浅析分光光度法、PCR技术、生物芯片技术、膜片钳技术和干细胞技术的原理及在体育实践中的应用1.doc
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1、【精品文档】如有侵权,请联系网站删除,仅供学习与交流浅析分光光度法、PCR技术、生物芯片技术、膜片钳技术和干细胞技术的原理及在体育实践中的应用1.精品文档.浅析分光光度法、PCR技术、生物芯片技术、膜片钳技术和干细胞技术的原理及其在体育实践中的应用。作者:石建东 (单位:河南大学体育学院 专业:运动人体科学)摘要:随着生物科学和生物技术的日益发展,人们越来越重视对生物学研究手段的了解和掌握。作为新世纪的运动生物科学专业的研究者有必要学习DNA重组技术的原理和方法,学会和掌握DNA重组技术。这样才能在将来的体育事业的发展中发挥出自己的知识和能力,更加适应体育事业的发展。关键词:分光光度法 PCR
2、技术 生物芯片技术 膜片钳技术 干细胞技术引言:二十一世纪是生物学的世纪,分子生物学作为生物学最前沿的基础学科是生物学类专业通向生物高技术的必修课程,同时也是体育研究工作者必须掌握的基础理论知识。随着人们在分子生物学水平上的研究和学习的深入和广泛展开,除了在分子水平上了解生物学的本质特征外,在分子水平如何进行生物学操作是生物学界共同关心并十分重视的问题,并且也是从事体育科研工作者更加重视的问题。1. 现代生物实验技术的概述1.1.分光光度法1.1.1.分光光度法的概念分光光度法是通过测定被测物质在特定波长处或一定波长范围内光的吸收度,对该物质进行定性和定量分析的方法。 在分光光度计中,将不同波
3、长的光连续地照射到一定浓度的样品溶液时,便可得到与众不同波长相对应的吸收强度。如以波长()为横坐标,吸收强度(A)为纵坐标,就可绘出该物质的吸收光谱曲线。利用该曲线进行物质定性、定量的分析方法,称为分光光度法,也称为吸收光谱法。用紫外光源测定无色物质的方法,称为紫外分光光度法;用可见光光源测定有色物质的方法,称为可见光光度法。它们与比色法一样,都以Beer-Lambert定律为基础。 上述的紫外光区与可见光区是常用的。但分光光度法的应用光区包括紫外光区,可见光区,红外光区。1.1.2.分光光度法的原理核酸具有吸收紫外光线的能力,在波长为260nm的条件下具吸收峰值,而蛋白质在280nm时具有吸
4、收峰值。根据经验数据,纯核酸溶液OD260=1.82.0时,认为已达到所要求的纯度。在样品中含有蛋白质等杂质时,会使OD260/OD280的比值下降。用此法测定时,只能区别核酸和蛋白质,而无法区别质粒DNA与染色体DNA及RNA。1.2.PCR技术1.2.1.PCR技术的概念聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction),简称PCR,是一种分子生物学技术,用于放大特定的DNA片段。可看作生物体外的特殊DNA复制。 DNA聚合酶(DNApolymerase I)最早于1955年发现,而较具有实验价值及实用性的Klenow fragment of E. Coli则是于70年代
5、的初期由Dr. H. Klenow 所发现,但由于此酶不耐高温,高温能使之变性,因此不符合使用高温变性的聚合酶链式反应。现今所使用的酶(简称Taq polymerase), 则是于1976年从温泉中的细菌(Thermusaquaticus)分离出来的。它的特性就在于能耐高温,是一个很理想的酶,但它被广泛运用则于80年代之后。PCR最初的原始雏形概念是类似基因修复复制,它是于1971年由 Dr. Kjell Kleppe提出。他发表了第一个单纯且短暂性基因复制(类似PCR前两个周期反应)的实验。而现今所发展出来的PCR则于1983由 Dr. Kary B. Mullis发展出的,Dr. Mull
6、is当年服务于PE公司,因此PE公司在PCR界有着特殊的地位。Dr. Mullis 并于1985年与Saiki等人正式发表了第一篇相关的论文。此后,PCR的运用一日千里,相关的论文发表质量可以说是令众多其它研究方法难望其项背。随后PCR技术在生物科研和临床应用中得以广泛应用,成为分子生物学研究的最重要技术。Mullis也因此获得了1993年诺贝尔化学奖。1.2.2.PCR原理PCR的技术原理。DNA的半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶的作用下可以变性解链成单链,在DNA聚合酶的参与下,根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝。在实验中发现,DNA在高温时也可以发生变性解
7、链,当温度降低后又可以复性成为双链。因此,通过温度变化控制DNA的变性和复性,加入设计引物,DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。 但是,DNA聚合酶在高温时会失活,因此,每次循环都得加入新的DNA聚合酶,不仅操作烦琐,而且价格昂贵,制约了PCR技术的应用和发展。发现耐热DNA聚合酶-Taq酶对于PCR的应用有里程碑的意义,该酶可以耐受90以上的高温而不失活,不需要每个循环加酶,使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本,PCR技术得以大量应用,并逐步应用于临床。 PCR的工作原理。PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。
8、PCR由变性-退火-延伸三个基本反应步骤构成:模板DNA的变性:模板DNA经加热至93左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;引物的延伸:DNA模板-引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基互补配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链,重复循环变性-退火-延伸三过程就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。
9、每完成一个循环需24分钟,23小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。1.2.3.影响PCR的因素 PCR方法操作简便,但影响因素较多,欲得到好的反应结果,需根据不同的DNA模板,摸索最适条件.现将几种主要影响因素介绍如下: 、模板 单、双链DNA或RNA都可以作为PCR的样品,若起始材料是RNA,须通过逆转录得到第一条cDNA。虽然PCR可以仅用极微量的样品(甚至是来自单一细胞的DNA),但为了保证反应的特异性,一般还宜用ng量级的克隆DNA、g水平的染色体DNA或104拷贝的待扩增片段来做起始材料。原料可以是粗制品,但不能混有任何蛋白酶、核酸酶、TaqDNA聚合酶抑制剂以及能结合DNA的蛋
10、白。另外,有的实验者认为,用线性化的或缺刻的DNA比用超螺旋构型的DNA能获得更好的反应结果;虽然有时并没有进行线性化或缺刻的步骤,但因样品已存在有部分这种构型,故PCR亦能成功。 、引物 引物是决定PCR结果的关键。下列原则有助于引物的合理设计:(1)引物长度以15-30个碱基为宜,(G+C)含量约50%,应尽量避免数个嘌呤或嘧啶的连续排列;(2)避免引物内部形成二级结构,必要时应通过计算机进行结构分析;(3)两个引物之间不应发生互补,特别是在引物3端,避免形成“引物二聚体”;(4)人工合成的寡聚核苷酸引物最好经过PAGE或离子交换HPLC进行纯化;(5)引物浓度不宜偏离,浓度过高有两个弊端
11、,一是易形成引物二聚体,二是当扩增微量靶目标并且起始材料又比较粗时,容易产生非特异性产物。一般来说,用低浓度引物不仅经济,反应特异性也较好。 、Mg2+浓度 Mg2+浓度对反应物的特异性及产量有显著影响。浓度过高,使反应特异性降低;浓度过低,使产物产量减少。在各种单核苷酸浓度为200mol/L时,Mg2+为1.5mmol/L较合适。若样品中含有EDTA或其他螯合物,可适当增加Mg2+的浓度。在高浓度DNA及dNTP条件下进行反应时,也必须相应调节Mg2+的浓度。 、dNTP浓度 高浓度dNTP易产生错误掺入,而浓度过低,势必降低反应产物的产量。PCR常用50-200mol/L。四种脱氧单核苷酸
12、的浓度应相同,如果其中任何一种的浓度明显不同于其他几种时(偏高或偏低),就会诱发聚合酶的错误掺入作用,降低合成速度过早终止延伸反应。此外,dNTP能与Mg2+结合,使游离Mg2+降低。因此,dNTP的浓度直接影响到反应中起重要作用的Mg2+浓度。 、TaqDNA聚合酶用量 在100l反应液中,一般加入2.5U的酶量,足以达到每分钟延伸1000-4000个核苷酸的掺入速度。酶量过多导致产生非特异性产物。 、循环参数 PCR程序是把起始材料加热到90-95,保持短时间使双链DNA(dsDNA)解链,然后冷却到37-55,使引物同模板上与其相互补链的序列退火,再升温至70-75,在TaqDNA聚合酶
13、的作用下掺入单核苷酸使引物沿模板延伸。解链不完全是导致PCR失败的最主要原因。用DNA扩增仪时,94保持1分钟可使模板的起始物完全变性。若用低于94时条件,则需适当延时,但不可过长,因为高温环境对聚合酶活性保持不利。引物与模板退火温度由引物及GC含量决定。一般先用55的反应条件,如果在电泳检测时发现有并非所需的产物,则要增加退火温度。短时间退火(1-2分钟)有利于产物的特异性。引物延伸在70-75保温的时间根据扩增的片段的长短来调节。正常情况下,每分钟可延伸1kb的长度,如果扩增的片段在15bp左右(或者更少),则可免去此步骤,因为退火温度下聚合酶显示出的活性以完成短序列的合成。常规PCR一般
14、为25-40个周期。随着周期次数增加,TaqDNA 聚合酶活性降低、聚合时间延长、引物及单核苷酸减少等原因,反应后期容易发生错误掺入。所以,在满足产物得率的前提下,应尽量减少周期次数。1.3.生物芯片技术1.3.1生物芯片技术简介生物芯片技术是通过缩微技术,根据分子间特异性地相互作用的原理,将生命科学领域中不连续的分析过程集成于硅芯片或玻璃芯片表面的微型生物化学分析系统,以实现对细胞、蛋白质、基因及其它生物组分的准确、快速、大信息量的检测。按照芯片上固化的生物材料的不同,可以将生物芯片划分为基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片和组织芯片。目前,最成功的生物芯片形式是以基因序列为分析对象的“微阵列(m
15、icroarray)”,也被称为基因芯片(Gene chip)或DNA芯片(DNA chip)。1998年6月美国宣布正式启动基因芯片计划,联合私人投资机构投入了20亿美元以上的研究经费。世界各国也开始加大投入,以基因芯片为核心的相关产业正在全球崛起,目前美国已有8家生物芯片公司股票上市,平均每年股票上涨75,据统计全球目前生物芯片工业产值为10亿美元左右,预计今后5年之内,生物芯片的市场销售可达到200亿美元以上。生物芯片技术通过微加工工艺在厘米见方的芯片上集成有成千上万个与生命相关的信息分子,它可以对生命科学与医学中的各种生物化学反应过程进行集成,从而实现对基因、配体、抗原等生物活性物质进
16、行高效快捷的测试和分析。它的出现将给生命科学、医学、化学、新药开发、生物武器战争、司法鉴定、食品与环境监督等众多领域带来巨大的革新甚至革命。1.3.2.生物芯片技术研究背景 原定于2005年竣工的人类30亿碱基序列的测定工作(Human Genome Project,基因组计划)由于高效测序仪的引入和商业机构的介入已经完成,。怎样利用该计划所揭示的大量遗传信息去探明人类众多疾病的起因和发病机理,并为其诊断、治疗及易感性研究提供有力的工具,则是继人类基因组计划完成后生命科学领域内又一重大课题。现在,以功能研究为核心的后基因组计划已经悄然走来,为此,研究人员必需设计和利用更为高效的硬软件技术来对如
17、此庞大的基因组及蛋白质组信息进行加工和研究。建立新型、高效、快速的检测和分析技术就势在必行了。这些高效的分析与测定技术已有多种,如DNA质谱分析法,荧光单分子分析法,杂交分析等。其中以生物芯片技术为基础的许多新型分析技术发展最快也最具发展潜力。早在1988年,Bains等人就将短的DNA片段固定到支持物上,以反向杂交的方式进行序列测定。当今,随着生命科学与众多相关学科(如计算机科学、材料科学、微加工技术、有机合成技术等)的迅猛发展,为生物芯片的实现提供了实践上的可能性。生物芯片的设想最早起始于80年代中期,90年代美国Affymetrix公司实现了DNA探针分子的高密度集成,即将特定序列的寡核
18、苷酸片段以很高的密度有序地固定在一块玻璃、硅等固体片基上,作为核酸信息的载体,通过与样品的杂交反应获取其核酸序列信息。生物芯片由于采用了微电子学的并行处理和高密度集成的概念,因此具有高效、高信息量等突出优点。1.3.3.生物芯片技术检测的原理荧光标记和检测是利用荧光标记的DNA碱基在不同的波长下吸收和发射光。在微阵列分析中,多色荧光标记可以在一个分析中同时对二个或多个生物样品进行多重分析,多重分析能大大地增加基因表达和突变检测结果的准确性,排除芯片与芯片间的人为因素。荧光为基础的分析使得利用一些先进的数据获得技术成为可能,包括共聚焦扫描的CCD照相技术。用于芯片制备的无孔基质表面使得芯片检测中
19、的生化反应大大受益。玻璃基质所需的反应体积(5-200ul)比传统的分析要小的多(5-50ml),小反应体积降低了试剂的消耗,增加了微阵列分析中核酸的反应物的浓度(0.1-1um),相对于传统分析(0.1-4pm)增加100000倍之多,浓度的增加又能加速杂交的速度,从而减少获得强荧光信号的时间,并可用盖玻片封闭杂交槽进行杂交反应。 对于以核酸杂交为原理的检测技术,主要过程为:首先用生物素标记经扩增(也可使用其它放大技术)的靶序列或样品然后再与芯片上的大量探针进行杂交。用链霉亲和素(streptavidin)偶联的荧光素(常用的荧光素还有lassamine 和phycoerythrin)作为显
20、色物质,图象的分析则用落谢荧光显微镜、激光共聚焦显微镜或其它荧光显微装置对片基扫描,由计算机收集荧光信号,并对每个点的荧光强度数字化后进行分析。由于完全正常的 Watson-Crick配对双链要比具有错配(mismatch)碱基的双链分子具有较高的热力学稳定性,所以,前者的荧光强度要比后者强出5-35%。从这一点来说,该检测方法是具有一定特异性的,而且荧光信号的强度还与样品中靶分子含量呈一定的线性关系。1.3.4.生物芯片技术的应用意义对来源于不同个体(正常人与患者)、不同组织、不同细胞周期、不同发育阶段、不同分化阶段、不同病变、不同刺激(包括不同诱导、不同治疗阶段)下的细胞内的mRNA或逆转
21、录后产生的cDNA与表达谱基因芯片进行杂交,可以对这些基因表达的个体特异性、组织特异性、发育阶段特异性、分化阶段特异性、病变特异性、刺激特异性进行综合的分析和判断,迅速将某个或几个基因与疾病联系起来,极大地加快这些基因功能的确立,同时进一步研究基因与基因间相互作用的关系。所以,无论何种研究领域,利用表达谱基因芯片可以获得大量与研究领域相关的基因,使研究更具目的性和系统性,同时也拓宽研究领域1.4膜片钳技术1.4.1.膜片钳技术概述膜片钳技术又称单通道电流记录技术,研究离子通道的一种电生理技术,是施加负压将玻璃微电极的尖端(开口直径约1 m)与细胞膜紧密接触,形成高阻抗封接,可以精确记录离子通道
22、微小电流。能制备成细胞贴附、内面朝外和外面朝内三种单通道记录方式,以及另一种记录多通道的全细胞方式。1976年德国马普生物物理化学研究所Neher和Sakmann首次在青蛙肌细胞上用双电极钳制膜电位的同时,记录到ACh激活的单通道离子电流,从而产生了膜片钳技术。1980年Sigworth等在记录电极内施加5-50 cmH2O的负压吸引,得到10-100G的高阻封接(Giga-seal),大大降低了记录时的噪声实现了单根电极既钳制膜片电位又记录单通道电流的突破。1981年Hamill和Neher等对该技术进行了改进,引进了膜片游离技术和全细胞记录技术,从而使该技术更趋完善,具有1pA的电流灵敏度
23、、1m的空间分辨率和10s的时间分辨率。1983年10月,Single-Channel Recording一书问世,奠定了膜片钳技术的里程碑。Sakmann 和Neher也因其杰出的工作和突出贡献,荣获1991年诺贝尔医学和生理学奖。1.4.2.膜片钳技术原理膜片钳技术是用玻璃微电极吸管把只含1-3个离子通道、面积为几个平方微米的细胞膜通过负压吸引封接起来,由于电极尖端与细胞膜的高阻封接,在电极尖端笼罩下的那片膜事实上与膜的其他部分从电学上隔离,因此,此片膜内开放所产生的电流流进玻璃吸管,用一个极为敏感的电流监视器(膜片钳放大器)测量此电流强度,就代表单一离子通道电流。 膜片钳技术的建立,对生
24、物学科学特别是神经科学是一资有重大意义的变革。这是一种以记录通过离子通道的离子电流来反映细胞膜单一的(或多个的离子通道分子活动的技术。些技术的出现自然将细胞水平和分子水平的生理学研究联系在一起,同时又将神经科学的不同分野必然地融汇在一起,改变了既往各个分野互不联系、互不渗透,阻碍人们全面认识能力的弊端。1.5干细胞技术1.5.1.干细胞概述干细胞(stem cells, SC)是一类具有自我复制能力(self-renewing)的多潜能细胞,在一定条件下,它可以分化成多种功能细胞。根据干细胞所处的发育阶段分为胚胎干细胞(embryonic stem cell,ES细胞)和成体干细胞(somat
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