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第十一讲 分类鉴定本讲稿第一页，共十五页第一节通用分类单元一、种以上的系统分类单元一、种以上的系统分类单元（一）七级分类单元（一）七级分类单元界界 Kingdom门门 Phylum（或（或Division）亚门亚门纲纲 Class 亚纲亚纲超目超目目目 Order 亚目亚目 科科 Family 亚科亚科 族族 亚族亚族 属属 Genus 种种 Species本讲稿第二页，共十五页（二）（二）种的概念种的概念定义：种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相定义：种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型株的总称。在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株作为具体标本，它就是该种的菌株作为具体标本，它就是该种的模式种模式种。新种：新种：sp.nov.或或nov.sp.，新被鉴定的种发表时应在其学，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。得。本讲稿第三页，共十五页二、微生物的学名二、微生物的学名每一种微生物都有一个自己的名字，名字有俗名和学名每一种微生物都有一个自己的名字，名字有俗名和学名两种。两种。命名：菌种的科学名称。菌种的学名是按照命名：菌种的科学名称。菌种的学名是按照国际细菌国际细菌命名法规命名法规命名的国际学术界公认，并通用的名称。命名的国际学术界公认，并通用的名称。命名原则：命名原则：学名学名=属名属名+种的加词种的加词+（首次定名人）（首次定名人）+现名定名人和现名现名定名人和现名定名年份定名年份规定与常识：属名应大写首字母、单数、可以组合外而规定与常识：属名应大写首字母、单数、可以组合外而成。种的加词代表一个种的次要特征，首字小写成。种的加词代表一个种的次要特征，首字小写本讲稿第四页，共十五页（一）双命名法（一）双命名法例例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌）：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌）Escherichia coli（Migula）Castellani et Chalmers 1919例例2：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）Bacillus subtilis（Ehrenberg）Cohn 1872本讲稿第五页，共十五页三、亚种以下的分类单元三、亚种以下的分类单元亚种亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指除某一明显而）：种的进一步细分，一般指除某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征都与模式种相同的种。稳定的特征外，其余鉴定特征都与模式种相同的种。常在种名、署名的加词后写上常在种名、署名的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词；然后再写具体亚种的加词；类群（类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有某些共）：没有分类地位非正式地指定一组具有某些共同性状的生物；同性状的生物；菌株（菌株（strain）：）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生物达到遗传性的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生物达到遗传性纯的标志。纯的标志。小种（小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同涵义；）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同涵义；本讲稿第六页，共十五页第二节微生物在自然界的地位生物的界级分类学说：是在认识发展过程中存在的对生物的界级分类学说：是在认识发展过程中存在的对生物分类的不同阶段的不同观点。生物分类的不同阶段的不同观点。如：二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六如：二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六界系统和三原界系统界系统和三原界系统20世纪世纪70年代末年代末 C.R.Woese 等人提出三域学说。等人提出三域学说。本讲稿第七页，共十五页 近一百多年来，从两界系近一百多年来，从两界系统经历过统经历过三界三界系系统统、四界四界系系统统、五界五界系系统统甚至甚至六界六界系系统统，最后又出，最后又出现现了三原界（或三了三原界（或三总总界）系界）系统统（图图11-1）。）。一、生物的界级分类学说一、生物的界级分类学说本讲稿第八页，共十五页五界系统五界系统：1969年，年，RHWhittaker在在Science（科学）杂志上发表了一篇（科学）杂志上发表了一篇“生物生物界级分类的新观点界级分类的新观点”的著名论文。的著名论文。五界系统包括五界系统包括动物界动物界（Animalia）、）、植物界植物界（Plantae）、）、原生生物界原生生物界（Protista，包，包括原生动物、单细胞藻类、粘菌等）、括原生动物、单细胞藻类、粘菌等）、真菌界真菌界（Fungi，包括真菌和酵母菌）以及，包括真菌和酵母菌）以及原核原核生物界生物界（Monera，包括细菌、蓝细菌等），其模式表示见图。，包括细菌、蓝细菌等），其模式表示见图。我国学者王大耜（我国学者王大耜（si）等（）等（1977）在）在Whittaker五界系统的基础上，也提出五界系统的基础上，也提出过应增加一个病毒界（过应增加一个病毒界（Vira）的六界系统。）的六界系统。本讲稿第九页，共十五页二、三域学说及其发展二、三域学说及其发展“域域”是一个比是一个比“界界”更高的界级分类单元：更高的界级分类单元：细菌域；细菌域；古生菌域；古生菌域；真核生物域。真核生物域。本讲稿第十页，共十五页第三节第三节各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要原核生物分类系统纲要原核生物分类系统纲要伯杰氏鉴定细菌学手册伯杰氏鉴定细菌学手册真菌界分类系统很多，各国采用不同的系统，比较混真菌界分类系统很多，各国采用不同的系统，比较混乱。近年来为较多人接受的是乱。近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要。的纲要。真菌门：鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、真菌门：鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门、半知菌亚门。担子菌亚门、半知菌亚门。本讲稿第十一页，共十五页第四节第四节微生物的分类鉴定微生物的分类鉴定主要步骤：纯化、测定一系列必要的指标、查找权威主要步骤：纯化、测定一系列必要的指标、查找权威性鉴定手册性鉴定手册鉴定技术的不同水平：鉴定技术的不同水平：细胞的形态和习性细胞的形态和习性：形态特征、运动、酶反应、营：形态特征、运动、酶反应、营养要求及生长条件等养要求及生长条件等细胞组分水平细胞组分水平：细胞壁成分、氨基酸库、脂类、醌：细胞壁成分、氨基酸库、脂类、醌类、光合色素等的分析类、光合色素等的分析蛋白质水平蛋白质水平：氨基酸序列分析、凝胶电泳和血清学：氨基酸序列分析、凝胶电泳和血清学反应等反应等基因或基因或DNA水平水平：核酸分子杂交、（：核酸分子杂交、（G+C）mol%、转化和转导、转化和转导、16SrRNA寡核苷酸族分分析、寡核苷酸族分分析、DNA或或RNA核苷酸序列分析等核苷酸序列分析等本讲稿第十二页，共十五页一、微生物的分类鉴定的经典方法：一、微生物的分类鉴定的经典方法：1、经典的鉴定指标、经典的鉴定指标2、微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术、微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术二、二、微生物的分类鉴定中的现代方法微生物的分类鉴定中的现代方法1、通过核酸分析鉴定微生物遗传型、通过核酸分析鉴定微生物遗传型2、细胞化学成分用作鉴定指标、细胞化学成分用作鉴定指标3、数值分类法、数值分类法本讲稿第十三页，共十五页数值分类法数值分类法即统计分类法，在即统计分类法，在200年前年前M.Adanson（17271806，法国植物学家）发表的分类原理基础上结合现代计算法国植物学家）发表的分类原理基础上结合现代计算机技术发展而来的。机技术发展而来的。主要观点：主要观点：在一个分类群中，其所含信息量越大，即分类所依在一个分类群中，其所含信息量越大，即分类所依据的性状越多，其分类效果也越好；据的性状越多，其分类效果也越好；顺序建立自然分类单元时，每个性状都是等权的；顺序建立自然分类单元时，每个性状都是等权的；任何两分类实体间的整体相似性，都是由每一对的任何两分类实体间的整体相似性，都是由每一对的相似性计算而来的；能够由类群间相似性的差异识相似性计算而来的；能够由类群间相似性的差异识别不同的分类实体；别不同的分类实体；如果给予有关进化途径和机制的某些假定，可以从如果给予有关进化途径和机制的某些假定，可以从组群的分类学结构或从性状相关上作出种系发生的组群的分类学结构或从性状相关上作出种系发生的推论；推论；分类学应作为一门经验科学来看待和实践；分类学应作为一门经验科学来看待和实践；数值分类学是以表象相似性为基础的。数值分类学是以表象相似性为基础的。本讲稿第十四页，共十五页结束语：结束语：21世纪的微生物世纪的微生物一、微生物解决人类危机中的作用一、微生物解决人类危机中的作用 1、微生物与粮食增产、微生物与粮食增产 2、微生物与能源供应、微生物与能源供应 3、微生物与资源开发、微生物与资源开发 4、微生物与环境保护、微生物与环境保护 5、微生物与人类健康、微生物与人类健康二、微生物在生命科学中的作用二、微生物在生命科学中的作用三、大力发展我国微生物学研究三、大力发展我国微生物学研究本讲稿第十五页，共十五页