成酰氯的反应（使羧基活化）氨基被保护后，羧基可与二氯亚砜或五氯化磷反应，生成酰氯。图此反应使氨基酸的羧基活化，易与另一个氨基酸的氨基结合，在多肽的人工合成中常用。（三） -NH2和-COOH共同参加的反应 1、 与茚三酮反应茚三酮在弱酸中与-氨基酸共热，引起氨基酸的氧化脱氨，脱羧反应，最后，茚三酮与反应产物氨和还原茚三酮反应，生成紫色物质。（max=570nm）图定性、定量。（四） 侧链R基参加的反应用于蛋白质的化学修饰（不作要求，只提一下，陶慰孙第四章）七、 氨基酸的分离和分析1、 电泳分离电泳的基本原理 举例：Glu、Leu 、His 、Lys，4种混合样，在pH6.0时，泳动方向及相对速度。 Glu Leu His LyspI 3.22 5.98 7.59 9.74图2、 滤纸层析和薄层层析分配原理3、 离子交换层析分离氨基酸磺酸型阳离子交换树脂图树脂先用含Na的缓冲液处理成钠盐，且pH在2左右，将氨基酸混合液（pH2-3）上柱，氨基酸此时是阳离子，与树脂上的钠离子交换，被固定在树脂上。作用力：（1）静电吸引，（2）氨基酸侧链与树脂基质(聚苯乙烯)的疏水作用力氨基酸分析仪第三节 肽 peptide一、 肽和肽键的结构肽：是由一个氨基酸的羧基和另一个氨基酸的氨基脱水缩合而成的化合物。肽键：氨基酸间脱水后形成的共价键称肽键（酰氨键），其中的氨基酸单位称氨基酸残基。由两个氨基酸形成的肽叫二肽，少于10个氨基酸的肽叫寡肽，多于10个氨基酸的肽叫多肽。结构：P111上 5肽主要重复单位： 侧链：由不同的氨基酸残基构成 名称：丝氨酰甘氨酰酪氨酰丙氨酰亮氨酸写法： Ser-Gly-Try-Ala-Leu或，如果倒过来写，则表示不同的肽，如LeuAla-Tyr-Gly-Ser。肽键的结构特点：（1）酰胺氮上的孤对电子与相邻羰基之间的共振作用，形成共振杂化体，稳定性高。（2）肽键具有部分双键性质，不能自由旋转，具有平面性。图P111 下 肽键结构结构中，单键长0.148nm结构中，双键长.127nm结构中，-键长0.132nm，个原子几乎处在同一平面内（酰氨平面）。肽键结构介于和之间（结构3），是结构1和结构2之间的平均中间状态。单键具有的40%的双键性质，CO双键具有40%的单键性质。（3）肽键亚氨基在pH0-14内不解离。（4）肽链中的肽键一般是反式构型，而Pro的肽键可能出现顺、反两种构型图二、 肽的重要性质1、 旋光性一般短肽的旋光度等于其各个氨基酸的旋光度的总和。蛋白质水解得到的各种短肽，只要不发生消旋作用，也具有旋光性。2、 肽的酸碱性质短肽在晶体和水溶液中也是以偶极离子形式存在。在pH014范围内，肽键中的亚氨基不解离，因此肽的酸碱性质主要取决于端和端COOH以及侧链上可解离的基团。在长肽或蛋白质中，可解离的基团主要是侧链基团。肽中的末端COOH pK值比游离 a.a中的大一些，而末端的pK值比游离氨基酸中的小一些，R基变化不大。pK值改变的原因：见113、表，比较表中Gly-Gly和Gly-Gly-GlyGlyGluLysAla的解离：图 P113pH 占优势离子的净电荷： <3.5 +23.5-4.5 +14.5-7.8 07.8-10.2 -1>10.2 -2注意：占优势离子的净电荷不是全部离子的平均净电荷。问题1：求出二肽LysLys 及三肽LysLysLys的pI值。图将 变成，就必须考虑R与R（+ ，+ ，-1）等同，即侧链N+H3解离50%，此时图Lys-Lys-Lys分子中有三个侧链可解离，它的R+-实际相对于R（+ ，+ ，+ ， -1 ），此时每个侧链解离后带有 1/3个正电荷。问题2：把一个氨基酸结晶加入pH7.0的纯水中，得到pH6.0的溶液，此氨基酸的pI值是大于6.0？小于6.0? 还是等于6.0？ （小于6.0）多肽的等电点，随着肽链内酸性氨基酸残基数的增加而下降，随着肽链内碱性氨基酸残基数的增加而上升。多肽的等电点可以通过计算求得（如上例中），但残基数增大时，此法不行。可将肽链内酸性残基和碱性残基进行清点比较，推测等电点偏酸还是偏碱，然后用等电点聚焦电泳进行实验测定。3、 肽的化学反应和游离氨基酸一样，肽的羧基，氨基和侧链R基上的活性基团都能发生与游离氨基酸相似的反应。凡是有肽键结构的化合物都会发生双缩脲反应，且可用于定量分析。双缩脲反应是肽和蛋白质特有的反应，游离氨基酸无此反应。图三、 天然存在的活性肽生物体内存在大量的多肽和寡肽，其中有很多具有很强的生物活性，称活性肽。生物的生长、发育、细胞分化、大脑功能、免疫、生殖、衰老、病变等都涉及到活性肽。活性肽是细胞内部、细胞间、器官间信息沟通的主要化学信使。很多激素、抗生素都属于肽类或肽的生物。1、 谷胱甘肽 GluCysGly广泛存在于动、植、微生物细胞内，在细胞内参与氧化还原过程，清除内源性过氧化物和自由基，维护蛋白质活性中心的巯基处于还原状态。 2GSH GSSG H2O2 + 2GSH 2H2O + GSSG2、 短杆菌肽（抗生素）由短杆菌产生的10肽环。抗革兰氏阳性细菌，临床用于治疗化浓性病症。 L-OrnL-LeuD-PheL-ProL-ValL-OrnL-LeuD-Phe L-ProL-Val3、 脑啡肽（5肽）已发现几十种 Met- 脑啡肽： TyrGlyGlyPheMet Leu-脑啡肽： TyrGlyGlyPheLeu具有镇痛作用。1982年，中科院上海生化所用蛋白质工程技术合成了Leu-脑啡肽，既有镇痛作用又不会象吗啡那样使人上瘾。 神经生物化学 神经多肽生物体内多肽或寡肽的来源：合成蛋白质的剪切、修饰酶专一性逐步合成（如谷胱甘肽）、动物肠道可吸收寡肽第四节 蛋白质的一级结构（共价结构）蛋白质的一级结构也称共价结构、主链结构。一、 蛋白质结构层次 一级结构（氨基酸顺序、共价结构、主链结构） 是指蛋白质分子中氨基酸残基的排列顺序 二级结构 超二级结构 构象（高级结构） 结构域 三级结构(球状结构) 四级结构(多亚基聚集体)一级结构：共价结构、蛋白质分子中氨基酸残基的排列顺序(含二硫键)二级结构：多肽链主链中各个肽段形成的规则的或无规则的构象。主要有-螺旋、折叠、-转角、无规卷曲。超二级结构：由两个以上二级结构单元相互聚集形成的有规则的二级结构的组合体如、。结构域：大的球蛋白分子中，多肽链形成几个紧密的球状构象，彼此分开，以松散的肽链相连，此球状构象是结构域，结构域是多肽链的独立折叠单位，一般由100-200个氨基酸残基构成。三级结构：多肽链通过盘旋、折叠，形成紧密的借各种次级键维持的球状构象。或：蛋白质分子或亚基内所有原子的空间排布，不含亚基间或分子间的空间排列关系。四级结构：寡聚蛋白中亚基种类、数目、空间排布及亚基间相互作用力。单链蛋白质只有一、二、三级结构，无四级结构。 RNase 单条肽链 肌红蛋白 单体蛋白 胰岛素 多条肽链 胰凝乳蛋白酶 蛋白质 相同亚基 一种乳酸脱氢酶4 寡聚蛋白 不同亚基 血红蛋白22蛋白质一级结构(序列)中含有形成高级结构的全部需的信息，一级结构决定高级结构结构及功能。二、 一级结构的要点蛋白质主链由氨基酸以酰胺键连接，多肽的线性结构叫肽链，组成肽链的氨基酸叫氨基酸残基。一级结构要点： 蛋白质中的肽键都是由-NH2和-COOH结合生成的。 每一种蛋白质都有相同的肽主链结构，各种蛋白质间的差异是蛋白质的氨基酸种类、数量及排列顺序不同。 氨基酸的-NH2和-COOH缩合，只有末端及侧链基团有化学活性。 每个蛋白质或每个蛋白质的亚基只有一个-NH2 和-COOH 分子量大于5000的活性肽才能称为蛋白质。 三、 蛋白质一级结构测定 推断 预测氨基酸序列（一级结构） 空间结构 （高级结构） 功能 （一） 蛋白质测序的一般步骤祥见 P116（1） 测定蛋白质分子中多肽链的数目。（2） 拆分蛋白质分子中的多肽链。（3） 测定多肽链的氨基酸组成。（4） 断裂链内二硫键。（5） 分析多肽链的N末端和C末端。（6） 多肽链部分裂解成肽段。（7） 测定各个肽段的氨基酸顺序（8） 确定肽段在多肽链中的顺序。（9） 确定多肽链中二硫键的位置。（二） 蛋白质测序的基本策略对于一个纯蛋白质，理想方法是从N端直接测至C端，但目前只能测60个N端氨基酸。1、 直接法（测蛋白质的序列）两种以上特异性裂解法 N C