GEO数据库使用.ppt

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GEO数据库使用GEO IntroductionGEO:GSM(样本编号）样本编号）,GLP（检（检测平台）测平台）,GSE（基因数据结果）（基因数据结果）Loading GEO datasetGSE41804_familyGSE41804_series_matrix基因表达的分析基因表达的分析确定要分析的基因，列出该基因mRNA的NCBI标记号如NM_101523，有的基因有多个转录本，可能有多个mRNA标记号。在下载的GEO数据库family.soft表中搜索该基因的标记号确定该基因对应的基因芯片号。用该基因芯片号在GEO数据库series_matix表中搜索该芯片号对应的所有样本的荧光信号值即基因表达值。分析不同样本中该基因的表达差异。根根据据样样本本数数据据确确定定该该基基因因的的高高表表达达组组和和低低表表达达组组，进行相应的数据分析。进行多个基因的表达相关性分析。

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