最新linux下Gaussian安装与运行.doc

精品资料linux下Gaussian安装与运行.linux下Gaussian安装与运行一：Linux版高斯03的安装方法安装g03有以下几步：例如我要安装到/home/xiaoyuan下1、拷贝高斯安装文件g03.tar.gz到/home/xiaoyuan/Gaussian/目录下用如下命令解压tar -zxvf filename2、解压得到g03文件夹后，cd进入g03文件然后进入其bsd文件夹，运行./install3、修改你用户路径下的.bashrc文件，比如你的用户名为xiaoyuan，则vi /home/xiaoyuan/.bashrc在最后的test -s /.alias && . /.alias | true下面添加以下几行：  g03root=/home/xiaoyuan/Gaussian   GAUSS_SCRDIR=/home/xiaoyuan/Gaussian/g03/scratchexport g03root GAUSS_SCRDIR   . $g03root/g03/bsd/g03.profile其中第一行为高斯安装目录，第二行为高斯临时文件夹目录。4、保存修改（按Esc建回到一般模式(左下角插入标志消失)，然后打入:wq回车进行保存）退出.bashrc。然后运行source /home/xiaoyuan/.bashrc 如不提示错误就好了。注：若要在进去bashrc修改，则按下Esc,然后按A键 就可以编辑了.5. 在/home/xiaoyuan/Gaussian/g03/下建立scratch文件夹。6.可以放个小分子的ch4.gjf文件到scratch里面，然后cd到scratch这个目录，运行命令g03 ch4.gjf& 运行，正常运行说明安装成功 二：下面是我用的，你把你的改成相应的路径。1）建立一个gauss.sh文件如下。#! /bin/shg03root=/cluster3/gaussianGAUSS_SCRDIR=.export g03root GAUSS_SCRDIR#LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/cluster3/gaussian/g03if -z "$LD_LIBRARY_PATH" then    LD_LIBRARY_PATH="/cluster3/gaussian/g03" export LD_LIBRARY_PATHelse    LD_LIBRARY_PATH="/cluster3/gaussian/g03:$LD_LIBRARY_PATH" export LD_LIBRARY_PATHfisource $g03root/g03/bsd/g03.profil2）然后在/.bash_profile文件中source 这个文件source gauss.sh三：2 编辑.bashrc文件。用一个文本编辑器打开你的home下的.bashrc 文件，ubuntu下的vi ，不好用，新手不推荐用，我有一个.vimrc文件，如果你不知道怎么对这个文件修改，可以直接用我的附件里的.vimrc覆盖你home下的文件，你的 vi 会非常好用，言归正传，在你的.bashrc 文件最后加上这么几行# for Gaussian.03.C02G03ROOT=/home/userid/g03GAUSS_EXEDIR=$G03ROOTGAUSS_SCRDIR=/tmp/userid/g03LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATHPATH=$G03ROOT/:$PATHexport G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH#带下划线加粗的地方要根据自己情况修改。3 重启bash，当然不需要让你的机器重启。输入bash，或是再打开一个窗口就可以了。4 win 下生成的*.gjf 文件因为格式问题不能直接使用，需要用dos2unix这个小工具转一下: dos2unix *.gjf5 运行g03 有两种方式。a) g03 foo.gjf，会生成一个foo.log文件b) g03 < foo.gjf，会把输出放到屏幕上，可以用输出重定向。g03 < foo.gjf > foo.log有地方说linux 下g03 的输入文件后缀名为.com，没有不要，linux下文件不区分后缀名。6 有时会有这样的问题，开机后/tmp/userid/g03文件夹消失了，需要手工建一个才能用。7 有一个脚本很简单可是功能很大,可以实现批处理#!/bin/bashfor i in *.gjfdog03 < $i > $i.logdone#linux 下如何终止GAUSSIAN03 的运行首先找到GAUSSIAN03进程的PID，使用命令ps aux | grep GAUSSIAN03然后使用命令杀死进程kill -9 PID #PID为GAUSSIAN03的进程序号如果有许多子进程，使用killall -9 PID