基因诊断与基因治疗.doc
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1、【精品文档】如有侵权,请联系网站删除,仅供学习与交流基因诊断与基因治疗基因诊断与基因治疗能够在比较短的时间从理论设想变为现实,主要是由于分子生物学的理论及技术方法,特别是重组DNA技术的迅速发展,使人们可以在实验室构建各种载体、克隆及分析目标基因。所以对疾病能够深入至分子水平的研究,并已取得了重大的进展。因此在20世纪70年代末诞生了基因诊断(gene diagnosis);随后于1990年美国实施了第一个基因治疗(gene therapy)的临床试验方案。可见,基因诊断和基因治疗是现代分子生物学的理论和技术与医学相结合的范例。 基因诊断 o 基因诊断的含义 传统对疾病的诊断主要是以疾病的表型
2、改变为依据,如患者的症状、血尿各项指标的变化,或物理检查的异常结果,然而表型的改变在许多情况下不是特异的,而且是在疾病发生的一定时间后才出现,因此常不能及时作出明确的诊断。现知各种表型的改变是由基因异常造成的,也就是说基因的改变是引起疾病的根本原因。基因诊断是指采用分子生物学的技术方法来分析受检者的某一特定基因的结构(DNA水平)或功能(RNA水平)是否异常,以此来对相应的疾病进行诊断。基因诊断有时也称为分子诊断或DNA诊断(DNA diagnosis)。基因诊断是病因的诊断,既特异又灵敏,可以揭示尚未出现症状时与疾病相关的基因状态,从而可以对表型正常的携带者及某种疾病的易感者作出诊断和预测,
3、特别对确定有遗传疾病家族史的个体或产前的胎儿是否携带致病基因的检测具有指导意义。o 基因诊断的原理及方法 (一)基因诊断的原理疾病的发生不仅与基因结构的变异有关,而且与其表达功能异常有关。基因诊断的基本原理就是检测相关基因的结构及其表达功能特别是RNA产物是否正常。由于DNA的突变、缺失、插入、倒位和基因融合等均可造成相关基因结构变异,因此,可以直接检测上述的变化或利用连锁方法进行分析,这就是DNA诊断。对表达产物mRNA质和量变化的分析为RNA诊断(RNA diagnosis)。(二)基因诊断的方法基因诊断是以核酸分子杂交(nucleic acid molecular hybridizati
4、on)和聚合酶链反应(PCR)为核心发展起来的多种方法,同时配合DNA序列分析,近年新兴的基因芯片可能会发展成为一种很有用的基因诊断方法。 DNA诊断 常用检测致病基因结构异常的方法有下列几种。斑点杂交:根据待测DNA 样本与标记的DNA探针杂交的图谱,可以判断目标基因或相关的DNA片段是否存在,根据杂交点的强度可以了解待测基因的数量。等位基因特异的寡核苷酸探针(allele-specific oligonucleotide probe, ASO probe)杂交:是一种检测基因点突变的方法,根据点突变位点上下游核苷酸序列,人工合成约19个核苷酸长度的片段,突变的碱基位于当中,经放射性核素或地
5、高辛标记后可作为探针,在严格杂交条件下,只有该点突变的DNA样本,才出现杂交点,即使只有一个碱基不配对,也不可能形成杂交点。一般尚合成正常基因同一序列,同一大小的寡核苷酸片段作为正常探针。如果受检的DNA样本只能与突变ASO探针,不与正常ASO探针杂交,说明受检二条染色体上的基因都发生这种突变,为突变纯合子;如果既能与突变ASO探针又能与正常ASO探针杂交,说明一条染色体上的基因发生突变,另一条染色体上为正常基因,为这种突变基因的杂合子;如果只能与正常ASO探针杂交,不能与突变ASO杂交,说明受检者不存在该种突变基因,如图21-1所示。若与PCR方法联合应用,即PCR/ASO探针杂交法(PCR
6、/ASO probe hybridization),是一种检测基因点突变的简便方法,先用PCR方法扩增突变点上下游的序列,扩增产物再与ASO探针杂交,可明确诊断突变的纯合子和杂合子。此法对一些已知突变类型的遗传病,如地中海贫血、苯丙酮尿症等纯合子和杂合子的诊断很方便。也可分析癌基因如H-ras和抑癌基因如p53的点突变。单链构象多态性(single strand conformation polymorphism, SSCP)分析相同长度的单链DNA因其序列不同,甚至单个碱基不同,所形成的构象不尽相同,在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳时速度就不同,若单链DNA用放射性核素标记,显影后即可区分电泳条带
7、。一般先设计引物对突变点所在外显子进行扩增,PCR产物经变性成单链后进行电泳分析。PCR/SSCP方法,能快速、灵敏、有效地检测DNA突变点,如图21-2,此法可用检测点突变的遗传疾病,如苯丙酮尿症、血友病等,以及点突变的癌基因和抑癌基因。限制性内切酶图谱(restriction map)分析,如果DNA突变后改变了某一核酸限制性内切酶的识别位点,使原来某一识别位点消失,或形成了新的识别位点,那么相应限制性内切酶片段的长度和数目会发生改变。一般基因组DNA经该种限制性内切酶水解,再做Southern印迹,根据杂交片段的图谱,可诊断该点突变,如图21-3所示。如果用PCR扩增该突变点的外显子,P
8、CR产物经该种酶消化后,进行琼脂糖电泳,溴乙锭染色后可直接观察片段的大小及数目。此法可用于检测有些限制性内切酶识别位点消失的遗传疾病,如镰状细胞贫血。或基因缺失的疾病如地中海贫血症,单纯性生长激素缺乏症等。限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism ,RFLP)遗传连锁分析人群中个体间DNA的序列存在差异,据估计每100-200个核苷酸中便有1个发生突变,这种现象称为DNA多态性。有些DNA多态性可改变某一限制性内切酶的识别位点,因而产生了DNA限制性片段长度多态性。RFLP按孟德尔方式遗传,在某一特定的家庭中,如果某一致病基因与特定
9、的多态性片段连锁,可以遗传给子代,因此这一多态性片段可作为遗传标记,来判断该家庭成员或胎儿的基因组中是否携带该致病基因,见图21-4,此法可用于诊断甲型血友病、苯丙酮尿症、享延顿舞蹈病等。 DNA序列分析对致病有关的DNA片段进行序列测定,是诊断基因异常(已知和未知)最直接和准确的方法。 RNA诊断 RNA诊断主要是分析基因的表达功能,检测转录物的质和量,以判断基因转录效率的高低,以及转录物的大小。RNA印迹(Northern blot)RNA印迹是检测基因是否表达,表达产物mRNA的大小的可靠方法,根据杂交条带的强度,可以判断基因表达的效率。RT-PCR是一种检测基因表达产物mRNA灵敏的方
10、法,若与荧光定量PCR结合可对RT-PCR产物量进行准确测定。o 基因诊断的应用 (一)遗传疾病现知遗传疾病有数千种,但多数遗传疾病属少见病例,有些遗传疾病在不同民族,不同地区的人群中发病率不同,例如镰状细胞贫血(sickle cell anemia),非洲黑色人种发病率高,而囊性纤维化症(cystic fibrosis)常见于美国白色人种,这二种遗传疾病在我国为罕见病例。中国较常见的遗传疾病有地中海贫血、甲型血友病、乙型血友病、苯丙酮尿症、杜氏肌营养不良症(DMD)、葡萄糖-6磷酸脱氢酶(G-6PD)缺乏症、唐氏综合症(Downs syndrome)等。根据不同遗传疾病的分子基础,可采用不同
11、的技术方法进行诊断,不但可对有症状患者进行检测,而且对遗传疾病家族中未发病的成员乃至胎儿甚至胚胎着床前(preimplantation)进行诊断是否携带有异常基因,这对婚育具有指导意义。地中海贫血(地贫)是世界上最常见和发生率最高的一种单基因遗传疾病(monogenic disease),由于一种或几种珠蛋白合成障碍导致类与类珠蛋白不平衡造成的,临床以贫血、黄疸、肝脾肿大及特殊外貌为特征,地贫最常见的有两类:地贫和地贫。地贫(-thalassemias)的分子基础主要为珠蛋白基因缺失,也有部分病例是由于碱基突变造成的。可采用限制性内切酶图谱方法检测珠蛋白基因的缺失。人珠蛋白基因簇位于16号染色
12、体,长度29 kb,包含7个连锁的类基因或假基因。基因(1及2编码序列相同,仅非编码序列稍有差别,产物相同),该基因簇上有2个EcoRI识别位点,经EcoRI酶解,进行Southern印迹,用标记的基因片段作探针,得到一条23 kb的杂交条带,BamHI识别位点有4个,但只有14 kb片段能与mRNA基因探针杂交,见图21-5。Hb Barts胎儿水肿综合征:由于该病患儿二条16号染色体的4个珠蛋白基因均缺失,不能合成链,胎儿全身水肿、肝脾肿大、四肢短小,常于妊娠3040周死亡或早产后半小时内死亡。样本DNA经限制性内切酶图谱分析不能显示珠蛋白基因区带,RNA诊断也测定不出有珠蛋白基因的mRN
13、A。缺失型HBH病:由于一条16号染色体上的两个珠蛋白基因均缺失,另一条16号染色体上则缺失一个珠蛋白基因,并缺失3.7 kb长度的DNA片段(右侧缺失型)或4.2 kb片段(左侧缺失型),DNA诊断只产生19 kb长度的EcoRI片段,或10kb BamHI片段。标准型地贫:一条16号染色体上2个珠蛋白基因全部缺失。而另一条16号染色体上具有2个正常的珠蛋白基因,DNA诊断结果,EcoRI和BamHI都出现与正常一样的23 kb或14 kb的条带,但杂交条带的放射性自显影较正常人浅。地贫(-thalassemias)的基因诊断:地贫的分子基础不同于地贫,珠蛋白基因通常并不缺失,而是由于基因点
14、突变或个别碱基的插入或缺失。每一民族和人群珠蛋白基因点突变部位不尽相同,都有特定的类型谱。(二)感染性疾病过去对感染性疾病(infectious diseases)的诊断,一是直接分离检查病原体,或者对患者血清学或生物化学的分析。有些病原体不容易分离,有些需经过长期培养才能获得。血清学对病原体抗体的检测虽然很方便,但是病原体感染人体后需要间隔一段时间后才出现抗体,并且血清学检查只能确定是否接触过该种病原体,但不能确定是否有现行感染,对潜伏病原体的检查有困难。对感染性疾病的基因诊断具有快速、灵敏、特异等优点。80年代建立的PCR技术已广泛应用于对病原体的检测。一般根据各病原体特异和保守的序列设计
15、引物,有的还合成ASO探针,对病原体的DNA可用PCR技术直接检查,而对RNA病毒,则采用RT-PCR。现在市场已经有许多种病原体的测定药盒供应,每一盒包含扩增某种病原体的特异引物,所需的酶以及配妥的各种反应试剂,并附有可行的操作方法步骤。 病毒性感染: 多种病毒性感染都可采用基因诊断检测相应的病原体,如甲型、乙型、丙型和丁型肝炎病毒,人免疫缺陷病毒、可萨奇病毒、脊髓灰质类病毒、腺病毒、EB病毒、疱疹病毒、人巨细胞病毒、乳头状病毒等。最近新发现的SARS冠状病毒,在基因组(RNA)序列确定后,便很快建立了RT-PCR的基因诊断法。 细菌性感染: 可应用基因诊断检测多种致病性的细菌,如结核分枝杆
16、菌、痢疾性大肠杆菌、霍乱弧菌、淋球菌、绿脓杆菌等。 寄生虫: 恶性疟原虫、克鲁斯锥虫、利什曼原虫、血吸虫、弓形虫等都有基因诊断的方法 其它:如衣原体、支原体、真菌性感染也均用基因诊断。 (三)恶性肿瘤分析一些原癌基因的点突变、插入突变、基因扩增、染色体易位和抑癌基因的丢失或突变,可以了解恶性肿瘤的分子机制,有助于对恶性肿瘤的诊断,对肿瘤治疗及预后有指导意义。(四)法医学中的应用对生物个体识别和亲子鉴定传统的方法有血型、血清蛋白型、红细胞酶型和白细胞膜抗原(HLA)等,但这些方法都存在着一些不确定的因素。近年来对人基因结构的深入研究发现,有些具有个体特征的遗传标记可用于个体识别和亲子鉴定。1.
17、DNA指纹分析(DNA fingerprinting)近年研究发现,人类基因组中许多位点存在着一种可变串联重复序列(variable number of tandem repeat,VNTR)。这种VNTR主要存在于基因的非编码区,重复序列是头对尾串联排列着。人类某些VNTR是由20-50个重复单位组成,每个单位含15-100 bp,DNA的长度为1kb至5kb,较普通卫星DNA(约100 kb)小,所以称为小卫星DNA(minisatellite DNA)。经研究发现VNTR有高度的多态性,在人群中的分布表现高度的个体特异性,甚至同一个体同源染色体的等位VNTR的重复单位数也不同,等位基因按
18、孟德尔方式遗传。VNTR区的重复单位数目不同,所以该区的DNA长度不同。但每一位点VNTR的核心序列却有高度的保守性,因此可认为VNTR是一种判断个体的遗传标记。1985年, Jeffreys根据VNTR的特点,选择某些核心序列作为探针,并选用核心序列无切割位点的限制性内切酶如Hinf1,对DNA样品进行酶解,然后作Southern印迹。图谱显示不同个体具有不同条带,如同人的指纹具有高度的个体特异性一样,因此把这种Southern印迹图称作DNA指纹图谱(DNA fingerprint),如图21-6所示。实验证明,除同卵双生子有相同的图谱外,两个人不可能有完全相同的图谱,所以这种方法对个体识
19、别,亲子鉴定,嫌疑罪犯的判断准确可靠。图21-7是引自文献报道的结果。可是Sourthern印迹技术操作繁琐,所需时间长,需要DNA量较大,若DNA降解还会影响对结果的判断 。所以,Jeffreys又根据每一VNTR区翼侧保守序列设计引物,用PCR方法对该区进行扩增,因VNTR长度不同,所以产物经琼脂糖凝胶电泳,染色后,根据条带的不同,可以判断结果。这种方法既方便又省时,对部分酶解DNA也适用,对单根毛发,血斑,皮屑和精迹都可进行分析。但有些VNTR重复片断较长,PCR难以扩增。 短串联重复(short tandem repeat,STR)多态性分析 90年代初,发现人基因组中存在着数量众多的
20、STR, STR的重复单元较短,核心序列含2-4 bp,DNA片段长度为100-500 bp,故称为微卫星DNA (microsatellite DNA).与VNTR相同, 有不少的微卫星DNA存在着个体间重复单元数目不同的多态性, 所以是一种应用价值很高的遗传标记。又因为微卫星DNA 较短,易进行PCR操作,也能适用于降解的DNA分析。目前,STR-PCR技术在法医学中的应用已占主导地位。VNTR和STR除在法医学中的应用外,还用于遗传作图, 基因定位及遗传疾病的诊断等。 基因治疗 o 基因治疗的慨念 (一)基因治疗的定义从基因角度可以理解为对缺陷的基因进行修复或将正常有功能的基因置换或增补
21、缺陷基因的方法。若从治疗角度可以广义地说是一种基于导入遗传物质以改变患者细胞的基因表达从而达到治疗或预防疾病的目标的新措施。导入的基因可以是与缺陷基因相对应的有功能的同源基因或与缺陷基因无关的治疗基因。基因治疗有两种形式,一种是改变体细胞的基因表达,即体细胞基因治疗(somatic gene therapy),另一种是改变生殖细胞的基因表达,即种系基因治疗(germline gene therapy),从理论上讲,若对缺陷的生殖细胞进行矫正,不但当代可以得到根治,而且可以将正常的基因传给子代。但生殖的生物学极其复杂,且尚未清楚,一旦发生差错将给人类带来不可想象的后果,涉及一系列伦理学的问题,目
22、前还不能用于人类。在现有的条件下,基因治疗仅限于体细胞,基因型的改变只限于某一类体细胞,其影响只限于某个体的当代。(二)基因治疗的方式基因治疗的方式(type of gene therapy)主要有3类,一类为基因矫正或置换,即对缺陷基因的异常序列进行矫正,对缺陷基因精确地原位修复,或以正常基因原位置换异常基因,因此不涉及基因组的任何改变,目前尚无体内成功的报道。另一类为基因增补,不去除异常基因,而是通过外源基因的导入,使其表达正常产物,从而补偿缺陷基因的功能。再有一类为基因封闭,有些基因异常过度表达,如癌基因或病毒基因可导致疾病,可用反义核酸技术、核酶或诱饵(decoy)转录因子来封闭或消除
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