[自然科学]单晶结构解析ppt课件.ppt

材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益SHELXTL程序单晶结构分析程序单晶结构分析材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益主要包含五个程序：主要包含五个程序：XPREP,XS,XP,XL,XCIF主要文件：主要文件：name.hkl,name.ins,name.res,name.lst,name.cif等等衍射点文件：衍射点文件：name.hkl(ASCII)0 0 1 36.57 1.31 1 0 0 3 112.06 4.07 1 0 0 487057.13 2178.69 1 h k l I (I)(3I4,2F8.2)一、一、SHELXTL程序简介程序简介name.hkl,name.ins结构解析和精修的过程，是结构解析和精修的过程，是ins文件建立和不断更新的过程，文件建立和不断更新的过程，这主要是下列过程实现的这主要是下列过程实现的:XPREP、XS、XL、XP两个必要文件两个必要文件(由由XPREP程序产生程序产生)材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益其它文件其它文件 reslstpltciffcfpcftex xs、xl、refine产生的文件产生的文件 记录记录xs、xl、refine过程和结果的文件过程和结果的文件 XP中做的图形文件中做的图形文件 晶体学信息文件晶体学信息文件 结构因子文件结构因子文件 晶体结构报表文件晶体结构报表文件 记录仪器型号、晶体外观等的文件记录仪器型号、晶体外观等的文件 材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益 SHELXTL程序运行图程序运行图XPREP确定空间群建立.ins文件name.hklname.insname.hklname.p4pXS解初结构XL最小二乘修正等XP画图XCIF打印表格name.resname.insname.resname.hkl改名改名name.ins结构图name.cif材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益二、数据处理二、数据处理-XPREP运行步骤：运行步骤：1.1.从从name.hklname.hkl文件文件(若存在若存在)或或name.rawname.raw文件中读入衍射点；文件中读入衍射点；2.2.从从name.p4pname.p4p或键盘获得单胞参数及误差或键盘获得单胞参数及误差3.3.判断晶格类型判断晶格类型4.4.寻找最高对称性寻找最高对称性5.5.确定空间群确定空间群6.6.输入分子输入分子7.7.建立建立 name.hkl name.hkl和和 name.ins name.ins材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益*XPREP的主要功能和应用的主要功能和应用单击进入单击进入XPREP程序程序根据程序的提示输入晶胞参数根据程序的提示输入晶胞参数选择可能的晶格选择可能的晶格程序则显示以下菜单：程序则显示以下菜单：D Read,Modify or Merge DATDSETSP Contour PATTERSON SecionsH Search for HIGHER mertric symmetryS Determine or input SPACE GROUP读入、更改、读入、更改、合并衍射数据合并衍射数据计算显示计算显示Patterson截面截面寻找更高寻找更高的对称性的对称性确定或输确定或输入已知的入已知的空间群空间群材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益A Apply ABSORPTION correctionsM Test for MEROHEDRAL TWINNINGL Reset LATTICE type of Original CellC Define unit-cell CONTENTSF Setup SHELXTL FILESR RECIPROCAL Space DisplaysU UNIT-CELL transformationsT Change TOLERANCESO Self-rotaion functionQ Quit Program吸收吸收校正校正重设原重设原始晶胞始晶胞的晶格的晶格类型类型孪晶缺孪晶缺面试验面试验定义单胞的定义单胞的化学组成化学组成建立计算指令文件建立计算指令文件显示倒显示倒易空间易空间转换转换晶胞晶胞改变一些变改变一些变量的容忍值量的容忍值自旋自旋函数函数退出程序退出程序材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益 3910 Reflections read from file ylid.hkl;mean(I/sigma)=27.80Lattice exceptions:P A B C I F Obv Rev AllN(total)=0 1948 1951 1981 1945 2940 2596 2604 3910N(int3sigma)=0 1890 1878 1918 1881 2843 2514 2524 3780Mean intensity=0.0 109.2 106.3 103.4 111.7 106.3 108.5 110.3 108.8Mean int/sigma=0.0 27.8 26.7 28.0 27.7 27.5 27.8 27.7 27.8Select Option P:判断晶格类型：判断晶格类型：判断标准：判断标准：I/(I)?材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益SEARCH FOR HIGHER METRIC SYMMETRY-Option A:FOM=0.025 deg.ORTHORHOMBIC P-lattice R(int)=0.022 3032Cell:5.965 9.042 18.403 90.00 90.02 90.01 Volume:992.52Matrix:1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000Select Option A:寻找最高对称性：寻找最高对称性：判断标准：判断标准：R(int)，尽量选用最高对称性，尽量选用最高对称性，R(int)在在0.15以下以下一般即可认为对称性成立。一般即可认为对称性成立。不要随意降低对称性。不要随意降低对称性。若太多不能在一屏上显示时可若太多不能在一屏上显示时可中断，再查阅生成的中断，再查阅生成的PRPPRP文件文件材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益确定空间群：确定空间群：按照晶系，晶格类型，按照晶系，晶格类型，E值统计，消光特点来判断空间群，并值统计，消光特点来判断空间群，并给出了可能的空间群及其对应的综合因子给出了可能的空间群及其对应的综合因子CFOM，CFOM越小，越小，空间群的可能性越大，空间群的可能性越大，CFOM小于小于1表明建议的空间群很大可能表明建议的空间群很大可能是正确的，而大于是正确的，而大于10则很可能是错误的，小于则很可能是错误的，小于10的空间群一般的空间群一般认为可以接受的。认为可以接受的。空间群的类型centronon-centrochiral材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益SPACE GROUP DETERMINATIONMean|E*E-1|=0.713 expected.968 centrosym and.736 non-centrosymChiral flag NOT setSystematic absence exceptions:b-c-n-21-c-a-n-21-a-b-n-21N2472402376156155153674747611N(I3s)231224221414414112707068663113.3120.8139.20.8187.9194.4108.30.1131.0139.3102.71.128.727.328.29.329.529.323.51.326.127.426.05.2Option Space GroupNo.TypeAxesCSDR(int)N(eq)Syst.Abs.CFOMAP222(1)#17chiral 5260.02230321.3/5.25.73BP2(1)2(1)2#18 chiral 33590.02230325.2/9.3 2.37Select Option B:E值统计并不很准确，大部分晶体都是有心的，应该尽量选取值统计并不很准确，大部分晶体都是有心的，应该尽量选取有心空间群，只有在有心空间群无法解释时才选用无心空间群，有心空间群，只有在有心空间群无法解释时才选用无心空间群，而且最后还必须检查化合物以确认确实不具有心对称性。而且最后还必须检查化合物以确认确实不具有心对称性。材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益结构的解析结构的解析(XS)(XS)1)结构解析的基本原理结构解析的基本原理 XS用直接法或用直接法或Patterson法解决相角问题，试验法解决相角问题，试验性找出部分原子或重原子的位置（坐标）性找出部分原子或重原子的位置（坐标）*所谓直接法（所谓直接法（direct methods），就是运用数学），就是运用数学的方法，利用不同衍射点的关系，从大量强度数据中，的方法，利用不同衍射点的关系，从大量强度数据中，直接找出各个衍射点的相角，从而达到解析晶体结构直接找出各个衍射点的相角，从而达到解析晶体结构的目的。其过程概括如下：的目的。其过程概括如下：a 将将|Fo|转化为归一化结构因子转化为归一化结构因子|Eo|b 建立可以利用正切公式的三相角及四相角关系建立可以利用正切公式的三相角及四相角关系 c 赋于起始相角赋于起始相角 d 利用正切公式精修相角利用正切公式精修相角 材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益e 计算诊断指标，判断各套相角的质量计算诊断指标，判断各套相角的质量 f 采用诊断指标最佳的相角数据计算解析电子密度图，即采用诊断指标最佳的相角数据计算解析电子密度图，即E图图 *Patterson法法是是其其本本人人1934年年提提出出，通通常常只只用用来来解析含有重原子的结构解析含有重原子的结构 用这种方法时，首先利用重原子的特征峰，即用这种方法时，首先利用重原子的特征峰，即Harker峰，求出重原子坐标，再通过峰，求出重原子坐标，再通过Fourier合成合成获得其它原子的坐标获得其它原子的坐标 Harker峰，或峰，或Harker截面，就是同一套等效的截面，就是同一套等效的原子组成的原子组成的Patterson峰，由于平方效应，重原子的峰，由于平方效应，重原子的Harker峰会显得十分突出，寻找起来一般比较容易。峰会显得十分突出，寻找起来一般比较容易。因此，可以轻松地从分析重原子的因此，可以轻松地从分析重原子的Harker峰，得到峰，得到重原子的坐标重原子的坐标 材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益2)用用XS程序定出结构雏形（初始套）程序定出结构雏形（初始套）一般先试直接法，再试一般先试直接法，再试Pattson法，用什么方法是法，用什么方法是通过改变通过改变Edit .ins文件中的指令来实现的文件中的指令来实现的直接法：直接法：TITL 020908b in C2/c CELL 0.710730 30.1927 8.5175 13.9108 90.0000 95.1300 90.0000 ZERR 8.00 0.0146 0.0042 0.0071 0.0000 0.0100 0.0000LATT 7 SYMM-X,Y,0.5-Z SFAC C H N O Cr UNIT 144 112 24 56 8TEMP 25TREFHKLF 4END材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益Patterson法：法：TITL 020908b in C2/c CELL 0.710730 30.1927 8.5175 13.9108 90.0000 95.1300 90.0000 ZERR 8.00 0.0146 0.0042 0.0071 0.0000 0.0100 0.0000LATT 7 SYMM-X,Y,0.5-Z SFAC C H N O Cr UNIT 144 112 24 56 8TEMP 25PATTHKLF 4END材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益XS计算结果的评估计算结果的评估#直接法，直接法，RE越小越好，一般大于越小越好，一般大于0.3，就预示，就预示着不成功，可以尝试用着不成功，可以尝试用Patterson法法来解来解材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益TPTZ的水解及裂解结果材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益XP的使用：的使用：XP程序的进入：程序的进入：点点XP菜单菜单 read(reap)文件名文件名FMOL ent材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益XP的常用指令的常用指令(字母大小写通用字母大小写通用)指 令含 义ARAD 0.30 1.52 A1指定原子半径CELL显示晶胞参数CENT/x Atomnames计算并显示指定原子的中心DRAW filename打印结构图或转换图形文件ENVI n A1显示指定原子的环境EXAM显示该通道中所有的文件EXIT 退出XPFILE filenames存储XP中产生的文件FMOL/n读入数据FUSE删除所有对称操作产生的原子GROW长出完整的分子填充球半径填充球半径成键半径成键半径原子名原子名(或或$A)指定显示的范围指定显示的范围加加/x同时给中心点同时给中心点X1A材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益指 令含 义INFO (A1)显示一个或所有原子的结构信息ISOT Atomnames将指定原子转换成各向同性JOIN n Atom pairs改变原子间的键连方式KILL Atomnames删除指定的原子（或Q）LABL code size定义如何标注原子和标签的大小LINE Atom pair计算两原子间的连线LINK n Atom pair改变原子间的键连方式MATR n指定所显示图形的取向MPLN Atomnames 计算指定原子的平面和二面角NAME X1 A1重新命名原子NEXT读出SAVE指令保存的文件PACK产生晶体堆积图指定键的类型，指定键的类型，n=1：立体实线；：立体实线；2：空地实线；：空地实线；3：立体虚线；：立体虚线；4：空地虚线；：空地虚线；5：实线；：实线；6：虚线；虚线；缺省值为缺省值为1指定标签的类型，指定标签的类型，0：不标；：不标；1：没：没括号不标括号不标H；2：带括号不标：带括号不标H；3：没括号标：没括号标H；4：带括号标：带括号标H指定标签的大小，缺省值指定标签的大小，缺省值600，常用值，常用值300-500将前者改为后者，也可用将前者改为后者，也可用通用符，如通用符，如?A?表示观看或投影图形的取向，表示观看或投影图形的取向，1：沿：沿a 轴；轴；2：沿：沿b 轴；轴；3：沿：沿c 轴轴如果计算了多个平面，则还给出了如果计算了多个平面，则还给出了此平面与前几个平面的二面角；如此平面与前几个平面的二面角；如果改用果改用MPLN/n，则可计算出重叠，则可计算出重叠较少，较清楚的图形取向较少，较清楚的图形取向材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益指 令含 义PBOX w d xc yc zc定义格子宽度、深度和中心坐标 PROJ cell显示旋转目标图形PUSH dx dy dz sign移动原子坐标SAVE filename保存文件SGEN s Atomnames根据对称操作码产生新原子SYMM显示该结构的所有对称操作码TELP s p b d keywords画、保存图形文件（plt文件）UNDO Atom pair删除指定原子间的键连UNIQ Atomnames独立出指定原子所在的单元VIEW filename显示TELP指令保存的文件通常为缺省值通常为缺省值0.5、0.5、0.5宽度，通常上下宽度，通常上下为左右的为左右的0.75以以cm为单位的点为单位的点距，缺省值为距，缺省值为50观察晶胞或堆积图加之观察晶胞或堆积图加之坐标变量坐标变量标识码，必标识码，必须为须为+1或或-1 也类似于也类似于MOVE，在在XP中代替中代替INVI对称操作码，由对称操作码，由ENVI指令得到指令得到用度表示的立体视角，用度表示的立体视角，常用常用0：为一维图：为一维图画热椭球的画热椭球的probability,负值为热椭球负值为热椭球键线的宽度，缺省值为键线的宽度，缺省值为0.05深度深度特定关键词特定关键词cell，可在图上，可在图上加上单元晶胞，画晶胞和加上单元晶胞，画晶胞和堆积图时前几项可省略堆积图时前几项可省略注：注：Atomnames等可用通用符等可用通用符“？”来表示一个字符；或用来表示一个字符；或用Cm to Cn来表示连续排列的来表示连续排列的Cm到到Cn；或用；或用$C、$Q、$H等表示同一类原子等表示同一类原子材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益计算平面和二面角：计算平面和二面角：MPLN C1 C2 O4 N3 N4ent MPLN C5 TO O8 ent MPLN C1 TO C12 ent 显示平面方程、显示平面方程、原子到平面的距原子到平面的距离、二面角、直离、二面角、直线和平面间的夹线和平面间的夹角等角等 信息信息 计算计算-堆积作用：堆积作用：CENT/X C1 TO C6 ent ENVI X1A 2 ent SGEN 2564 C1 TO C6 ent CENT/X C1A TO C6A ent LINE X1A X1B ent MPLN C1 TO C6 ent MPLN C1A TO C6A ent 产生苯环（产生苯环（C1-C6）的）的中心中心X1A显示显示X1A周围周围为为 2 距离内的原子及距离内的原子及其操作码其操作码 产生新的原子产生新的原子C1A-C6A可获得苯环的平面方可获得苯环的平面方程、中心到平面的距程、中心到平面的距离、环上离、环上C到另一环到另一环平面的距离、二面角、平面的距离、二面角、中心连线与平面的夹中心连线与平面的夹角中心间的距离等角中心间的距离等ENVI X1A 2 ent 材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益画画-堆积作用图：堆积作用图：CENT/X C1 TO C6 ent ENVI X1A 2 ent SGEN 2564 C1 TO C6 ent CENT/X C1A TO C6A ent LINK X1A X1B ent TELP ent DRAW Pai ent KILL 无关的原子无关的原子ent(或用或用uniq、fuse等指令）等指令）Pai.pltX1AX1BC1AC6A材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益二、常用的二、常用的XL指令指令 指 令含 义ACTA产生cif文件AFIX将原子坐标强制性地固定在指定位置上，或在指定位置上产生原子ANIS将各向同性换成各向异性精修BOND计算键长、键角(加$H包括H的键长、键角)BIND计算指定原子对的键长、键角CONF计算扭转角DELU限制指定原子具有相似的位移参数DFIX限定指定原子对间的距离EADP给两个或多个原子指定相同的位移参数材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益指 令含 义END指令输入结束EQIV提供分子内或分子间键合原子的对称操作码ESEL限制E值的下、上限EXTI对晶体消光效应参数进行精修EXYZ让两个或多个原子具有相同的坐标FLAT限制指定原子在相同的平面上FMAP所计算Fourier图的类型FREE不计算指定原子对的键长、键角FVAR全比例系数HFIX限制H原子在理想位置上HKLF衍射数据的格式HTAB计算氢键材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益指 令含 义ISOR限制指定原子的位移参数类似于各向同性L.S.指定XL中用最小二乘法进行精修的轮数LATT晶格的类型.依次为:P I R F A B C,无心为负值MOVE移动或转换坐标MPLA计算平面OMIT忽略指定的衍射点或限定theta角范围PART划分成键原子的范围（用于无序结构）PLAN计算和列出Q峰的数目SFAC晶体中存在的原子的种类SIMU限制指定范围内的原子有相同的位移参数SIZE晶体的大小 材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益指 令含 义SYMM所属空间群的对称操作TEMP衍射数据收集的温度TITL样品的编号（或名称）和空间群UNIT晶胞中每种原子的总个数WGHT指定所用权重ZERR晶胞中分子个数和晶胞参数的标准偏差材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益 如果在精修过程中，如果在精修过程中，U值急剧增大，说明该原值急剧增大，说明该原子并非存在子并非存在 如果如果U偏大，该位置可能是一个更轻的原子偏大，该位置可能是一个更轻的原子 如果如果U偏小，则可能是一个更重的原子偏小，则可能是一个更重的原子 还要注意残余峰的大小，如果其大于还要注意残余峰的大小，如果其大于1就应考就应考虑是不是还有未发现的非氢原子虑是不是还有未发现的非氢原子 在在Edit.insEdit.ins文件中加文件中加ANISANIS指令指令,用用XLXL进行进行,这样可这样可更确切地表达电子云的真实分布情况，所以更确切地表达电子云的真实分布情况，所以R R1 1值值会明显下降会明显下降 B 对所有的非氢原子进行各向异性精修对所有的非氢原子进行各向异性精修材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益可用可用Flack参数（参数（cifcif文件中）来确定绝对结构文件中）来确定绝对结构 其值接近于其值接近于0，且标准偏差很小，且标准偏差很小(大于大于0.30.3表示没表示没有足够强的反常散射能力有足够强的反常散射能力,绝对构型不能确定绝对构型不能确定)时，表时，表示正确；如果等于或非常接近于示正确；如果等于或非常接近于1，且标准偏差很小，且标准偏差很小，则表示此绝对结构是错误的，其倒反结构则表示此绝对结构是错误的，其倒反结构 才是正确才是正确的的。方法是：。方法是：在在ins文件中加入指令文件中加入指令“MOVE 1 1 1 -1”，再精修，再精修对于非中心对称的空间群对于非中心对称的空间群材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益 例外的例外的7个极性空间群的反转指令：个极性空间群的反转指令：Fdd2 move 0.25 0.25 1 1I41 move 1 0.5 1 1I4122 move 1 0.5 0.25 1I41md move 1 0.5 1 1I41cd move 1 0.5 1 1I-42d move 1 0.5 0.25 1I4132 move 0.25 0.25 0.25 1材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益 对于具有确定立体结构的有机基团，可采用对于具有确定立体结构的有机基团，可采用理论加氢；对于无法理论加氢的，如水分子，可理论加氢；对于无法理论加氢的，如水分子，可从差值从差值Fourier图中找出氢原子，参加精修的情况图中找出氢原子，参加精修的情况视视 数据的质量而定数据的质量而定 计算计算/指认并精修氢原子指认并精修氢原子理论加氢的方法理论加氢的方法HFIX mn 需加氢原子名（产生需加氢原子名（产生AFIX固定）固定）m 是一或两位数，指定氢的类型：是一或两位数，指定氢的类型：=1 叔叔-H，=2 仲仲-H，=3（或（或13）伯伯-H，=4 芳芳-H，=8（或（或14）X-O-H，=9 X=CH2或或X-NH2，=15 笼状笼状B-H材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益n 是一位数，指定固定的类型：是一位数，指定固定的类型：=1 坐标、占有率、位移因子固定，坐标、占有率、位移因子固定，=2 占有率、位移因子固定，占有率、位移因子固定，=3（或（或7）坐标固定，坐标固定，=4 同同3，但允许修正，但允许修正X-H的键长（方向固定）的键长（方向固定）进行进行XL精修精修,然后检查然后检查H加的是否合理，如不合理，加的是否合理，如不合理，修改不合理的部分，再用修改不合理的部分，再用XL继续精修继续精修材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益2.CIF文件文件 上世纪上世纪90年代初，为了方便晶体常数通过计算年代初，为了方便晶体常数通过计算机和网络传输和存取，国际晶体学会建立了一套晶机和网络传输和存取，国际晶体学会建立了一套晶体学信息文件（体学信息文件（crystallographic information file，简称，简称cif）标准）标准*CIF格式简介：格式简介：cif为为ASCII码文件，只允许使用普通键盘上的字符码文件，只允许使用普通键盘上的字符其它字符必须用特定的代码表示，每行要小于其它字符必须用特定的代码表示，每行要小于80字符字符不需使用斜体、粗体、下划线等，如果需要，它不需使用斜体、粗体、下划线等，如果需要，它能自动识别转换，如空间群等能自动识别转换，如空间群等指定单位的数据，不需加单位指定单位的数据，不需加单位WORD等文字处理软件的文件须存为纯文体文件等文字处理软件的文件须存为纯文体文件材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益cif文件的术语：文件的术语：text string 数据串，数据串，由空格、引号或分号为起止符由空格、引号或分号为起止符data name 数据串名称，数据串名称，以下划线以下划线“_”开头开头data item 数据项，数据项，不以不以“_”开头、紧接名称的数据串开头、紧接名称的数据串data loop 数据环，数据环，若干数据名称，前冠以若干数据名称，前冠以“loop _”,后跟多行的数据表后跟多行的数据表data block 数据块，数据块，数据名称、项数据名称、项(也可为环也可为环)的集合的集合cif格式的性质：格式的性质：A.在数据环中，名称及项的次序并不重要，块亦然在数据环中，名称及项的次序并不重要，块亦然B.每个数据名称必跟数据项，如没有应加每个数据名称必跟数据项，如没有应加“？”材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益C.在在CIF中，可增加一些需要的数据，中，可增加一些需要的数据，书写格式为：书写格式为：由空格限定的数据串中间不能有空格。如：由空格限定的数据串中间不能有空格。如：_diffrn_ambient_temperature 293 (2)_diffrn_radiation_wavelength 0.71073 _diffrn_radiation_type MoKa 由单引号限定的数据串中可有空格，但不能超过一行由单引号限定的数据串中可有空格，但不能超过一行_computing_structure_solution SHELXS-97(Sheldrick,1990)_computing_structure_refinement SHELXL-97(Sheldrick,1997)由分号限定的数据串中可有空格，也可超过一行由分号限定的数据串中可有空格，也可超过一行_refine_ls_weighting_details calc w=1/s2(Fo2)+(0.0745P)2+0.0000P 材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益_refine_special_details;Refinement of F2 against ALL reflections.The weighted R-factor wR and goodness of fit S are based on F2,conven-tional R-factors R are based on F,with F set to zero for nega-tive F2.The threshold expression of F2 2sigma(F2)is used only for calculating R-factors(gt)etc.and is not relevant to the choice of reflections for refinement.R-factors based on F2 are statistically about twice as large as those based on F,and R-factors based on ALL data will be even larger.;特殊的格式或符号有特定的书写规定：特殊的格式或符号有特定的书写规定：3和和3分别表示分别表示3 是上下标是上下标%A=A,%=,s=,p=,m=,q=,w=,f=材料科学与化学工程学院材料科学与化学工程学院 上一页上一页下一页下一页为了规范事业单位聘用关系，建立和完善适应社会主义市场经济体制的事业单位工作人员聘用制度，保障用人单位和职工的合法权益计算机能把计算机能把cif文件完全机械化地