化学绘图软件中文使用说明.pdf

A C D/C h e m S k e t c hV e r s i o n 5.0 f o r M i c r o s o f t W i n d o w s用户指南该软件用于画化学结构式和图形图象Win!See contestdetails inside.本书版权归A C D公司所有。1 994-2 0 0 1A C D/L A BS 是A C D公司商标M i c r o s o f t 是注册商标,W i n d o w s 是微软公司商标I BM 是国际商用机器公司注册商标。本书中提到的所有商标均属于其拥有者。所有的商标均是被许可的。本说明书中内容可能不在任何通告下进行改变，公司对以下情况不承担责任，包括但不限于商业或任何其他特殊用途。公司对使用该说明书而直接、间接、专门、附带的和因此而引起的任何错误不承担责任。A d v a n c e d C h e m i s t r y De v e l o p m e n t I n c。C o p y r i g h t?1 994-2 0 0 0 A d v a n c e d C h e m i s t r y De v e l o p m e n t I n c.A l l r i g h t s r e s e r v e d.A C D/L a b s i s a t r a d e m a r k o f A d v a n c e d C h e m i s t r y De v e l o p m e n t I n c.M i c r o s o f t i s a r e g i s t e r e d t r a d e m a r k a n d W i n d o w s i s a t r a d e m a r k o f M i c r o s o f tC o r p o r a t i o n.I BM i s a r e g i s t e r e d t r a d e m a r k o f I n t e r n a t i o n a l Bu s i n e s s M a c h i n e s C o r p o r a t i o n.A l l t h e o t h e r t r a d e m a r k s m e n t i o n e d w i t h i n t h i s M a n u a l a r e t h e p r o p e r t y o f t h e i rr e s p e c t i v e o w n e r s.A l 1 t r a d e m a r k s a r e a c k n o w l e d g e d.I n f o r m a t i o n i n t h i s d o c u m e n t i s s u b j e c t t o c h a n g e w i t h o u t n o t i c e a n d i s p r o v i d e d a s i s w i t h n o w a r r a n t y o A d v a n c e d C h e m i s t r y De v e l o p m e n t I n c.m a k e s n o w a r r a n t yo f a n y k i n d w i t h r e g a r d t o t h i s m a t e r i a l,i n c l u d i n g,b u t n o t 1 i m i t e d t o,t h ei m p l i e d w a r r a n t i e s o f m e r c h a n t a b i l i t y a n d f i t n e s s f o r a p a r t i c u l a r p u r p o s e 。A d v a n c e d C h e m i s t r y De v e l o p m e n t I n c.s h a l l n o t b e l i a b l e f o r e r r o r s c o n t a i n e dh e r e i n o r f o r a n y d i r e c t,i n d i r e c t,s p e c i a l,i n c i d e n t a l o r c o n s e q u e n t i a l d a m a g e si n c o n n e c t i o n w i t h t h e u s e o f t h i s m a t e r i a l.目 录1.引言.81.1 什么是ACD/ChemSketch.81.3 ChemSketch 5.0版本新增 内容.101.4 4.5版本中新增内容.111.5 关于本指南.121.6 有用的定义.131.7 演示版.131.8 免费版.141.9 更多信息.151.9.2 如何与我们联络：.161.9.3 网上升级软件一New to 5.0!.162.ACD/ChemSketch 基础.172.1 概要.172.2 启动 ACD/ChemSketch.172.5 结构模式和绘图模式.202.6 退出.243.画简单的结构：.253.1 简介.253.2 画原子.化学键和标签.253.2 使用常用画图工具.253.2.6使用连续画图工具.283.2.7拖动鼠标画图.293.2.8使用擎褰都(Clean)命令.293.2.9使用立体键、配位键和非定义化学键工具.303.2.2 编辑原子标签.303.2.H 使用画链工具.313.3 翻转结构.323.4 选择、旋转和3D旋转.333.5 输出.343.5.1 将结构式存为MDLMolfile格式.353.5.2 打印.353.5.3 将结构式插入文件中.363.6 清理屏幕.374.ACD/1-Lab 基础.384.1 主要内容.384.2 概要.384.3 连接选项.394.4 非用户登陆(Guest Acess).414.5 计算(Perform Calculations).414.6 Ilab 免费密码(Demo Kevs).434.6.1 如何获得免费密码(Demo Kev).454.7 注册(Registering).454.8 激活I-Lab帐户.474.9 登陆(Logging In).485.画更复杂的结构.495.1 概要.495.2 使用基团表.495.3 使用环结构.505.4 删除原子和化学基团.515.4.1 依次删除原子：.525.4.2 一次删除所除原子：.525.5 替换原子.525.6 设定双键和叁键.535.7 标定电荷和定义阳离子与阴离了.545.8 改变原子性质.556.超级结构.简化线性分子式和化学反应式.576.1 概要.576.2 2D 优化.576.2.1 创建环烷煌结构.576.2.2 面环形的氨基酸.586.3 简化线性分子式(SMILES Notations)-New to 5.0!.606.3.1 创建简化线性分性分(SMILES).606.3.2 从简化线性分子式(SMILES Notations)创建结构式.6164 3D 优化.626.4.1 创建双 2,2,21环己烷结构.636.4.2 创建三将军结构.646.4.3 创建-个库班(Cubane).656.4.4 创建一个十二面体结构.676.5 画反应式(Drawing a Reaction Scheme).707.高级画法：模型.727.1 主要内容.727.2 概要.727.3 画结构式的基团表.737.3.1 创建荧光胺的结构.737.4 快速模型工具.757.5 来自模型窗口的模型.767.5.1 创 建 个 DNA分子图象.767.6 画复杂的生物化学结构.797.6.1 创建B-麦芽糖酶(B-MRtose)结构.797.7 定义用户模型.817.7.1 模型窗口 组织者(The Template Window Organizer).817.7.2 文件.827.7.3 可提供的模型.838.创建动画物体.848.1 概要.848.2 反应能量图.84821 画一条曲线.848.2.2 修改曲线.868.2.3 画X轴和Y轴.868.3 画不同类型的轨道.888.3.1 画 p 轨道.888.3.2-i d 轨道.8 98.3.3 i wi p i 轨道.9 08.4 画真空蒸蒸装置.9 18.4.1 在图形上力【I注释(A n n o ta ti n g a D i a g r a m).9 48.5 网个双链DNA螺旋结构.9 78.6 画脂肪和胶体.1018.6.1 画脂肪.1018.7 创建广告画.1038.8 转换成 A d o b e P D F文件-N e w to 5.0!.1059 结构模式中的样式功能(S tyl e s).1069.1 概要.1069.2 改变化学结构的样式.1069.2.1 应用杂志样式(A p p l yi n g a J o ur n a l S tyl e).1089.2.2 为发为文章做准备.1099.3 创建样式.1099.3.1 用户定义样式:糖.1109.3.2 用户定义样式：磷盐.1119.3.3 用户定义样式：碱.1119.3.4 用户定义样式：强调.1139.4 应用现有的样式.1149.5 设定缺省样式.11510.画图模式中的样式.11610.1 概要.11610.2 改变物体的样式.11610.3 保存样式.11710.4 应用现有的样式.11710.5 设置缺省样式.11710.6 样式的管理.11911.计算分子性质.12011.1 概要：.12011.2 计算宏观性质.12111.2.1 菜单命令.12111.2.2 在状态栏自动显示：.12111.3 计算宏观性质的算法：.12211.3.1 摩尔体积，MV.12311.3.2 摩尔折射率.12311.3.3 等张比容.12311.3.4 密度.12311.3.5 折射率.12411.3.6 一面张力.12411.3.7 介电常数。.12411.3.8 极性.12411.3.9 单一同位素质量.标称质量和平均质量.12411.4 预测值与试验值的相关性.12511.4.1 尔折射率的预测误差分布：.12511.4.2 摩尔体积的预测误差分布：.12511.4.3 等张比容的预测误差分布：.12611.4.4 折射率的预测误差分布：.12611.4.5 密度的预测误差分布：.12711.4.6 表面张力的预测误差分布：.1271147 介电常数的预测误差分布：.12912.、特殊函数键.13012.1 概 要.13012.2 同分异构.1311221 举例.1321222 化学文献中的错误.13312.3 ACD/化学名称附件（免费）一New to 5.0!.1361231 免费的ACD/化学名称附件的局限性.13713-附件.13813.1 什么是附件？.13813.2 哪里可以得到它们？.13813.3 附件.13814.结论.1431.引言1.1 什么是ACD/ChemSketchA C D/C h e m S k e t c h 是高级化学发展有限公司（A C D）设计的用于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。该软件可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计与化学相关的报告和演讲材料。A C D/C h e m S k e t c h 有如下主要功能：结构模式：用于画化学结构和计算它们的性质。画图模式：用于文本和图象处理 分子性质模式：对以下性质进行估算：*分子量*百分组成*摩尔折射率，*摩尔体积*等张比容*折射率*表面张力*密度*介电常数*极性*单一同位素质量，标称分子量和平均分子质量A C D/C h e m S k e t c h 可以作为画图软件包单独使用，也可作为其他A C D 软件的终端使用，如N M R 预测软件。1.2附加软件通过C h e m S k e t c h 界面，还有一些A C D 附加的软件，可单击C h e m S k e t c h 界面相应的功能键启动。每次升级都将增加这些软件的数量，它们也可看作独立的软件。请与我们联系，以了解价格和供应情况。C h e m B a s i c -一种特殊的汇编语言，用户可以使用这个软件来根据自己的需要灵活地设定A C D 软件的功能（可 以从 h t t p:w w w.a c d l a b s.c o m 下载）。第 13 章，附 件”中 给 出 一 些 关 于 如 何 将 C h e m B a s i c 与C h e m S k e t c h 结合使用的实例。A C D/1-L a b -一种可以从因特网进入的化学数据库和化学性能预测软件。您 可 以 从h t t p:w w w.a c d l a b s.c o m/i l a b 进A l l a b o 从2000 年春天起，读者可以在I l a b 申请两个星期的适用期.如果您使用的是C h e m S k e t c h 4.0 或者更高版本，并有因特网连接，可以自动进入H a b.详情请参考第4章.A C D/同分异构体-检查并生成有机结构的最常见的异构体（商业版和免费版均有）。详情请参考12.2.A C D/字典-可以用来查询普通药品名称所对应的分子结构.它们包含8 5,0 0 0 个化学和生物中常见的系统和非系统命名的化合物。全部覆盖2 0 0 多个领域。包括超过5 0 0 种不同酶的名称和结构（只有商业版有）。详情请参考1 2.3.的 W ACD/免费化学名称软件-给出有机物，生化结构和无机物的I U PAC名称，这个功能是完全免费的ACDCh e m S k e t c h 附件.详情请参考1 2.4.以下功能可以与ACD Ch e m S k e t c h 配合使用，但是必须作为附件单独购买：ACD/沸点与蒸汽压预测软件 计算从0.0 0 1 毫米汞柱到1 0 个大气压下任意压力下的沸点，一般情况下精确至 U+/T 0 度或更好，详细内容请参阅“ACD/沸点与蒸汽压计算用户指南“，这是独立于Ch e m S k e t c h 的软件.ACD/西格码预测软件-显示不同原子团的H a m m e t t 类型或相关参数，独立于Ch e m S k e t c h 的 ACD/S i g m a 用户指南”中有详细记载.A C D 化学结构式软件-可以给出相应化学有机物和天然产品衍生物I U PAC名称的结构式，详情请参考独立于Ch e m S k e t c h 的 ACD/名称到结构式用户指南”.1.2 1.3 ChemSketch 5.0版本新增内容如果您是第一次使用该软件，我们建议您做一遍下面的练习。如果您已经购买（或打算购买）该软件用于升级您现有的软件，说明您已经对ACD/Ch e m S k e t c h 很熟悉了。本章我们只描述最新的功能和如何快速掌握它们。1.3.1 ACD/L a b s 基本功能 所有的ACD软件都适用于3 2-b i t 的计算机，操作系统为W i n d o w s 9 5/9 8/N T/M E/2 0 0 0,只有 ACD/I l a b 的 内 部 网 络，S G I 和S u n S o l a r i s 的产品例外.所 有A C D 软件都由A C D/H o s t 控制，允许客户设定装载，计时和自动重新装载参数.A C D 各 个 版 本 的 软 件（除 P h y sC h e m Ba tc h,L CS i m u l a to r a n d G C S i m u l a to r 以外），都具有自动检测相关A C D产品的缺省文件扩展名（例如，.sk 2,.e sp,l u d）的新功能，及至5.0 版 本，大多数A C D窗口都有F i l eAsso c i a ti o n 命 令 键（在 F I L E菜单键下）.所有的A C D软件都在帮助菜单下有一个新的功能：Bu gRe p o r t/F e a tu r e Re q u e sto如果您的计算机有因特网，选择这个功能将会直接连结到Bu g r e p o r t（故障报告）和Ne wF e a tu r e Re q u e sts（索要新功能）表格.5.0版本中很方便的一个新功能是选择文件对话框可以根据需要设定 大 小（右下脚的对话框），另外，文件和文件夹的管理也比较方便，比如：创建新文件，清除桌面上的文件，展示文件细节等等，这些功能都可以在不关闭现行的对话窗口的情况下进行.所有A CD软件都可以应用在线升级设备通过因特网升级.详情请参阅本指南L 9.3.1.3.2 C h e m S k e tc h -特殊功能 现在您可以用P D F格式保存C h e m S k e tc h 文件，进而可以在Ad o b e Ac r o b a t Re a d e r 和相关软件下使用了.您还可以将结构式以C h e m i c a l Ma r k u p L a n g u a g e （C ML）格式输出.可以将SM I L E S线性结构（简化分子线性分子式）转变成分子结构，反之亦然.（立体化学结构除外）不仅可以计算平均原子量，而且可以计算最常见的同位素的原子量.扩展了作者在线指导，并依据您最喜欢的杂志上的最新消息进行升级.新 版本有两个新的模块，并且以前的模块也都进行了更新.一个新的功能是分子结构式命名，只要点击工具栏中的相应工具键即可.详情请参阅1 2.4.立体旋转功能（3 D Ro ta ti o n a l C o n v e n ti o n）与 A C D /3D V i e w e r 相同.1.3 4.5版本中新增内容 现在可以直接在结构S T RU C T U RE 模式中找到化学反应式中用的 加 号 可 箭 头 目，这样一来，就不用再转换到画图模式去画这些符号了.在选择(Op t i o n s)菜单下的优先(Pr e fe r e n c e s)命令键下的反应R e ac t i o n 功能键可以用来选择多种不同的加号和反应键.现在在画图模式(D r aw M o d e)下画的物体可以被移到结构模式(S t r u c t u r e M o d e)下了，这使得Ch e m S k e t c h 可以用来准备复杂的报告.这个功能可以通过选择Op t i o n s?Pr e fe r e n c e s?S t r u c t u r e?S e l e c t G r ap h i c s 实现.当您选择了Cl e an 和 F l i p 功能后，立体结构可以得到控制,具体步骤是：在Op t i o n s 菜单中选择Pr e fe r e n c e s 命令键，然后点击S t r u c t u r e,然后点击对话框底部的Cl e an 和 F l i p 键前面的方框，得到对号(?).在 结 构 模 式 卜，可 以 打 开 Ch e m D r aw.CD X (*.c d x)和R E ACCS.R X N(*.r x n)文件。R NX 也是新的可支持文件格式.在4.5版本中，新的附件ACD/Nam e t o S t r u c t u r e 可以与Ch e m S k e t c h 一起使用，但是需要单独购买，详情请参阅1.2.您可以将ACD/H ab 与Ch e m S k e t c h 结合使用来通过因特网使用化学数据库进行预测.这可以通过/i t t p:/w w w.a c d l a b s.c o m/i l a b 注册，及至2 0 0 1 年春天我们推出了两周免费试用n a b 的新方法，您可以通过因特网直接进入H a b,关于如何使用I l ab,请参阅第4章.1.4关于本指南充分使用ACD/Ch e m S k e t c h ,并不需要阅读本指南。该软件如此简单易用。所以该软件并不提供详细的说明书。该指南只是帮助您开始。本指南中的练习需要1 0-6 0 分钟，这决定于您是否使用“高级技巧做完这些练习后，您就可以快速高效地使用ACD/Ch e m S k e t c h ,而不用借助任何帮助。您 也 可 以 以 动 画 形 式 看 本 指 南，该动画形式是以L o t u s Can r 形式制作的，1 9 9 8 年秋天后可以由我们的网站下载(这些动画也在我们的演示盘和安装盘上)。注意：本用户指南以电子形式提供，可使用通常使用的M i c r o s o f t W o r d?阅读。如果您找不到您需要的目录标题，请使用搜索功能查找相关的字、词语。本教材中显示的屏幕较小，在使用时是全屏显示。点击最小化按钮(位于屏幕右上角)，屏幕就变小；点击最大化按钮，返回全屏显示。屏幕显示的是软件的最新版本。我们尽最大努力保证它与您看到的一致，但也许之间有微小的差别。本说明书要求您对微软公司的窗口和鼠标操作有一定的了解。1.5有用的定义在本教程中，下列名词用于描述各种操作：指 向(P o i n t)：移动鼠标到一个物体。点击或点击左键(c l i c k o r l e f t-c l i c k)：移动鼠标到一个物体，并按下鼠标左键。点 击右键(r i g h t-c l i c k)：移动鼠标到一个物体，并按下鼠标右键。双 击(d o u b l e-c l i c k)：移动鼠标到一个物体，并迅速按下左键两次。拖动(d r a g)：当你移动鼠标时，按下并保存鼠标左键。注 意：在W i n d o w s中，默 认 的 鼠 标 键 是 左 键。您可以通过W i n d o w s中 控 制 面 板，打开鼠标对话框，将默认鼠标设定为右键(同时您也可以改变鼠标的速度和 运 动 的 性 质)。1.6演示版当运行演示版时，您首先看到的是提示您这是A C D 公司的演示版。在运行软件时，您可以经常看到这个提示。A C D/L a b s 公司的演示版对一些命令进行了限制，如保存(S a v e)复制(C o p y)、剪切(C u t)粘贴(P a s t e)和打印(P r i n t)o如果您在演示版中使用这些受限制的命令，将出现一个对话框提示您这些操作是禁止的。如果您想知道受限制的命令在完全版中的功能，请与我们联系。然而，在本教材中许多练习和实例被设计成您可以在演示版中运行这些命令。1.7免费版从19 9 9 年4月开始，高级化学发展公司(A C D)在网站中的免费材料中(f r e e s t uf f)提供免费的C he m S k e t c h.重要启事：A C D C he m S k e t c h的免费软件应该单独安装，但是可以与其他的免费软件，如：A C D/S p e c V ie w e r,A C D/C N M R V ie w e r,A C D/H N M R V ie w e r 同时安装在一个文件夹中，但是不能与商业软件(既非免费软件)安装在一个文件夹中.注意：尽管我们不对A C D/C he m S k e t c h免费版的用户提供技术支持，我们鼓励用户将您的问题和要求发放到新闻组(N e w s g r o up)的网页上，具体网址将在下一节中提到.F 表是C he m S k e t c h免费版与商业版比较表:项目免费版商业版ACD 异构体软件(ACD/Tautomers)qACD化学命名软件(ACD/NameFreeware)qqACD立体结构软件(ACD/3D Viewer)qqACD/ILab 附件(ACD/I-Lab add-on)q（必须单独安装1）q作者说明(Instructions for Authors)（必须单独安装）qAdobe PDF 输出(Export to AdobePDF)qACD 字典软件(ACD/Dictionary)技术支持(Technical Support)IUPAC NameFree:：；2 NMR J3 Naming 5 Environmental 3 Index Name4 Name to Structure lLab|NONAMEOO.SK2 Modified|Pagel丹|5.对话框中将出现舛盹泳 翰的字样（其他功能将有其他信息显示）.6.点击0K,下一个对话框将出现，具体如下：7.点击Yes。一旦您的请求被执行，以下窗口将出现:注意:如果Show results on receiving没有在ACD/I-Lab Options对话框中被选中，以上显示结果的窗口将不出现，但是您可以在l-Lab菜单下的Task Manager中看到结果.如果您需要把结果以报告的形式输出，选择插入(Insert)键，您将得到以下窗口所示的报告.I-Ld Service:A C D/IU P A C Nam e Free v&OACB/IUPC Name Free v5u0 senice is provided by M D,Inc.If ou need to quote th is in forrraticin.pleaseindude the following:csutt of A CtytUPA C 岫 me v5.0 was obia/wd usrg the A d l a b erwce*.1For more information about Name Free v5tOfor Wndows.please contact ACO(www.ac(l4bsxOptions?Preferences?Structure?Switch to 3DRotation mode被选中，3 D 优化后将自动转为3D旋转状态。如果Switch to 3D Rotation m o d e 没有被选中，点击3 D 旋转国 键 后，将游标放置在结构式的任何原子或者化学键上，拖动鼠标旋转结构直到得到如下结构：注意：从Options菜单，选择Preferences,再单击对话窗口的Structure键，您可以选择背景键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的Enable被选中，则背景键断开，否则，背景键连接。您可以改变交叉键的位置，具体做法是利用Tools菜单键下的Bring Bond to Front(CTRL+F)和Send Bond to Back(CTRL+K).您也可以通过激活Change Position 键后，单击即将改变位置的化学键，同时按住SHIFT键将后面的键移到前面来。?使用以上技术，画以下结构：B i c y c lo 2.2.1 h ep t a n eB i c y c lo 4.2.1 n o n a n e6.4.2创建三将军结构这部分可由我公司网站下载，或在电影部分找到。文件名:Hb i c y c.ex e/”选 择 结 构 模 式 三 逵1，按下CT R L+A和D E L健删除以上所有结构。1?使用上节的技巧画出双 2,2,2环己烷结构,或者使用模型窗口H圃 中相应的模型 Bicyclics。2?由 原 子 团 表 目 中 选 择 苯 环 画。3?将 光 标 放 在A键 上，点 击，连 接 上 苯 环。4、在B 和C键上重复2-3 步骤，得到如下结构：5.如果工作区中有多个结构，先利用选择工具选取将进行3 D优化的结构(您可以利用选择/移动叵1、选择/移动/调整 1、3 D 旋 转 工 具(S elec t/M o v e,S elec t/M o v e/R e-s i ze,3 DR o t a t i o n)倒。6 .点击3 D 优化键刃，得到如下结构：7 .如果您选定了O p t i o n s Pr ef er en c es f S t r u c t u r e的3 D 旋转模 式(3 D R o t a t i o n M o d e),当3 D 优化后，将自动进行3 D 旋转。如果没有选定3 D 旋转模式，选择3 D 旋转(3 D R o t a t i o n)宜工具，将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，直到它成为您需要的结构。8 .在工具菜单中(T o o l)选择显示芳香性(S h o w A r o ma t i c)命令，显示如下芳香性环：6.4.3创建一个库班(Cu b a ne)这部分可由我公司网站下载，或在电影部分找到。文件名:P r _ c u b.e x eo选择结构模式 叵 三 I,按下CT R L+A 和DE L 健删除以上所有结构。1?由基团表中回选择环丁 烷 亘 I,在工作区点击两次，生成上下两个正方形。2?选择正常画图模式由，通过从一个原子到另一个原子拖动鼠标，连接环丁烷分子的角。3?点击3 D优化键再，得到所要的3 D模型。4.选择3 D旋转(3 D R o t a t i o n)键直L5.将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，直到它成为您需要的结构。注意：从Options菜单，选择Preferences,再单击对话窗口的Structure键，您可以选择交义键中的后面的键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的Enable被选中，则后面的键断开，否则，后面的键连接。您可以改变交叉键的位置，具体做法是利用Tools菜单键下的Bring Bond to Front(CTRL+F)和Send Bond to Back(CTRL+K).您也可以通过激活Change Position 园 键后，单击即将改变位置的化学键，同时按住SHIFT键将后面的键移到前面来。!利用以上技术，试着画出以下结构：P r i s m a neH e x a c yc l o 4.2.0.02,5.O .0L 8.O 10 d e c a ne6.4.4创建一个十二面体结构这部分可由我公司网站下载，或在电影部分找到。文件名：f u l l e r,e x e选择结构模式 叵 匹 1按下CT R L+A 和DE L 健删除以上所有结构。1?在原子团表昌中选择环戊烷,在工作区点击，放置该结构。2?在 环 的 每 个 边 点 击，形 成 另 外 五 个 环。3?点击鼠标右键，选择选择/移动工具回L4?通过拖动鼠标将原子移动，形成如下结构。5?在左边原子工具栏中选取碳原子，点击箭头所指的点。6、通过拖动鼠标用单键连接甲烷基团。7.点击3 D优化键(3 D O p t i m i za t i o n),得到所要求的3 D模型。注意：如果优化后的结构是如下结构,而不是十二面体结构(fullerene),那么说明优化过程的结果是一个不寻常的值.这种情况下。您可以点击重做(Undo)键，回到优化以前的结构，然后点击清洁键(Clean Structure),或者点击选择/移动键(Select/Move),移动些原子，重新进行优化.8.选定3 D旋转工具(3 D R o t a t i o n)倒，将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，直到它成为您所期望的结构。注意：从Options菜单，选择Preferences,再单击对话窗口的Structure键，您可以选择交叉键中的后面的键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的Enable被选中，则后面的键断开，否则，后面的键连接。您可以改变交叉键的位置，具体做法是利用Tools菜单键下的Bring Bond to Front(CTRL+F)和Send Bond to Back(CTRL+K).您也可以通过激活Change Position 矗 J键后，单击即将改变位置的化学键，同时按住SHIFT键将后面的键移到前面来。!使用上述技术，画出如下结构:5,6 l;u l l e r e ne-Czi6.5 画反应式(Drawing a Reaction Scheme)品这一节的内容可以在movie文件夹中得到，文件名为reaction.exe,也可以从我们的网页中找至I.1.从原子团表中Table of Radicals 图选择 苯环Benzenen2.按键盘上的TAB键，将悬在光标上的苯环翻转，然后在空白区点击，得到苯环，然后在苯环上的相应的位置点击，得到以下结构：|注意:当将几个结构画在一起时，可以将光标直接点在即将连接的键上。3.按住键盘上的TAB键，将悬在光标上的苯环阴影翻转,然后点击空白处，右击鼠标,悬在鼠标上的阴影将消失。4.点击常规画图工具(Draw Normal)，然后在一个独立的苯环的双键上点击，得到三键.5.按照Section 6.4.2节中所讲的画出三将军结构如下:CCO6.从结构工具栏中，选 择 Reaction Plus键 回，在以下两个结构之间点击，得到加号。7.点击反应箭头键(Reaction Arrow)日，在反应物和生成物之间点击并拖动鼠标，得到箭头。注意：点 击 Reaction Arrow键右下脚的三角，可以得到一系列的不同形状的箭头。一些箭头被视为图形模式的物体,所以不能正确地输出至其他文件。8.如果要移动加号或者箭头，可以点击选择/移动键Select/Move tool回1 然后将光标指在要移动的物体上，拖动鼠标。7.高级画法：模型7.1主要内容本章讲解如何利用模型进行画图。主要内容如下：模型功能如何能帮助您画图；如何利用Instant Template功能画含有多个相同功能团的结构；化学基团表(T a b l e o f R a d i c a l s)的更多用途；如何利用模型画D N A 分子和复杂的生物分子；如何自创模型；以及 我们网页上有些什么模型。7.2概要A C D/C h e m S k e t c h 包括3 种结构模型来源：1 .化学基团表(T a b l e o f R a d i c a l s)2 .模型窗口(T e m p l a t e W i n d o w)2 .插入模型工具(I n s t a n t T e m p l a t e t o o l)当您指定化学基团表中的任意模型的连接点后，模型窗口和插入模型工具允许您通过点击而指定连接的原子或键。无论模型来自何处，连接的原理是一样的。将模型连接到结构上有以下几种方法：通过连接结构与模型的键：将鼠标的指针指向特定的化学键，使结构的化学键和模型在光标上的影子结合，再点击鼠标。通过模型接近结构：将光标指向结构中相应的原子，产生连接键后，点击鼠标。通过模型和结构之间的螺旋线连接：将鼠标指向要连接的原子，按下S H I F T 键，点击鼠标。注意：可以通过点击TAB键使悬在光标上的模型影子翻转。7.3画结构式的基团表化学基团表是用来画化学结构的。化学基团的名字，有时是它们的缩写，是用来使您迅速利用简洁的方式查找化学基团的。7.3.1 创建荧光胺的结构这部分可由我公司网站下载，或在电影部分找到。文件名：fl uo r,e x e1.选择结构模式叵王I,按下C TRL+A和D E L 健删除以上所有结构。2 .由原子团表IS1中选择环戊烷(c y c l o p e n t a n e)91,点击工作区，复制环戊烷。3 .点击空白工作区,得到环结构.4 .按下SH IF T键，点击指定的原子，以螺旋方式连接第二个环戊烷。Click+Shift*5.由 化 学 基 团 表 中 选 择 苯(B e n ze n e)项 1,首先点击指定6.在左侧原子工具表中选定氧键叵(注意：此时通用画图工7.点击鼠标右键，选择连续画图工具1 3,双击指定的原子,连接0H 集团。8.点击指定的单键，使之变为双键。7.4快速模型工具在AC D/C he m Sk