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蛋白质和的关系本讲稿第一页，共二十四页免疫学信息网 http:/AAAADDAAAADMH1本讲稿第二页，共二十四页免疫学信息网 http:/AADMMajorA-TAADMT-AMinorA-TT-AAAAAAADHG-CC-GG-CC-GMajorH D AAAADAADMinorThe 4 Major Groove Patterns Are Distinct2本讲稿第三页，共二十四页免疫学信息网 http:/AAAADDAAAADMH1Hyrdophobic Groups on Bases本讲稿第四页，共二十四页免疫学信息网 http:/3Helix-Turn-Helix Motif34 A本讲稿第五页，共二十四页免疫学信息网 http:/34125N-term34本讲稿第六页，共二十四页免疫学信息网 http:/Specificity Determinants?Generic Interactions?5本讲稿第七页，共二十四页免疫学信息网 http:/6104103本讲稿第八页，共二十四页免疫学信息网 http:/Gln33 Networks with Gln44Ser G=4.5 kcalLeu G=6.2 kcal7本讲稿第九页，共二十四页免疫学信息网 http:/ConclusionDNA binding specificity from major groove interactionsMutation in one AA affects neighbors-Protein-DNA interfaces contain an intricate Network of hydrogen bonds本讲稿第十页，共二十四页免疫学信息网 http:/B DNA434 Complex94 bases dontcontact proteinBut very Important!本讲稿第十一页，共二十四页免疫学信息网 http:/Filter Bindingvacuum%BoundProtein nM0 20 40 60 80 100100 50Kd=20 nM10本讲稿第十二页，共二十四页免疫学信息网 http:/Immunoprecipitaiton%BoundProtein nM0 20 40 60 80 100100 50Kd=20 nM10ASepharose本讲稿第十三页，共二十四页免疫学信息网 http:/Gel-Shift%ShiftedProtein nM0 20 40 60 80 100100 50Kd=20 nMProtein11本讲稿第十四页，共二十四页免疫学信息网 http:/DNAse IFootprinting%ProtectedProtein nM0 20 40 60 80 100100 50Kd=20 nMProtein+DNAse I12本讲稿第十五页，共二十四页免疫学信息网 http:/Cooperative DNA binding By the repressor13本讲稿第十六页，共二十四页免疫学信息网 http:/Interference FootprintingDNA+MMS+Saturating ProteinGel Shift14本讲稿第十七页，共二十四页免疫学信息网 http:/Electron Microscopy15本讲稿第十八页，共二十四页免疫学信息网 http:/YFPTilt+RollTilt-Roll19TiltRoll本讲稿第十九页，共二十四页免疫学信息网 http:/Interaction of TBP(TATA Binding Protein)With DNAMajor GrooveMinor Groove17本讲稿第二十页，共二十四页免疫学信息网 http:/Protein-Induced DNA Bending From Positive Roll1853本讲稿第二十一页，共二十四页免疫学信息网 http:/Pyrimidine-Purine Steps Have Little Base Stacking5335CGAT19A(Lecture 1)本讲稿第二十二页，共二十四页免疫学信息网 http:/For advanced reading:Nucleic Acids:Structures,Properties,and FunctionsV.A.BloomfieldD.M.CrothersI.Tinoco本讲稿第二十三页，共二十四页免疫学信息网 http:/8Gln G=5.2 kcalLys G=4.1 kcal本讲稿第二十四页，共二十四页