计算化学中软件的应用课件.ppt

计算化学中计算化学中常用软件的简单介绍常用软件的简单介绍1药物生化有机合成石油化工选矿 高温冶金材料科学 软件 硬件无机化学物理化学有机化学分析化学结构化学数值分析 拓扑学 运筹学 统计狭义：狭义：狭义：狭义：量子化学量子化学 广义：广义：广义：广义：计算化学是一门涉及多种学科的边缘学科计算化学是一门涉及多种学科的边缘学科 计算化学计算化学什么是计算化学？什么是计算化学？23计算过程计算过程5计算结果的分析和整理1文献调研2确定计算目的3计算模型的构造4计算方法的选取4计算化学所需的条件5GaussView 的简单介绍的简单介绍GaussView是一个专门设计与高斯配套使用的软件。其主要用途有两个:构建高斯的输入文件和以图的形式显示高斯计算的结果。6特点特点：通过计算机进行图形绘制和空间分子模拟，能给人增加真实感。78GaussView基本功能的演示9如何使用如何使用UEUE编辑作业编辑作业：以丙氨酸为例以丙氨酸为例UltraEditUltraEdit 是一套功能强大的文本编辑器是一套功能强大的文本编辑器10Gaussian作业的格式：以丙氨酸为例作业的格式：以丙氨酸为例作业名称，运行内存，运行核数作业名称，运行内存，运行核数计算执行路径行，包括计算执行路径行，包括方法方法,基组基组,任务类型任务类型titletitle部分，部分，标识和说明作用标识和说明作用分子说明部分分子说明部分电荷和自旋多重度电荷和自旋多重度11Route Section（计算执行路径行）（计算执行路径行）Route Section主要由主要由方法方法，基组基组，任务类型任务类型三部分组成三部分组成1.方法的选择122.基组基组的选择的选择13Sp单点能量计算（默认任务类型）单点能量计算（默认任务类型）ADMP&BOMP动力学计算Opt分子几何结构优化分子几何结构优化Force计算核的受力Freq振动分析振动分析Stable波函数稳定性测试Irc反应途径计算反应途径计算Volume计算分子体积IrcMax在指定反应途径上找能量最大值Density=CheckPoint仅计算布居分析Scan势能面扫描Guess=Only仅作分子轨道初猜Polar极化率和超极化率计算ReArchive从.chk文件中提取存档intrinsic reaction coordinate内禀反应坐标 3.GaussianGaussian程序能完成的程序能完成的任务类型任务类型14Gaussian 09 的简单介绍的简单介绍程程序序界界面面点击此处即可上传作业点击此处即可上传作业15分子说明部分电荷与多重度标题行计算执行路径返回主单并运行返回主菜单保存放弃任务检查计算执行路径Gaussian09 上传作业界面上传作业界面16举例1.分子轨道分子轨道2.原子电荷原子电荷171.如何查看分子轨道？在UE中编辑输入文件时需要在计算执行路径行加 pop=full 关键词1，3 丁二烯注意：计算结束后，输入命令 formchk xxx.chk xxx.fchk，再用GaussieView打开fchk文件18191，3 丁二烯HOMO轨道201，3 丁二烯LUMO轨道21Isatins猜想：如果此物质要和金 属配位，应该首会和哪个位点配位呢？2.如何查看原子电荷?在UE中编辑输入文件时需要在计算执行路径行加 pop=nbo 关键词（即NBO电荷分析）222324实验给现象，理论供解释！25谢谢大家！26