面向实践能力培养的生物信息学课程体系建设.docx

面向实践能力培养的生物信息学课程体系建设 摘 要：生物信息学是新兴的多学科交叉科学，它的发展和人才培育对于我国将来生物医药产业发展具有重大影响。在教学实践基础上，介绍生物信息学专业课程体系建设方面的开创性工作，并探讨本科生培育的办学模式及培育阅历。对于全面推广和提升生物信息学教化理论，提高我国计算生物学人才培育质量具有重要的指导意义。 关键词：生物信息学 实践实力 课程体系 培育模式 中图分类号：G4 文献标识码：A 文章编号：1673-1019507-0047-02 1 生物信息学概述 伴随现代高通量分子生物学技术的快速发展，生物信息学在生物医药领域的应用日益深化1。作为数学理论、计算机技术和生物医药探讨的整合学科，生物信息学在生物进化、生理功能、疾病治疗、药物开发、农林产业等众多领域均具有重要的应用价值，是探讨生命科学、医药科学内在定量规律的重大交叉前沿学科。鉴于生物信息学的重要探讨价值和广袤的产业化前景，发展生物信息学专业教化，有安排的建设生物信息学专业课程体系，开展面对实践实力的生物信息学人才培育对促进现代生物医学发展有重要的意义2。 2 生物信息学教化发呈现状 生物信息学发展起步于20世纪末，在短短的十几年中，生物信息学已经发展成为了横跨多个探讨领域的朝阳专业，国内众多高等学府、科研院所相继开设了生物信息本科和探讨生专业3。但是，在实际的教学和探讨过程中，绝大数单位依托于单一的数学、计算机或生物学专业开展，人才培育模式尚处于探究阶段，在培育过程存在生物信学理论基础薄弱、课程体系不健全、课程内容不完善、专业教材匮乏、专业师资队伍缺乏等问题。 哈尔滨医科高校生物信息科学与技术学院是全国领先创办生物信息学专业的单位之一，多年来致力于生物信息学的科学探讨和本、硕、博各类人才培育，坚持以学生为本，以培育高素养生物信息学特地人才为目标，深化教学改革，以满意日益发展的生物信息学高端人才须要4。为解决生物信息学的教化教学问题，培育高水平的现代生物信息学人才，我们提出立足国内高等生命科学与医学教化，建立面对实践实力培育的生物信息学专业课程体系，以实现高质量培育具有理工科创新思维实力的生物医学人才，为我国生命科学医药学科教化教学、科学探讨和产业化输送大批特地人才。 3 生物信息课程体系建设 3.1 课程建设目标和指导方针 结合生物信息学才培育目标，经过数十名骨干老师十余年生物信息学教学实践及人才培育成果阅历反馈，我们适时调整本科生课程及教学内容，逐步建立起面对实践实力培育的生物信息学专业课程体系。奠定了本科生的人文素养与科学素养并重，公共基础理论及专业理论相辅相乘，重视学生理工生物医学全方面素养提高，重点突出学生实践实力的人才培育方针，并在实践中培育了大批具有创新思维实力的优秀高端生物信息学专业人才。 3.2 生物信息学课程体系建设方案 考虑到生物信息学多学科交叉特点和国家高校生培育要求，及学生将来就业深造所必需的基础和专业实力，我们在国内领先开创了生物信息学专业人才培育课程体系，并在医学院校独立开展近40余门数理基础课程和生物信息学专业课程。主要的课程建设状况如下： 公共基础课程：政治理论课程、公共外语、体育。 生物医学基础课程：解剖生理学、发育生物学、生物化学、细胞生物学、分子生物学、生物技术试验、分子药理学等。 计算机基础课程：计算机基础、高级语言程序设计、数据结构、Perl语言程序设计、数据库系统原理、Linux操作系统与程序设计等。 数学基础课程：数学分析、高等代数、概率论与数理统计、数理逻辑、组合数学与图论、微分动力学方程、运筹学等。 专业基础课程：信息论基础、生物统计学、生物医学图像处理、模式识别、优化算法、随机过程、生物信息学概论、生物信息数据挖掘、生物信息软件设计与开发、分子生物软件工程、生物信息学数据可视化、专业外语等。 专业课程：生物芯片技术、结构生物学、分子进化、分子生物网络、基因组信息学、蛋白质组信息学、药物基因组信息学、统计遗传学、计算表观遗传学、计算机协助药物设计等。 综合实践课程：课题标书设计、科研论文写作、生物信息学进展等。 我们在实践基础上开创的面对实践实力培育的生物信息学专业课程体系不同于其他院校，具有明显的跨专业交叉性教学安排特色。该课程体系着眼于基础理论与实践应用相结合、素养培育与专业培育相结合、扎实稳妥与创新思维相结合。注意学生在医学、生物学、数学、计算机科学方面的基础性教化，同时，强调了创新型人才培育、高精尖人才培育、特色化人才培育。厚基础、宽口径，使学生在本科阶段不但打好将来从事生物信息学、系统生物学、生物医药等相关领域创新性探讨工作基础，更重要的是该专业课程体系与实践亲密联系，切合相关探讨开发与产业实际，能够培育学生从事原始创新探讨与产业开发的实力。 4 生物信息学本科生培育模式建设 4.1 五年制分段培育与多学科教化体系 目前，我们依据生物信息学交叉学科人才培育特点，考虑到基础课程多，实践实力要求高等因素，实行“2+2+1”的五年制本科人才培育模式，包括两年理论基础课程、两年专业课程与一年实践应用课程培育。此模式在学生就业和用人单位反馈中证明具有显著的人才培育效果。 课程体系建设依托于生物医学综合优势及深厚的数学、计算机科学功底，通过理论教学与实践训练中的学问技能交叉、渗透，培育适应21世纪生命学科与转化医学领域急需的生物信息学复合型人才。在此基础上，从学科的交叉性动身，进一步加强不同类别课程之间的有机融合，加大相关领域学问的整合力度，建立更为紧密、完善，符合生物信息学学科特点的课程体系，将进一步推动学科的发展和系统性教化理论体系的建立。 4.2 面对实践实力培育的本科生教化模式 在本科学生的培育过程中，我们特殊重视学生实践实力的培育，通过教研一体化、学业导师制、报告研讨制等先进的教学方法，引导学生早期接触生物信息学应用领域和科学探讨，在巩固学习学问的同时，加强对学科的相识和对将来的把握。 “教研一体化”的实践教学模式：面对实践实力培育的课程体系建设，要求教学模式上的改革，使得人才培育模式由注意多数学生基础理论学问培育的大众教化，向注意少数高精尖创新实力培育的精英式教化转变。充分利用骨干老师在生物信息学领域的探讨阅历，将科学探讨成果快速转化成优秀的教学素材，培育学生动手、实践、创新实力，注意培育学生实际产业化的认知水平和实践实力。 本科生学业导师制：本科生进入专业课教学阶段，实行学业导师制。实行学生与一线骨干老师双向选择方式，使每名学生拥有自己的学业指导老师。导师为学生供应思想教化和专业辅导，并通过指导高校生数学建模竞赛、创新创业科研训练、早期科学探讨等方法促进学生的学习终点和对专业的深化相识。 专题报告与研讨制度：本科生毕业设计阶段，强调学生的“主体”学习地位，使学生选择感爱好的学科方向，在导师指导下进行科研训练与实践。要求学生自主利用网络等各方面资源，获得学科前沿信息，并以专题报告形式展示学习成果，通过提问、研讨、总结，提升自身专业素养及专业技能，独立完成达到核心期刊发表水平的生物信息这科研课题。 5 生物信息学课程体系建设的意义 在全体师生的努力下，经过多年的实践探究，我们对生物信息学课程体系从基础到实践的不同阶段进行分段式、推动式的改革与建设。在政策措施、人员配备、经费匹配等各方面赐予鼎力支持。优先保证面对实践实力培育的生物信息学课程体系快速、有效的建设，已经形成国内顶尖的生物信息学本科教化理论和实践团队，并为国家输送着大批高水平生物信息学人才。 面对实践实力培育的生物信息学课程体系建设，一方面能够完善生物医学本科生、探讨生的学问结构，提高运用理工科思维和技能解决困难生命科学问题的综合科研实力，更为有效的实现生命科学攻关和创新探讨理论形成；另一方面，生物医药是我国科技研发的薄弱环节，在课程体系建设基础上，培育适用于现代高通量分子生物学技术的创新型生物信息学人才，将为我国的医药物研发供应强有力的推动作用，并有利于创新临床诊断技术开发和特性化医疗的实现，促进科技转化，产生潜在的、不行估量的经济价值。 6 致谢 本文探讨内容是在黑龙江省高等教化教学改革专项项目，黑龙江省高教学会重点课题创新型生物医学信息学人才培育模式探讨，黑龙省创新创业人才培育项目面对生物信息产业开发的创新型专业人才培育模式探讨与实践，哈尔滨医科高校医学教化探讨课题面对实践实力培育的生物信息学专业课程整合设计探讨资助下完成的，课程体系的建设得到哈尔滨医科高校学校领导的支持，并得到兄弟院校相关领域专家、学者的帮助，在此一并感谢。 参考文献 1Ned Wingreen and David Botstein. Back to the Future：Education for Systems-level BiologistsJ.Nature Review Molecular Cell Biology，2022，7：829-832. 2徐良德，马晔，孙红梅，等.八年制医学教化中开展生物信息学教学的实践探讨J.素养教化，2022，11：33-34. 3Wei Liping and Yu Jun；Bioinformatics in China：A Personal PerspectiveJ.Plos Computational Biology，2022，4. 4李霞，主编.生物信息学M.北京：人民卫生出版社，2022：13-25. 第8页 共8页第 8 页 共 8 页第 8 页 共 8 页第 8 页 共 8 页第 8 页 共 8 页第 8 页 共 8 页第 8 页 共 8 页第 8 页 共 8 页第 8 页 共 8 页第 8 页 共 8 页第 8 页 共 8 页