DNAstar的介绍及使用.ppt

DNAstar 软件介绍软件介绍课程：生物信息学课程：生物信息学指导老师：董彦君指导老师：董彦君姓名：江少华姓名：江少华日期：日期：20112011年年4 4月月1515软件概述软件概述n nDNAStarDNAStar 是一款基于是一款基于WindowsWindows和和MacintoshMacintosh平台的序平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。列分析软件，特点是操作简单，功能强大。n n实验室必备软件，功能主要有：序列的格式转换，实验室必备软件，功能主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（较；寡核苷酸设计（PCRPCR引物，测序引物，探针）。引物，测序引物，探针）。n nDNAstarDNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件，是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件，可见其功能强大可见其功能强大 。DNAstar软件组成软件组成 1.1.EditSeqEditSeq ：用来将：用来将DNADNA或蛋白质序列的数据输入计算机的或蛋白质序列的数据输入计算机的工具，同时还具有编辑已有序列的功能。工具，同时还具有编辑已有序列的功能。n n2.2.MapDrawMapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理实：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理实验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能。验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能。n n3.3.GeneQuestGeneQuest：帮助查找和注释：帮助查找和注释DNADNA序列中的基因和其他特序列中的基因和其他特征序列，包括征序列，包括ORFsORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序，剪接位点，转录因子结合位点，重复序列和酶切位点等。列和酶切位点等。n n4.4.MegAlignMegAlign：对：对DNADNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种不或蛋白质序列进行同源比较，有六种不同的对准算法供用户选择。在同源比较的同时，能很快输出同的对准算法供用户选择。在同源比较的同时，能很快输出进化树和进化距离等数据。进化树和进化距离等数据。n n5.Protean5.Protean：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及例如抗原决定族等功能区的预测功能。例如抗原决定族等功能区的预测功能。n n6.6.PrimerSelectPrimerSelect：设计：设计PCRPCR引物、测序引物和探针。引物、测序引物和探针。n n7.7.SeqManSeqMan II II ：多序列拼接。最多支持：多序列拼接。最多支持6400064000条序列的同时拼条序列的同时拼接。在拼接前可以对序列进行修正，对自动测序的序列结果接。在拼接前可以对序列进行修正，对自动测序的序列结果可除去污染序列或载体序列。整个拼装过程即时显示，并提可除去污染序列或载体序列。整个拼装过程即时显示，并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。