2022年分子生物学软件 .pdf

在进行分子生物学研究时，常需要用到各种计算机软件。这些软件种类不少，功能大致相同，到底使用哪个，其实可根据各人的使用习惯来选择。下列的软件，大部分可在网上找到全功能的版本或各种演示版或试用版，只要以软件名为关键词用搜索引擎搜索就可以了。网上也有此类各种软件的总结。下面为此类软件的简单介绍：- 1. 三维分子类2.DNA分析3.RNA分析4. 蛋白质分析5. 生化教学6. 生化工程7. 序列格式转换8. 引物分析9. 序列综合分析10. 进化树分析1. 质粒绘图12. 图像处理13. 数据处理14. 检索与阅读15. 基因芯片16. 其他功能软件17. 化学绘图18. 化学应用19. 在线综合工具20. 在线蛋白工具21.RNA analysis 22. 在线引物设计- 1. 三维分子类RASMOL：观看生物分子 3D微观立体结构RasTop ：为 RasMol 2.7.1 的图形用户界面软件CHIME ：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将 pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 1 页，共 17 页 - - - - - - - - - PDViewer：PDB 格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro ：三维分子浏览工具ICMLite ：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD ：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D ：3D分子结构观察软件WPDB：PDB 文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv ：生成三维图像工具软件MolPOV ：将 PDB 文件转化为 POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem ：将 PDB文件转化为 POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON ：通用结晶学软件工具Mage ：读取并演示 Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将 PDB 格式文件转换为 Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer ：PDB文件显示与分析软件DINAMO ：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite ：查看 PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC ：使用 JAVA技术编写的三维分子查看器名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 2 页，共 17 页 - - - - - - - - - ReView：读取及分析 XYZ格式三维分子文件Oscail ：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin ：分子构建与观察软件Tinker ：与 Moilin配套的 DOS 下的分子设计建模Biodesigner ：免费的分子建模与显示软件MoluCAD ：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView ：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的 ISISDraw 三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C+OpenGLAPI 三维分子开发工具Sojourner ：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件- 2.DNA分析DNAClub ：DNA处理软件JaMBW ：分子生物学软件包DNATool ：功能很全面的DNA 序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图ANNHYB：用来帮助进行 PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI 格式文件显示与编辑软件名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 3 页，共 17 页 - - - - - - - - - Chromas ：ABI 格式文件显示与编辑软件Sequence viewer ：获取与观察从 GSDB 获取的 DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist ：DNA 序列分析工具DNAProbe ：核苷酸序列设计工具DnaSP ：DNA序列种群遗传学分析软件DFW ：DNA 分析软件Artemis R4 ：以 Java 语言写成的序列查看工具ACT R1 ：以 Java 语言写成的序列比较查看器GDA ：主要用来进行不连续基因数据的统计分析 RDP ：从一组排队比较 (Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配 DNA 小片段为大的连续序列或毗连( 序列)群Contig 软件MehCalc：自动计算 DNA序列热力学数据的Excel 电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector ：DNA 蛋白结合位点预测识别软件MatInd 与 Matlnspector ：快速匹配 DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder ：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer ：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene) 之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis ：比较基因组或大量基因序列的工具软件- 3.RNA分析名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 4 页，共 17 页 - - - - - - - - - RNAdraw ：RNA二级结构分析软件RNAstructure ：预测 RNA 级结构图RnaViz：RNA 二级结构图绘制程序- 4. 蛋白质分析ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM ：蛋白序列分析软件包VHMPT ：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包- 5. 生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab ：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo ：光合作用教学程序Adrenalin ：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序- 6. 生化工程名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 5 页，共 17 页 - - - - - - - - - brd.zip ：生物反应器 (发酵罐 )设计软件BioStat ：BioStatB 发酵罐控制程序PenSimv ：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件- 7. 序列格式转换vised ：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter ：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA 与 BLAST 查询输出文件的处理软件RevComp ：序列格式转换软件- 8. 引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo ：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBApPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计 DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer ：PCR 定量分析分子信标 (Molecularbeacon)设计软件NetPrimer ：基于 WEB 界面的引物设计程序名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 6 页，共 17 页 - - - - - - - - - - 9. 序列综合分析pcgene：分子生物应用软件 MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W ：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows 界面程序FASTA ：数据库中查找同源序列软件GeneDoc ：对序列进行相关分析等操作BLAST与 Blastcl3 ：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit ：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器 Jalview ：用 Java 语言写的多序列队列编辑器DNASIS ：序列综合分析工具Genamics Expression ：是一个 DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer ：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer ：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS ：DNA 与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 7 页，共 17 页 - - - - - - - - - Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA ：Java 脚本语言写成的 BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR 开发的用 JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor ：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher ：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件- 10. 进化树分析phylip ：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE ：用来编辑 NEXUS 格式文件的程序TreeMap ：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools ：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV ：JAVA语言编写的显示 New Hampshire与 NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys 比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件- 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 8 页，共 17 页 - - - - - - - - - 11. 质粒绘图Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP ：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector ：质粒图绘制软件- 12. 图像处理Image Tool ：科学用途的处理图像软件Image J：用 Java 语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker ：基因指纹图分析软件ALFmap ：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage ：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费 Melanie 图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin ：图像处理自由软件ChromoZoom ：比较两个图像的相同与不同之处软件名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 9 页，共 17 页 - - - - - - - - - bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件 30 天全功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab ：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff ：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件Timediff ：分析蛋白 / 基因表达图谱时间序列的JAVA软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest ：分析 2 维凝胶并生成数据库的标准软件- 13. 数据处理CurveExpert ：用于 ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph ：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM ：著名的数据处理软件NoSA ：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot ：绘图和数据分析软件包30 天全功能评估版SYSTAT ：数据统计分析与作图的利器30 天全功能演示版SigmaStat ：智能统计软件30 天全功能演示版PeakFit ：自动分离、拟合与分析非线性数据软件名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 10 页，共 17 页 - - - - - - - - - TableCurve ：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件SPSS ：非常权威且有名的数据统计处理软件30 天全功能演示版Origin ：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb ：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件- 14. 检索与阅读PatentIn ：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序： (代谢途径数据库 ) 检索程序PubCrawler：Medline 文献库与 GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG 格式浏览器Book Express ：专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote：专业参考文献查询软件Reference Manager ：专业参考文献查询软件Procite ：参考资料检索管理软件Sequin：数据库 GenBank ，EMBL ，DDBJ查询软件MiniViewer ：数图阅览器Compresslt ：JBG(NLC) ”JPG转换功能软件Refs：参考文献管理软件名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 11 页，共 17 页 - - - - - - - - - Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks ：免费的参考文献管理软件KD ：知识仓库建库管理系统- 15. 基因芯片AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件Cluster ：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件TreeView：用图形来显示 Cluster软件分析的结果软件AMAD ：微数组数据库ArrayMakerv ：Stanford大学 Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express ：分析微矩阵 (Microarray)实验获得的基因表达数据的软件- 16. 其他功能软件digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper：坐标纸打印软件DynaFit ：酶动力学数据或配体受体结合数据处理软件Migrate ：从遗传学角度，估算人口移民率程序arlequin ：人口遗传学软件正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件FBAT ：家族遗传相联检验的统计程序名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 12 页，共 17 页 - - - - - - - - - GGT32 ：图形化基因型表示软件CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac ：代谢过程模拟软件包Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件BCT ：微生物趋向性模拟程序StochSim：随机生物化学反应模拟软件Bio_MW ：生物化学分子量计算软件MatchCode ：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager ：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas：绘图软件免疫室管理系统：中文免疫室综合软件Cyrillic：家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等 ) 的程序MICE ：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve：代谢及酶受体结合模拟软件boxit ：管理生物样品的数据库系统GRR ：检测系谱误差 (pedigreeerrors)的应用软件健康药霸：药典类的软件AceDB ：基因组数据库软件MAPL98 、DIAL98与 GEST98 ：El 本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED ：系谱(Pedigree) 绘制软件名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 13 页，共 17 页 - - - - - - - - - PEDRAW：系谱 (Pedigree) 绘制软件quantiRT ：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR 实验的 Excel 文件BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel 文件MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与 MestRe-CnD ：分析、显示与仿真1D与 2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer ：免费光谱数据显示软件ACD/CNMR Viewer ：ACD/HNMR用来显示 ACD/NMR Predictors 预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA ：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred ：细胞周期分析 (CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔：生物医学专业输入法- 17. 化学绘图ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版ACD/ChemSketch 及 ChemBasic ：绘制分子结构的免费软件5.0 版本及其汉化版Chemfont：化学符号与 TureType 字体，可以在 Word中直接插入文章中clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW ：绘制化学结构式的免费软件AutoNom ：ISIS Draw软件的插件 ( 自动生成符合 IUPAC命名规则的化合物名称 ) 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 14 页，共 17 页 - - - - - - - - - ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch ：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA小程序ChemPen ：绘制化学结构式软件ChemPen+ ：绘制化学结构式软件ChemPen ：绘制化学结构式软件- 18. 化学应用mmcalc.exe：分子量计算器hxfc.zip：化学方程式配平软件cmcalc10.exe ：化学试剂制备计算器alkne.exe ：有机化学命名练习程序chembl32.zip ：Windows95下的免费化学方程式配平程序 periodic.zip：小巧的元素周期表ptab32.zip：高级元素周期表CAF ：计算机辅助配方软件CFT ：化学式教师元素屋：查询 112种元素的各个信息的中文软件化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等CRS ：化学反应方程式配平器Model ChemLabv ：化学实验教育软件及其汉化版periodic.exe：免费的元素周期表化学品电子手册：一个综合性的化学品手册名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 15 页，共 17 页 - - - - - - - - - - 19. 在线综合工具Biology Workbench ：基于 WEB 的生物学综合工具sewer：网上常用在线工具集合，本地版- 20. 在线蛋白工具BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点DAS ：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI ：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT ：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART ：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/ 显示出其结构域及跨膜区等TMpred：预测蛋白序列跨膜区TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR：提供基于 SwissProt 数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于 INTERNET 的 JAVA程序，预测蛋白的跨膜区TMAP ：提供预测蛋白跨膜片段的服务名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 16 页，共 17 页 - - - - - - - - - - 21.RNA analysis Pattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具DNA sequence analysis ：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA 在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器： JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。可以下载后使用，当小计算器BCMgene-finder ：核酸序列查找服务器，提交核酸序列，选择相应的数据库，进行序列查找- 22. 在线引物设计The Primer Generator：在线引物设计程序Prime3：比较有名的在线引物设计程序名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 17 页，共 17 页 - - - - - - - - -