生化习题及大纲.doc
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1、【精品文档】如有侵权,请联系网站删除,仅供学习与交流生化习题及大纲.精品文档.习题 21图21的滴定曲线描述了谷氨酸的电离。请回答下列问题:指出三个pKa的位置;指出Glu和Giu各一半时的pH;指出谷氨酸总是带净正电荷的pH范围;指出Glu和Glu能作为一种缓冲液的共轭酸碱对的pH范围. 图2-1 谷氨酸的酸-碱滴定曲线 22为什么甘氨酸处在等电点时是以偶极离子的形式存在,而不是以完全不带电荷的形式存在?处在等电点时,其完全不带电荷的形式是多少? 23甘氨酸是乙酸甲基上的氢被氨基取代生成的,但是,甘氨酸羧基的pKa值比乙酸羧基 pKa低。为什么? 24在pH9.0时,计算赖氨酸的两性离子、阳
2、离子以及阴离子所占的比例。已知赖氨酸三个可电离基团-COOH,NH3+和- NH3+的pKa值分别为2.18、8.95和10.53。 25用强酸型阳离子交换树脂分离下述每对氨基酸,当用pH7.0的缓冲液洗脱时,下述每对中先从柱上洗脱下来的是哪种氨基酸? 天冬氨酸和赖氨酸;精氨酸和甲硫氨酸;谷氨酸和缬氨酸;甘氨酸和亮氨酸;丝氨酸和丙氨酸。 26计算出由Ala、Gly、His、Lys和Val所构成的可能的五肽数目。 27在大多数氨基酸中,COOH的pKa值都接近2.0,NH3的pKa值都接近9.0。但是,在肽中,COOH的pKa值为3.8,而NH3的pKa比值为7.8。你能解释这种差别吗? 28某
3、蛋白质用凝胶过滤法测定的表观分子量是90kD;用SDS-PAGE测定时,它的表观分子量是60kD,无论2-巯基乙醇是否存在。哪种测定方法更准确?为什么? 29一种分子量为24,000、pI为5.5的酶被一种分子量类似、但pI为7.0的蛋白质和另外一种分子量为100,000、pI为5.4的蛋白质污染。提出一种纯化该酶的方案。 210下面的数据是从一个八肽降解和分析得到的,其组成是:Ala、Gly2、Lys、Met、Ser,Thr、Tyr。该八肽 用CNBr处理,得到:Ala、Gly、Lys、Thr; Gly、Met、Ser、Tyr 用胰蛋白酶处理,得到:Ala、Gly; Gly、Lys、Met、
4、Ser、Thr、Tyr 用糜蛋白酶处理,得到:Gly、Tyr; Ala、Gly、Lys、Met、Ser、Thr 经分析,N末端残基是:Gly C末端残基是:Gly 请确定该肽的氨基酸顺序。解答: 21解答: 三个pKa的位置如图24所示 图24 谷氨酸的酸-碱滴定曲线显示出它的三个 pKa的位置以及它在不同pH下的电离状态 Glu和Glu各一半的pH值为967。 当pH小于3.22时,谷氨酸总是带净正电荷。 Glu和Glu作为一种缓冲液的共轭酸碱对的pH范围是pH4.25左右 22解答:因为羧基的酸性(pKa=2.36)比质子化的氨基的酸性强得多(pKa=9.60)。因此,羧基将倾向于供出质子
5、使氨基质子化,并且其平衡常数是107。这表明平衡状态非常强烈地偏向右边: 因甘氨酸的等电点是5.97,首先我们需要测定甘氨酸处在等电点时COO/COOH和H3+N/NH2的比例。如果我们单独处理每个功能基团,并利用HendersonHass- elbalch方程,就会得到: 两者合并起来考虑时,两性离子与完全不带电荷的比例是: 因此,甘氨酸处在等电点时,大约1107以不带电荷的形式存在的。 23解答:甘氨酸羧基的pKa值为2.34,乙酸羧基的pKa值是4.7。当甘氨酸溶液的pH值低于6.0时,氨基以正电荷的形式存在。这种正电荷通过静电相互作用使带负电荷的羧基离子稳定。这就意味着甘氨酸的羧基将比
6、较容易失去它的质子,因而它是一种更强的酸(具有更低的 pKa值)。 24解答:赖氨酸有三个可电离的质子: Lys1.12Lys1.1246.4552 由此可见,在pH9.0时,Lys含量甚微,可以忽略不计,Lys占46.45,Lys为52,Lys为1.53,整个分子带部分正电荷。 25解答:氨基酸从离子交换柱上被洗脱下来的速度主要受两种因素的影响:带负电荷的树脂磺酸基和氨基酸带正电荷的功能基团之间的离子吸附,吸附力大的在树脂上停滞的时间长,从柱上洗脱下来的速度慢;氨基酸的侧链基团与树脂强非极性的骨架之间的疏水相互作用。非极性大的侧链R基氨基酸与树脂骨架间的疏水作用力强,从树脂柱上洗脱下来的速度
7、慢。 根据氨基酸可电离基团的pKa值,我们可以确定题中每组氨基酸的结构以及在pH7时它们的平均净电荷。如果平均净电荷相同,则取决于它们侧链基团的疏水性。 天冬氨酸净电荷为l,赖氨酸净电荷为+1;赖氨酸与树脂磺酸基相反离子吸附力大。因此,天冬氨酸先被洗脱下来。 精氨酸净电荷为+1,甲硫氨酸净电荷接近零。因此,甲硫氨酸先被洗脱下来。 谷氨酸净电荷为1,缬氨酸净电荷接近零,谷氨酸的负电荷与树脂荷负电的磺酸基之间相互排斥,减小了谷氨酸与树脂的附着力,故先被洗脱下来。 甘氨酸和亮氨酸的净电荷都接近零,但亮氨酸庞大的非极性侧链与树脂骨架之间的非极性相互作用力大。故甘氨酸先被洗脱下来。 丝氨酸和丙氨酸的净电
8、荷都接近零,但丝氨酸的侧链非极性小,故先被洗脱下来。 26解答:五肽的第一个残基是五个残基中的一个,第二个残基是余下四个残基中的一个,余此类推。因此,可能形成的五肽数目是:54321120 27解答:在游离的氨基酸中,邻近的电荷影响每个基团的pKa值。带正电荷的NH3+的存在,使带负电荷的COO稳定,使羧基成为一种更强的酸相反地,带负电荷的羧酸使NH3+稳定,使它成为一种更弱的酸,因而使它的pKa升高当肽形成时,游离的-氨基和-羧基分开的距离增大,相互影响降低,从而使它们的pKa值发生变化 28解答:蛋白质的分子形状影响它在凝胶过滤时的行为。分子形状较长的蛋白质在凝胶过滤时具有类似于分子较大的
9、蛋白的行为。用SDS-PAGE测定的蛋白质分子量应该是比较准确的,因为变形后的蛋白质的迁移速度只取决于它的分子大小。 29解答:用凝胶过滤(即分子排阻层析)法先除去分子量为100,000、pI为5.4的蛋白质,余留下来的低分子量的含酶的混合物再用离子交换层析法分离,于是就能获得所需要的纯酶。 210解答: 根据CNBr、胰蛋白酶、糜蛋白酶水解该肽的结果,并结合组成及末端分析 CNBr: Gly-(Tyr、Ser)-Met (Thr、Lys、Ala)-Gly 胰蛋白酶: Gly-(Tyr、Ser、Met、Thr)-Lys Ala-Gly 糜蛋白酶: Gly-Tyr (Ser、Met、Thr、Ly
10、s、Ala)-Gly 根据片段重叠,推测该肽的顺序是:Gly-Tyr-Ser-Met-Thr-Lys-Ala-Gly 、酶和它的底物分子、激素与受体、以及抗体与抗原等。习题: 3-1构象(conformation)指的是,一个由多个碳原子组成的分子,因单键的旋转而形成的不同碳原子上各取代基或原子的空间排列,只需单键的旋转即可造成新的构象。多肽链主链在形式上都是单键。因此,可以设想一条多肽主链可能有无限多种构象。然而,一种蛋白质的多肽链在生物体正常的温度和pH下只有一种或很少几种构象,并为生物功能所必需。这种天然的构象是什么样的因素促成的? 3-2假若一条多肽链完全由丙氨酸构成,什么样的环境促使
11、它很可能形成螺旋,是疏水环境还是亲水环境? 3-3以nm为单位计算-角蛋白卷曲螺旋(coiled coil)的长度。假定肽链是由100个残基构成。 3-4一种叫做Schistosoma mansoni 寄生虫的幼虫能感染侵入人的皮肤。这种幼虫分泌出能裂解的-Gly-Pro-X-Y-(X和Y可能是几种氨基酸中的任何一种)顺序中的X和Y之间肽键的酶。为什么该酶活性对这种寄生虫侵入是重要的。 3-5是Trp还是Gln更有可能出现在蛋白质分子表面?是Ser还是Val更有可能出现在蛋白质分子的内部?是Leu还是Ile更少可能出现在-螺旋的中间?是Cys还是Ser更有可能出现在-折叠中? 3-6下面的多肽
12、哪种最有可能形成-螺旋?哪种多肽最难以形成-折叠? CRAGNRKIVLETY;SEDNFGAPKSILW;QKASVEMAVRNSG 3-7胰岛素是由A、B两条链组成的,两条肽通过二硫键连接。在变性条件下使二硫 键还原,胰岛索的活性完全丧失。当巯基被重新氧化后,胰岛素恢复的活性不到天然活性的10%请予以解释。 3-8对于密度均一的球状蛋白质来说,随着蛋白质分子增大,其表面积体积(AV)的比例是增大还是减小?随着蛋白质分子增大,其亲水侧链氨基酸残基与疏水侧链氨基酸残基的比例是增大还是减小? 3-9胎儿血红蛋白(Hb F)在相当于成年人血红蛋白(Hb A)链143残基位置含有Ser,而成年人链的
13、这个位置是具阳离子的His残基。残基143面向亚基之间的中央空隙。为什么2,3-二磷酸甘油酸(2,3-BPG)同脱氧Hb A的结合比同脱氧Hb F更紧?Hb F对2,3-BPG的低亲和力如何影响到Hb F对氧的亲和力?Hb F的P50是18托(torr),Hb A的P50是26托。基于这两个数值如何解释氧从母亲血液有效转运到胎儿。 3-10在生理条件下,多聚赖氨酸呈随机卷曲的构象。在什么条件下它可以形成-螺旋? 3-11某蛋白质用凝胶过滤法测定的表观分子量是90kD;用SDS-PAGE测定时,它的表观分子量是60kD,无论2-巯基乙醇是否存在。哪种测定方法更准确?为什么? 3-12请根据下面的
14、信息确定蛋白质的亚基组成: 用凝胶过滤测定,分子量是200kD;用SDS-PAGE测定,分子量是100kD;在2-巯基乙醇存在下用SDS-PAGE测定,分子量是40kD和60kD。 3-13每分子人细胞色素c含有18分子的赖氨酸。100克细胞色素c完全水解得到187克的赖氨酸。求细胞色c的分子量。 3-14有一种混合液含有五种多肽(P1、P2、P3、P4和P5),在pH8.5的条件下进行电泳分离,染色后揭示出如图26a的迁移图谱。已知这五种多肽的 pI是:P1为9.0,P2为5.5,P3为10.2,P4为8.2, P5为7.2。并且已知它们的分子量都接近1200。请在图上鉴定出每条带相应的多肽
15、;现有一种pI为10.2的多肽(P6),它的分子量大约为600。该肽若与上述五肽一起在pH8.5下电泳,请你指出它的位置。3-15一种纯净的蛋白质样品用普通的聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)在pH8.2条件下进行分析鉴定,得到如图27(A)的结果。该蛋白质样品在用SDS处理后,接着用SDS-PAGE进行分析,得到如图27(B)的结果。通过对上述两种电泳结果的比较,关于该蛋白质的结构你将得出什么样的结论?该蛋白质的等电点是低于pH8.2还是高于pH8.2? 3-16一个蛋白质混合物含有下面几种不同的组分: a Mr12,000 pI=10; b Mr=62,000 pI=4 c Mr28,000
16、pI=7; d Mr=9,000 pI5 不考虑其他因素,分别指出在下述情况下被洗脱的顺序。 该混合物用DEAE-纤维素柱层折时,以逐渐增高洗脱液的盐浓度方式进行洗脱。 该混合物用SephadexG-50凝胶柱层析分析。 3-17一种分子量为24,000、pI为5.5的酶被一种分子量类似、但pI为7.0的蛋白质和另外一种分子量为100,000、pI为5.4的蛋白质污染。提出一种纯化该酶的方案。解答: 3-1解答:由于肽键因共振结构而使CN键具有部分双键的性质,不能自由旋转,因而使得一条多肽主链构象的数目受到了极大限制。与位于相邻刚性平面交线上的C相连接的侧链基团的结构、大小和性质对于主链构象的
17、形成及稳定有很大的影响,使多肽链主链构象数目又受到很大的限制。因为C与两个刚性平面连接的单键的旋转度不同程度受到侧链的限制。各种侧链基团相互作用所形成的各种力使蛋白质在热力学上达到了一种最稳定的构象。 3-2解答;一条多肽链呈-螺旋构象的推动力是所有肽键上的酰胺氢和羰基氧之间形成的链内氢键。在水环境中,肽键上的酰胺氢和羰基氧既能形成内部(-螺旋内)的氢键,也能与水分子形成氢键。如果后者发生,多肽链呈现类似变性蛋白质那样的伸展构象。疏水环境对于氢键的形成不能提供任何竞争,因此,更可能促进-螺旋结构的形成。 3-3解答:-角蛋白的每条肽链呈-螺旋构象,而每个-螺旋含3.6个残基。在-角蛋白中,每轮
18、螺旋的长度为0.51nm。因此, -角蛋白卷曲螺旋(coiled coil)的长度是:(100残基3.6个残基/轮)0.51/轮14.2nm 3-4解答:-Gly-Pro-X-Y-顺序频繁出现在胶原蛋白分子中,在身体的各部位都存在,包括皮肤。由于该幼虫酶能催化胶原蛋白多肽链裂解,故该寄生虫能进入宿主皮肤而生存。 3-5解答:蛋白质氨基酸残基在蛋白质结构中出现的位置与这些氨基酸残基的亲水性或疏水性相关。亲水性残基(极性残基)通常位于蛋白质分子的表面,而疏水性残基(非极性残基)通常位于蛋白质分子疏水的内部。Gln是亲水性残基,它比Trp更有可能出现在蛋白质分子表面。Val是非极性残基,它比Ser更
19、有可能位于蛋白质分子的内部。Ile在它的碳位上有分支,不利于-螺旋的形成,因此它通常不出现在-螺旋中。侧链小的氨基酸残基常出现在-折叠中,因为这有利于片层的形成。所以Ser更有可能出现在-折叠中。 3-6解答:多肽最有可能形成-螺旋,因为它的三个带电荷的残基(Lys,Glu,Arg)在该螺旋的一侧相间排成一行。一个有邻近碱性残基(Arg和Lys)的多肽会使螺旋去稳定。多肽含有Gly和Pro,这两种氨基酸是螺旋的强破坏者。Gly和Pro的存在也会阻止-折叠的形成。所以多肽最难以形成-折叠。3-7解答:胰岛素是以前体的形式合成的。前体分于是一条单一的肽链。在前体合成及折叠后,切除前体分子的一部分(
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