外文数据库PubMed数据库检索系统(重要).pptx

PubMed数据库检索系统数据库检索系统n MEDLINE WEB PubMed http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed一、PubMed简介（一）数据库建立和维护 美国国立医学图书馆下属的生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI)建立并维护。文献类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：提供原文获取服务（二）PubMed数据库数据库来源来源Publisher Supplied CitationsPreMedlinePubMedPubMedMEDLINEOLDMEDLINEPubMed not Medline MEDLINE-记录中用indexed for MEDLINE标记表示 数据来源于1966年始美国和其他70多个国家(包括中国在内)出版的4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、健康保健等学科，目前已达1 500万余条，并以年30余万条递增。OLDMEDLINE-记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。以早期印刷版美国医学索引（CIM）为主要收集对象，目前收录约200万条1951一1965年间生物医学文献，无文摘、未经主题词标引。PreMedline-记录中用PubMedin Process标记表示。未及加工、标引未及加工、标引(尚未规范化处理）的新收文献，尚未规范化处理）的新收文献，这部分文献每日更新一次。这部分文献每日更新一次。Publisher Supplied Citations-记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。由出版商直接传输的电子型文献，每日都有新加由出版商直接传输的电子型文献，每日都有新加入文献。入文献。PubMed not Medline-记录中用PubMed标记表示。部分部分Medline期刊期刊(如一些科学通论期刊和化学期如一些科学通论期刊和化学期刊刊)未收录的文献未收录的文献,全文电子期刊全文电子期刊PMC(PubMed Central)上发表的文献。上发表的文献。u PubMed检索检索方式PubMed主要提供以下几种检索方式：1主题词检索。2自由词检索。3索引词表检索。4字段限定检索。二、PubMed检索功能Author address AD Author AU Language LA Journal Title TA EC/RN Number RN MeSH Major Topic MAJR MeSH Subheadings SH MeSH Terms MH Publication Type PT Text Words TW Title TI Title/Abstract TIAB 5组配检索。注意：布尔组配符号注意：布尔组配符号ANDAND、OROR、NOT NOT 需需大写，顺序自左到右。大写，顺序自左到右。6.6.截词检索截词检索 transplant*transplant*7 7.强制检索强制检索 短语检索短语检索 “liver cancerliver cancer”u PubMed引文和期刊全文查询功能引文和期刊全文查询功能 由于由于PubMed与生物医学文献出版商联合，使其作为与生物医学文献出版商联合，使其作为检索引用文献以及链接这些出版商站点，获取全文数据的检索引用文献以及链接这些出版商站点，获取全文数据的一种工具。一种工具。1.1.引文链接引文链接 2.2.全文链接全文链接 有收费全文、免费全文两种形式。有收费全文、免费全文两种形式。免费全文：出版商直接提供；免费全文：出版商直接提供；PMCPMC（PubMed CenterPubMed Center）中心提供）中心提供三、三、PubMed主要功能主要功能1、基本检索功能、基本检索功能包括简单检索界面和高级检索界面简单检索界面和高级检索界面2、PubMed ToolsSingle Citation Matcher 单篇引文匹配单篇引文匹配Batch Citation Matcher 批引文匹配批引文匹配Clinical Queries 临床咨询临床咨询Topic-Specific Queries 特殊主题咨询特殊主题咨询3、More Resources MeSH Database 主题词数据库主题词数据库Journals Database 期刊数据库期刊数据库 Clinical Trials 临床实验数据库临床实验数据库u（一）（一）PubMed的自动转换的自动转换 PubMed提供词语的自动转换提供词语的自动转换（Automatic Term Mapping）功能。在基本检索状态下，如果）功能。在基本检索状态下，如果输入的检索词是不加限制的，输入的检索词是不加限制的，PubMed利用该功利用该功能，实现能，实现MeSH、刊名、短语的转换和著者的自、刊名、短语的转换和著者的自动转换。通过动转换。通过“Search Details”可查看转换结果。可查看转换结果。转换词表：转换词表：MeSH转换表转换表 刊名转换表刊名转换表 短语列表短语列表 著者索引表著者索引表四、PubMed检索1.简单检索（简单检索（Go）简单检索界面允许实现检索词的简单检索界面允许实现检索词的逻辑组配逻辑组配、截词截词(*)(*)和和短语短语等检索。等检索。词汇联想功能举例l1、bad breathl2、bad breath causesl3、“bad breath”l4、lung cancer AND smok*查找作者l输入作者的姓（last name)和名(first initial)，中间不用标点符号。l例：alving c l结果包括Alving CR Alving CJ 等高级检索Advanced search在在该该界界面面，可可以以进进行行字字段段检检索索、索索引引检检索索；并提供察看检索历史等功能。并提供察看检索历史等功能。Add to history：显显示示所所输输入入检检索索式式的的检检索索记录数（检索历史记录数（检索历史）；）；限定字段检索历史索引检索直接显示检索结果数量字段限定检索l举例：检索近5年婴幼儿“巨细胞病毒感染与听力损伤”方面文献。（cytomegalovirus、Hearing loss）字段限定为“题目摘要”索引词表检索（索引词表检索（Index）。）。Index：即即利利用用数数据据库库中中索索引引词词表表进进行行检检索索。该该界界面面可可以以对对不不同同的的字字段段进进行行索索引引和和检检索索，并并提供逻辑组配检索功能。提供逻辑组配检索功能。举例l1、Add to History 功能演示：功能演示：endometriosisl2、Index：downs syndrom(e)downs syndrom(e)down syndrom(e)l3、p16 和p53在肝癌中的表达对检索结果的限定条件对检索结果的限定条件 可可以以进进行行出出版版时时间间、语语种种、文文献献类类型型、年年龄龄、性别等方面的限定，以进一步缩小检索范围。性别等方面的限定，以进一步缩小检索范围。进进行行限限制制后后只只能能检检索索medlinemedline中中的的内内容容，“in in process”process”and and“supplied“supplied by by publisher”publisher”因因还还没有进行字段制作，不能检索到。没有进行字段制作，不能检索到。一一旦旦勾勾选选了了某某种种限限定定条条件件，对对后后面面的的检检索索词语一直限定，除非取消。词语一直限定，除非取消。举例l查找近两年有关子宫内膜异位症的综述文献。（endometriosis限定在题目摘要字段）练习1、在基本检索界面分别输入下列词语并点击“Details”察看结果：bad breath，bad breath causes，“bad breath”，lung cancer AND smok*2、检索“p16 在肝癌中的表达”方面的文献 限定 人类，五年，免费全文，英文中文History检索史 回顾检索历史 察看检索过的所有检索式 重新编辑组合检索式进行新的检索（二）主题词检索（二）主题词检索l进入方式：1、在高级检索的最下方“More Resources”有链接：2、在主页面中“More Resources”有链接：l利用利用MEDLINE主题词主题词/副主题词检索副主题词检索,并可提供并可提供多个主题词之间的逻辑组配检索。多个主题词之间的逻辑组配检索。l注意：注意：lPubMed中的MeSH检索只能检索Medline中的文献，即查不到references in process、the publisher supplied references、oldmedline等中的记录，因为这些记录还未标引MeSH词。l主题词检索有时会漏检最新出版、发表的文献。l为查找到有关某一主题的相关文献，需要同时需采用自由词和主题词结合检索.l使用该功能可选择规范化主题词、副主题词、查看词义注释、浏览树状结构表等 ，可执行主题词检索，可以提高检索效率。l在MeSH Database的检索框中，输入检索词，如果不是MeSH词，系统将提供同义或近义MeSH给于选择，同时显示MeSH树。例例例例 ：主题词检索界面的输入框内输入主题词检索界面的输入框内输入liver cancerliver cancer，点击，点击GOGO按扭，系统提示按扭，系统提示liver cancerliver cancer不是不是MeSHMeSH词，词，规范主题规范主题规范主题规范主题词词词词应该是应该是liver neoplasmsliver neoplasms。点击主题词点击主题词liver neoplasmsliver neoplasms，显示，显示副主题词副主题词副主题词副主题词，可，可供选择。供选择。系统同时还显示检索的限定。如系统同时还显示检索的限定。如主要主题词限定；限制主要主题词限定；限制主要主题词限定；限制主要主题词限定；限制下位词扩检。下位词扩检。下位词扩检。下位词扩检。系统同时还显示其系统同时还显示其树状结构表树状结构表树状结构表树状结构表。用用liver neoplasmsliver neoplasms选择副主题词选择副主题词radiotherapyradiotherapy、therapytherapy，点击点击Add to search builderAdd to search builder添加到检索框中，点击添加到检索框中，点击Search Search PubMedPubMed进行检索。（见后页）进行检索。（见后页）举例 P16和P53在肝癌中的表达练习检索近两年重点研究“前列腺癌诊断”的文献。Prostate cancer要求：主要主题词检索;将检索时间限定在近两年。（三）临床咨询。（三）临床咨询。是一个关于临床治疗、诊断、病因是一个关于临床治疗、诊断、病因和预后四个方面的临床文献查询界面。和预后四个方面的临床文献查询界面。举例：检索癫痫(epilepsy)的治疗方面的文献。（四）（四）期期刊浏览检索。刊浏览检索。查询特定期刊及特定期刊论文的检索界面。查询特定期刊及特定期刊论文的检索界面。u点击主页面的Journals database按扭。系统转到期刊数据库首页界面。u期刊数据库，可通过刊名全称、刊名简称Medline缩写格式、ISSN号、刊名中的单个或若干个词来查找特定的期刊。u点击界面中部的links to full-text web sites将列出与PubMed有全文链接的期刊刊名，按字顺排列。可查找期刊中的文献。举例：在检索框中输入“science”如何查找在如何查找在“Cancer geneticsCancer genetics ”杂志上发表的文献杂志上发表的文献l1.在高级检索界面输入 Cancer genetics 限定字段Journall2.在期刊检索界面 Cancer genetics 选中Add to search buildersearch（五）（五）引文匹配引文匹配 提供通过已知的文献线索，查询特定文献的摘提供通过已知的文献线索，查询特定文献的摘要、作者、文献题目等信息。包括单篇引文匹配和要、作者、文献题目等信息。包括单篇引文匹配和成匹引文匹配两个界面。成匹引文匹配两个界面。l检索Tang BK在Biochemical Pharmacology杂志第29卷第14期上发表的文章。要求：l用单篇引文匹配检索。练习1、期刊检索查找近5年在“Adv Cancer Res”杂志上发表的文章。2、引文匹配检索：要求写出其他合著者和找到要求写出其他合著者和找到全文。全文。lBrown BK,et al.Monoclonal antibodies to hosphatidylinositol phosphate neutralize human immunodeficiency virus type 1:role of phosphate-binding subsites.J Virol.2007 Feb;81(4):2087-91.Epub 2006 Dec 6.Special Queries检索结果显示和下载 文献显示格式：summary；xml；abstracts；citation；medline 文献排序方式：sort by（时间、作者、期刊）每屏显示文献数量：show 20500文献输出 send to：PubMed 个性化服务个性化服务:My NCBI PubMed提供个性化服务功能，需要进行免提供个性化服务功能，需要进行免费注册，注册后即可利用该服务。内容包括：费注册，注册后即可利用该服务。内容包括：文献过滤显示功能文献过滤显示功能 保存检索式保存检索式 定题服务定题服务