LncRNA 的结构、功能及其与疾病的关系.doc
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1、ISSN 1007-7626 CN 11-3870 / Q 中国生物化学与分子生物学 报 http: / / cjbmb bjmu edu cn Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology 2015 年 7 月 31( 7) : 659 666 综 述 DOI: 10. 13865 / j cnki cjbmb 2015. 07. 01 Lnc NA 的结构 、 功能及其与疾病的关系 王婷梅 1) , 曲丽娜 2) * , 李莹辉 1) , 2) * ( 1) 西北工业大学生命学院 , 西安 710072; 2) 中国航天员科研训
2、练中心航天医学基础与应用国家重点实验室 , 北京 100094) 摘 要 70% 的人类基因组能够被转 录 , 而 其中仅 有 1% 2% 的转录本能够编码蛋 白 , 余 下 98% 均 为 非编 码 NA( non-coding NA, nc NA) 在 nc NA 中 , 长度大 于 200 核苷酸称为长链非编 码 NA ( long non-coding NA, Lnc NA) , 占全 部 nc NA 的 80% 90% Lnc NA 除了数量庞大以 外 , 还 具 有表达量较 低 、 物种间保守性较差及细胞表达特异性等特 点 , 使 Lnc NA 结构及作用机 制等研究 充 满挑 战
3、 目前关 于 Lnc NA 的研究主要集中于功 能 方 面 Lnc NA 能够广泛参与 生物体的各种生理 及病理过 程 , 如表观遗传学调 控 、 癌 症 、 神经系统 功能 等 Lnc NA 作用机制众 多 , 能够以分子诱 饵 、 分子向 导 、 分子支架及信号通路的调节剂等多种角 色参与调节机体各种生物学过 程 解 析 Lnc NA 的分子结 构 、 深入研究其在生物体生理及病理 过 程中所发 挥的作 用 , 并揭示其作用机 制 , 不仅能 够 加深对生物体生理及病理过 程 的认 识 , 同时也能给某些疾病的诊 断 、 防治提供新的思路及解决途 径 本文 综述了近年来有 关 Lnc NA
4、 结 构 、 功能及作用机制相关研究进 展 , 以期为后 续 Lnc NA 相 关研究提供参 考 关键词 长链非编码 NA; 表观遗传学 ; 可变剪切 ; 分子支架 ; 分子向导 中图分类号 Q7 Structures and Functions of Long Non-coding NAs and Its oles in Diseases WANG Ting-Mei1) , QU Li-Na2) * , LI Ying-Hui1) , 2) * ( 1) School of Life sciences, Northwestern Polytechnical University, Xi an
5、 710072, China; 2) State Key Laboratory of Space Medicine Fundamentals and Application, China Astronaut esearch and Training Center, Beijing 100094, China) Abstract In human, over 70% of genome is continuously transcribed In fact, only 1% 2% of the genome are coding genes, while 80% 90% non-coding r
6、egulatory elements are transcribed into long non-coding NAs ( Lnc NA) Studies of Lnc NAs have the potential to be more challenging than other NAs Lnc NA tends to be poorly conserved interspecies and its expression often shows more cell type specific than protein coding genes In addition, Lnc NA also
7、 shows low expression levels It is now well appreciated that Lnc NA was involved in a wide variety of biological processes, such as epigenetics, cancer, and brain function Current evidence suggests that Lnc NA could regulate gene expression by diverse mechanisms ( execute molecular functions as scaf
8、fold molecules, molecular guides, molecular decoys, and mediators on signaling pathway) and it may largely depend on the structure of Lnc NA Comprehensive discovery of the structure, function and mechanism of Lnc NA not only provides a useful explanations of the physiological and pathological proces
9、ses of the organism, but also gives us a new 收稿日期 : 2014-11-02; 接受日期 : 2015-01-29 国家科技重大专项重大新药创制项 目 ( No 2012ZX09J12201) 和国家重大科学仪器设备开发专项项目 ( No 2103YQ19046706) 资 助 * 联系 人 Tel: 010-66365757; E-mail: Linaqu 263 net; Tel: 010-66362021; E-mail: yinghuidd vip sina com eceived: November 2, 2014; Accepted:
10、 January 29, 2015 Supported by National Science and Technology Major Project of China ( No 2012ZX09J12201) and Major National Scientific Instrument and Equipment Development Project of China ( No 2103YQ19046706) * Corresponding author Tel: 010-66365757; E-mail: Linaqu 263 net; Tel: 010-66362021; E-m
11、ail: yinghuidd vip sina com 660 中国生物化学与分子生物学 报 第 31 卷 perspective to diagnosis, prevent and treatment some clinical diseases Here we review the recent progress of the structure, function and underlying functional mechanisms of Lnc NA Key words Lnc NA; epigenetic; alternative splicing; scaffold molec
12、ules; molecular guides 研究发现 , 在哺乳动物基因组中 , 只有不到 2% 的 转录产物具有蛋白 编码功 能 , 其 余 98% 均为非 编 码 NA ( noncoding NA, nc NA) 1, 2 根据核苷 酸 序 列 的 长 度 , nc NA 可 分 为 短 链 nc NA ( short / small nc NA) 和长 链 Lnc NA( long nc NA) , 二者 之 间 并没有特别严格的界 限 , 仅 以 nc NA 核苷酸序 列 的长度来区 分 , 一般将长 度大 于 200 核苷 酸 nc NA 定 义 为 Lnc NA 3-7 根 据
13、核苷酸序列长度定 义 Lnc NA 虽已得到了普 遍的公 认 , 但缺乏严谨 性 8 , 已 有 报道证 实 , 有 些 Lnc NA 的长度就小 于 200 个 核 苷 酸 9 Lnc NA 分 布 广 泛 , 在 动 物 10, 11 、 植 物 12 、 酵 母 13 甚 至 病 毒 4 中均发现 有 Lnc NA 存 在 , 其功能几乎 涉 及到生物体生理及病理的全部生 物学过 程 , 既能调节细胞的增 殖 、 分化及代谢等生理 过 程 , 也参与调 节机体的各种病理过 程 , 如癌 症 、 糖 尿 病 、 免疫 病 、 阿尔茨海默病 等 14, 15, 32 , 41 本文对 近 年
14、来有 关 Lnc NA 的结 构 、 功能及其作用机制的研 究进展进行综 述 1 Lnc NA 的分子结构 尽 管在过 去 20 多年 里 , 也 有关 于 Lnc NA 的 一 些报 道 , 但高通 量 测序技术的发展才使得从基因水 平研 究 Lnc NA 成为 可 能 15 为了更深入地展 开 Lnc NA 相关研 究 , 了解其功能及作用机 制 , 科学 家 们根 据 Lnc NA 在 基因 组中所处的位置及背 景 , 将 Lnc NA 分为基因 间 Lnc NA ( intergenic Lnc NA) 和 内 含 子 Lnc NA ( intronic Lnc NA) 以 及 正 义
15、 Lnc NA ( sense Lnc NA) 和反 义 Lnc NA( antisense Lnc NA) 等 4 种类 型 4 , 也有人 将 Lnc NA 分 为 5 类 , 即 正 义 、 反 义 、 双 向 、 基 因 内 Lnc NA 及基因 间 Lnc NA 等 5 种类 型 2, 8 结 构是功能的基 础 , 任何物质的功能发挥都离 不开其特有的 分 子结 构 , 研究一个物质的结构是了 解 其 功能及其作用机制必要前 提 因 此 , Lnc NA 分 子 的结构解析 对 Lnc NA 的功能及作用 机制研究 同 样具有非常 重要 的作 用 但由 于 Lnc NA 处于生 物
16、体这个复杂的 整 体 中 , 其自身会受到生物体的调控 而 发生相应的 变 化 , 加之数量庞 大 、 分子量 大 、 体 外 稳定性 较 差 、 难以结晶等特 点 , 使得其结构研究困难 重 重 , 目前仅有少量研究报道其结 构 1. 1 Lnc NA 的一级结构 Lnc NA 的一级结构即 为 Lnc NA 的核 苷酸 排 列 顺 序 Lnc NA 调节基因功能的途径多种多 样 , 其 中最为重要的一种方式便是通过碱基互补配对方式 与靶基因结合来直接调节靶基因的转录翻译或间接 调节靶基因上游或下游基 因的转录翻 译 16 , 碱基 配 对的基础 便 是其一级 结 构 研究报 道 Lnc N
17、A Gas5 可 直 接 与 糖皮 质激 素上 的 DNA 结 合 域 ( DNA- binding domain) 结 合 , 进而与含有糖皮质激 素反 应 元 件 ( glucocorticoid response elements) 目的基因 竞 争 并调节其表 达 17 , 而与靶 标碱基互补配对的基础 便 是 Lnc NA 的一级结 构 Lnc NA 参与调节的 靶 标 既 可 以 是 mi NA 也可以 是 m NA, 如 Linc-MD1 通过碱基互补配对的方 式 与 mi -133 和 mi -135 结 合 , 竞争性抑制二者与靶基因的结 合 , 进而发挥调 节 肌肉分化的作
18、 用 18 ; 而 Lnc NA1 /2-sbs NAs ( half- STAU1-binding site NAs) 则 可 与 m NA 的 3-UT 区 的 Alu 元件不完全配对结 合 , 而 形 成 NA 结合 蛋 白 Stau1 的结合位 点 , 促 进 Stau1 与 m NA 的结 合 , 通 过 SMD ( stau1-mediated m NA decay ) 途 径 使 m NA 降 解 19 1. 2 Lnc NA 的高级结构 Lnc NA 二 级结构及 三级结 构 ( 空间结 构 ) 是 Lnc NA 发挥其功能的 中 枢 20 2012 年 , Novikova
19、等 20, 21 报 道了人 类 S A Lnc NA ( steroid receptor NA activator Lnc NA) 二级 结构信 息 ( Fig 1) S A 能够激活数种 性 激素受 体 , 并与乳腺癌的发病密切 相 关 目 前 , 还没有更多关 于 Lnc NA 空间结 构 ( 三 级 结构及四级结 构 ) 的 研究报 道 , 现有的关 于 Lnc NA 高级结构的认识仅来源 于 NEAT1 NEAT1 的两个 亚 基拥有相同 的启动子及相似表达 量 ( 人 NEAT1 亚 基 为 : NEAT_V1 3. 7kB, NEAT_V2 22. 7 kB ) , 二者 均
20、参 与 特 异 性 核 腔 隙 ( specific nuclear compartments) -paraspeckles 的 形 成 21 LncNA 结 构相关研究是 一 个全新的未知领 域 , 随着研究的 深 入 , 越来越 多 Lnc NA 在 生物体生理病理过程中发 挥的功能及其 作 用机制被大家所认 知 这些作用 机 制可能依赖它的一级结构 或 / 和二级结构 或 / 和三 级 结 构 因 此 , Lnc NA 的 结 构 解 析 是 深入了 解 王婷梅 等 : Lnc NA 的结 构 、 功能及其与疾病的关系 第 7 期 661 Fig 1 Secondary structur
21、e of entire S A Lnc NA Based on in-line probing experiments and SHAPE, both techniques detect single-stranded regions of NA 21 Lnc NA 的功能及其作用机制的必经之 路 2 Lnc NA 的生物学功能 2. 1 Lnc NA 与癌症 目 前 , 关 于 Lnc NA 功能相关研究 中 , 最为深 入 的 便 是其在 癌症 中的 作 用 大 量 的 研 究 报 道 , Lnc NA 在肿瘤的发 生 发展过程中均具有极其重要 的作 用 22, 23 , 它既可作为原癌基
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- LncRNA 结构 功能 及其 疾病 关系
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