细菌分类表(共52页).docx

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1、精选优质文档-倾情为你奉上(Acidobacteria) (Acidobacteria)1. (Acidobacteriales)1. (Acidobacteriaceae)1. (Acidobacterium)2. (Edaphobacter)3. (Terriglobus) (Holophagae)1. 石鳖杆菌目(Acanthopleuribacterales)1. 石鳖杆菌科(Acanthopleuribacteraceae)1. 石鳖杆菌属(Acanthopleuribacter)2. 全噬菌目(Holophagales)1. 全噬菌科(Holophagaceae)1. 地发菌属(G

2、eothrix)2. 全噬菌属(Holophaga) (Actinobacteria)（高G+C） (Actinobacteria)1. (Acidimicrobidae)1. 酸微菌目(Acidimicrobiales)1. 酸微菌亚目(Acidimicrobineae)1. 酸微菌科(Acidimicrobiaceae)1. (Acidimicrobium)2. (Iamiaceae)1. (Iamia)2. (Actinobacteridae)1. (Actinomycetales)1. (Actinomycineae)1. (Actinomycetaceae)1. (Actinobac

3、ulum)2. (Actinomyces)3. 隐秘杆菌属(Arcanobacterium)4. (Falcivibrio)5. (Mobiluncus)6. (Varibaculum)2. (Actinopolysporineae)1. (Actinopolysporaceae)1. (Actinopolyspora)3. (Catenulisporineae)1. (Actinospicaceae)1. (Actinospica)2. (Catenulisporaceae)1. (Catenulispora)4. (Corynebacterineae)1. (Corynebacteriac

4、eae)1. (Bacterionema)2. (Caseobacter)3. (Corynebacterium)4. (Turicella)2. (Dietziaceae)1. (Dietzia)3. (Mycobacteriaceae)1. (Mycobacterium) （含）4. (Nocardiaceae)1. (Gordonia)2. (Micropolyspora)3. (Millisia)4. (Nocardia)5. (Rhodococcus)6. (Skermania)7. (Williamsia)8. (Smaragdicoccus)5. (Segniliparaceae

5、)1. (Segniliparus)6. (Tsukamurellaceae)1. (Tsukamurella)5. (Frankineae)1. 酸热菌科(Acidothermaceae)1. 酸热菌属(Acidothermus)2. (Frankiaceae)1. (Frankia)3. (Geodermatophilaceae)1. (Blastococcus)2. (Geodermatophilus)3. (Modestobacter)4. (Kineosporiaceae)1. (Cryptosporangium)2. (Kineococcus)3. (Kineosporia)5.

6、(Nakamurellaceae)1. (Humicoccus)2. (Nakamurella)3. (Quadrisphaera)6. (Sporichthyaceae)1. (Sporichthya)6. (Glycomycineae)1. (Glycomycetaceae)1. (Glycomyces)2. (Stackerbrandtia)7. (Micrococcineae)1. (Beutenbergiaceae)1. (Beutenbergia)2. (Georgenia)3. (Salana)2. (Bogoriellaceae)1. (Bogoriella)3. (Brevi

7、bacteriaceae)1. (Brevibacterium)4. (Cellulomonadaceae)1. (Cellulomonas)2. (Oerskovia)3. (Tropheryma)5. (Dermabacteraceae)1. (Brachybacterium)2. (Dermabacter)6. (Dermacoccaceae)1. (Demetria)2. (Dermacoccus)3. (Kytococcus)7. (Dermatophilaceae)1. (Dermatophilus)2. (Kineosphaera)8. (Intrasporangiaceae)1

8、. (Arsenicicoccus)2. (Humihabitans)3. (Intrasporangium)4. (Janibacter)5. (Knoellia)6. (Kribbia)7. (Lapillicoccus)8. (Ornithinicoccus)9. (Ornithinimicrobium)10. (Oryzihumus)11. (Serinicoccus)12. (Terrabacter)13. (Terracoccus)14. (Tetrasphaera)9. (Jonesiaceae)1. (Jonesia)10. (Microbacteriaceae)1. (Agr

9、eia)2. (Agrococcus)3. (Agromyces)4. (Aureobacterium)5. (Clavibacter)6. (Cryobacterium)7. (Curtobacterium)8. (Frigoribacterium)9. (Frondicola)10. (Gulosibacter)11. (Labedella)12. (Leifsonia)13. (Leucobacter)14. (Microbacterium)15. (Microcella)16. (Mycetocola)17. (Okibacterium)18. (Plantibacter)19. (P

10、seudoclavibacter)20. (Rathayibacter)21. (Rhodoglobus)22. (Salinibacterium)23. (Subtercola)24. (Yonghaparkia)25. (Zimmermannella)11. (Micrococcaceae)1. (Acaricomes)2. (Arthrobacter)3. (Citricoccus)4. (Kocuria)5. (Micrococcus)6. (Nesterenkonia)7. (Renibacterium)8. (Rothia)9. (Stomatococcus)10. 刘志恒菌属(Z

11、hihengliuella)12. (Promicromonosporaceae)1. (Cellulosimicrobium)2. (Isoptericola)3. (Myceligenerans)4. (Promicromonospora)5. (Xylanibacterium)6. (Xylanimonas)13. (Rarobacteraceae)1. (Rarobacter)14. (Sanguibacteraceae)1. 血杆菌属(Sanguibacter)15. (Yaniaceae)1. (Yania)16. 科未定1. (Actinotalea)2. (Demequina)

12、3. (Phycicoccus)4. (Ruania)8. 微单孢菌亚目(Micromonosporineae)1. 微单孢菌科(Micromonosporaceae)1. (Actinocatenispora)2. (Actinoplanes)3. (Amorphosporangium)4. (Ampullariella)5. (Asanoa)6. (Catellatospora)7. (Catenuloplanes)8. (Couchiolanes)9. (Dactylosporangium)10. (Krasilnikovia)11. (Longispora)12. (Luedemann

13、ella)13. (Micromonospora)14. (Pilimelia)15. (Planopolyspora)16. (Polymorphospora)17. (Salinispora)18. (Spirilliplanes)19. (Verrucosispora)20. (Virgisporangium)9. 丙酸杆菌亚目(Propionibacterineae)1. (Nocardioidaceae)1. (Actinopolymorpha)2. (Aeromicrobium)3. (Friedmanniella)4. (Hongia)5. (Kribbella)6. (Marm

14、oricola)7. (Micropruina)8. (Nocardioides)9. (Pimelobacter)10. (Propionicicella)11. (Propionicimonas)2. 丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)1. 河口微菌属(Aestuariimicrobium)2. (Arachnia)3. (Brooklawnia)4. (Granulicoccus)5. 江氏菌属(Jiangella)6. (Luteococcus)7. (Microlunatus)8. (Propionibacterium)9. (Propioniferax)10.

15、(Propionimicrobium)11. (Tessaracocccus)10. (Pseudonocardineae)1. (Actinosynnemataceae)1. (Actinokineospora)2. (Actinosynnema)3. (Lechevalieria)4. (Lentzea)5. (Saccharothrix)6. (Umezawaea)2. (Pseudonocardiaceae)1. (Actinoalloteichus)2. (Actinobispora)3. (Amycolata)4. (Amycolatopsis)5. (Crossiella)6.

16、(Faenia)7. (Goodfellowia)8. (Kibdelosporangium)9. (Kutzneria)10. (Prauserella)11. (Pseudoamycolata)12. (Pseudonocardia)13. (Saccharomonospora)14. (Saccharopolyspora)15. (Streptoalloteichus)16. (Thermobispora)17. (Thermocrispum)11. 链霉菌亚目(Streptomycineae)1. 链霉菌科(Sterptomycetaceae)1. (Actinopycnidium)2

17、. (Actinosporangium)3. (Chainia)4. (Elytrosporangium)5. 北里菌属(Kitasatoa)6. (Kitasatospora)7. (Microellobosporia)8. (Streptacidiphilus)9. (Streptomyces)10. (Streptoverticillium)12. (Streptosporangineae)1. (Nocardiopsaceae)1. (Nocardiopsis)2. (Streptomonospora)3. (Thermobifida)2. (Streptosporangiaceae)

18、1. (Acrocarpospora)2. (Herbidospora)3. (Microbispora)4. (Microtetraspora)5. (Nonomuraea)6. (Planobispora)7. (Planomonospora)8. (Planotetraspora)9. (Sphaerisporangium)10. (Streptosporangium)11. (Thermopolyspora)3. (Thermomonosporaceae)1. (Actinocorallia)2. (Actinomadura)3. (Excellospora)4. (Spirillos

19、pora)5. (Thermomonospora)2. 双歧杆菌目(Bifidobacteriales)1. 双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)1. (Aeriscardovia)2. (Alloscardovia)3. (Bifidobacterium)4. (Gardnerella)5. (Metascardovia)6. (Parascardovia)7. (Scardovia)2. 科未定3. (Coriobacteridae)1. (Coriobacteriales)1. (Coriobacterineae)1. (Coriobacteriaceae)1. (Atop

20、obium)2. (Collinsella)3. (Coriobacterium)4. (Cryptobacterium)5. (Denitrobacterium)6. (Eggerthella)7. (Olsenella)8. (Slackia)4. 红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae)1. 红色杆菌目(Rubrobacterales)1. 红色杆菌亚目(Rubrobacterineae)1. (Conexibacteraceae)1. (Conexibacter)2. (Patulibacteraceae)1. (Patulibacter)3. 红色杆菌科(Rubrobacter

21、aceae)1. (Rubrobacter)4. (Solirubrobacteraceae)1. (Solirubrobacter)5. (Thermoleophilaceae)1. (Thermoleophilum)5. 球形杆菌亚纲(Sphaerobacteridae)1. 球形杆菌目(Sphaerobacterales)1. 球形杆菌亚目(Sphaerobacterineae)1. 球形杆菌科(Sphaerobacteraceae)1. (Sphaerobacter) (Aquificae) 产水菌纲(Aquificae)1. 产水菌目(Aquificales)1. 产水菌科(Aqui

22、ficaceae)1. 产水菌属(Aquifex)2. (Calderobacterium)3. (Hydrogenivirga)4. (Hydrogenobacter)5. (Hydrogenobaculum)6. (Thermocrinis)2. 除硫杆菌科(Desulfurobacteriaceae)1. (Balnearium)2. 除硫杆菌属(Desulfurobacterium)3. 热弧菌属(Thermovibrio)3. (Hydrogenothermaceae)1. (Hydrogenothermus)2. (Persephonella)3. (Sulfurihydrogen

23、ibium) (Bacteroidetes) (Bacteroidetes)1. 拟杆菌目(Bacteroidales)1. 拟杆菌科(Bacteroidaceae)1. (Acetomicrobium)2. (Anaerophaga)3. (Anaerorhabdus)4. (Bacteroides)5. (Pontibacter)2. 紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)1. (Barnesiella)2. (Capsularis)3. (Dysgonomonas)4. (Hallella)5. (Odoribacter)6. (Oribaculum)7. (Paludiba

24、cter)8. (Parabacteroides)9. (Porphyromonas) （多译作“卟啉单胞菌”，但porphyro-应来源于希腊语“紫色”）10. (Proteiniphilum)11. (Tannerella)12. (Xylanibacter)3. 普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)1. 普雷沃氏菌属(Prevotella) （或译作“普氏菌”）4. 理研菌科(Rikenellaceae)1. (Alistipes)2. (Alkaliflexus)3. (Marinilabilia)4. (Petrimonas)5. 理研菌属(Rikenella) （注：Rik

25、en是日语“理化学研究所”简称）5. 科未定1. (Acetofilamentum)2. (Acetothermus) (Flavobacteria)1. 黄杆菌目(Flavobacteriales)1. 蟑螂杆状体科(Blattabacteriaceae)1. 蟑螂杆状体属(Blattabacterium)2. (Cryomorphaceae)1. (Algoriphagus)2. (Brumimicrobium)3. (Crocinitomix)4. (Cryomorpha)5. (Fluviicola)6. 李时珍菌属(Lishizhenia)7. (Owenweeksia)3. 黄杆菌

26、科(Flavobacteriaceae)1. (Actibacter)2. (Aequorivita)3. (Algibacter)4. (Aquimarina)5. (Arenibacter)6. 伯杰菌属(Bergeyella)7. (Bizionia)8. (Capnocytophaga) （注：多译作“二氧化碳噬纤维菌属”）9. 噬纤维素菌属(Cellulophaga)10. (Chryseobacterium)11. (Cloacibacterium)12. (Coenonia)13. (Costertonia)14. (Croceibacter)15. 独岛菌属(Dokdonia)

27、16. 东海菌属(Donghaeana)17. (Elizabethkingia)18. (Empedobacter)19. (Epilithonimonas)20. (Flaviramulus)21. (Flavobacterium)22. (Formosa)23. 泥滩杆菌属(Gaetbulibacter)24. 泥滩微菌属(Gaetbulimicrobium)25. (Galbibacter)26. (Gelidibacter)27. (Gillisia)28. (Gilvibacter)29. 革兰菌属(Gramella)30. (Kaistella)31. (Kordia)32. (

28、Krokinobacter)33. (Lacinutrix)34. 列文虎克菌属(Leeuwenhoekiella)35. (Lutibacter)36. (Maribacter)37. (Mariniflexile)38. (Marixanthomonas)39. (Mesonia)40. (Muricauda)41. (Myroides)42. (Nonlabens)43. (Olleya)44. (Ornithobacterium)45. (Persicivirga)46. (Pibocella)47. (Polaribacter)48. (Psychroflexus)49. (Psyc

29、hroserpens)50. (Riemerella)51. (Robiginitalea)52. (Salegentibacter)53. (Sandarakinotalea)54. (Sediminibacter)55. (Sediminicola)56. 世宗菌属(Sejongia)57. (Stanierella)58. (Stenothermobacter)59. (Subsaxibacter)60. (Subsaximicrobium)61. (Tamlana)62. (Tenacibaculum)63. (Ulvibacter)64. (Vitellibacter)65. (Wa

30、utersiella)66. (Weeksella)67. (Winogradskyella)68. 丽水菌属(Yeosuana)69. (Zeaxanthinibacter)70. 周氏菌属(Zhouia)71. (Zobellia)72. 王祖农菌属(Zunongwangia) (Sphingobacteria)1. 鞘脂杆菌目(Sphingobacteriales)1. 泉发菌科(Crenotrichaceae)1. (Balneola)2. (Chitinophaga)3. (Crenothrix)4. (Rhodothermus)5. (Salinibacter)6. (Terrim

31、onas)7. (Toxothrix)2. (Flammeovirgaceae)1. (Flammeovirga)2. (Flexithrix)3. (Perexilibacter)4. (Persicobacter)5. (Rapidithrix)6. (Sediminitomix)7. (Thermonema)3. 屈挠杆菌科(Flexibacteraceae)1. (Adhaeribacter)2. (Aquiflexum)3. (Arcicella)4. (Belliella)5. (Chimaereicella)6. (Cyclobacterium)7. (Cytophaga) （注

32、：目前多称此属为“噬纤维菌属”，此处依拉丁文）8. (Dyadobacter)9. (Echinicola)10. (Effluviibacter)11. (Emticicia)12. (Fabibacter)13. (Flectobacillus)14. (Flexibacter)15. (Hongiella)16. (Hymenobacter)17. (Larkinella)18. (Leadbetterella)19. (Marinicola)20. (Meniscus)21. (Microscilla)22. (Niastella)23. (Persicitalea)24. (Reic

33、henbachiella)25. (Rhodonellum)26. (Roseivirga)27. (Runella)28. (Spirosoma)29. (Sporocytophaga)4. 腐螺旋菌科(Saprospiraceae)1. (Aureispira)2. (Haliscomenobacter)3. (Lewinella)4. 腐螺旋菌属(Saprospira)5. 鞘脂杆菌科(Sphingobacteriaceae)1. (Mucilaginibacter)2. (Olivibacter)3. (Parapedobacter)4. (Pedobacter)5. (Pseudos

34、phingobacterium)6. (Sphingobacterium)6. 科未定1. (Niabella) 纲未定1. (Flavisolibacter)2. (Fulvivirga)3. (Prolixibacter)4. (Segetibacter) (Chlamydiae) 衣原体纲(Chlamydiae)1. 衣原体目(Chlamydiales)1. 衣原体科(Chlamydiaceae)1. (Chlamydia)2. (Chlamydophila)2. 副衣原体属(Parachlamydiaceae)1. (Neochlamydia)2. (Parachlamydia)3.

35、芯卡体科(Simkaniaceae)1. (Simkania) （注：人名缩写简称，此处用音译）2. (Rhabdochlamydia)*4. 华诊体科(Waddliaceae)1. (Waddlia) （注：WADDL为“华盛顿动物病诊断实验室”缩写） (Chlorobi) (Chlorobia)1. 绿菌目(Chlorobiales)1. 绿菌科(Chlorobiaceae)1. 臂绿菌属(Ancalochloris)2. 绿棒菌属(Chlorobaculum)3. 绿菌属(Chlorobium)4. 绿爬菌属(Chloroherpeton)5. 暗网菌属(Pelodictyon)6. 突

36、柄绿菌属(Prosthecochloris) (Chloroflexi) 厌氧绳菌纲(Anaerolineae)1. 厌氧绳菌目(Anaerolineales)1. 厌氧绳菌科(Anaerolineaceae)1. 厌氧绳菌属(Anaerolinea)2. (Bellilinea)3. 纤绳菌属(Leptolinea)4. (Levilinea)5. 长绳菌属(Longilinea) 暖绳菌纲(Caldilineae)1. 暖绳菌目(Caldilineales)1. 暖绳菌科(Caldilineaceae)1. 暖绳菌属(Caldilinea) 绿弯菌纲(Chloroflexi)1. (Chl

37、oroflexales)1. (Chloroflexaceae)1. (Chloroflexus)2. 绿线菌属(Chloronema)3. 太阳发菌属(Heliothrix)4. 玫瑰弯菌属(Roseiflexus)2. 颤绿菌科(Oscillochloridaceae)1. 颤绿菌属(Oscillochloris)2. 爬管菌目(Herpetosiphonales)1. 爬管菌科(Herpetosiphonaceae)1. 爬管菌属(Herpetosiphon) (Chrysiogenetes) 产金菌纲(Chrysiogenetes)1. 产金菌目(Chrysiogenales)1. 产

38、金菌科(Chrysiogenaceae)1. 产金菌属(Chrysiogenes) (Cyanobacteria) 蓝藻纲(Cyanobacteria)注：目前有三套蓝藻分类系统，分别为NCBI、Bergeys手册及Cavalier-Smith（2002年，仅分至)。本文采用的Bergeys手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均为形态分类，其中在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、均未列名称，此处目名称为习惯用法，科不列名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“”(Genus)。表中在形态分类后面加注。预料

39、不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为分类系统。此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避免与其余细菌重名。1. 第一目（色球藻目(Chroococcales)）1. 第一科1. 管孢藻属(Chamaesiphon)2. 色球藻属(Chroococcus)3. (Cyanobacterium)4. (Cyanobium)5. (Cyanothece)6. 蓝纤维藻属(Dactylococcopsis)7. (G

40、loeobacter)8. 黏球藻属(Gloeocapsa)9. 黏杆藻属(Gloeothece)10. 微囊藻属(Microcystis)11. (Prochlorococcus)12. 原绿藻属(Prochloron)13. (Synechococcus)14. 集胞藻属(Synechocystis)2. 第二目（宽球藻目(Pleurocapsales)）1. 第一科1. (Cyanocystis)2. (Dermocarpella)3. (Stanieria)4. 异球藻属(Xenococcus)2. 第二科1. 拟色球藻属(Chroococcidiopsis)2. 黏囊藻属(Myxos

41、arcina)3. 宽球藻属(Pleurocapsa)3. 第三目（颤藻目(Oscillatoriales)）1. 第一科1. (Arthrospira) （包含商业化）2. (Borzia)3. (Crinalium)4. (Geitlerinema)5. 盐螺旋藻属(Halospirulina)6. (Leptolyngbya)7. (Limnothrix)8. 鞘丝藻属(Lyngbya)9. 微鞘藻属(Microcoleus)10. 颤藻属(Oscillatoria)11. (Planktothrix)12. 原绿发藻属(Prochlorothrix)13. (Pseudanabaena

42、)14. (Spirulina)15. (Starria)16. 束藻属(Symploca)17. 束毛藻属(Trichodesmium)18. (Tychonema)4. 第四目（念珠藻目(Nostocales)）1. 第一科1. 鱼腥藻属(Anabaena)2. 项圈藻属(Anabaenopsis)3. 束丝藻属(Aphanizomenon)4. (Cyanospira)5. (Cylindrospermopsis)6. 筒孢藻属(Cylindrospermum)7. 节球藻属(Nodularia)8. 念珠藻属(Nostoc)9. 伪枝藻属(Scytonema)2. 第二科1. 眉藻属(

43、Calothrix)2. 胶须藻属(Rivularia)3. 单歧藻属(Tolypothrix)5. 第五目（真枝藻目(Stigonematales)）1. 第一科1. (Chlorogloeopsis)2. 费氏藻属(Fischerella)3. (Geitleria)4. (Iyengariella)5. 拟念珠藻属(Nostochopsis)6. 真枝藻属(Stigonema) (Deferribacteres) 脱铁杆菌纲(Deferribacteres)1. 脱铁杆菌目(Deferribacterales)1. 脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)1. 脱铁杆菌属(De

44、ferribacter)2. (Denitrovibrio)3. (Flexistipes)4. 地弧菌属(Geovibrio)5. (Mucispirillum)2. 科未定1. 暖发菌属(Caldithrix)2. (Synergistes) (Deinococcus-Thermus) 异常球菌纲(Deinococci)1. 异常球菌目(Deinococcales)1. 异常球菌科(Deinococcaceae)1. 异常杆菌属(Deinobacter)2. (Deinococcus)2. 特吕珀菌科(Trueperaceae)1. 特吕珀菌属(Truepera)2. 栖热菌目(Thermales)1. 栖热菌科(Thermaceae)1. 海栖热菌属(Marinithermus)2. 亚栖热菌属(Meiothermus)3. 海洋栖热菌属(Oceanithermus)4. (Thermus)5. 火山栖热菌属(Vulcanithermus) (Dictyoglomi) 网团菌纲(Dictyoglomi)1. 网团菌目(Dictyoglomales)1. 网团菌科(Dictyoglomaceae)1. 网团菌属(Dictyoglomus) (Fibrobacteres) 纤维杆菌纲(Fibrobacteres)1.