伯杰氏细菌系统分类学手册.doc
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1、精选优质文档-倾情为你奉上 伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册(“Bergrys Manual of Systematic Bacteriology”),第二版,2001 年春,Springer-Verlag 公司,Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles 第二版五卷本与第一版相比又有较大改动,与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型,而是以系统发生(进化)的框架为基础。参照了16S rDNA的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间,可能会再发现100多个新属
2、。他们会不断修订错误,在后继出版的各卷中,出一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站()也会定期更新。第二版的第一卷在2001年5月出版;第二卷在2004年2月出版。 古生菌域 (Domain “Archaea”)1. 第AI门 泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)第I纲 热变形菌纲(Thermoprotei class. nov.)第I目 热变形菌目(Thermoproteales)第I科 热变形菌科(Thermoproteaceae)第I属 热变形菌属(Thermoproteus)第II属 热杆菌属(Caldivirga)第III属 热棒菌属(Pyrobaculum)
3、第IV属 热枝菌属(Thermocladium)第II科 热丝菌科(Thermofilaceae)第I属 热丝菌属(Thermofilum)第II目 硫还原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)第I科 硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae)第I属 硫还原古球菌属(Desulfurococcus)第II属 (Acidolobus)第III属 气热菌属(Aeropyrum)第IV属 浆果状火球菌属(Ignicoccus)第V属 葡萄嗜热菌属(Staphylothermus)第VI属 斯梯特氏菌属(Stetteria)第VII属 恐硫球菌属(Sulfoph
4、obococcus)第VIII属 热盘菌属(Thermodiscus gen. nov.)第IX属 耐热球菌属(Thermosphaera)第II科 热网菌科(Pyrodictiaceae)第I属 热网菌属(Pyrodictium)第II属 栖高温菌属(Hyperthermus)第III属 热叶菌属(Pyrolobus)第III目 硫化叶菌目(Sulfolobales)第I科 硫化叶菌科(Sulfolobaceae)第I属 硫化叶菌属(Sulfolobus)第II属 酸菌属(Acidianus)第III属 生金球菌属(Metallosphaera)第IV属 栖冥河菌属(Stygiolobus)
5、第V属 硫代谢球菌属(Sulfurisphaera)第VI属 硫化球菌属(Sulfurococcus)2.第AII门 广古生菌门(Euryarchaeota phy. nov.)第I纲 甲烷杆菌纲(Methanobacteria class. nov.)第I目 甲烷杆菌目(Methanobacteriales)第I科 甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)第I属 甲烷杆菌属(Methanobacterium)第II属 甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)第III属 甲烷球形菌属(Methanosphaera)第IV属 甲烷嗜热杆菌属(Methanothermoba
6、cter)第II科 甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae)第I属 甲烷嗜热菌属(Methanothermus)第II纲 甲烷球菌纲(Methanococci class. nov.)第I目 甲烷球菌目(Methanococcales)第I科 甲烷球菌科(Methanococcaceae)第I属 甲烷球菌属(Methanococcus)第II属 甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcus gen. nov.)第II科 甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.)第I属 甲烷热球菌属(Methanocaldococcus gen. nov.
7、)第II属 甲烷干热菌属(Methanotorris gen. nov.)第II目 甲烷微菌目(Methanomicrobiales)第I科 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)第I属 甲烷微菌属(Methanomicrobium)第II属 甲烷袋状菌属(Methanoculleus)第III属 产甲烷袋菌属(Methanofollis)第IV属 产甲烷菌属(Methanogenium)第V属 叶形甲烷菌属(Methanolacinia)第VI属 甲烷盘菌属(Methanoplanus)第II科 甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)第I属 甲烷粒菌属(Met
8、hanocorpusculum)第III科 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.)第I属 甲烷螺菌属(Methanospirillum)未定属第I属 产甲烷石状菌属(Methanocalculus)第III目 甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)第I科 甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)第I属 甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)第II属 甲烷拟球菌属(Methanococcoides)第III属 甲烷喜盐菌属(Methanohalobium)第IV属 甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus)第V属 甲烷
9、叶菌属(Methanolobus)第VI属 甲烷微球菌属(Methanomicrococcus)第VII属 甲烷盐菌属(Methanosalsum gen.nov.)第II科 鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceae fam.nov.)第I属 鬃毛甲烷菌科属(Methanosaeta)第III纲 盐杆菌纲(Halobacteria class. nov.)第I目 盐杆菌目(Halobacteriales)第I科 盐杆菌科(Halobacteriaceae)第I属 盐杆菌属(Halobacterium)第II属 盐盒菌属(Haloarcula)第III属 盐棒杆菌属(Halobaculum
10、)第IV属 盐球菌属(Halococcus)第V属 富盐菌属(Haloferax)第VI属 盐几何形菌属(Halogeometricum)第VII属 盐杆状菌属(Halorhabdus)第VIII属 盐红菌属(Halorubrum)第IX属 盐栖菌属(Haloterrigena)第X属 无色嗜盐菌属(Natrialba)第XI属 钠线菌属(Natrinema)第XII属 嗜盐碱杆菌属(Natronobacterium)第XIII属 嗜盐碱球菌属(Natronococcus)第XIV属 嗜盐碱单胞菌属(Natronomonas)第XV属 碱红菌属(Natronorubrum)第IV纲 热原体纲(
11、Thermoplasmata class. nov.)第I目 热原体目(Thermoplasmatales ord. nov.)第I科 热原体科(Thermoplasmataceae fam. nov.)第I属 热原体属(Thermoplasma)第II科 嗜酸古菌科(Picrophilaceae)第I属 嗜酸古菌属(Picrophilus)第III科 铁原体科(Ferroplasmataceae)第I属 铁原体属(Ferroplasma)第V纲 热球菌纲(Thermococci class. nov.)第I目 热球菌目(Thermococcales)第I科 热球菌科(Thermococcac
12、eae)第I属 嗜热球菌属(Thermococcus)第II属古老球菌属(Palaeococcus)第III属 热球菌属(Pyrococcus)第VI纲 古生球菌纲(Archaeoglobi class. nov.)第I目 古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.)第I科 古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.)第I属 古生球菌属(Archaeoglobus)第II属 铁球菌属(Ferroglobus)第VII纲 甲烷嗜高热菌纲(Methanopyri class. nov.)第I目 甲烷嗜高热菌目(Methanopyrales ord. nov
13、.)第I科 甲烷嗜高热菌科(Methanopyraceae fam. nov.)第I属 甲烷嗜高热菌属(Methanopyrus)3.细菌域“Bacteria”第BI门 产液菌门(Aquificae phy. nov.)第I纲 产液菌纲(Aquificae class. nov.)第I目 产液菌目(Aquificales ord. nov.)第I科 产液菌科 (Aquificaceae fam. nov.)第I属 产液菌属(Aquifex)第II属 热杆菌属(Calderobacterium)第III属 氢杆菌属(Hydrogenobacter)第IV属 热发状菌属(Thermocrinis)
14、未定属第I属 脱硫杆状菌属(Desulfurobacterium)4.第BII门 栖热袍菌门(Thermotogae phy. nov.)第I纲 栖热袍菌纲(Thermotogae class. nov.)第I目 栖热袍菌目(Thermotogales ord. nov.)第I科 栖热袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.)第I属 栖热袍菌属(Thermotoga)第II属 闪烁杆菌属(Fervidobacterium)第III属 地袍菌属(Geotoga)第IV属 石袍菌属(Petrotoga)第V属 栖热腔菌属(Thermosipho)5.第BIII门 热脱硫杆菌门(Th
15、ermodesulfobacteria phy. nov.)第I纲 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria class. nov.)第I目 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.)第I科 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.)第I属 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)6.第BIV门 异常球菌栖热菌门(Deinococcus-Thermus)第I纲 异常球菌纲(Deinococci class. nov.)第I目 异常球菌目(Deinococcales)第I科
16、异常球菌科(Deinococcaceae)第I属 异常球菌属(Deinococcus)第II目 栖热菌目(Thermales ord. nov.)第I科 栖热菌科(Thermaceae fam. nov.)第I属 栖热菌属(Thermus)第II属 稍热菌属(Meiothermus)7.第BV门 金矿菌门(Chrysiogenetes phy. nov.)第I纲 金矿菌纲(Chrysiogenetes class. nov.)第I目 金矿菌目(Chrysiogenales ord. nov.)第I科 金矿菌科(Chrysiogenaceae fam. nov.)第I属 金矿菌属(Chrysio
17、genes)8.第BVI门 绿屈挠菌门(Chloroflexi phy. nov.)第I纲 绿屈挠菌纲(Chloroflexi)第I目 绿屈挠菌目(Chloroflexales)第I科 绿屈挠菌科 (Chloroflexaceae)第I属 绿屈挠菌属(Chloroflexus)第II属 绿丝菌属(Chloronema)第III属 螺丝菌属(Heliothrix)第II科 颤绿细菌科 (Oscillochloridaceae)第I属 绿颤细菌属(Oscillochloris)第II目 滑柱菌目(Herpetosiphonales)第I科 滑柱菌科(Herpetosiphonaceae)第I属 滑
18、柱菌属(Herpetosiphon)第BVII门 热微菌门(Thermomicrobia phy. nov.)第I纲 热微菌纲(Thermomicrobia class. nov.)第I目 热微菌目(Thermomicrobiales ord. nov.)第I科 热微菌科(Thermomicrobiaceae fam. nov.)第I属 热微菌属(Thermomicrobium)第BVIII门 硝化螺菌门(Nitrospira phy. nov.)第I纲 硝化螺菌纲(Nitrospira)第I目 硝化螺菌目(Nitrospirales)第I科 硝化螺菌科(Nitrospiraceae)第I属
19、硝化螺菌属(Nitrospira)第II属 钩端螺菌属(Leptospirillum)第III属 磁细菌属(Magnetobacterium)第IV属 热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)第BIX门 铁还原杆菌门(Deferribacteres phy. nov.)第I纲 铁还原杆菌纲(Deferribacteres class. nov.)第I目 铁还原杆菌目(Deferribacterales ord. nov.)第I科 铁还原杆菌科(Deferribacteraceae fam. nov.)第I属 铁还原杆菌属(Deferribacter)第II属 氮还原弧菌属(Den
20、itrovibrio)第III属 弯枝菌属(“Flexistipes”)第IV属 地弧菌属(Geovibrio)未定属第I属 互养菌属(Synergistes)第BX门 蓝细菌门(Cyanobacteria)第I纲 蓝细菌(Cyanobacteria)第I亚组 第I科第 I形态属 管孢蓝细菌属(Chamaesiphon)第 II形态属 色球蓝细菌属(Chroococcus)第 III形态属 蓝细菌属(Cyanobacterium)第IV形态属 蓝菌属(Cyanobium)第 V形态属 蓝丝菌属(Cyanothece)第VI属 蓝菌属(Dactylococcopsis)第VII形态属 粘杆菌属(
21、Gloeobacter)第 VIII形态属 粘球蓝细菌属(Gloeocapsa)第 IX形态属 粘杆蓝细菌属(Gloeothece)第 X形态属 微囊蓝胞菌属(Microcystis)第 XI形态属 原绿球菌属(Prochlorococcus)第 XII形态属 原绿蓝细菌属(Prochloron)第 XIII形态属 聚球蓝细菌属(Synechococcus)第XIV形态属 集胞蓝细菌属(Synechocystis)第II亚组第I科第I形态属 蓝囊胞菌属(Cyanocystis)第II形态属 小皮果蓝细菌属(Dermocarpella)第III形态属 斯塔尼尔氏菌属(Stanieria)第IV形
22、态属 异球蓝细菌属(Xenococcus)第II科第I形态属 拟色球蓝细菌属(Chroococcidiopsis)第II形态属 粘八叠球菌属(Myxosarcina)第III形态属 宽球蓝细菌属(Pleurocapsa)第III亚组 第一科第I形态属 节螺蓝细菌属(Arthrospira)第II形态属 博氏蓝细菌属(Borzia)第III形态属 发毛针蓝细菌属(Crinalium)第IV形态属 吉特勒氏线状蓝细菌属(Geitlerinema)第V属 盐螺旋藻属(Halospirulina)第VI形态属 纤发鞘丝蓝细菌属(Leptolyngbya)第VII形态属 湖丝蓝细菌属(Limnothri
23、x)第VIII形态属 鞘丝蓝细菌属(Lyngbya)第IX形态属 微鞘蓝细菌属(Microcoleus)第X形态属 颤蓝细菌属(Oscillatoria)第XI形态属 浮霉丝状蓝细菌属(Planktothrix)第XII形态属 原绿丝蓝细菌属(Prochlorothrix)第XIII形态属 假鱼腥蓝细菌属(Pseudanabaena)第XIV形态属 螺旋蓝细菌属(Spirulina)第XV形态属 斯塔尔氏蓝细菌属(Starria)第XVI形态属 束蓝细菌属(Symploca)第XVII形态属 束毛蓝细菌属(Trichodesmium)第XVIII形态属 灰线蓝细菌属(Tychonema)第IV
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