基于虚拟模型的水稻冠层叶面积计算方法-丁维龙.pdf
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1、第 33 卷 第 2 期 农 业 工 程 学 报 Vol.33 No.2 192 2017 年 1月 Transactions of the Chinese Society of Agricultural Engineering Jan. 2017 基于虚拟模型的水稻冠层叶面积计算方法丁维龙1,谢 涛1,徐利锋1,张义凯2( 1. 浙江工业大学计算机科学技术学院,杭州 310023; 2. 中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室,杭州 310006) 摘 要: 水稻冠层的叶面积是分析水稻生长状况的重要参数,传统叶面积统计方法效率较低且误差较大,难以对植株冠层不同高度层的叶面积进行测量。针对传统
2、水稻冠层叶面积统计方法的薄弱点,该文提出一种基于虚拟模型的水稻冠层叶面积计算方法。该方法首先通过田间试验获取的水稻形态参数,建立虚拟水稻模型,然后基于该模型计算植株整体叶面积以及两株水稻在一定株距下不同高度层内叶片面积的大小,从而为水稻种植管理措施的优化提供参考。该文算法与长宽校正法相比,在整株叶面积统计结果上,二者相差在 5%左右;每层叶片面积实际测定和仿真结果的比较,两者误差在 10%之内。该方法对于水稻冠层叶片面积统计具有一定的实际意义。 关键词: 作物;模型;可视化;虚拟水稻模型;叶片面积计算 doi: 10.11975/j.issn.1002-6819.2017.02.026 中图分
3、类号: TP391 文献标志码: A 文章编号: 1002-6819(2017)-02-0192-07 丁维龙,谢 涛,徐利锋,张义凯. 基于虚拟模型的水稻冠层叶面积计算方法J. 农业工程学报,2017,33(2):192 198. doi: 10.11975/j.issn.1002-6819.2017.02.026 http:/www.tcsae.org Ding Weilong, Xie Tao, Xu Lifeng, Zhang Yikai. Calculation method of rice canopy leaf area based on virtual modelJ. Tran
4、sactions of the Chinese Society of Agricultural Engineering (Transactions of the CSAE), 2017, 33(2): 192 198. (in Chinese with English abstract) doi: 10.11975/j.issn.1002-6819.2017.02.026 http:/www.tcsae.org 0 引 言水稻是中国的主要粮食作物,因而其产量的提高对中国粮食安全具有重要意义1-3。叶片作为水稻株型的最主要组成部分4,是水稻进行光合作用5-6和蒸腾作用7的主要器官。统计冠层不同高
5、度层的叶面积对分析光照在水稻作物群体内的截获量和建立冠层光分布模型有着重要的意义8-10。叶面积指数11-13是反映水稻群体生长状况的指标,因此准确、快速的测定水稻冠层叶片面积对了解水稻的生长、发育状况十分重要。另外,叶面积也是水稻株型研究需要测量的重要形态指标14-15。 目前,水稻叶面积的测量已有几种比较成熟的方法,比如:长宽校正法16-17、复印称重法18、叶面积仪测定法19-20、方格纸法21、打孔称重法22等。植株苗龄较小时,采用上述几种方法比较方便。但随着苗龄的增加,叶片数的增多,采用上述方法测定叶面积的难度越来越大。一般地,这些方法在操作过程中,需要剪下样本植株的叶片,因而它们属
6、于破坏性测量方法且需要大量人收稿日期: 2016-04-11 修订日期: 2016-11-14 基金项目:国家自然科学基金项目( 61571400, 31471416, 31301230) ,浙江省自然科学基金项目( LY14C130005) ,国家高技术研究发展计划项目 2013AA10230502。 作者简介:丁维龙,男(汉族) ,教授,博士,博士生导师,主要研究方向为虚拟植物建模。杭州 浙江工业大学计算机科学技术学院, 310023。 Email: 通信作者:张义凯,男,山东潍坊人,助理研究员,现主要从事水稻栽培。杭州 中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室, 310006。 Emai
7、l: 工操作。为解决这个问题,杨红云等23提出了一种基于图像视觉的叶面积测量方法。该方法适合少量叶片的情况,当叶片数量较多且彼此交错较为复杂时很难奏效。刘翠红等24提出了一种基于图像处理技术的水稻株型参数测量算法。该方法为快速、无损测量植株提供了有效手段,但这种方法在采集图像时受光线影响较大,光线过强会产生植株提取不全的情况。关海鸥等25先利用便携数码照相机对叶片进行拍照,再基于建立的数字图像采集系统对叶面积进行无损测量。该方法虽然不用采摘叶片即可快速测量叶片的面积,但是测量结果的精度受校正模板和光线的影响较大,在自然光条件下难以保证结果的精确性。孙雪文等26提出了一种基于 GIS 的植物叶
8、面积快速精确测定方法。尽管该方法精度较高,但是在野外采集时需要保证相机和叶片的垂直,否则图像会有透视效果,造成误差,因而操作难度较大。 针对上述国内外研究存在的问题,本文提出一种基于虚拟水稻模型的叶片面积计算方法,通过对虚拟水稻叶片形态与空间位置的精确计算,确定冠层不同高度层内水稻叶片面积的大小,在此基础上,可计算出不同种植密度下叶面积指数的大小。该方法能够实现在不破坏植株的情况下完成测量,消除在真实场景中试验对自然环境的影响;降低了测量叶片面积所需的人力和物力,提高了效率。 1 水稻形态建模 1.1 试验材料和数据采集 为了获取水稻建模所需的相关参数,于 2015 年和万方数据第 2 期 丁
9、维龙等:基于虚拟模型的水稻冠层叶面积计算方法 193 2016 年在浙江杭州中国水稻研究所进行了相关试验。试验共涉及 7 个水稻品种:中浙优一号、天优华占、甬优538、甬优 12、中早 39、 Y 两优 55、 S 两优 5814。 对于不同品种的植株,分别取不同叶位的 3 个叶片进行试验。沿叶片叶长方向每隔一定距离,测量叶片宽度。用 LI-3100 台式叶面积仪测定每个叶片的叶面积。植株位置信息的测定如图 1 所示。水稻的茎生长在地面半径为 R 的圆内, p 为某一茎的生长点, 离圆心的距离为 d,其圆周角为 ;然后,测定每株水稻各个分蘖的茎长,茎的上底面半径,下底面半径,茎与主茎夹角以及茎
10、上叶片叶长、叶宽、叶倾角、叶位;最后,测定每株所有叶片的叶长叶宽,对两株水稻根据株高分成 3 层,测定每一层的叶面积大小。 注: R 为水稻的茎生长在地面半径, p 为某一茎的生长点, d 为离圆心的距离, 为其圆周角。 Note: R is radius of stem, p is growth position of stem; d is distance to the center of circle, is its angle. 图 1 茎在地面的生长位置俯视图 Fig.1 Top view of growth position of stem on ground 1.2 水稻叶片的模
11、拟 1.2.1 叶片几何模型的构建 分析试验采集的叶片数据,可以看出:叶片不同位置的宽度和该位置离生长点的距离有关,随着叶片沿伸方向的伸长先增加后减少,如图 2 所示, Length 为叶片长度, Width 为叶片宽度, LWidthn为沿叶片伸展方向在位置 n 处的叶片宽度, Llengthn为自叶片生长点至位置 n处的长度。 注: Length 代表叶片的叶长, Width 代表叶片的叶宽, Llengthn代表叶片生长点到位置 n 处的长度, LWidthn代表叶片位置 n 处的宽度。 Note: Length is the length of leaf, Width is the w
12、idth of leaf, Llengthnis the length of growth point to position n, LWidthnis the width of growth point to position n. 图 2 叶片不同位置的宽度随叶长变化 Fig.2 Width of leaf changing with length at different position 因此,本文用二次曲线去模拟叶片的轮廓曲线。虚拟叶片由叶脉曲线和叶轮廓曲线组成,可以通过叶脉曲线的变化控制叶片的弯曲度。水稻叶宽沿叶片伸展方向的长度用如下方程去描述 2LWidth Llength Ll
13、engthnnnwa wb c= + ( 1) 式中 LWidthn为沿叶片伸展方向在位置 n 处的叶片宽度,cm; Llengthn为自叶片生长点至位置 n 处的长度 (如图 2) ,cm; wa 和 wb 为叶边缘曲线二次项和一次项的系数。将沿叶长方向的长度 Llengthn作为曲线的自变量, 将对应的叶宽 LWidthn作为因变量,通过 Matlab 的 polyfit(x,y,N)函数,将试验测取的每个叶片不同位置的长宽数据拟合成二次曲线,得到每条曲线的二次项系数 wa,一次项系数 wb,常数项 c。根据 width 与 length 的关系,通过以下方程确定曲线参数 wa, wb,
14、c: 2widthlengthwa = Ta ( 2) widthlengthwb = Tb ( 3) widthcTc= ( 4) 式中 width 为叶片的最大宽度, cm; length 为叶片的最大长度, cm。 Ta, Tb, Tc 为常量,用于描述模拟叶片的方程系数和叶片长宽之间的关系,可以根据实验所取样本叶片曲线方程的系数 wa、 wb、 c,与相应叶片的最大宽度 width 和最大长度 length 的值进行拟合得到。 1.2.2 水稻叶片弯曲模拟 水稻叶片的弯曲程度和水稻品种有关,主要是叶中脉的弯曲。使用下面的二次曲线方程描述叶中脉的弯曲 2( ) BEND Leafshea
15、tfz z bz=+ ( 5) 其中 b 为二次曲线方程的一次项系数,可以通过叶片拉直状态时的叶脉方程求解。 Leafsheat 是常数项系数,为叶片生长点的高度值。 BEND 为二次项系数,本文用BEND 的值来控制叶脉弯曲度,可以通过以下变换来求解 BEND 值。如图 3 所示,曲线 Leaf1 和 Leaf2 分别为同一片叶片在不弯曲和弯曲时叶中脉的轨迹,其长度为Leaflength,点 k 为叶片生长点的位置,高度为 Leafsheat,与所在茎的夹角为 Leafangle。对曲线在点( 0, k)处求导可以得到 () 2BENDf zzb=+ ( 6) ()f z 的值为曲线 Lea
16、f2 在点( 0, k)处的切线斜率,()tan Leafang() 2 leBENDfz z b=+ ,因为 z 为 0,故tan(Leafangle)b = 。由于 Leaflength 的值在测量时已经确定, 而曲线 Leaf2 从 z=0 到 z=z2的积分值是叶片 Leaf2 的长度,所以有 2210( )d Leaflength,( )zf zz z z=( 7) 求解此积分方程,得到 BEND 与 z2的关系 22 2323tan(Leafangle) 3LeafsheatBEND23Leaflengthz zz=+( 8) 万方数据农业工程学报( http:/www.tcsae
17、.org) 2017 年 194 注: k 为叶片生产点位置。 Note: k is the growth point of leaf. 图 3 Leaf1 和 Leaf2 叶脉曲线 Fig.3 Leaf curves of Leaf1 and Leaf2 将水稻叶片按其中脉分成左右对称的两部分,利用方程 ( 1) 描述叶边缘的 2 条曲线从而模拟出叶片的轮廓,并通过 BEND 值的变化控制这两条曲线的弯曲度。根据上述算法, 在 QT 编程环境下结合 OpenGL 图形库选取不同种类叶片(左到右 BEND 取值为 0.004、 0.007、 0.010、0.013)进行模拟。模拟结果如图 4
18、所示。 注:左到右 BEND 取值为 0.004、 0.007、 0.010、 0.013。 Note: From left to right: BEND values are 0.004, 0.007, 0.010, 0.013, respectively. 图 4 不同种类叶片模拟结果 Fig.4 Simulation results of different kinds of leaves 1.2.3 虚拟叶面积计算及验证 虚拟叶片由叶轮廓曲线组成,可以根据叶轮廓曲线方程计算模拟叶片的叶面积大小。通过叶边缘轮廓曲线方程,利用面积积分公式求解虚拟叶片面积, leaflength leafa
19、rea leaf leaf 0() () djjjjSfxgxx=( 9) 式中 leaflengthj为叶片 j 的叶长, f(x)leafj, g(x)leafj分别为叶片 j 的上下轮廓曲线方程。 为了验证本文方法所构建的虚拟叶片叶面积值的有效性,将虚拟叶片面积与真实叶片面积进行比较,通过下面公式计算两者误差 |mccSSeS= ( 10) 式中 Sm为模拟叶片的叶面积, cm2; Sc为模拟叶片所对应真实叶片的叶面积, cm2。试验从中浙优一号、天优华占、甬优 538、甬优 12 和中早 39 中选取的 15 片叶片的实测值与模拟值的比较结果如表 1 所示,平均误差为 3.29%。 1
20、.3 水稻分蘖期植株的可视化建模 水稻植株主要包含根、茎、叶、稻穗等器官。本文主要对分蘖期的植株进行建模,故不涉及稻穗的建模。 茎主要包含茎长、 茎与主茎夹角、 茎生长点所在位置、茎的下底面半径和上底面半径。本文通过上底面和下底面为 r1和 r2的柱体去模拟。单茎模拟结果如图 5a 所示。 叶片主要包含叶长、叶宽、叶倾角、叶位以及叶片生长点所在平面的叶序角。根据叶片和茎的位置参数,可以确定其在空间中的位置。确定叶片和茎的位置之后,可以确定茎在空间中的形态。 表 1 叶片面积模拟值与实测值的误差结果 Table 1 Errors between simulated and measured va
21、lues of leaf area 植株种类 Type 实测叶面积 Measured area/cm2模拟叶面积 Simulated area/cm2误差 Error/%1 28.50 26.53 6.91 2 40.11 40.66 1.37 天优华占 3 65.40 68.25 4.36 1 89.60 91.21 1.80 2 45.70 46.74 2.28 甬优 12 3 48.10 51.30 6.65 1 76.11 78.96 3.74 2 50.73 51.19 0.91 甬优 538 3 46.90 47.63 1.56 1 55.04 56.97 3.51 2 42.20
22、 47.41 12.35 中浙优 1 号3 17.60 19.56 11.14 1 22.74 21.45 6.07 2 30.50 28.41 7.39 中早 39 3 26.40 26.10 1.15 整株水稻由在地面上不同位置生长的茎构成,本文根据茎和主茎的位置关系,建立整株水稻的虚拟模型。算法步骤如下: Step 1: 输入整株包含的 N 个茎的相关参数及每个茎所包含叶片的相关参数,输入每个茎在地面生长点 p处的位置信息,如图 1 所示,茎距离主茎距离为 d,与 x轴正向夹角为 。 Step 2:根据第 i 个茎与主茎生长点的距离 d,与 x轴正向夹角 ,确定该茎在 xoy 平面内的生
23、长位置。 Step 3:根据茎以及茎所包含叶片的相关参数,通过上述单茎建模方法构建该茎的模型。 i=i+1。重复 Step 1,直到 i=N,进行 Step 4。 Step 4:输出整株水稻模型,模拟结果如图 5b 所示。 图 5 单茎和单株水稻模拟结果 Fig.5 Single stem and single rice plant simulation results 2 水稻叶片面积计算 水稻叶面积的大小及其消长动态27对观察植株的生长状况,分析能量在其体内的运输以及了解该株型的优劣具有重要意义。单株水稻叶片面积的统计也是统计该区域内叶面积指数的基础。 2.1 单株水稻叶片面积统计模型 本
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