westernblot失败经验总结.doc
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1、【精品文档】如有侵权,请联系网站删除,仅供学习与交流westernblot失败经验总结.精品文档.westernblot失败经验总结1我做了很久的WB,最大的一个难点感觉在于样品制备上!蛋白的降解有些时候是你想象不到的,可能出奇的糟糕,也可能完全没事如果单独做WB的话,感觉以“快速彻底裂解,先变性后保存”的原则比较有效,尽量选择足够强的裂解液,甚至直接给loading buffer裂解,然后取出部分蛋白定量,其余加入loading buffer100度充分变性,再分装保存。有些时候比蛋白酶抑制剂更有效。另一个感觉就是样品中目的蛋白的量,限于WB的检测下限问题,一般目的蛋白量最好别低于1ng(虽
2、然ECL法下限是0.1ng,即100pg),最好在10ng以上为好。这就要求在做WB之前必须充分考虑目的蛋白的可能丰度,最好充分的准备工作然后再设计细胞量或者组织量,千万别把样品搞稀了,否则就不好办了。最后,还是多看文献,在做某个蛋白之前最好看看别人是如何做的,有什么特殊要求,内参如何选等等。 westernblot失败经验总结2我就跑胶和转膜谈一点儿自己的体会1、跑胶 电泳Buffer重复利用的时候要注意,不能混浊,有时候能用个34次,有时候第二次都不行了,事先前预电泳一下,看看气泡的均匀度;Buffer一定要淹过梳子孔,否则就会发现今天的蛋白不会跑;跑的时候先用低电压跑过浓缩胶,再换高电压
3、跑分离胶,不要追求速度,慢慢跑条带会分离的更好,特别是对于高分子量的目的蛋白;2、转膜 我用的是湿转,Buffer一定要预冷,最好提前一天配好放4度;滤纸不要大过PVDF膜,防止短路;胶在负极,膜靠近正极,放入Tank前检查一遍会使你免以体会放反的痛心疾首;膜要标记好正反面;转膜过程中,经常过去看看,防止意外,如电泳仪接触不好。心得总蛋白提取(胞膜,胞浆,胞核): 组织匀浆后,15000g, 4度, 20分钟后,取上清.Buffer:NP40 750ul, 脱氧胆酸钠0.5克, SDS 0.1克, 加1*PBS 至100ml. 再加入PMSF(7.4mg/ml) 0.1ml. (现用现加)7.
4、4mg/ml PMSP异丙醇溶液: 取A mg PMSF 加 A/7.4 ml 异丙醇.工厂-20度储存组织膜蛋白提取:所在操作冰上进行(1)取组织,用PBS冲洗干净组织上的血液. 加入 10ml Buffer A , 用剪刀尽可能剪碎组织,于冰上充分匀浆。每次30秒,重复3-5次.(2)离心机 1000rpm,4 离心 10min 后,所得上清液转入超速离心管。(去掉大块组织及结缔组织)(3)100000g,4 离心 1hr, 弃去上清.(此为胞浆蛋白,若只提取胞浆蛋白,可用10000rpm, 4度, 30分钟离心,取上清即可 )。沉淀用适量的 Buffer B重悬,4度过夜后,分装至 EP
5、管,Eppendorf 台式离心机 10000rpm,4 离心 30min。(4)收集所得上清液即为膜组份。Buffer A: 0.32M 蔗糖,5mM Tris-HCl(PH 7.5),120mM KCl,1mM EDTA, 1mM EGTA, 0.2mM PMSF, 1ug/ml Leupeptin, 1ug/ml Pepstatin A, 1ug/ml Aprotinin。冰上预冷。Buffer B 20mM HEPES(PH 7.5),10% 甘油,2% Triton X-100, 1mM EDTA, 1mM EGTA, 0.2mM,PMSF, 1ug/ml Leupeptin, 1u
6、g/ml Pepstatin A, 1ug/ml Aprotinin。冰上预冷。所得蛋白分装EP管(每管约50ul),取一管测蛋白浓度,其它放入-70度深冻冰箱保存。如果要定量的话,最好能立即根据浓度,加入上样缓冲,煮沸,4度保存。反复冻融蛋白会降解,浓度不准。考马斯亮兰测蛋白浓度:考马斯亮兰配方:G250 0.4克, 95%乙醇100ml, 85% 磷酸 200ml, 加水至2000ml,过滤后使用。BSA标准液:0.5mg/ml BSA, 双蒸水配制。配制标准液(浓度分别为0,10,20,30,40,50ug/ul):1234536G2503ml3ml3ml3ml3ml3ml0.5mg/m
7、l BSA-20ul40ul60ul80ul100ulddH2O100ul80ul60ul40ul20ul-待测蛋白配液:每管3ml G250,2ul样品,98ul ddH2O。(若加入样品后,液体没有变蓝色,则可再加2ul样品,ddH2O减为96 ul,标准液浓度可适当扩大。)紫外分光光度计,595nm,用1号管调零,制出标准曲线, 标准方程及R值(R值应大于0.99, 否则操作误差较大),测量待测蛋白OD值,算出蛋白浓度。(若加入2ul样品,则浓度值需除2,方为真正浓度; 若加4ul样品,则除4)聚丙烯酰胺电泳:1自来水,洗涤剂清洗玻璃板,用ddH2O冲洗干净,立放于盒子内,60度烤箱烘干
8、备用。2配胶:凝胶储备液(30% Acr/Bise):丙烯酰胺29克,双体甲叉双丙烯酰胺1克,加水至100ml。(有说要棕色瓶保存,3个月换新的,30%的丙烯酰胺如有沉淀,最好弃掉)10%APS:0.1克过硫酸铵,加 ddH2O至1 ml.(4度保存,一周内使用),本人都是配新鲜的用。10%SDS: 1克SDS,10 ml ddH2O. (不溶时,可加热50度左右助溶.)TEMED: 原液即可.0.5M Tris-HCl (PH6.8);1.5M Tris-HCl (PH8.8): 9.0855克Tris, 加入ddH2O溶解后,用HCL调PH至8.8,加ddH2O到50ML配胶的浓度和方法书
9、上都有,不详细说了!本人做的是70KD 和17KD 的分子量,分别配了10%和12%的分离胶,4%的浓缩胶。摇动溶液充分混合(不要过于剧烈以免引入过多地氧气)灌入2/3的分离胶后(估计距梳子底1CM)应立即用ddH2O封胶。等到能看清水和胶的分界线,则可配浓缩胶。用面巾纸吸干水后,注入浓缩胶,至顶。插入梳子,不要有气泡。蓝色字体是从别人贴子上看到的这些小孔的孔径随 “双丙烯酰胺丙烯酰胺” 比率的增加而变小,比率接近 1:20 时孔径达到最小值。SDS聚丙烯酰胺凝胶大多按“双丙烯酰胺丙烯酰胺”为1:29 配制,试验表明它能分离大小相差只有3% 的蛋白质。分离胶及浓缩胶均可事先配好(除AP及TEM
10、ED外),过滤后作为储存液避光存放于4,可至少存放1个月,临用前取出室温平衡(否则凝胶过程产生的热量会使低温时溶解于储存液中的气体析出而导致气泡,有条件者可真空抽吸3分钟),加入10%AP(0.70.8:100, 分离胶浓度越高AP浓度越低,15%的分离胶可用到0.5:100)及TEMED(分离胶用0.4:1000, 15%的可用到0.3:1000,浓缩胶用0.8:1000)PAGE配胶的试剂和配方比例对电泳结果的质量当然有决定性的影响,这个配胶的比例,在分子克隆上有详细的论述。容易忽视的问题主要在于过硫酸铵(AP)一定要新鲜最好用小指管配AP(写日期)保存在-20度,超过2周的AP扔掉算了,
11、或者已经反复打开使用多次的AP都别用。 胶浓度10%时可用0.1%的SDS封,浓度10%时用水饱和的异丁醇或异戊醇,也可以用0.1%的SDS),封胶后切记,勿动。如用醇封胶需用大量清水及ddH2O冲洗干净,然后加少量0.1%的SDS,目的是通过降低张力清除残留水滴。等浓缩胶凝的时间,就可以配蛋白了。按照想要的浓度加入LOADING BUFFER配制。本人按每孔总体积20ul, 终浓度1* RSB,含50ug蛋白混合样品,不足的体积用1* PBS补足。短暂离心后,沸水中煮5分钟,放室温,用时再短暂离心。例如. 50ug/20ul,做2.5孔, 即50ul,125ug1234蛋白浓度1033 ug
12、/ ul1391 ug/ ul1487 ug/ ul1903 ug/ ul所需体积12.1 ul9 ul8.4 ul6.6 ul5*RSB10 ul10 ul10 ul10 ul1* PBS27.9 ul31 ul31.6 ul33.4 ul5*RSB: 1.89克 Tris-HCL(PH 6.8), 5克 SDS, 0.125克溴酚蓝, 25ML 甘油.(很粘稠)Beta-巯基乙醇用时现加,按25%比例.10* PBS: Nacl 4.25克,Na2HPO4. 12H2O 15.4g, NaH2PO4 2H2O 1.4g, 调PH到7.2-7.4,加ddH2O到500ML约30分钟左右, 取
13、下梳子,将胶板放入电泳槽内,加入1*电泳缓冲液, 冲洗加样孔. 微量进样器逐个加样,空泳道加入1* RSB. 两胶板之间的电泳液要满. 接好正负极, 开始电泳, 可先小电压,约50V ,大约跑过浓缩胶后再改为100V. 观察MARKER的情况, 适时终止电泳.建议说目的带要跑到分离胶的2/3处比较好,但本人一直都在上1/3处,结果也还可以.预染MARKER很重要,开始选了一个国产的,总是跑不好,后来换成NEB的,效果很好,而且也不贵,范围也比较广,把我要的7.,42.17全都包括在内.如果浓缩胶跑的好的话, 几个孔的蛋白会跑成一条直线.注意加样时间要尽量短,以免样品扩散,为避免边缘效应,可在未
14、加样的孔中加入等量的样品缓冲液未聚合的丙烯酰胺具有神经毒性,操作时应该戴手套防护.梳子插入浓缩胶时,应确保没有气泡,可将梳子稍微倾斜插入以减少气泡的产生,梳子拔出来时应该小心,不要破坏加样孔,如有加样孔上的凝胶歪斜可用枕头插入加样孔中纠正但要避免枕头刺入胶内.10* 电泳缓冲液: Tris7.58克, 甘氨酸36克, SDS 2.5克, ddH2O定容到250ML. 不好溶,可用搅拌器.可重复使用,每次加一些新的进去.但本人每次都是配新的,也不麻烦.转膜跑完电泳后,取出胶,可以一块做考马思亮蓝R250染色约30分钟, 脱色液脱色, 看看蛋白条带跑的如何,上样量如何.另一块可用做转膜. 放入转移
15、缓冲液中摇30分钟左右(有次着急只晃了10分钟,结果也挺好的)。开始用的PVDF膜, 0.45um, 用国产的MARKER后,总是染的不清楚, 而且无论时间长短, 最后一块滤纸都会被染色. 后来换了NEB后,PVDF也不容易上色(可能和PVDF的质量有关,我买的虽然也是MILLIPORE,但好像比较便宜20CM*10CM才50块钱). 丽春红染色也很少能看清条带,后来发现,染色后用甲醇洗,比较容易看出来,但是很难洗掉红色,不知道有没有影响。后来换成NC膜,0.22um ,效果挺好的,MARKER易染上,丽春红也易着色,还一洗就掉。能比较清楚的了解转膜效果。不同转膜仪和电源转膜的条件不同,我用的
16、是BIO-RAD 的半干转(电压不过25V的那款),电源是BIO-RAD的PC200,70KD的我转50分钟,20V,17KD的转20V,30分钟左右,条件不是很稳定,有时半路打开盖子看看MARKER转的情况,但膜和胶的位置一定不能窜。也有人说用恒流,说1.2-2MA/CM2我看了一下,我的胶大约都是5*3左右大的,20V一般电流会是60-30MA之间,要是这样算的话,最高就30MA, 我不太清楚.如果用PVDF膜,先用甲醇浸泡一段时间,我一般是5分钟,但也有人说不过30秒,不清楚。换了NC膜就直接放入转移缓冲液中的,晃30分钟左右。滤纸开始是买的那种专用滤纸,上面三张,下面三张,后来有人说这
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