分子对接与全局最优化方法课件.ppt
关于分子对接与全局最优化方法现在学习的是第1页，共29页分子对接v配体受体的相互作用v结合自由能的理论计算v优化方法现在学习的是第2页，共29页配体与受体的相互作用v生理过程与其有关v生物大分子与大分子之间v小分子与生物大分子之间v蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间现在学习的是第3页，共29页结合自由能的理论计算v静电相互作用v氢键相互作用v范德华相互作用v疏水作用现在学习的是第4页，共29页结合自由能的理论计算v几何形状互补v静电相互作用互补v氢键作用互补v疏水作用互补现在学习的是第5页，共29页几种计算方法v分子动力学v自由能微扰方法(FEP)v经验计算方法现在学习的是第6页，共29页自由能的经验计算方法(Autodock)现在学习的是第7页，共29页自由能的经验计算方法(Autodock)现在学习的是第8页，共29页网格能量(Grid Map)v近似计算v利用计算好的参数v三线性插值现在学习的是第9页，共29页现在的问题和今后的方向v溶剂化效应、水分子、柔性问题v精确的计算和计算时间的问题v表面计算v数据库现在学习的是第10页，共29页Autodock的处理vPdb文件的准备http:/www.rcsb.org/pdb/v小分子的准备现在学习的是第11页，共29页分子处理v文件格式：pdb,mol2,mol,pdbqv优缺点v各种软件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hyperchem等等现在学习的是第12页，共29页babelv转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。v使用方法：babel ipdb 文件名-h/-d-omol2 文件名vWendows界面babelwin现在学习的是第13页，共29页Chemofficev画小分子的三维结构(由分子式转化)v计算其最小能量构形v用PM3或者AM1计算原子电荷或者其他参数现在学习的是第14页，共29页处理蛋白质程序weblab viewerv显示格式v加氢减氢v氨基酸显示v去水v除去小分子现在学习的是第15页，共29页显示格式现在学习的是第16页，共29页加氢减氢v利用play scriptvSetProperty Atom element=Oxygen:select=onvSetProperty Atom element=Sulfur:select=onvSetProperty Atom element=Nitrogen:select=onvHydrogens Add现在学习的是第17页，共29页多种显示模式vNew Hierarchy WindowvNew Data Window现在学习的是第18页，共29页去水现在学习的是第19页，共29页除去小分子现在学习的是第20页，共29页全局优化方法vSAvGA-NGAvTabu-Search现在学习的是第21页，共29页Tabu-Search现在学习的是第22页，共29页新的发展vReactive Tabu SearchvEnhanced Continuous Tabu SearchvContinuous Reactive Tabu Search现在学习的是第23页，共29页缺点v初始解具有较强的依赖性v单-单操作现在学习的是第24页，共29页与NGA的结合v现在的做法：在NGA计算到减少Scale的时候，把最好的值作Tabu Search，TS时sacle也是逐步减少，到一定步数时如果数值不见好的话，就跳回到最好的地方重新开始。v缺点现在学习的是第25页，共29页计算结果计算次数NGANGA-TS计算结果所用时间(s)计算结果所用时间(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963现在学习的是第26页，共29页现在学习的是第27页，共29页讨论重点v找到一个比较好的结合方法v初步的设想:作为局部搜索v不浪费计算时间又能逃出局部最优现在学习的是第28页，共29页感感谢谢大大家家观观看看01.04.2023现在学习的是第29页，共29页
