2×CTAB法植物总DNA提取.doc
《2×CTAB法植物总DNA提取.doc》由会员分享,可在线阅读,更多相关《2×CTAB法植物总DNA提取.doc(17页珍藏版)》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。
1、2CTAB法植物总DNA提取1. 液氮研磨1g左右的植物组织,转移到离心管中。改用研磨枪在冰上研磨,不加-巯基乙醇研磨时可加入适量的PVP、-巯基乙醇。若CTAB准备2-3天内用完,则可将PVP、-巯基乙醇直接加入其中。2. 加入500l的2*CTAB (60或65预热) ,颠倒混合均匀后在60或65水浴30m-1h小时,其间要上下颠倒混匀数次。3.取出离心管,加入等体积的24:1(三氯甲烷:异戊醇),上下颠倒充分混合。 若量多,则可以直接侧立于摇床上晃动10分钟。4.12000转速离心5-10min。将离心管动作轻缓的取出转子,放置于离心管架上。 a.离心后溶液分三层:上层为水相;中层为碎片
2、和蛋白相;底层为氯仿 b.迅速进入下一步,以免各相混合5.用移液枪吸取管中上层水相,动作一定要轻缓,不可搅动其它两层。a.此步骤要宁舍不贪多,尽量避免吸取到下层液体。b.若上步骤中中间层较厚,则继续加入等体积24:1,再次抽提一次,直至中间层较薄。6. 在抽提出的水相中加入1/3体积的5M的KAc及等体积的异丙醇(4预冷),轻轻晃动混合均匀后在-20沉淀。沉淀至少15分钟至过夜。6-1 在抽提出的水相中加入1/10体积醋酸钠(pH5.2, 3M),混匀后,加入2倍体积预冷的无水乙醇,-20沉淀15min至过夜。6-3. 在抽提出的水相中加入加入2倍体积预冷的无水乙醇,-20沉淀15分钟至过夜。
3、a.时间越长,DNA的产量越多,污染也越多7. 12000转速离心5-10min,去上清,倒置于吸水纸上数分钟,加入700l 70%的酒精,上下颠倒数次,洗涤沉淀。12000转离心5-10m,去上清,倒置于吸水纸上数分钟。重复一遍。8. 12000转速离心5-10min,去上清,倒置于吸水纸上数分钟,最后置于超净工作台中吹干。9. 在离心管中加入30-50l的灭菌去离子水或者TE溶液,4放置数小时,使其充分溶解。10.用琼脂糖凝胶检测结果。11. -20 -70低温保存。去除总DNA中的 RNA污染 先做预扩增实验,若RNE污染无严重影响则舍去该步骤A 1. 在总DNA溶液中加入灭菌去离子水或
4、者TE溶液调整总体积至200l, 加入10 RNase-A(10mg/ml)4过夜,或者37 1h . 2. 用等体积的24:1抽提。3. 沉淀DNA洗涤DNA干燥DNA溶解DNA -20 -70低温保存。B 直接加入10 RNase-A(10mg/ml)后冷冻保存。试剂配方1M Tris-HCl ( pH7.4, 7.6, 8.0 ) pH 浓HClTris去离子水7.4约70ml121.1g定容至1升7.6约60ml121.1g定容至1升8.0约42ml121.1g定容至1升高温高压灭菌后,室温保存注意:应该在溶液冷却至室温后再调定pH值,因为Tris溶液的pH值随温度的变化差异很大,温度
5、每升高1,溶液的pH大约降低0.03个单位5TBE缓冲液Tris硼酸0.5M EDTA (pH8.0)去离子水54g27.5g20ml定容至1L室温保存50TAE缓冲液Tris冰乙酸0.5M EDTA (pH8.0)去离子水242g57.1ml100ml定容至1L室温保存2CTAB 成分终浓度已有溶液浓度配100ml所加量CTAB2% 2 gTris-HCl(pH8.0)100mM 1M10 mlEDTA20 mM 0.5M4 mlNaCl1.4M 5M28 ml0.5M EDTA (pH8.0)二水乙二胺四乙酸二钠Na2EDTA2H2ONaOH去离子水186.1g约20克定容至1L高温高压灭
6、菌,室温保存。注:只有pH值接近8.0时,EDTA才能完全溶解。溶解过程可在磁力搅拌器上剧烈搅拌。耗材准备:需要灭菌者: 1.5ml离心管、研磨枪头、蓝色枪头、黄色枪头、其他:卫生纸(吸水用)、镊子、封口膜、挑菌针、酒精灯、70%酒精、离心管架子、离心管盒子、移液枪。CTAB法提取植物基因组药品:2*CTAB终浓度 组分 药品用量 0.1M/L 1M Tris-HCl(pH8.0) 100ml20nM/L 0.5M EDTA(pH8.0) 40 mlNaCl 82gCTAB 20gPVP40 20g加去离子水800ml 充分溶解定容到1L。120 1.5个大气压,灭菌20分钟用之前加0.2-1
7、%的0.5M EDTA(pH8.0)配制量: 1L 配制方法:1. 称取186.1g Na2EDTA•2H2O,置于1L烧杯中。 2. 加入约800mL的去离子水,充分搅拌。 3. 用NaOH调节pH值值8.0(约20g NaOH)。 注意:pH值至8.0时,EDTA才能完全溶解。 4. 加去离子水将溶液定容至1L。 5. 适量分成小份后,高温高压灭菌。 6. 室温保存1M Tris-HCl(pH8.0)氯仿 :异戊醇 24:1 异丙醇流程1、 研钵预冷,叶片放入研钵,加液氮,研磨成粉末,用小勺放入2.0mlEP管。2、 加入65预热的2*CTAB 600ul,摇匀;3、
8、65水浴1小时,10min摇动一次4、 12000rpm离心10min, 取上清到一新的EP管中。(次步骤视情况可省略)5、 加入200ul 氯仿 :异戊醇 ( 24:1)。6、 12000rpm离心10min, 取上层水相到一新的EP管中。7、 加入等体积的异丙醇,轻轻上下摇动10次,静置10min。8、 12000rpm离心10min,弃上清9、 加入75%乙醇1.0ml,摇动10、12000rpm离心2min,弃上清11、吸取多余乙醇,室温吹干12、加入50ul的ddH2O,或TE溶解。-20保存CTAB法提取植物基因组DNACTAB法原理CTAB(Cetyl trimethyl amm
9、onium bromide),十六烷基三甲基溴化铵,是一种阳离子去污剂,可溶解细胞膜,能与核酸形成复合物,具有从低离子强度溶液中沉淀核酸的特性。当降低溶液盐浓度到一定程度(0.3 mol/L NaCl)时,CTAB-核酸的复合物从溶液中沉淀,通过离心就可将其与蛋白,多糖类物质分开,在经过有机溶剂抽提,去除蛋白,多糖,酚类等杂质。最后通过乙醇或异丙醇沉淀DNA,而CTAB溶于乙醇或异丙醇而除去在高离子强度的溶液中(0.7mol/L NaCl), CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物,不能沉淀核酸。CTAB溶液在低于15时会形成沉淀析出,因此,在将其加入冰冷的植物材料之前必须预热,且离心时温度不要低
10、于15。另外,它还能保护DNA不受内源核酸酶的降解。 主要试剂与溶液的配制:PVP(聚乙烯吡咯烷酮K30)巯基乙醇氯仿异戊醇(241)异丙醇70%乙醇Tris-苯酚RNaseA无水乙醇CTAB 溶液:CTAB20g/LNaCl(58.44)1.4 mol/L(81.816g)EDTA(292.25)10 mmol/L(2.9225g)Tris(121.14)100 mmol/L(12.114g)pH 8.01TE 缓冲液:EDTA(292.25)1 mmol/L(0.29225g)Tris(121.14)10 mmol/L(1.2114g)pH 8.0NaAC溶液:NaAC(82.03)3mo
11、l/L(246.09g)pH 4.0植物总DNA的提取1、取适量甘薯新鲜叶片,用液氮迅速研磨,中间加PVP(聚乙烯吡咯烷酮K30)少许,成粉末后转入10mL的离心管中,放入液氮或-80冰箱储存(在研磨样品时,研的细和研的粗,提出的DNA量可以相差几倍,所以,在液氮保护的很好的情况下尽量多研磨几次)。2、将(200ml)CTAB溶液放于65水浴锅中预热。3、加4ml巯基乙醇到预热的200mlCTAB中。4、速加3ml预热的CTAB到装有粉末的10mL离心管中,之后放入65水浴锅中,保温3060min,期间轻摇数次(一般20min左右一次,刚投入水浴时可以稍快速的晃动,之后的晃动一定要轻柔)。5、
12、加入34ml氯仿异戊醇(241)(在通风橱中操作),轻摇混匀至乳白色(100200次,剧烈晃动会使DNA机械切割)。6、1520,11000 rpm离心15min(CTAB配平,相对应的离心管,质量相差0.7mol/L NaCl),CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物,只是不能沉淀核酸。通过有机溶剂抽提,去除蛋白,多糖,酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。CTAB提取缓冲液的经典配方Tris-HCl (pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏;EDTA螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性;NaCl 提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,在于液相中; CTAB溶解细胞膜,并结合
13、核酸,使核酸便于分离;-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除PVP(聚乙烯吡咯烷酮)是酚的络合物,能与多酚形成一种不溶的络合物质,有效去除多酚,减少DNA中酚的污染;同时它也能和多糖结合,有效去除多糖。 用酚抽提细胞DNA时,有什么作用?使蛋白质变性,同时抑制了DNase的降解作用。用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与DNA 联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。蛋白分子溶于酚相,而DNA溶于水相。使用酚的优点:1.有效变性蛋白质;2抑制了DNase的降解作用。缺点:1.能溶解10-15%的水,从而溶解一部分poly(A)RNA。2.不能完全抑制RNa
14、se的活性。氯仿的作用?氯仿:克服酚的缺点;加速有机相与液相分层。最后用氯仿抽提:去除核酸溶液中的迹量酚。(酚易溶于氯仿中)用酚-氯仿抽提细胞基因组DNA时,通常要在酚-氯仿中加少许异戊醇,为什么?异戊醇:减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。异戊醇可以降低表面张力,从而减少气泡产生。另外,异戊醇有助于分相,使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相及下层有机溶剂相维持稳定。用乙醇沉淀DNA时,为什么加入单价的阳离子?用乙醇沉淀DNA时,通常要在溶液中加入单价的阳离子,如NaCl 或 NaAc,Na+中和DNA分子上的负电荷,减少DNA分子之间的同性电荷相斥力,而易于聚集沉淀。 简言之,无论
15、哪种抽提方法,药品的作用基本都是一样的。CTAB法原理(植物DNA提取经典方法)发布: 2010-06-02 08:20 | 来源:生物吧 | 编辑:刘浩 | 查看: 634 次原理:CTAB(hexadecyltrimethylammonium bromide,十六烷基三甲基溴化铵),是一种阳离子去污剂,具有从低离子强度溶液中沉淀核酸与酸性多聚糖的特性。在高离子强度的溶液中(0.7mol/L NaCl),CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物,只是不能沉淀核酸.通过有机溶剂抽提,去除蛋白、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。注:CTAB溶液在低于15时会形成沉淀析出,因此,在将其加
16、入冰冷的植物材料之前必须预热,且离心时温度不要低于15。一、CTAB提取缓冲液的经典配方:Tris-HCl (pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏;EDTA螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性;NaCl 提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,存在于液相中;CTAB溶解细胞膜,并结合核酸,使核酸便于分离;-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除。二、CTAB提取缓冲液的改进配方:(1) PVP(聚乙烯吡咯烷酮)是酚的络合物,能与多酚形成一种不溶的络合物质,有效去除多酚,减少DNA中酚的污染;同时它也能和多糖结合,有效去除多糖;(2) 蛋白质的去除:酚/氯
17、仿抽提使用变性剂变性(SDS、异硫氰酸胍等)高盐洗涤蛋白酶处理核酸分离,纯化;(3)多糖的去除:高盐法:用乙醇沉淀时,在待沉淀溶液中加入1/2体积的5M NaCl,高盐可溶解多糖。用多糖水解酶将多糖降解。在提取缓冲液中加一定量的氯苯(1/2体积),氯苯可以与多糖的羟基作用,从而去除多糖。用PEG8000代替乙醇沉淀DNA:在500 L DNA液中加入200l 20% PEG8000 (含1.2 M NaCl),冰浴20min.核酸分离,纯化;(4) 多酚的去除:在抽提液中加入防止酚类氧化的试剂:-巯基乙醇、抗坏血酸、半胱氨酸、二硫苏糖醇等加入易与酚类结合的试剂:如PVP(聚乙烯吡咯酮),PEG
18、(聚乙二醇),它们与酚类有较强的亲和力,可防止酚类与DNA的结合;(5) 盐离子的去除:70%的乙醇洗涤核酸吸附,沉淀和溶解使用合适的吸附材料吸附核酸,其它的杂质均被洗掉,达到纯化DNA的目的另一种方式加入1/10体积的NaAc(pH5.2,3M),用预冷的乙醇或异丙醇沉淀RNA吸附或沉淀后应用70%的乙醇洗涤,以除去盐离子等若长期储存建议使用TE缓冲液溶解TE中的EDTA能螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNasepH值为8.0,可防止DNA发生酸解。三、基因组DNA提取常见问题DNA中含有蛋白、多糖、多酚类杂质。DNA在溶解前,有酒精残留,酒精抑制后续酶解反应,DNA中残留有金属离子,有R
19、NA的存留。对策:重新纯化DNA,去除蛋白、多糖、多酚等杂质,重新沉淀DNA,让酒精充分挥发,增加70%乙醇洗涤的次数(2-3次),加入RNase降解RNA。(1)DNA样品不纯,抑制后续酶解和PCR反应。DNA提取常见问题:材料不新鲜或反复冻融、未很好抑制内源核酸酶的活性、提取过程操作过于剧烈,DNA被机械打断,外源核酸酶污染反复冻融。尽量取新鲜材料,低温保存材料避免反复冻融,液氮研磨或匀浆组织后,应在解冻前加入裂解缓冲液。在提取内源核酸酶含量丰富的材料的DNA时,可增加裂解液中螯合剂的含量,细胞裂解后的后续操作应尽量轻柔。所有试剂用无菌水配制,耗材经高温灭菌。将DNA分装保存于缓冲液中,避
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- CTAB 植物 DNA 提取
限制150内