第三章Gaussian软件的使用new课件.ppt
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1、Gaussian98/03的功能 分子的能量和结构 过渡态的能量和结构 振动频率 红外和拉曼光谱(包括预共振拉曼) 热化学性质 成键和化学反应能量 化学反应路径 分子轨道 原子电荷 电多极矩 旋光性 振动-转动耦合 非谐性的振动分析和振动-转动耦合 电子亲和能和电离势 极化和超极化率(静态的和含频的) 静电势和电子密度 NMR 屏蔽和磁化系数 自旋-自旋耦合常数几何构型的构建几何构型的构建GaussianView例例1:使用使用HF方法,优化方法,优化 H2O2分子分子%chk=h2o2.chk%rwf=h2o2.rwf#p hf/6-31g optH2O2 energy calculatio
2、n0 1 HO 1 0.9O 2 1.4 1 105.0H 3 0.9 2 105.0 1 120.0%chk=h2o2.chk%rwf=h2o2.rwf#p hf/6-31g optH2O2 energy calculation0 1H 0.000 0.000 0.000 O 0.000 0.900 0.000 O 1.350 1.262 0.000 H 1.464 1.742 -0.752 内坐标表示内坐标表示 笛卡尔直角坐标表示笛卡尔直角坐标表示上述两个作业将对上述两个作业将对H2O2分子的结构进行完全优化,包括所有的键长键角和二面角。分子的结构进行完全优化,包括所有的键长键角和二面角。
3、通过将内坐标定义成变量,可以对分子结构进行部分优化通过将内坐标定义成变量,可以对分子结构进行部分优化%chk=h2o2.chk%rwf=h2o2.rwf#p hf/6-31g optH2O2 energy calculation0 1 HO 1 B1O 2 B2 1 A1H 3 B1 2 A1 1 D1B1=0.9 B2=1.4A1=105.0D1=120.0 通过对两个键长和键角使用同通过对两个键长和键角使用同一变量定义可以控制分子的对一变量定义可以控制分子的对称性称性%chk=h2o2.chk%rwf=h2o2.rwf#p hf/6-31g optH2O2 energy calculati
4、on0 1 HO 1 B1O 2 B2 1 A1H 3 B1 2 A1 1 D1B1=0.9A1=105.0 变量部分变量部分 D1=120.0B2=1.4 常量部分常量部分通过设定常量,可以使程序通过设定常量,可以使程序只对分子结构进行只对分子结构进行部分部分优化优化例例2: C2H4分子分子 平面形分子平面形分子# HF/STO-3G OPTC2H4 opt0 1CC 1 B1H 1 B2 2 A1H 1 B2 2 A1 3 180.0H 2 B2 1 A1 3 0.0H 2 B2 1 A1 4 0.0B1=1.32B2=1.09A1=120.0 通过通过同一个变量同一个变量控制控制C-H
5、键长键长 把二面角定义为把二面角定义为180和和0的的常量常量 来控制分子的平面构型来控制分子的平面构型 例例3: CH3F分子分子 分子点群分子点群C3V # HF/STO-3G OPTCH3F C3v opt0 1CF 1 B1H 1 B2 2 A1H 1 B2 2 A1 3 D1H 1 B2 2 A1 3 D1B1=1.38B2=1.09A1=110.6D1=120.0 通过常量D1来控制C3V对称性例例4: NH3分子分子 分子点群分子点群C3V # HF/STO-3G OPTNH3 C3v opt0 1NH 1 B1H 1 B1 2 A1H 1 B1 2 A1 3 D1B1=0.99
6、A1=109.0D1=120.0 例例5: 呋喃分子呋喃分子 分子点群分子点群C2v 1.431.341.54 例例6: 乙炔分子乙炔分子 直线形分子直线形分子练习练习 写出分子写出分子 H2C=C=O分子输入坐标分子输入坐标 其中其中C=C: 1.35 C=O: 1.20 C-H: 1.09 写出苯分子内坐标写出苯分子内坐标 C=C: 1.30 C-H: 1.09Gaussian的文件 Gjf 计算任务文件 Chk 临时文件 Rwf 读写文件 Out 输出文件Gaussian程序界面和输入文件的构造程序界面和输入文件的构造%chk=water.chk % Section: 行首以行首以%开始
7、,段开始,段后无空行后无空行%rwf=water.rwf#p hf/6-31g scfcyc=250 scfcon=8 Route Section:行首以行首以# #开始,段后加空行开始,段后加空行 Water ennergy title:作业的简要描述,段后加空行作业的简要描述,段后加空行 0 1 Molecular Specification:O 分子说明部分,段后通常加空行分子说明部分,段后通常加空行H 1 R1H 1 R1 2 a1R1=1.04a1=104.0 Gaussian作业的格式作业的格式% Section(link 0) 定义计算过程中的临时文件定义计算过程中的临时文件%c
8、hk=name.chk.chk文件在计算中记录分子几何构型,分子轨道,力常数矩阵等信息文件在计算中记录分子几何构型,分子轨道,力常数矩阵等信息%rwf=name.rwf.rwf文件主要在作业重起时使用,当计算量比较大时,文件主要在作业重起时使用,当计算量比较大时,.rwf文件通常会非常大,此时需要将文件通常会非常大,此时需要将之分割保存之分割保存 内存使用控制内存使用控制%mem=n 控制运行过程中使用内存的大小控制运行过程中使用内存的大小,可以以可以以W或者或者MB,GB为单位为单位default:6000000W48MB 综合考虑到计算的需要和硬件水平,内存并非给得越多越好,最有效率的方法
9、是综合考虑到计算的需要和硬件水平,内存并非给得越多越好,最有效率的方法是根据作业类型估算所需要内存的大小根据作业类型估算所需要内存的大小Route Section Route Section以以# 开始,开始,# 控制作业的输出控制作业的输出#N 正常输出;默认正常输出;默认 (没有计算时间的信息没有计算时间的信息)#P 输出更多信息。包括每一执行模块在开始和结束时与计算机系统有关的各种输出更多信息。包括每一执行模块在开始和结束时与计算机系统有关的各种 信息信息 ( (包括执行时间数据,以及包括执行时间数据,以及SCF计算的收敛信息计算的收敛信息) )#T 精简输出:只打印重要的信息和结果。精
10、简输出:只打印重要的信息和结果。 Route Section主要由方法,基组,任务类型三部分组成主要由方法,基组,任务类型三部分组成Gaussian程序能完成的任务类型:程序能完成的任务类型:Sp单点能量计算(默认任务类型)单点能量计算(默认任务类型)ADMP&BOMP动力学计算Opt分子几何结构优化分子几何结构优化Force计算核的受力Freq振动分析振动分析Stable波函数稳定性测试Irc反应途径计算反应途径计算Volume计算分子体积IrcMax在指定反应途径上找能量最大值Density=CheckPoint仅计算布居分析Scan势能面扫描Guess=Only仅作分子轨道初猜Polar
11、极化率和超极化率计算ReArchive从.chk文件中提取存档Gaussian 程序中的部分关键词程序中的部分关键词Guess(初始轨道猜测) Guess Guess=read 要求从chk文件读取初始轨道猜测 Guess=mix Guess=alterSCF收敛 SCFCYC=n default=64 收敛圈数opt 优化平衡态优化平衡态 opt=z-matrix 内坐标,直角坐标直接是opt 优化过渡态优化过渡态 opt=(ts,z-matrix,noeigentest,readfc) optcyc=nfreq Freq 频率分析计算常用的量子化学计算方法量子力学理论Born-Oppenh
12、eimer近似非相对论近似单电子近似Hartree-Fock方方 程程Roothaan方方 程程自洽场从头算SCF-ab initio密度泛函法DFT超 HFLCMTO-X耦合电子对CEPA组 态相互作用CI微扰处理MP多组态自洽场MCSCF价电子从头算EP(VP)模拟从头算SAMO分子碎片法MF梯度近似GGA浮动球高斯法FSGOAM1C-EHMOEHMOIT-EHMOMCNDOCNDOMINDOINDOMNDONDDOPM3MSW-XDV-XLCAO-X局域密度近 似LDA从头算法Ab Initio半从头算法Slater X半经验法Semi-emperical独立电子对IEPA第一原理计算常
13、用的量子化学计算方法量子力学理论Born-Oppenheimer近似非相对论近似单电子近似Hartree-Fock方方 程程Roothaan方方 程程自洽场从头算SCF-ab initio密度泛函法DFT超 HFLCMTO-X耦合电子对CEPA组 态相互作用CI微扰处理MP多组态自洽场MCSCF价电子从头算EP(VP)模拟从头算SAMO分子碎片法MF梯度近似GGA浮动球高斯法FSGOAM1C-EHMOEHMOIT-EHMOMCNDOCNDOMINDOINDOMNDONDDOPM3MSW-XDV-XLCAO-X局域密度近 似LDA从头算法Ab Initio半从头算法Slater X半经验法Sem
14、i-emperical独立电子对IEPA基组的选择 Route Section采用自由格式,大小写不敏感采用自由格式,大小写不敏感 同一行不同项之间可以使用空格,逗号和同一行不同项之间可以使用空格,逗号和“/”连接;连接; 例:例:#p hf/6-31g scfcyc=230 scfcon=8 #p,hf/6-31g,scfcyc=230,scfcon=8 关键词可以通过关键词可以通过 keyword =option,keyword(option), keyword=(option1, option2, .),keyword( option1, option2, .)指定指定 例:例:#p H
15、F/STO-3G opt #p HF/STO-3G opt=(TS,readfc) Title部分必须输入,但是程序并不执行,起标识和说明作用部分必须输入,但是程序并不执行,起标识和说明作用Title SectionCharge & Multipl. 输入分子的电荷和自旋多重度输入分子的电荷和自旋多重度 例:例: 电荷电荷 多重度多重度2s+1 H2O 0 1 H3O+ 1 1 NO 0 2 电荷多重度部分通常也算作分子说明电荷多重度部分通常也算作分子说明Molecular Specification 分子说明部分主要用来定义原子核相对位置分子说明部分主要用来定义原子核相对位置原子核相对位置可
16、以用笛卡尔坐标,内坐标原子核相对位置可以用笛卡尔坐标,内坐标(Z-matrix),或者是二者混合,或者是二者混合 表示表示笛卡尔坐标是内坐标的一种特殊形式笛卡尔坐标是内坐标的一种特殊形式分子坐标的格式为分子坐标的格式为: 元素符号, x, y, z 元素符号 (n) 原子1 键长 原子2 键角 原子3 二面角 (0,180) 以原子在分子中的序数表示例例1:使用使用HF方法,优化方法,优化 H2O2分子分子%chk=h2o2.chk%rwf=h2o2.rwf#p hf/6-31g optH2O2 energy calculation0 1 HO 1 0.9O 2 1.4 1 105.0H 3
17、0.9 2 105.0 1 120.0%chk=h2o2.chk%rwf=h2o2.rwf#p hf/6-31g optH2O2 energy calculation0 1H 0.000 0.000 0.000 O 0.000 0.900 0.000 O 1.350 1.262 0.000 H 1.464 1.742 -0.752 内坐标表示内坐标表示 笛卡尔直角坐标表示笛卡尔直角坐标表示上述两个作业将对上述两个作业将对H2O2分子的结构进行完全优化,包括所有的键长键角和二面角。分子的结构进行完全优化,包括所有的键长键角和二面角。通过将内坐标定义成变量,可以对分子结构进行部分优化通过将内坐标定
18、义成变量,可以对分子结构进行部分优化%chk=h2o2.chk%rwf=h2o2.rwf#p hf/6-31g optH2O2 energy calculation0 1 HO 1 r1O 2 r2 1 a1H 3 r1 2 a1 1 d1r1=0.9 r2=1.4a1=105.0d1=120.0 通过对两个键长和键角使用同通过对两个键长和键角使用同一变量定义可以控制分子的对一变量定义可以控制分子的对称性称性%chk=h2o2.chk%rwf=h2o2.rwf#p hf/6-31g optH2O2 energy calculation0 1 HO 1 r1O 2 r2 1 a1H 3 r1 2
19、 a1 1 d1r1=0.9a1=105.0 变量部分变量部分 d1=120.0r2=1.4 常量部分常量部分通过设定常量,可以使程序通过设定常量,可以使程序只对分子结构进行只对分子结构进行部分部分优化优化例例2: C2H4分子分子 平面形分子平面形分子# HF/STO-3G OPTC2H4 opt0 1CC 1 r1H 1 r2 2 a1H 1 r2 2 a1 3 180.0H 2 r2 1 a1 3 0.0H 2 r2 1 a1 4 0.0r1=1.32r2=1.09a1=120.0 通过通过同一个变量同一个变量控制控制C-H键长键长 把二面角定义为把二面角定义为180和和0的的常量常量
20、来控制分子的平面构型来控制分子的平面构型 例例3: CH3F分子分子 分子点群分子点群C3V # HF/STO-3G OPTCH3F C3v opt0 1CF 1 r1H 1 r2 2 a1H 1 r2 2 a1 3 -bH 1 r2 2 a1 3 br1=1.38r2=1.09a1=110.6b=120.0 通过常量b来控制C3V对称性例例4: NH3分子分子 分子点群分子点群C3V # HF/STO-3G OPTNH3 C3v opt0 1NH 1 r1H 1 r1 2 a1H 1 r1 2 a1 3 br1=0.99a1=109.0b=120.0运行界面GaussianOverlay1O
21、verlay9,10,11,99L101L102L122Overlay0L0L001 Gaussian 程序的结构程序的结构link0: 初始化程序,控制初始化程序,控制占位占位link1: 读入并处理读入并处理计算执行路径,计算执行路径,建建立要执行的立要执行的link列表列表link9999: 终止计算终止计算Overlay99L9999Gaussian03 程序界面程序界面Preferences:对对Gaussian程序进行初程序进行初始化设置始化设置自定义外部文字编辑器,用来打开自定义外部文字编辑器,用来打开.out文文件件link.exe所在的文件夹所在的文件夹临时文件存放文件夹临时
22、文件存放文件夹Gaussian03 图形工具栏图形工具栏开始作业开始作业 暂停当前作业暂停当前作业 当前当前link后暂停后暂停 终止当前作业和批处理终止当前作业和批处理 恢复当前作业恢复当前作业 在当前作业完成后终止批处理在当前作业完成后终止批处理 终止当前作业终止当前作业 编辑或建立批处理编辑或建立批处理 批处理专用批处理专用打开外部编辑器打开外部编辑器 编辑输出文件编辑输出文件-Link1- 指定多步任务Gaussian作业输出示例作业输出示例 (H2O SP) Entering Link 1 = C:G03Wl1.exe PID= 1572. Copyright (c) 1988,19
23、90,1992,1993,1995,1998,2003, Gaussian, Inc. All Rights Reserved. This is the Gaussian(R) 03 program. It is based on the the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.), the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.), the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
24、 the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.), the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.), the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983, Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally reg
25、istered trademark of Gaussian, Inc.RESTRICTED RIGHTS LEGEND Use, duplication or disclosure by the US Government is subject to restrictions as set forth in subparagraph (c)(1)(ii) of the Rights in Technical Data and Computer Software clause at DFARS 252.227-7013. 历历史史和和版版权权Cite this work as: Gaussian
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