蛋白质化学8-蛋白质的分子构象.ppt

蛋白质分子基础蛋白质分子基础蛋白质分子构象蛋白质分子构象蛋白质分子构象的链接王志珍，蛋白质的折叠：“破译第二遗传密码”中国科普网蛋白质的空间结构和功能蛋白质的结构及其功能蛋白质的结构及其功能http:/ProteinStructureTerminologyhttp:/www.med.unibs.it/marchesi/pps97/course/section9/9_term.html概述概述蛋白质的结构层次基本结构：一级结构是由多肽链的氨基酸排列顺序组成的；是一维的由肽键组成的结构。高级结构（指多肽链的三维构象）：结构层次由简单到高级分为：a.二级结构：是指由多肽链组成的主链骨架形成的构象。它是由氢键维持的局部的有规则的构象。主要组成形式有：-螺旋、-折叠等。b.三级结构：是由多肽链通过盘旋、折叠而形成的紧密的、借助各种次级键而维持的球状构象。c.四级结构：由多个多肽链组成的有的蛋白质由多条肽链组成，每条肽链称为亚基，亚基之间又有特定的空间关系，称为蛋白质的四级结构。蛋白质的结构层次蛋白质的结构层次一般认为，蛋白质的一级结构决定二级结构，二级结构决一般认为，蛋白质的一级结构决定二级结构，二级结构决定三级结构。定三级结构。肽和肽键肽和肽键肽和肽键肽和肽键A.A.肽（肽（peptidepeptide）AAAA的的-COOH-COOH和和AAAA的的-NH-NH3 3脱水后形成的化合物称为肽。脱水后形成的化合物称为肽。B.B.肽键（肽键（peptide bondpeptide bond）肽肽 RCOCHNHA.A.肽（肽（peptidepeptide）AAAA的的-COOH-COOH和和AAAA的的-NH-NH3 3脱水后形成的化合物称为肽。脱水后形成的化合物称为肽。天然存在的重要多肽天然存在的重要多肽具有特殊的生理功能的多肽具有特殊的生理功能的多肽活性肽。活性肽。如：脑啡肽；激素类多肽；抗生素类多肽；如：脑啡肽；激素类多肽；抗生素类多肽；谷胱甘肽；蛇毒多肽等。谷胱甘肽；蛇毒多肽等。天然存在的活性肽天然存在的活性肽还原型谷胱甘肽还原型谷胱甘肽(GSH)(GSH)氧化型氧化型(GSSG)(GSSG)CONHCHCONHCH2COOHCH2CH2GluCysGlyCH2SHSCHNH2SCOOHGluCysGly2GSHGSSG催产素催产素升压素升压素天然存在的活性肽天然存在的活性肽蛋白质一级结构的立体结构原理蛋白质一级结构的立体结构原理蛋白质一级结构蛋白质一级结构蛋蛋白白质质分分子子中中各各多多肽肽链链的的氨氨基基酸酸残残基基序序的的排列顺序排列顺序共价键：共价键：二硫键二硫键 disulfide bond disulfide bond 肽肽 键键 peptide bondpeptide bond蛋白质中的二硫键蛋白质中的二硫键MW=5734MW=5734；由由A A（2121个个AAAA，1111种种），B B（30AA30AA，1616种种）组组成成，并并通通过过CysCys连连结结两对两对-S-S-S-S-；A A链第链第6 6和和1111的的CysCys通过通过-S-S-S-S-连接成链内小环。连接成链内小环。肽键的结构参数肽键的结构参数 CHR1COCHNHR2COCHNHR3COCHNHRnCO-OHH2NCONH肽键键长0.133nm,小于C-N键的键长(0.147nm),比C=N双键长。所以，肽键具有部分双键的性质，不能自由旋转。肽单位平面结构肽单位平面结构肽肽平平面面：在在蛋蛋白白质质或或者者多多肽肽当当中中，连连接接两两个个氨氨基基酸酸的的肽肽键键是是一一个个部部分分双双键键，不不能能自自由由旋旋转转，因因此此，肽肽单单位位上上的的六六个个原原子子：前前后后两两个个-碳碳原原子子、N-H和和C=O在在C-N位位于于一一个个刚刚性性平平面面上上，形形成成稳稳定定的的反反式式构构性性，它它造造成成多多肽肽链链折折叠叠的的空空间间限制的因素之一。限制的因素之一。肽单位的刚性平面结构肽单位的刚性平面结构 CHR1COCHNHR2COCHNHR3COCHNHRnCO-OHH2NC-C-N-COH1在一个平面上肽单位的刚性平面结构肽单位的刚性平面结构C-NCOHCHCC-NOC顺式反式由于反式构型的能量比顺式的能量低，所以在蛋白质中(除含Pro的肽外)，多肽链大部分的肽单位都是反式的结构。肽键带有双键的性质，主链上肽键带有双键的性质，主链上1/3的键不能自由旋转；这的键不能自由旋转；这也是造成也是造成多多肽链折叠的空间限制的因素之一。肽链折叠的空间限制的因素之一。肽单位形成的二面角肽单位形成的二面角影响二面角的因素在二肽单位中,CN和CC的旋转会受到-碳原子上R侧链的空间阻碍。在相邻的两个肽平面上，两个羰基氧原子之间、两个亚氨基氢原子之间或羰基氧原子和亚氢原子之间，会发生空间障碍。蛋白质二级结构蛋白质二级结构蛋白质二级结构蛋白质二级结构二级结构是指多肽链借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性的结构的构象，是多肽链局部的空间结构（构象），主要有螺旋、折叠、转角等几种形式，它们是构成蛋白质高级结构的基本要素。-螺旋螺旋螺旋样盘卷前进螺旋样盘卷前进,3.6个个Aa/螺圈螺圈,上升上升0.54nm；Aa间的距离为间的距离为0.15nm;Aa侧链向外，螺旋稳侧链向外，螺旋稳定性靠氢键维系；定性靠氢键维系；=-57o;=-47o;O H -C-NH-CHR-CO-3 N-Aa1Aa1的酰胺基团的的酰胺基团的-CO-CO基与基与Aa5Aa5酰胺基团的酰胺基团的-NHNH基形成链内氢键。基形成链内氢键。-螺旋螺旋(3.613)生物体中大部分生物体中大部分-螺旋螺旋是是右手螺旋右手螺旋。此螺旋。此螺旋比比较稳较稳定。定。-螺旋的不稳定因素螺旋的不稳定因素R R基团带同种电荷，基团带同种电荷，LysLys、GluGlu、AspAsp等；等；R R基团较大时造成空间位阻，如基团较大时造成空间位阻，如IleIle；多多肽肽链链中中有有ProPro或或HO-ProHO-Pro，helixhelix中中断断，产产生生结节结节kinkkink；大大量量存存在在GlyGly时时，二二面面角角的的与与角角可可以以任任意意取取值，因此也形成不了值，因此也形成不了螺旋。螺旋。折叠两条或多条几乎完全伸展的肽链通过链间两条或多条几乎完全伸展的肽链通过链间的氢键交联而形成的。的氢键交联而形成的。肽链的主链呈锯齿状折叠构象肽链的主链呈锯齿状折叠构象平行平行式式反平行反平行式式在在-折叠中，折叠中，R R基团处于基团处于折叠平面的两侧折叠平面的两侧，两个，两个AAAA之间的轴心距为之间的轴心距为0.350.35nmnm；肽链主链上羰基碳与氨基上的氢形成氢键；肽链主链上羰基碳与氨基上的氢形成氢键；-折叠有两种类型折叠有两种类型:平行式，反平行式。平行式，反平行式。反平行式比平行的反平行式比平行的-折叠更稳定，因为它形成的折叠更稳定，因为它形成的氢键三个原子几乎在一条直线上，此时氢键力量氢键三个原子几乎在一条直线上，此时氢键力量最强，所以反平行式的结构更稳定。最强，所以反平行式的结构更稳定。大多数蛋白质中的大多数蛋白质中的-折叠是向右手扭曲的。折叠是向右手扭曲的。-折叠折叠-转角转角由四个由四个AaAa组成组成;弯曲处的弯曲处的Aa1Aa1的的 -C=O-C=O 和和Aa4N-H Aa4N-H 之间形成氢之间形成氢键，形成一个不很稳定的环状结构键，形成一个不很稳定的环状结构(3(31010)。无规则卷曲无规则卷曲没有一定规律的松散结构，通常没有一定规律的松散结构，通常酶的活性中心酶的活性中心常处在常处在这一构象区域里。这一构象区域里。超二级结构超二级结构超二级结构超二级结构是介于蛋白质二级结构和三级结构之间的空间结构,指相邻的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，排列形成规则的、在空间结构上能够辨认的二级结构组合体，并充当三级结构的构件，其基本形式有、和等。多数情况下只有非极性残基侧链参与这些相互作用,而亲水侧链多在分子的外表面。结构域结构域结构域结构域在在一一个个蛋蛋白白质质分分子子或或亚亚基基中中，多多肽肽链链常常折折迭迭成成二二个个或或几几个个紧紧实实的的局局部部单单位位，这这些些彼彼此此分分隔隔的的单单位位多多为为紧紧密密的的球球状状构构象象、彼彼此此分分开开，并由松散的肽链相连，这些结构称为结构域。并由松散的肽链相连，这些结构称为结构域。三级结构三级结构三级结构是指整条多肽链通过盘旋、折叠，形成的由二级结构元件构建成的总三维结构，包括一级结构中相距远的肽段之间的几何相互关系,骨架和侧链在内的所有原子的空间排列。三级结构特定的空间构象是由氢键、离子键、偶极与偶极间的相互作用、疏水作用等作用力维持的，疏水作用是主要的作用力。有些蛋白质还涉及到二硫键。如果蛋白质分子仅由一条多肽链组成，三级结构就是它的最高结构层次。鲸鲸肌肌红红蛋蛋白白 卟啉铁卟啉铁肌红蛋白分子量为17000。是一条包含153个氨基酸的多肽链。具有一个血红素，位于血红素分子的扁圆盘的孔穴中。75%-80%是-螺旋，其余为无规则卷曲。由8个螺旋段组成。血红素处于疏水的空穴中，血红素的Fe2+可以和4个吡咯环的N原子配对，还与血红蛋白中的His的咪唑基相配位；第六个位置可以和O2可逆地结合。达到运输和储藏O2的目的。稳定三级结构的作用力稳定三级结构的作用力A.蛋白质的疏水侧链为避开水相，聚集在一起形成一个疏水内核。由于非极性侧链的疏水作用，可以使多肽链折叠、盘旋，从而形成一个内含疏水核、外包亲水壳的球状的紧密构象。B.带正电和带负电的侧链会发生静电吸引，产生离子键。C.蛋白质分子中，羰基氧和亚氨基氢原子等相互作用产生的氢键。D.两个半胱氨酸的侧链-SH生成的二硫键。氢键离子键离子键蛋白质三级结构的形成A.蛋白质的一级机构决定蛋白质的三级结蛋白质的一级机构决定蛋白质的三级结构；肽链的折叠是自发的，至今尚未发现构；肽链的折叠是自发的，至今尚未发现有控制与指导肽链折叠的指令或密码。有控制与指导肽链折叠的指令或密码。B.蛋白质的折叠。蛋白质的折叠。蛋白质通过蛋白质通过成核成核-折卷折卷-凝集凝集等过程形成致密等过程形成致密的三级结构。的三级结构。C.手性效应。手性效应。生物体中氨基酸多为生物体中氨基酸多为L-型氨基酸型氨基酸;蛋白质二级结构中蛋白质二级结构中-螺旋与-折叠多为向右扭曲。折叠多为向右扭曲。磷酸丙糖异构酶和丙酮酸激酶的三级结构磷酸丙糖异构酶和丙酮酸激酶的三级结构膜蛋白质的特殊构象膜蛋白质的特殊构象膜内嵌蛋白的构象由于膜内嵌蛋白质镶嵌在疏水的脂质双层由于膜内嵌蛋白质镶嵌在疏水的脂质双层结构中，很多是多个跨膜的结构中，很多是多个跨膜的-螺旋。与在螺旋。与在水水环环境中的蛋白境中的蛋白质质相反，相反，膜内嵌蛋白膜内嵌蛋白质质的的疏水表面是暴露在分子的表面上的，而疏水表面是暴露在分子的表面上的，而亲亲水水侧链侧链被安排在分子的内部。被安排在分子的内部。这这有利于蛋有利于蛋白白质质分子与脂双分子与脂双层结层结构的构的结结合。合。四级结构四级结构蛋白质的四级结构蛋白质的四级结构由多条具有三级结构的肽链通过非共价由多条具有三级结构的肽链通过非共价键连接起来的结构形式键连接起来的结构形式由多个亚基聚集而成的蛋白质常常称为由多个亚基聚集而成的蛋白质常常称为寡聚蛋白；寡聚蛋白；寡聚蛋白中，最小的单位通常称为亚基寡聚蛋白中，最小的单位通常称为亚基或亚单位或亚单位Subunit，它一般由一条肽链构，它一般由一条肽链构成，无生理活性；成，无生理活性；维持亚基之间的化学键主要是次级键维持亚基之间的化学键主要是次级键(疏疏水作用、氢键、范德华引力）。水作用、氢键、范德华引力）。蛋白质的四级结构蛋白质的四级结构四级结构的内容：四级结构的内容：亚基的数目亚基的数目4条条种类种类2种种亚基的立体分布亚基的立体分布球形球形亚基的相互作用亚基的相互作用次级键次级键血红蛋白血红蛋白亚基单独没有生物功能亚基单独没有生物功能四四亚基两两相同，分别称为亚基两两相同，分别称为1、2、1、2；血红蛋白的四级结构血红蛋白的四级结构v肌红蛋白肌红蛋白 血红蛋白血红蛋白 血红蛋白血红蛋白v氨基酸序列大不相同，功能相似（载氧），结构相氨基酸序列大不相同，功能相似（载氧），结构相似似v结构决定功能结构决定功能四级结构具有的优越性四级结构具有的优越性复杂的四级结构可以执行更复杂的功能。复杂的四级结构可以执行更复杂的功能。四级结构可以通过相同或者不同亚基之间的协同作用，四级结构可以通过相同或者不同亚基之间的协同作用，实现对蛋白质功能的调节。实现对蛋白质功能的调节。四级结构可以某些功能蛋白质集合在一起，可以加快执四级结构可以某些功能蛋白质集合在一起，可以加快执行效率，避免中间产物的浪费。行效率，避免中间产物的浪费。四级结构可以聚合成一定的集合形状，可以执行复杂的四级结构可以聚合成一定的集合形状，可以执行复杂的功能。功能。球蛋白聚合为四级结构可以适当降低溶液的渗透压。球蛋白聚合为四级结构可以适当降低溶液的渗透压。球蛋白分子结构的一般规律球蛋白分子结构的一般规律大多数具有生物活性的蛋白质，都是近似大多数具有生物活性的蛋白质，都是近似球形。大多数蛋白质球形。大多数蛋白质(除膜蛋白外除膜蛋白外)，将疏，将疏水侧链埋藏在分子内部，形成疏水核，使水侧链埋藏在分子内部，形成疏水核，使多肽链形成致密的球形。亲水性侧链在表多肽链形成致密的球形。亲水性侧链在表面，形成水合层，使蛋白质溶于水。面，形成水合层，使蛋白质溶于水。在球蛋白分子或亚基表面上，通常有一个在球蛋白分子或亚基表面上，通常有一个疏水的裂隙。裂隙的周围分布着很多疏水疏水的裂隙。裂隙的周围分布着很多疏水侧链。这些裂隙通常是活性部位，能容纳侧链。这些裂隙通常是活性部位，能容纳不同数目的配体。不同数目的配体。球蛋白都有明显的结构层次，即球蛋白都有明显的结构层次，即一级结构一级结构-二级结构二级结构-超二级结构超二级结构-结构域结构域-三级结构三级结构-四级结构四级结构球状蛋白结构具有高度专一和灵活的结构。每种蛋白质都具有区别于其他蛋白质的独特的三级和四级结构。在执行功能的过程中，这些结构可以发生一系列的构象变化，去实现自己的生理生化活性。蛋白质空间结构的研究方法蛋白质空间结构的研究方法主要方法：主要方法：X X衍射法衍射法(Xray diffraction method(Xray diffraction method）其他方法：其他方法：核磁共振（核磁共振（nuclear magnetic resonance nuclear magnetic resonance speefroscopyspeefroscopy）,圆二色性（圆二色性（circular circular dichroismdichroism）,荧光偏振等。荧光偏振等。