R语言入门(经典)ppt课件.ppt
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1、有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。 语言入门有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。报告内容一 R简介二
2、函数与对象三 编写脚本四 R绘图五 编写函数六 数据保存有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。一 R 简 介有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化
3、氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。R语言的由来o R语言是从S语言演变而来的。o S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室,由Rick Becker, John Chambers, Allan Wilks开发。o 基于S语言开发的商业软件Splus,可以方便的编写函数、建立模型,具有良好的扩展性,取得了巨大成功。o 1995年由新西兰Auckland大学统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka,编写了一种能执行S语言的软件,并将该软件的源代码全部公开,这就是R软件,其命令统称为R语言。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值
4、追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。R软件简介 R是开源软件,代码全部公开,对所有人免费。 R可在多种操作系统下运行,如Windows、MacOS、多种Linux和UNIX等。 R需要输入命令,可以编写函数和脚本进行批处理运算,语法简单灵活。 目前在R网站上约有2100个程序包,涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学、生物信息学等诸多方面。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向
5、,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。下载和安装RThe Comprehensive R Archive Network简称CRAN,提供下载安装程序和相应软件包。R主页 http:/www.r-project.org/ Windows版本下载地址之一:http:/ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/windows/base/R-2.9.2-win32.exe 下载完成后,双击R-2.9.2-win
6、32.exe 开始安装。一直点击下一步,各选项默认。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。图1 R软件首页 http:/www.r-project.org/ 有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励
7、机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。图2 R登陆界面(Windows版)路径: 开始所有程序R 2.9.2菜单栏菜单栏快捷按钮快捷按钮控制台控制台命令行命令行有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。图3 R Gui 的菜单介绍有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾
8、客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。练习一:下载和安装R下载并安装R软件了解R的菜单有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。R程序包为什么要安装程序包?为什么要安装程序包?特定的分析功能
9、,需要用相应的程序包实现。例如:系统发育分析,往往要用到ape程序包,群落生态学vegan包等等。程序包是什么?程序包是什么? R程序包是多个函数的集合,具有详细的说明和示例。Window下的R程序包是已经编译好的zip包。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。常用R程序包base- R 基础功能包st
10、ats- R统计学包nlme- 线性及非线性混合效应模型Graphics- 绘图lattice- 栅格图ape- 系统发育与进化分析apTreeshape- 进化树分析seqinr- DNA序列分析ade4- 利用欧几里得方法进行生态学数据分析有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。常用R程序包cluster- 聚类分析ecodist- 生态学数据相异性
11、分析mefa- 生态学和生物地理学多元数据处理mgcv- 广义加性模型相关mvpart- 多变量分解nlme- 线性及非线性混合效应模型ouch- 系统发育比较BiodiversityR - 基于Rcmdr的生物多样性数据分析vegan- 植物与植物群落的排序,生物多样性计算 有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。常用R程序包maptools- 空间对
12、象的读取和处理sp- 空间数据处理spatstat- 空间点格局分析,模型拟合与检验splancs- 空间与时空点格局分析picante- 群落系统发育多样性分析有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。图4 CRAN Task Views: 对程序包的分类介绍有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的
13、企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。图5 vegan包页面有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。R程序包在CRAN 提供了每个包的源代码和编译好的MacOS、Window下的程序包以vegan包为例,C
14、RAN提供了:Package source: vegan_1.15-3.tar.gz MacOS X binary: vegan_1.15-3.tgz Windows binary: vegan_1.15-3.zip Reference manual: vegan.pdf 等Window平台下程序包为zip文件,安装时不要解压缩不要解压缩。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既
15、开放又相互信任的合作环境。R程序包安装1 连网时,用函数install.packages(),选择镜像后,程序将自动下载并安装程序包。例如: 打开RGui,在控制台中输入 install.packages(“ape)2 安装本地zip包路径:Packagesinstall packages from local files选择光盘或者本地磁盘上存储zip包的文件夹。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为
16、中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。程序包使用在控制台中输入如下命令:library(vegan)library(ade4)调用程序包内的函数与R R内置的函数调用方法一样library(vegan)This is vegan 1.15-3Warning message:package vegan was built under R version 2.9.1 有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾
17、客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。练习二 安装并导入程序包安装程序包程序包从本地zip文件安装程序包调用程序包library(vegan)library(ape)有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。查看帮助文件如何知道ape程序包内部都有哪些函数?最常用的方法:1 菜单 帮助Html帮助2 查看pdf帮助文档(从程序包下
18、载页面下载)有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。查看帮助文件 1 help(t.test) 2 ?t.test 3 help.search(t.test) 4 apropos(t.test) 5 RGuiHelpHtml help 6 查看R包pdf手册有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企
19、业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。帮助文件的内容以lm函数为例:lm(stats) #函数名及所在包 Fitting Linear Models # 标题Description #函数描述Usage # 默认选项Arguments # 参数Details # 详情Author(s) # 作者References # 参考文献Examples # 举例有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的
20、企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。练习三 查看帮助文件打开ape软件包的帮助文件library(ape)查找ape包中plot.phylo函数的帮助输入输入 ?plot.phylo将其中的将其中的Example文件粘贴到文件粘贴到Console中,查看中,查看运行的结果。运行的结果。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组
21、织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。图形界面之一:R Commander图6 R commander 界面 library(Rcmdr) 界面操作代码结果输出有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。为什么要学习编程? 界面操作直观易学,但也存在一些不足: 操作的过程难以
22、保存,数据处理不够灵活,在进行步骤繁多的数据处理工作时十分费时费力;在建立模型或自己编写函数时也会遇到困难。而这些困难可以通过编程解决。 学习R编程,首先要了解R的函数、对象及其操作。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。二 R函数与对象有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既
23、开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。数据表的行与列物种数科数属数海拔坡度类型样方140152260025山顶样方251122635030山坡样方346112039045山坡样方438122426020低地样方549102522033低地行名Row names字符串列名 Column names每列可看做带名称的向量表1 数据表、数据框与向量字符串、因素每行作为一个Entry有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中
24、心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。R的函数R是一种解释性语言,不需要先编译成.exe文件,输入后可直接运行。函数形式function(对象,选项= )平均值 mean()线性回归 lm(yx, data=test)R处理的所有数据、变量、函数和结果都以对象的形式保存。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学习和创新的组织管理机制,
25、创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。R的函数每一个函数执行特定的功能,后面紧跟括号,例如:平均值 mean()求和 sum()绘图 plot()排序 sort() 除了基本的运算之外,R的函数又分为高级和低级函数,高级函数内部嵌套了复杂的低级函数,例如plot()是高级绘图函数,函数本身会根据数据的类型,经过程序内部的函数判别之后,绘制相应类型的图形,并有大量的参数可选择。有利于学习和创新的组织管理机制,创造充满活力的创新激励机制,以市场为导向,以顾客价值追求为中心的企业文化氛围,依赖既开放又相互信任的合作环境。有利于学
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