分子生物学总结.doc
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1、. -分子生物学第一章 绪论分子生物学研究容有哪些方面? 1、构造分子生物学; 2、基因表达的调节与控制; 3、DNA重组技术及其应用; 4、构造基因组学、功能基因组学、生物信息学、系统生物学 第二章DNA and Chromosome1、 DNA的变性:在某些理化因素作用下,DNA双链解开成两条单链的过程。2、 DNA复性:变性DNA在适当条件下,分开的两条单链分子按照碱基互补原那么重新恢复天然的双螺旋构象的现象。3、 Tm(熔链温度): DNA加热变性时,紫外吸收到达最大值的一半时的温度,即DNA分子50%的双链构造被解开成单链分子时的温度4、 退火:热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性,称
2、为退火5、 假基因:基因组中存在的一段与正常基因非常相似但不能表达的DNA序列。以来表示。6、 C值矛盾或C值悖论:C值的大小与生物的复杂度和进化的地位并不一致,称为C值矛盾或C值悖论(C-Value Paradox)。7、 转座:可移动因子介导的遗传物质的重排现象。8、 转座子:染色体、质粒或噬菌体上可以转移位置的遗传成分9、 DNA二级构造的特点:1DNA分子是由两条相互平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成;2DNA分子中的脱氧核苷酸和磷酸交替连接,排在外侧,构成根本骨架,碱基排列在外侧;3DNA分子外表有大沟和小沟;4两条链间存在碱基互补,通过氢键连系,且A=T、G C碱基互补原那么;5螺旋的螺
3、距为3.4nm,直径为2nm,相邻两个碱基对之间的垂直距离为0.34nm,每圈螺旋包含10个碱基对;6碱基平面与螺旋纵轴接近垂直,糖环平面接近平行10、真核生物基因组构造:编码蛋白质或RNA的编码序列和非编码序列,包括编码区两侧的调控序列和编码序列间的间隔序列。特点:1真核基因组构造庞大 哺乳类生物大于2X109bp;2单顺反子单顺反子:一个基因单独转录,一个基因一条mRNA,翻译成一条多肽链;3基因不连续性 断裂基因interrupted gene、含子(intron)、 外显子(exon);4非编码区较多,多于编码序列(9:1) 5含有大量重复序列11、 Histon(组蛋白)特点:极端保
4、守性 、无组织特异性、 氨基酸分布的不对称性、可修饰作用、 富含Lys的H512、 核小体组成: 由组蛋白和200bp DNA组成13、 转座的机制:转座时发生的插入作用有一个普遍的特征,那就是受体分子中有一段很短的被称为靶序列的DNA会被复制,使插入的转座子位于两个重复的靶序列之间。复制型转座:整个转座子被复制,所移动和转位的仅为原转座子的拷贝。非复制型转座:原始转座子作为一个可移动的实体直接被移位。第三章 DNA Replication and repair1、 半保存复制:DNA生物合成时,母链DNA解开为两股单链,各自作为模板(template)按碱基配对规律,合成与模板互补的子链。子
5、代细胞的DNA,一股单链从亲代完整地承受过来,另一股单链那么完全从新合成。两个子细胞的DNA都和亲代DNA碱基序列一致。这种复制方式称为半保存复制。2、 复制子:生物体能独立进展复制的单位3、 前导链:以复制叉移动的方向为标准,一条模板链的走向是35, 子代链复制时以53方向连续合成,这一条链称为前导链4、 滞后链:另一条模板链的走向是53, 子代链通过不连续的5-3聚合而成,称为滞后链(lagging strand)。5、 冈崎片段:滞后链的合成是一段一段的。DNA复制时,由滞后链所形成的子代DNA短链称为冈崎片段6、 端粒:是真核生物线性染色体末端的特殊构造,含物种特异性species-s
6、pecific的DNA重复序列。7、 逆转录:以RNA为模板, 按照RNA中的核苷酸顺序合成DNA的过程,称为反转录(reverse transcription, RT)。该过程由逆转录酶催化进展,亦称反转录8、 DNA复制的主要特征:半保存复制、 双向复制、 半不连续复制、 保真性9、 DNA复制的几种方式:10、 DNA polymerasesDNA聚合酶 in E. Coli及其主要功能DNA Pol :din B编码DNA Pol :umc C, umc D编码 两者涉及DNA的错误倾向修复 (error-prone repair)。当DNA受到较严重损伤时,即可诱导产生这两个酶,使修
7、复缺乏准确性accuracy),因而出现高突变率。高突变率虽会杀死许多细胞,但至少可以克制复制障碍,使少数突变的细胞得以存活。11、 单链DNA结合蛋白SSB:在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整。其作用是保证被解链酶解开的单链在复制完成之前能保持单链构造。12、 常见的真核细胞DNA聚合酶及其功能13、 原核生物DNA复制的过程课本P50-P521复制的起始:识别起始点,合成引发体:在E.coli,DnaA蛋白识别并结合ori, DnaC 协助DnaB蛋白解链酶, helicase结合于ori ,DNA双链局部被翻开,引物酶及其他蛋白参加,形成引发体。形成单链:促旋酶II型拓扑异构酶
8、解开DNA超螺旋,解链酶解开双链,单链结合蛋白SSB结合于处于单链状态模板链上。 合成引物:前导链 的引物由RNA聚合酶合成,滞后链的引物由引发酶合成 。引物提供3-OH,复制进入延伸阶段2复制的延伸:按照与模板链碱基配对的原那么,在DNA聚合酶III的作用下,逐个参加脱氧核糖核酸,使链延长。DNA聚合酶的即时校读和碱基选择功能,确保复制的保真性。由于DNA双链走向相反,DNA聚合酶只能催化核苷酸从53方向合成,前导链的复制方向与解链方向一致,可以连续复制,而另一模板链沿53方向解开,随从链滞后链的复制方向与解链方向相反,复制只能在模板链解开一定长度后进展,因此随从链的合成是不连续的,形成的是
9、假设干个岗崎片段。 DNA聚合酶I的3-5核酸外切酶活性去除RNA引物。DNA聚合酶I填补DNA间隙。连接酶使相邻两个DNA片段的3-OH末端和5-P末端形成3,5磷酸二酯键。3复制的终止:两个复制叉的集合点就是复制的终点。两个复制叉向前推移,在终止区相遇而停顿复制,复制体解体14、DNA复制过程中后随链的合成:后随链开场合成DNA时,需要一段RNA引物、后随链的引发过程引发体来完成引发体像火车头一样在后随链分叉的方向上前进,并在模板上断断续续地引发生成后随链的引物RNA短链,再由DNA聚合酶III作用合成DNA,直到遇到下一个引物或冈崎片段为止。由RNaseH降解RNA引物并由DNA聚合酶I
10、将缺口补齐,再由DNA连接酶将两个冈崎片段连接在一起形成大分子DNA。15、与原核生物相比真核生物DNA复制的特点:DNA复制发生在细胞周期的S期; 染色体DNA有多个复制起点,为多复制子; 冈崎片段长约100200 bp。每个复制子在染色体DNA全部复制完成前,不能再开场新一轮复制;而在快速生长的原核中,起点可以连续发动复制。真核生物快速生长时,往往采用更多的复制起点。复制叉移动速度较原核生物慢1/20;真核生物线性染色体两端有端粒构造,防止染色体间的末端连接和核酸酶降解。由端粒酶负责新合成链5端RNA引物切除后的填补,保持端粒的一定长度。16、 几种修复机制: 1直接修复 2错配修复3切除
11、修复 4重组修复 5)SOS修复第四章转录概念:模板链与编码链:DNA双链中按碱基配对规律能指引转录生成RNA的一股单链,称为模板链(template strand),也称作有意义链或Watson链。相对的另一股单链是编码链(coding strand),也称为反义链或Crick链。启动子:RNA聚合酶识别、结合和开场转录的一段DNA序列。终止子terminator:提供转录终止信号的DNA序列。终止因子(termination factor) :协助RNA聚合酶识别终止信号的辅助因子蛋白质。 外显子&含子:不编码的插入序列,称含子;编码的序列称外显子。断裂基因:大多数真核生物基因的核苷酸顺序
12、不全部反映到蛋白质一级构造上。基因的编码序列被不编码的插入序列分割成几段,这样的基因称为断裂基因。RNA编辑:mRNA分子由于核苷酸的缺失、插入或置换导致序列发生了不同于模板DNA的变化,这种现象称为RNA编辑。RNA聚合酶组成: 1)原核生物2个亚基、1个亚基、1个次亚基、1个亚基、1个亚基构成RNA聚合酶的全酶。 2真核生物一般有8-16个亚基,有两个分子质量超过100000的大亚基,同种生物3类聚合酶聚合酶、有共享小亚基的倾向即有几个小亚基是3类或2类聚合酶所共有的。70 识别的启动子:E. coli中70 识别的启动子包含2个保守的核心序列-10 区 和-35 区 :-10 区 (TA
13、TA box, Pribnow box) 中心位于转录起始位点上游10bp处,一致序列(Consensus sequence)为T80A95T45A60A50T96, 所以称-10 区。(右下角的数字表示该碱基在这个位置出现的百分率 功能:与RNA聚合酶严密结合;形成开放启动子复合体;使RNA聚合酶定向转录-35 区 (Sextama box)中心位于转录起始位点上游35bp处,一致序列为T82T84G78A65C54A45。功能: RNA聚合酶的识别位点,为转录选择模版; -10 区 和-35 区 距离相当稳定,过大过小会影响转录活性转录的根本过程:起始(initiation)、延伸(elo
14、ngation)、终止(termination。终止子的2个类型 :强终止子部终止子不依赖于因子 弱终止子依赖于因子真核生物中的三种RNA聚合酶存在部位及作用酶 位置转录产物 相对活性 对-鹅膏蕈碱的敏感性RNA聚合酶核仁rRNA 50-70% 不敏感RNA聚合酶核质hnRNA 20-40% 敏感RNA聚合酶核质tRNA 约10% 存在物种特异性真核生物mRNA 加工5 capping 5 加帽 3 polyadenylation 3 加poly A尾巴 splicing拼接 primary product原初产物: hnRNA ( intron, exon) RNA editing编辑 mo
15、dification修饰原核和真核细胞的 mRNA 的异同同:功能一样,即通过三联密码子翻译生成蛋白质异:1真核细胞5端存在帽子构造;绝大多数具有多尾巴; 2原核细胞:mRNA半衰期短;许多原核生物mRNA可能以多顺反子的形式存在;5端无帽子构造,3端没有或只有较短的多A构造第五章 翻译密码子:在mRNA的开放阅读框架区,以每3个相邻的核苷酸为一组,代表一种氨基酸(或其他信息),这种三联体形式的核苷酸序列称为密码子。SD序列:在各种mRNA起始AUG上游约813核苷酸部位,存在一段由49个核苷酸组成的一致序列,富含嘌呤碱基,如-AGGAGG-,称为Shine-Dalgarno序列(S-D序列)
16、,又称核糖体结合位点(ribosomal binding site, RBS)。密码子的特点:1. 方向性(directional)2. 连续性(non-punctuated)3. 简并性(degeneracy)4. 摆动性(wobble)5. 通用性(universal)起始密码子(initiation codon):AUG终止密码子(termination codon) :UAA、UAG、UGAtRNA的二级构象特点:三叶草型四个环一个臂tRNA的二级构造三叶草形、氨基酸臂、DHU环、反密码环、额外环、TC环三种RNA在蛋白质生物合成中的作用: mRNA的功能 :把DNA所携带的遗传信息,
17、按碱基互补配对原那么,抄录并传送至核糖体,用以决定其合成蛋白质的氨基酸排列顺序。 rRNA的功能:参与组成核蛋白体,作为蛋白质生物合成的场所。tRNA的作用:运载氨基酸:氨基酸各由其特异的tRNA携带,一种氨基酸可有几种对应的tRNA,氨基酸结合在tRNA 3-CCA的位置,结合需要ATP供能;充当“适配器:每种tRNA的反密码子决定了所携带的氨基酸能准确地在mRNA上对号入座。蛋白质合成的部位、过程?核糖体是蛋白质合成的场所。蛋白质合成过程:翻译的起始 核糖体与mRNA结合并与氨基酰-tRNA生成起始复合物;肽链的延伸 核糖体沿mRNA5端向3端移动,开场从N端向C端的多肽合成;肽链的终止及
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