生物医学信息检索与利用 - 北京大学医学图书馆.ppt

医学信息检索与利用电子书/事实型数据库检索与利用李春英李春英北京大学医学图书馆北京大学医学图书馆2011.3.312011.3.31内容提要馆藏电子图书事实型数据库检索电子图书 也称数字图书或ebook，是指在电脑上阅读的数字化书籍，将传统的文字符号转化为数字信号，利用高容量存储介质存储图书信息的一种新型文献载体。电子书的优缺点缺点：知识产权解决方案不成熟制作质量良莠不齐格式多样，阅读带来不便优点：信息形式多样传播速度快容量巨大易于阅读稳定性强价格低廉电子书的检索基于服务器端的远程检索 可进行学科浏览、简单检索、高级检索基于客户端的本地检索检索字段：书名、著者、ISBN、出版社、出版时间、全文、主题我馆馆藏的电子书资源1.读秀知识库 2.超星电子图书 3.方正appbi电子书 4.Netlibrary电子图书 5.LWW电子书6.MD consult电子书 7.Thieme 电子书 8.Clinical Evidence current 9.Cancer Handbook 癌症手册 10.Encyclopedia of Life science生命科学百科全书 11.不列颠百科全书网络版 读秀知识库数据库介绍：以260万种中文图书资源为基础，为用户提供深入图书内容的书目和全文检索，文献试读，以及通过Email获取文献资源，是一个真正意义上的知识搜索及文献服务平台。全文、图书、期刊、报纸、学位论文、会议论文、标准文献、视频等综合类型。检索界面基本检索二次检索高级检索基本检索全部字段书 名作 者主题词封面显示馆藏信息主要内容二次检索检索技巧逻辑与：两个或多个检索词之间有空格排除逻辑运算：，英文输入法状态，而且必须与前面的检索词之间有空格，否则视为连词符号特定年份：time:2010词典功能：提示外文检索词相关搜索：近义词、相关词搜索表达式中含上下角标检索结果试读图书原文 E-mail发送获取图书超星电子图书综合类型的中文图书检索方式浏览简单检索高级检索方正电子书IP登录Apabi的电子图书可以进行“在线浏览”或“下载”。“在线浏览”某电子书时，双击该电子书书名进行在线浏览。“下载”电子书，则下载进程完成后，可在Apabi阅读器的藏书阁中找到已被下载的电子书，然后对其进行管理（分类）和阅读。注意：下载到本地的电子书一般有效期限为2周，2周后电子书自动失效，需要续借或到Apabi数字图书馆中重新下载。检索方式学科浏览简单检索高级检索二次检索检索结果在线浏览下载MD CONSULT电子书提供了29个临床学科的51册电子图书，每册书都是当前最新版本，重点介绍了每个学科的临床基础研究，临床实践指南或规范，以及临床医生的实践经验或临床第一手资料。内科学儿科学外科学检验放射医学 电子图书检索方法字顺浏览学科专业基于内容检索网页的格式浏览NetLibrary电子图书NetLibrary是全球最大的在线计算机图书馆中心（OCLC）的下属部门，它整合了来自350多家出版机构的5万多册电子图书，其中大部分内容是针对大学及以上读者层的。NetLibrary电子图书的90%是1990年后出版的，每月均增加几千种。覆盖学科广泛，包括科学，技术，医学，生命科学，计算机科学，经济，工商，文学，历史，艺术，社会与行为科学，哲学，教育学等。NetLibrary电子图书NetLibrary电子图书基本检索高级检索检索字段：full-textkeywordtitleauthorsubjectISBNPDF显示Thieme电子书电子书 由德国Thieme国际医学出版社出版，专门为医学生、临床医师和健康学教授设计的医学电子书籍，它系统地覆盖了医学院校开设的全部课程，包括学科间基础科学的内容。检索方式浏览简单检索高级检索免费电子图书 http:/事实型数据库检索事实型数据库类型基于临床研究方法的数据库（循证医学数据库）基于问题或详细信息的数据库（事实型数据库或综合数据库）循证医学及其数据库的检索Evidence-based Medicine&Database searching循证医学及其数据库检索1.循证医学概述（产生背景、定义和发展）2.循证医学资源分布及检索特点3.循证医学文献检索循证医学产生的背景(1)1.传统医学模式的缺陷经验医学的决策零散的研究报告病人不参与决策循证医学产生的背景(2)人类疾病谱发生变化 传染性疾病 代谢性疾病 人口增长、老龄化循证医学产生的背景(3)临床科研方法学兴起 Meta分析、临床流行病学、卫生经济学1989年的一项震惊整个医学界的研究实例：在产科经常使用的226种方法中，临床试验或系统评价证明：20%有效或疗效大于副作用30%是有害或疗效可疑50%缺乏随机试验证据循证医学产生的背景(4)制药业的蓬勃发展给临床决策带来困惑 临床证据的涌现循证医学的定义 循证医学是指认真、明确和明智地应用现有的最好证据，同时结合医生的个人专业技能和临床经验，考虑患者的愿望并对患者作出医疗决策。定义的解释证据及其质量是循证医学的关键医生的个人专业技能和临床经验患者的愿望循证医学与传统医学的区别区别循证医学传统医学证据来源全面系统，有研究证据医生经验、教科书、零散研究收集证据系统全面不系统全面评价证据重视 不重视治疗依据当前可得到的最佳临床研究证据基础研究/动物实验的推论小样本试验个人临床经验医疗模式病人为中心疾病/医生为中心判效指标病人最终结局实验室指标改变及中间指标 循证医学的发展概况我国清朝乾隆年间，考证就是循证思想的起源。希波克拉底时代，观察性研究就是循证思想的起源。1982年，Dr Sackett等在McMaster大学率先对住院医师进行以“病人问题为中心的学习”课程培训1987年，Cochrane 根据产科RCT结果，揭示了循证医学的实质。阿奇阿奇.考克兰考克兰(Archie Cochrane,1909-(Archie Cochrane,1909-1988)1988)英国著名内科医生流行病学家英国著名内科医生流行病学家 阿奇阿奇.考克兰医生看到了随考克兰医生看到了随机对照试验研究证据对临机对照试验研究证据对临床实践的巨大的潜在意义床实践的巨大的潜在意义和价值，尖锐地指出了整和价值，尖锐地指出了整个医学界对这些研究成果个医学界对这些研究成果的忽视，从而唤起了社会的忽视，从而唤起了社会对系统总结、传播和利用对系统总结、传播和利用临床研究证据的极大重视。临床研究证据的极大重视。大卫.萨基特(David Sackett)加拿大临床流行病学家循证医学的先驱英国牛津大学循证医学中心首任主任循证医学的发展概况1991年，建立美国内科医师学院杂志俱乐部（ACPJC）1992年，英国成立了英国Cochrane中心；并提出了Evidence-Based Medicine。1993年，成立了国际Cochrane协作网，Dr Sackett在英国牛津大学建立英国循证医学中心，出版循证医学专著，与ACPJC联合主办“循证医学杂志”全世界许多国家成立EBM中心、EMP中心世界循证医学中心发展概况循证医学证据三要素证据分类分级证据不断更新证据三类：肯定、否定、不确定证据分类 循证医学证据分级旧五级新五级新九级旧五级证据新五级证据新九级证据来源：http:/library.downstate.edu/EBM2/2100.htm循证医学资源分布系统综述和实践指南概述性循证医学资源问题性质、证据来源、评估标准、评估结果综合性生物医学文献数据库正在进行的科学研究信息检索技术u数据库中的逻辑运算符u使用MeSH词u制定检索策略(1)PICO程式化(2)根据不同类型资源，制定相应的检索策略PICO的解释例如：根尖周病变(牙根管感染)接受牙髓治疗，不使用氢氧化钙封药的一次性牙髓治疗与进行氢氧化钙封药多次就诊的治疗效果相比，是否前者的治愈(成功)率较低(通过临床和X线检查)？问题(Problem)是根尖周病干预(Intervention)是牙髓治疗比较(Comparison)是一次性牙髓治疗和多次就诊的牙髓治疗结果(Outcome)是两种治疗设计的治愈率。循证医学文献的类型RCTMeta-analysisSystematic reviewsCochrane reviewsReview of effects or clinical trails综述综述Meta-分析分析系统综述系统综述From:Critical Appraisal Skills Programme(CASP),Oxford.三者的定义综述(review)：是指就某一时间内，作者针对某一专题，对大量原始研究论文中的数据、资料和主要观点进行归纳整理、分析提炼而写成的论文。又称为叙述性综述。是综述者的主观定性分析，不是客观的定量分析结果，因而出现不同综述者结论不一致的情形。系统综述(Systematic review)：是通过全面收集所有相关原始文献的研究，对其逐个进行严格评价和分析，得出综合结论的方法，也称“综合分析”（overview）。Meta分析：是一种新的文献综述分析方法,是对具有相同研究目的的多个独立研究结果进行系统分析、定量综合的一种研究方法。系统综述与传统文献综述区别区别区别系统综述系统综述叙述性综述叙述性综述研究问题研究问题常集中于某一问题常集中于某一问题涉及范围较广涉及范围较广文献来源文献来源明确，常为多渠道明确，常为多渠道不全面不全面检索方法检索方法有明确检索策略有明确检索策略常未说明常未说明文献选择文献选择有明确选择标准有明确选择标准有潜在偏倚有潜在偏倚文献评价文献评价有严格评价方法有严格评价方法方法不统一方法不统一结果合成结果合成定性与定量研究定性与定量研究定性研究定性研究结论推断结论推断大多遵循研究依据大多遵循研究依据有时遵循研究依据有时遵循研究依据结果更新结果更新依据新试验定期更新依据新试验定期更新不定期更新不定期更新什么是Cochrane 系统评价？是是Cochrane协作网协作者在协作网协作者在Cochrane统一工作手册指导下完成的系统一工作手册指导下完成的系统评价，其结果发表在统评价，其结果发表在Cochrane图书馆图书馆(The Cochrane Library 光盘和因特网光盘和因特网)上。上。Cochrane系统评价的特点特点特点 Cochrane系统评价系统评价 一般系统评价一般系统评价资料收集资料收集 较全面较全面 不一定全面不一定全面质量控制措施质量控制措施 较完善较完善 不一定完善不一定完善方法学方法学 较规范较规范 不一定规范不一定规范不断更新不断更新 是是 否否反馈意见及修正反馈意见及修正 及时及时 不一定及时不一定及时证据来源原始研究证据PubMedE中国生物医学文献数据库（CBM）中国期刊全文数据库(CNKI)万方数据库维普数据库证据来源二次研究中国循证医学中心数据库 是由中国循证医学/Cochrane中心组织建立和更新的以中文发表的临床干预性随机对照试验和诊断试验数据库。已收录试验2万余条。国立研究注册(The National Research Register，NRR)是一个由英国国立卫生服务部（National Health Service NHS）资助或关注的在研或新近完成的临床试验的数据库。证据来源二次研究数据库 Cochrane图书馆(Cochrane Library，CL)Ovid循证医学数据库美国国立卫生研究院卫生技术评估与导向发布数据库证据来源期刊 循证医学杂志（Evidence-Based Medicine，EBM）双月刊，由BMJ和美国内科医生学院（American College of Physicians ACP）联合主办。美国内科医生学院杂志联合（ACP Journal Club）双月刊，由ACP和美国内科协会（ACPAmerican Society of Internal Medicine，ASIM）联合主办。Bandolier 单月刊，由NHS主办。主要提供干预疗效方面的最佳证据。循证护理杂志（Evidence-Based Nursing）季刊，由英国皇家护士学院和BMJ联合主办。循证卫生保健杂志（EvidenceBased Health Care）季刊，由英国出版。证据来源指南国立指南库（National Guideline Clearinghouse NGC）是一个循证临床实践指南数据库，由美国卫生健康研究与质量机构、美国医学会和美国卫生健康计划协会联合制作。指南（Guidelines）是一个经过严格评价筛选的临床实践指南数据库。由英国牛津的医学科学研究院制作。循证医学的网络资源 循证医学在线：http:/ library users group：http:/www.york.ac.uk/inst/crd/clug.htm NIH所属临床对照实验站：http:/clinicaltrials.gov/中国循证医学中心：http:/www.chinacochrane.org/Cochrane协作网：http:/www.cochrane.org/index0.htmCochrane用户网：http:/www.informedhealthonline.org/item.aspx EBM online：http:/ Database 网站http:/ Doctors Desk(英国国家保健服务系统)http:/drsdesk.sghms.ac.ukCRD Database(英国国家保健服务评价与传播中心数据库http:/agatha.york.ac.uk/welcome.htm)获取证据的最佳途径循证医学数据库Cochrane libraryOVID-EBMREBSCO-EBMRCochrane Library国际Cochrane Collaboration（Cochrane协作网）研制开发。Cochrane Library，简称CL数据库是由John Wiley公司负责出版和发行，并分为光盘版和网络版，数据每季度更新，用户可以免费浏览网络版系统平均的摘要，只有注册并付费的用户才能查看全文。网址 http:/ Cochrane Database of Systematic Reviews （Cochrane协作网系统评价数据库）The Database of Abstracts of Reviews of Effects （疗效评价文摘库）The Cochrane Central Register of Controlled Trials （Cochrane临床对照试验中心注册数据库，CENTRAL）The Cochrane Database of Methodology Reviews （Cochrane方法学评价数据库，CDMR）The Cochrane Methodology Register （Cochrane方法学注册资料数据库，CMR）The Health Technology Assessment Database （卫生技术评估数据库，HTA）The NHS Economic Evaluation Database （英国国家卫生服务部卫生经济评价数据库，NHS EED）The Cochrane Database of Systematic Reviews收集了各Cochrane系统评价小组在The Reviewers Handbook指导下，对各种医疗卫生服务效果的系统评价。内容包括已经完成的系统评价全文，和正在或将要进行的系统评价的研究方案(Protocols)研究方案包括背景、目的和方法等。目前系统评价主要是根据随机对照试验的研究而进行的，并随着新的临床试验的出现不断补充、更新。The Database of Abstracts of Reviews of Effects收录了世界各国非Cochrane协作网（如医学杂志）发表的系统评价的论文摘要评价来自于英国约克大学的国家卫生服务评价和传播中心(National Health Services Center for Reviews and Dissemination,NHSCRD)DARE内容包括对论文的质量评估、统一式文摘、背景介绍和简单评述等The Cochrane Central Register of Controlled Trials收集临床对照试验的书目型数据库由Cochrane 协作网和其他组织通过收集临床研究资料，如医学杂志、研究生论文、学术会议论文等，从中获得临床对照试验，也包括许多研究报告中的对照实验。Cochrane协作网只提供符合质量控制标准的随机对照试验或临床对照试验。The Cochrane Database of Methodology Reviews由Cochrane方法学评价组提供的用于系统评价的方法学研究报告，以及与系统评价直接相关的临床试验方法学研究。包括两类文献，Cochrane方法学系统评价（Cochrane Methodology Reviews）为全文；大纲（Protocols），包括方法学的背景和基本原理的概述。The Cochrane Methodology Register收录所有关于保健和社会干预系统评价方法研究的注册资料库范围涵盖了期刊文章、著作节选、会议记录、会议摘要以及正在进行的方法学研究报告。记录来自于MEDLINE数据库和手工检索的文献，包括所有已发表的和Cochrane方法学系统评价相关的经验方法学研究报告，以及与保健干预系统评价相关的比较和描述性研究。The Health Technology Assessment Database包括卫生技术评估方面的信息，如疾病的预防、筛查、诊断、治疗和康复的药物、疫苗、器械设备、医疗方案、手术程序、后勤支持系统和行政管理组织。有来自卫生技术评估组织正在进行的研究课题和完全的出版物。由NHSCRD提供的，来自于INAHTA（国际卫生技术评价机构网络）成员和其他卫生技术评价组织制作的技术评价文献，内容包括研究课题的名称，主要负责人姓名及通讯地址和网站，有些还有出版物的详细信息，无全文。The NHS Economic Evaluation Database英国国家卫生服务部卫生经济评价数据库由NHS CRD提供的来自于医学核心期刊、书目型数据库中涉及治疗和检查的成本或结果比较方面的结构式文摘，及少量的“灰色文献”。检索方法浏览快速检索高级检索主题检索主题浏览New reviewsUpdate ReviewsCochrane 协作组50个协作组主题浏览快速检索入口高级检索入口MeSH检索MeSH检索检索历史检索历史检索技巧短语检索：“”截词检索：*无限个字母?代表一个字母空格表示and,“,”表示or支持near、next的检索检索结果简单显示文摘显示格式结果输出Best Practice数据库英国医学杂志（BMJ）出版它不仅整合了BMJ Clinical Evidence（CE-临床证据数据库）中全部的研究证据；它还增添了由全球知名学者和临床专家执笔撰写的，涉及病症的诊断、治疗、预防和预后等各个关键环节的权威内容。不仅如此，BP中还提供了大量的病症、病例图像和数据表格等资料。2009年，BP将会收录一千多种临床病症，三千多项诊断性检测，四千多篇诊断和治疗指南，以及一万多种的诊断方法。此外还嵌入了国际权威的药物处方指南以及患者教育内容。数据库网址http:/ 数据库DynaMed收录500种顶尖医学期刊、重要医学二次文献、循证医学文献资源、药物信息等综合信息的临床参考工具提供以病患导向的信息，2000条临床主题性标题数据库每天更新 DynaMedGeneral information基本信息Causes&Risk FactorsComplications&Associated ConditionsHistoryPhysical DiagnosisPrognosisTreatmentPrevention&ScreeningReferencesPatient InformationAcknowledgements证据标准Level1(likely reliable)EvidenceLevel2(mid-level)EvidenceLevel3(lacking direct)Evidence建议等级GradeA(consistent high-quality evidence)GradeB(inconsistent or limited evidence)GradeC(lacking direct evidence)循证医学-PubMed数据库限定文献类型：Clinical Queries模块：对研究主题内容从病因、诊断、治疗和预后等方面的查询Limits中Publication Type选项：Meta-Analysis，Randomized Controlled Trial循证医学文献的查找循证医学文献的查找其它网络数据库SUMSearch网站：http:/sumsearch.uthscsa.edu/TIRP循证医学网站：http:/ SeriesMD Consult内容提要1.数据库的介绍2.数据库的检索界面3.数据库的检索方法4.检索实例Healthcare Series数据库介绍 该数据库是提供疾病、药物、毒物等信息的事实型数据库。共包括20多个子集数据库。数据库列表DRUGDEX System(药品咨询数据库)DRUG-REAX System(药物交互作用数据)Martindale(英国药典)Physicians Desk Reference(PDR)(医师药物参考)Index Nominum(全球药品指南)IDENTIDEX System(药品辨识系统)P&T QUIK Report(药事委员会报告)USP DI 药品参考指南MSDS from USP(原料安全资料报告)IV Index(混合注射咨询资料库)DISEASEDEX General Medicine System(一般疾病咨询数据库)DISEASEDEX Emergency Medicine System(急诊医学咨询数据库)POISINDEX System(毒物咨询数据库)REPRORISK System(物质对生殖及胎儿影响数据库)TOMES System(公共安全卫生数据库)Alternative Medicine(另类/传统医学数据库)CareNotes System(病患疾病及服药咨询)Lab Advisor(实验室检查咨询数据库)检索界面检索界面整合检索药物检索毒理学疾病实验室检查兼容性检索药物相互作用病患教育PDA检索方法检索式：1.疾病名leukemia、tuberculosis、shock2.药物、药品名称Insulin、cocaine、tylenol、analgesics、3.症状fever、rash、blindness、coma、memory loss4.副作用、并发症状Incontinence、vomiting、angioedema5.毒物、危险物fertilizer、sulfuric acid、bleach、cleaners、lye、insecticides谢 谢！