生物信息学-序列比对-实验报告(共13页).doc

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1、精选优质文档-倾情为你奉上南方医科大学实验报告姓 名 学 号 专业年级 基础学院生物信息学教研室题 目序列比对日 期实验者一、 实验目的掌握BLAST 2的使用和功能了解点阵法进行双序列比对的优点二、 实验器材电脑三、 方法与步骤见下文四、 结果与讨论1，例题中其它的最佳比对结果2，用动态规划法找出两序列的所有最佳比对，要求写出详细过程。打分矩阵采用（4，3，4，即匹配得4分，不匹配得3分，空位得4分。序列1：AAAG，序列2：ACG 。（1）给动态规划矩阵赋初值0AAAG00-4-8-12-16A-4C-8G-12（2）按照最优分的递归算法填充动态规划矩阵0AAAG00-4-8-12-16A

2、-440-4-8C-801-3-7G-12-4-321（3）从最后一个单元格开始，回溯最优化比对路径 1，利用BLAST 2进行双序列比对。 RBP4在人体的旁系同源蛋白：RBP4（NP_），载脂蛋白D（NP_），前列腺素D2合成酶（NP_）进行两两比对，并得到各自的核酸序列进行两两比对。 比对全部采用默认参数。 结果用截图。 没有显著相似的注明 “ No significant similarity found ”即可。 2，双序列比对RBP4的直系同源蛋白：人（ NP_ ），小鼠（NP_.1），大鼠（NP_.1 ），并对各自核酸进行两两比对。1 RBP4（NP_），载脂蛋白D（NP_）RB

3、P4（NP_），前列腺素D2合成酶（NP_）载脂蛋白D（NP_），前列腺素D2合成酶（NP_） 双序列比对RBP4的直系同源蛋白：人（ NP_ ），小鼠（NP_.1），大鼠（NP_.1 ）。3，点阵法序列1自身比对1 AAGGTCAGGAACAAAGAAACAGCTGAATACCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCGGTTCCT 61 GCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGAGACAGCTGAGTGATGGGCCAAACAGGATATCT 121 GTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCGGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCC序列2与序列3比对：两者为反向互补序列，可以发现可能的发夹状结构。序列2：GGGATCACGTATGCATTAGCATACATCACGCGG序列3：CCGCGTGATGTATGCTAATGCATACGTGATCCC专心-专注-专业