2022年MEGA软件的使用.docx

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1、精品学习资源MEGA 软件的使用Mega 是一款操作特别简便的遗传学分析软件，其界面特别友好，即使初学者也很易上手；1、数据的录入及编辑Mega 软件能够接受多种数据格式，如 FASTA 格式、 Phylip 格式、 PAUP 数据格式等等；而且 Mega 软件特地供应了把其他格式的数据转换位 Mega 数据格式的程序；第一，打开 Mega 程序，有如以下图所示的操作界面：单击工具栏中的 “File按”钮，会显现如以下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有 “Open Data”打开数据、“Reopen Data”打开曾经打开的数据， 一般会保留新近打开的几个数据 、“Close Data

2、”关闭数据、“ Export Data导”出数据、“ Conver To MEGA Format ”将数据转化为 MEGA 格式、“Text Editor数”据文本编辑、“Printer Setup启”动打印、“Exit”退出MEGA 程序；单击 “ Open Data选”项，会弹出如下菜单：欢迎下载精品学习资源浏览文件，选择要分析的数据打开， 单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，供应了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences 核苷酸序列、Protein Sequences 蛋白质序列、Pairwise Distance遗传距离矩阵；根据输入数据的类型，选择

3、一种，点击 “OK”即可；假如选择 “PairwiseDistance ，”就操作界面有所不同；如以下图所示：依据遗传距离矩阵的类型，假如是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix 即”可；假如是上三角矩阵，选择 “UpperRight Matrix ”即可；点击 “OK”按钮，即可导入数据；假如是核苷酸数据，就读完之后，会弹出如下对话框：欢迎下载精品学习资源如上图，假如是编码蛋白质的核苷酸序列，就选择“Yes按”钮；假如是不编码蛋白质的核苷酸序列，就点击 “No”按钮；之后，会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是 “Sequence Data Explore，r 在”其最上方是工具

4、栏 “Data、”“ Display、”“ Highlight等，”然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的 左下方是每个序列的名称； 显示序列占了操作界面的绝大部分， 与第一个序列相同的核苷酸用 “.表”示，发生变异的序列就直接显示；2、遗传距离的运算点击 Mega 操作主界面的 “Distances按”钮，会弹出一个下拉菜单；如以下图所示：从上图易知，此菜单包括如下选项： “Choose Model”选择模型，即选择计算遗传距离的模型、“Compute Pairwise 计”算遗传配对差异、“Compute Overall欢迎下载精品学习资源Mean”运算包括全部样本在内的平均遗传距

5、离 、“ Compute With Group Means”运算组内平均遗传距离 、“Compute Between Groups Means”运算组间平均遗传距离、“ComputeNet Between Groups Means”运算组间平均净遗传距离 、“ Compute Sequence Diversity 运算”序列分歧度；“ Compute Sequence Diversity选项包”括四个子菜单： “ Mean Diversity WithinSubpopulations ”亚群体内部平均序列多态性、“ MeanDiversityforEntire欢迎下载精品学习资源Populat

6、ion”整个人群平均序列多态性 、“ MeanInterpopulaional Diversity”群欢迎下载精品学习资源体内部平均序列多态性 、“Coefficient of Differentiation 遗传变”异系数；点击“Choose Mode选l”项，会弹出如下操作界面：从上述操作界面可以看出，通过此对话框可以选择运算遗传距离的模型等； “ Data Type显”示数据的类型： NucleotideCoding编码蛋白质的 DNA 序列、Nucleotide不编码蛋白质的 DNA 序列、Amino Acid 氨基酸序列；通过“Model选”项可以选择， 运算遗传距离的距离模型； 点

7、击“Model”一行末端的按钮会弹出一选择栏；如上图所示，对于非编码的核苷酸序列Mega 程序供应了八种距离模型：欢迎下载精品学习资源“ NumberofDifference”核 苷 酸差异数 、 “P-distance”P 距 离模 型、欢迎下载精品学习资源“ Juke-Cs antor ”Jukes和 Cantor 距离模型、“ Kimura -2Parameter”Kimura 双参数模型、“Tajim-aNei”Tajima 和 Nei 距离模型、“Tamura-3parameter”Tamura三参数模型、“Tamur-aNei”Tamura 和 Nei 距离模型、“LogDet T

8、amura kumar”欢迎下载精品学习资源对数行列式距离模型 ；对于编码的核苷酸序列，其遗传距离模型如以下图所示：如上图所示，对于编码蛋白质的DNA 序列， Mega 程序供应了一下几种模型： “Ne-iGojoboriMethod”， “Modified Nei-GojoboriMethoed”、“L-iWu-Luo Method”、“ Pamil-oBianchi- Li Method”、“ KumarMethod”；其中 Nei-Gojobori 方法和修正的 Nei-Gojobori 方法都包含三种距离模型： “Numberof Differences 、”“P-distance 、

9、”“ Juke-Cs antor ”；对于氨基酸序列， Mega 所供应的遗传距离模型如以下图所示：如上图所示，对于氨基酸序列，Mega 程序供应了一下六种遗传距离模型： “ Number of Differences氨基”酸差异数、“P-distance ”P 距离模型、“ Poisson欢迎下载精品学习资源Correction”泊松校正距离模型 、“ EqualInput”等量输入距离模型 、“ PAM欢迎下载精品学习资源MatrixDayhoff”PAM 距离矩阵模型、“ JTT MatirxJones-Taylor-Thornton”JTT 距离矩阵模型；在“Analysis Pref

10、erence操作”界面中， “Pattern Among Lineage仅s 提”供了一个选项： “Same Homogenous”“，也就是说样本之间是有确定同源性的；“Rates among sites 提”供了两个选项： “ Uniform Rates和“”DifferentGamma Distributed”； “ Uniform Rates意味”着全部序列的全部位点的进化速率是相同的；选择“ DifferentGamma Distributed”，意味着序列位点之间的进化速率是不相同的，可以利用 Gamma 参数来校正，系统供应了四个数值可供选择：2.0、1.0、0.5、0.25；

11、软件使用者也可以自行准备 Gamma参数的大小；设置完毕后，在此界面中点击“ OK”按钮，即可返回 Mega 操作主界面；欢迎下载精品学习资源选择主操作界面 “Distance中”的“Compute Pairwise选”项，可以运算样本之间的遗传距离的大小，其操作界面如以下图所示：“ Data Type显”示数据的类型，图中为 “ Nucleotide；”“ Analysis显”示运算分分析的类型， 图中为“ Pairwise Distance Calculation 配” 对差异距离运算；“ Compute显”示所要运行的对象， 又两个选项： “ Distance only仅”运算遗传距离和

12、 “Distance&Std.Err计”算遗传距离和其标准误 ；“ Include Sites显示”利用哪些位点来运算， 假如数据类型是不编码蛋白质的核苷酸序列， 就全部参与运算， 假如是编码蛋白质的核苷酸序列，就可以选择哪些位点如密码子的第 2 位等来参与运算；“ Substitution Model是替代”的模型，在下边 “ Model中”可以进行选择；“ Substitutions to Inclued选择哪些”替代类型如以下图所示被用于运算， d 选项将转换和颠换全部包括在内， s 选项仅包括转换， v 选项仅包括颠换， R 为转换和颠换的比值， L 为全部有效的一般位点的个数；“ P

13、attern among Lineage和s “ R”ates among site上s 文已”有介绍，不再详述；点击“Compute”按钮，即可开头运算； 其显示运算结果的界面如以下图所示：欢迎下载精品学习资源上图是运算出的各个样本之间的遗传距离的矩阵；在最下端的状态栏， 显示的是所利用的遗传距离模型，如图中所示：Nucleotide：Kimura 2-parameter；“ File按”钮共有四个下拉菜单： “ ShowInput Data Title ”显示输入数据的标题、“Show Analysis Description显示”分析信息的描述 、“Export/Print Distan

14、ce”输出或打印距离矩阵 、“Quit viewer”退出此操作界面；“ Display按”钮共有四个下拉菜单： “ ShowPair Name”显示配对序列的名字、“Sort Sequence ”用何种方式对序列进行排序 、“Show Name”s显示序列的名字、“ChangeFont ”转变字体；“SortSequence”有两个选项： “Original”按原先输入的次序和 “By Name”通过序列的名字；点击“Average按”钮可以运算平均的遗传距离，此按钮供应了四个下拉菜单： “ Overall”全部样本之间的平均遗传距离 、“ WithinGroups ”组内平均遗传距离、“B

15、etween Groups”组间平均遗传距离 、“Net Between Groups”组间平均净遗传距离；在上述按钮下方仍有六个按钮，如以下图所示；点击第一个按钮可以使数据以下三角矩阵的方式显示；点击其次个按钮可以使数据以上三角矩阵的方式显示；选中第三个按钮可以显示配对的序列的名字， 点击第四个按钮， 可以削减数据小数点后的位数； 点击第五个按钮， 可以增加数据小数点后的位数；拖动第六个按钮中的小竖条可以转变数据显示的宽度；点击“File下”拉菜单中的 “Export/Print Distance选项，”会弹出如以下图所示的对话框：欢迎下载精品学习资源“ Output Forma选t 项”可

16、以确定输出数据的格式： “ Publication一”般格式和“Mega”Mega 格式，把此数据储存可直接由Mega 程序打开，进行构建系统发育书等遗传分析；Decimal Places小数位的大小，“ Max Entries per line每一”行最多能显示的数据的个数；通过“Matrix可”以选择输出数据矩阵的方式：“Lowe-rleft ”下三角矩阵和“ Uppe-right ”上三角矩阵；点击“Print/Save Matrix按钮”，可以输出数，会弹出如以下图所示的操作界面：在上图中的数据和文字可以直接进行拷贝，粘贴到文本文档或Microsoft Word 文档中；在此操作界面中

17、，第一显示数据文件的一些信息，如数据文件的标题、总的样本个数、核苷酸替代的距离模型等；然后是每个序列的名字，之后是序列之间的距离矩阵；将此距离矩阵储存，可以用Mega 或其他系统发育分析软件来做系统树；点击 Mega 软件操作主界面的 “Distances下”拉菜单中的 “ComputeOverall Mean”选项，可以运算全部序列的全部位点的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise相”仿；其运算结果如以下图所示：欢迎下载精品学习资源点击 Mega 软件操作主界面的 “Distances下”拉菜单中的 “ComputeWithin Group Means ”选项，可

18、以运算每个组组内的平均遗传距离， 其操作方法和界面同“ Compute Pairwise相仿”；其运算结果如以下图所示：点击 Mega 软件操作主界面的 “Distances下”拉菜单中的 “Computebetween Group Means”选项，可以运算分组之间的平均遗传距离，其操作方法和界面同 “ Compute Pairwise相仿”；其运算结果如以下图所示：点击 Mega 软件操作主界面的 “Distances下”拉菜单中的 “Compute net between Group Means”选项，可以运算分组之间的平均遗传距离，其操作方法和界面同 “ Compute Pairwis

19、e相仿”；其运算结果如以下图所示：欢迎下载精品学习资源点击 Mega 软件操作主界面的 “Distances下”拉菜单中的 “ComputeSequenceDiversity 选”项中的 “ Mean Diversity Within Subpopulations，可以计”算亚组之间的欢迎下载精品学习资源平均遗传距离，其操作方法和界面同 “ComputePairwise 下图所示：相”仿；其运算结果如以欢迎下载精品学习资源点击 Mega 软件操作主界面的 “Distances下”拉菜单中的 “ComputeSequenceDiversity 选”项中的 “ Mean Diversity for

20、 Entire Population，可以运算”整个群体的平欢迎下载精品学习资源均遗传距离，其操作方法和界面同 “ComputePairwise 图所示：相”仿；其运算结果如以下欢迎下载精品学习资源点击 Mega 软件操作主界面的 “Distances下”拉菜单中的 “ComputeSequenceDiversity 选”项中的 “ Mean InterPopulation Diversity，可以计”算群体内部的平均遗传距离，其操作方法和界面同 “ComputePairwise ”相仿；其运算结果如以下图所示：欢迎下载精品学习资源点击 Mega 软件操作主界面的 “Distances下”拉菜

21、单中的 “ComputeSequenceDiversity 选”项中的 “ Coffient of Differentiation ，可以运算”群体的变异系数，其操作方法和界面同 “Compute Pairwise相”仿；其运算结果如以下图所示：3、系统发育树的构建Mega 程序构建系统发育树的功能很强大；它供应了四种构建系统发育树，仍包括一些检验程序；这四种构建分子系统树的方法为：Neighbor-JoiningNJ， 邻接法、Minimum Evolution ME ，最小进化法、Maximum ParsimonyMP ， 最大简约法、Unweighted Pair Group Metho

22、d With Arithmetic Mean UPGMA ， 算术平均的不加权对群法 ；其中， NJ 法和 UPGMA 法都属于距离法；其操作界面如以下图所示：邻接法是距离法构建系统发育的常用方法， 此方法基于最小进化原理， 而不使用优化标准；邻接法中一个重要概念就是“近邻”；在谱系树上，假如两个分支欢迎下载精品学习资源之间只通过一个内部节点相连， 那么这两个分支就被称为 “近邻”；完全解析出的进化树是通过对完全没有解析出的 “星型”进化树进行 “分解”得到的， 分解的步骤是连续不断地在最接近实际上，是最孤立的的序列对中插入树枝，而保留进 化树的终端；于是，最接近的序列对被稳固了，而“星型”进

23、化树被改善了，这个过程将不断重复； 这种方法并不检验全部可能的拓扑结构， 因此相对而言运算速度很快，也就是说，对于一个 50 个序列的进化树，只需要假设干秒甚至更少；具体操作：输入数据，点击Mega 操作主界面 “Phylogeny中”的“ConstrcuctPhylogeny 选”项中的 “ Neighbo-Jr oiningNJ”，会弹出如下操作界面；此操作界面可以显示数据的类型、运算分析的类型、构树的方法等等；点击“Phylogeny Test and option后s 边的”按钮，可以设置检验的类型：None不进行检验、“Bootstrap”自展法检验、“Interior Branch

24、 Test 内部”分支检验；选择后两种检验方法，可以设置自展的次数等等；设置完毕后，点击下边有对号标记的按钮即可返回原操作界面；其操作界面如以下图所示：点击“Model”按钮，可以选择运算遗传距离所用的距离模型；其它按钮的解 释和使用前边已有介绍，这里不作赘述；设置完毕后，点击“Compute”按钮，即可开头运算分析；结果界面如以下图所示：欢迎下载精品学习资源上图即是利用邻接法构建的系统发育树；点击此操作界面中的 “File按”钮，会弹出一下拉菜单如以下图所示 ，此菜单包括八个选项： “Save Tree Session保”存树文件， 快捷方式为 Ctrl+S、“Export Current Tree ”导出当前的谱系树、“ ExportAll Trees ”导出全部的谱系树 、“ ShowInformation ”显示有关谱系树的一些信息 、“ Print”打印、“ Printin asheet ”在一张纸中打印、“ Printer setup启动”打印机、“ Exit Tree Explorer；”点击“SaveTree Session ”选项，可以将树文件储存，有关系统树的全部信息都被储备；欢迎下载