平邑甜茶mhwrky15基因的克隆及表达分析-孙晓莉.pdf
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1、山东农业大学 硕士学位论文 平邑甜茶MhWRKY15基因的克隆及表达分析 姓名:孙晓莉 申请学位级别:硕士 专业:果树学 指导教师:杨洪强 2011-06-08山东农业大学硕士学位论文 1 中文摘要 转录因子是结合在目的基因特定DNA序列上的蛋白质, 它通过增强或抑制基因的转 录效率来调控基因的表达水平,真核生物的基因表达调控主要是在转录水平进行。 WRKY转录因子作为一种重要的诱导型调节因子,参与植物的多种防卫反应、生长发育 调节以及物质代谢调节等各种重要生理活动。 平邑甜茶(Malus hupehensis (Pamp) Rehd. var pinyiensis Jiang)是我国特有的植
2、物资 源,常用作苹果和观赏海棠的砧木。本研究以平邑甜茶为试材,克隆了MhWRKY15基因 的全长cDNA序列, 并运用生物信息学手段分析了其基因序列与编码蛋白的性质和功能; 同时,研究了其在生长过程及逆境胁迫下的表达情况,并成功构建RNAi载体并转化拟 南芥,获得转基因拟南芥植株。主要结果如下: 1). 获得了平邑甜茶 MhWRKY15基因,该基因 cDNA 全长 1091bp,含有 810bp的完整 开放阅读框,编码 269个氨基酸,属于 WRKY 类转录因子的第 II组,为 WRKY15家族 成员。GenBank 登录号为 GU576874。 2). 生物信息学分析表明,MhWRKY15编
3、码蛋白为可溶性蛋白,其分子式为 C 1263 H 1941 N 365 O 425 S 12 ,相对分子量为29423.2Da,理论等电点为5.30;含有一个WRKY保 守结构域,无跨膜域,无信号肽,存在磷酸化、N糖基化和O糖基化位点;其二级结构 主要以无规则卷曲为主。 3). 构建了 pCAMBIA1390-MhWRKY15-GFP 表达载体,亚细胞定位结果表明平邑甜茶 MhWRKY 定位于细胞核。 4). 构建了基因沉默载体 pFGC5941-RNAi-MhWRKY15,并通过花序侵染法转化拟南芥, 通过抗性筛选和 PCR检测,得到 11株转基因再生阳性植株。 5). 半定量RT-PCR表
4、明,平邑甜茶MhWRKY15基因的表达受NaCl、PEG、低温及机械伤 害等胁迫诱导,并且具有组织特异性,叶片中的表达水平高于茎和根系。 关键词:平邑甜茶;WRKY15基因分离;RNAi;拟南芥转化;半定量 RT-PCR 平邑甜茶 MhWRKY15基因的克隆及表达分析 2 Isolation and Expression Analysis of MhWRKY15 in Malus hupehensis (Pamp) Rehd. Abstract Transcription factors were proteins that binding with specific DNA sequence
5、s of target gene, which could regulate gene expression by enhancing or inhibiting the efficiency of gene transcription. Regulation of the gene expression in eukaryotic was mainly at the transcriptional level. WRKY transcription factor was an important inducible regulatory factor which participated i
6、n a variety of important physiological activities, such as plant defense responses, growth regulation and metabolism regulation. Malus hupehensis (Pamp) Rehd. var pinyiensis Jiang (Chinese name is Ping Yi Tian Cha, PYTC) was the unique resource in our country, which was used widely as a common roots
7、tock of apple and ornamental crabapple. In this thesis, the full-length cDNA of MhWRKY15 gene was isolated based on the materials of PYTC roots, the character and function of the gene sequence and the protein that it encoded was analyzed by bioinformatics. At the same time, the expression pattern of
8、 MhWRKY15 during growth process and under various sresses was studied. Otherwise, transgenic arabidopsis thaliana transformed with RNAi vector of MhWRKY15 gene was obtained by floral dip transformation. The main results were as follows: 1. The full longth cDNA of MhWRKY15 was obtained. According to
9、the homologous sequences from other plants, degenerate primers were designed to amplify specific DNA fragment using cDNA prepared from PYTC roots. MhWRKY15 was 1091bp in length, containing an open reading frame of 810bp and encoding 269 amino acids, and it was belonged to group II of WRKY transcript
10、ion factors and was one number of WRKY15 family, and the accession number of GeneBank was GU576874. 2. Bioinformatics analysis indicated that the protein encoded by MhWRKY15 was a soluble protein, with the molecular formula was C 1263 H 1941 N 365 O 425 S 12 , the relative molecular weight was 29423
11、.2Da and isoelectric point was 5.30. There was one conserved WRKY domain in the protein sequence, and the sequence identity to M. domestica and G. max was over 96%. 山东农业大学硕士学位论文 3 The protein was located in nucleus, and there were many phosphorylation sites, N glycosylation sites and O glycosylation
12、 sites, but no transmembrane domain and signal peptide. The predicted secondary structure demonstrated that random coil was the most important structural conformation. 3. The pCAMBIA1390-MhWRKY15-GFP vector was constructed to study subcellular localization of MhWRKY, and the result showed that MhWRK
13、Y15 was localized in nucleus. 4. The RNAi vector of pFGC5941-RNAi-MhWRKY15 was also constructed in this study and transformed Arabidopsis thaliana col-0 using the floral dip method via agrobacterium mediated. Harvest seeds were put on MS medium containing glufosinate in order to select the resistant
14、 seedlings. Genomic DNA of resistant seedlings was extracted for PCR detection. In the end, 11 transgenic seedlings were identified, which lay the foundation for the further study of the function of MhWRKY15. 5. According to the analysis of semi RT-PCR,MhWRKY15 gene expression could be induced by hi
15、gh salinity stress, drought stress, low temperature and mechanical injury, and had tissue specificity, the expression level in leaf was higher than root and stem. Key words: Malus hupehensis (Pamp) Rehd.; WRKY15 gene isolation; RNAi; Transformation of Arabidopsis thaliana; semi RT-PCR 英文缩写符号及其中英文对照表
16、 英文缩写 英文名称 中文名称 2, 4-D 2,4-dichlorophenlxyacetiacid 2,4-二氯苯氧乙酸 6-BA 6-benzyladenine 6-苄基腺嘌呤 Amp Ampicillin 氨苄青霉素 bp B ase P air 碱基对 BSA Bovine serum albumin 牛血清蛋白 CaMV35S 35S promoter of califlower mosoic virus 花椰菜花椰病毒 35S启动子 cDNA Complementary DNA 互补 DNA Cef Ceftriaxone sodium 头孢曲松钠 Crb Carbenicill
17、in 羧苄青霉素 CTAB Cetyltrimethylammol/lonium bromide 十六烷基三乙基溴化铵 ddH 2 O Distilledant deionized water 重蒸水 DEPC Diethyl pyrocarbonate 焦碳酸二乙酯 DNA Deoxyribonucleic acid 脱氧核糖核酸 dNTP Deocyribonucleoside triphosphate 脱氧核糖核苷三磷酸 DTT Dithiothreitol 二硫苏糖醇 E.coli Escherichia coli 大肠杆菌 EB Ethidium bromide 溴化乙锭 EDTA
18、Ethylene diamine tetraacetic acid 乙二胺四乙酸 KAC Kalium acetate 醋酸钾 K an K anam ycin 卡那霉素 L B L uria-bertani m edium L B培养基 MOPS 3-(N-morphplino) propanesulfonic 3-N吗啉代丙磺酸 mRNA Message RNA 信使 RNA MS Murashige and Skoog media MS培养基 NaOAC Sodium acetate 醋酸钠 R if R if am picin 利福平 RNA Ribonucleic acid 核糖核酸
19、 RNase A Ribonuclease A 核糖核酸酶 A rpm Revolutions per minute 转/分钟 RT-PCR Reverse transcriptative PCR 反转录 PCR SDS Sodium dodecyl sulfate 十二烷基硫酸钠 STET Sodium chloride, Tris-HCl, EDTA NaCl, Tris-HCl, EDTA缓冲液 buffer TE Tris-HCl, EDTA buffer Tris-HCl、EDTA缓冲液 Tris Ttrishydryxymethy laminomethane 三羟甲基氨基甲烷 -N
20、AA -napthalene acetic acid -萘乙酸 关于学位论文原创性和使用授权的声明 本人所呈交的学位论文,是在导师指导下,独立进行科学研究所取得 的成果。对在论文研究期间给予指导、帮助和做出重要贡献的个人或集体, 均在文中明确说明。本声明的法律责任由本人承担。 本人完全了解山东农业大学有关保留和使用学位论文的规定,同意学 校保留和按要求向国家有关部门或机构送交论文纸质本和电子版,允许论 文被查阅和借阅。本人授权山东农业大学可以将本学位论文的全部或部分 内容编入有关数据库进行检索,可以采用影印、缩印或其他复制手段保存 论文和汇编本学位论文,同时授权中国科学技术信息研究所将本学位论
21、文 收录到中国学位论文全文数据库,并向社会公众提供信息服务。 保密论文在解密后应遵守此规定。 论文作者签名: 导 师 签 名: 日 期: 平邑甜茶 MhWRKY15基因的克隆及表达分析 4 前言 转录因子是结合在目的基因特定DNA序列上的蛋白质, 它通过增强或抑制基因的转 录效率来调控基因的表达水平,真核生物的基因表达调控主要是在转录水平进行 (Prez-Rodrguez P., 2010)。WRKY转录因子作为一种重要的诱导型调节因子,参与 植物的多种防卫反应、生长发育调节以及物质代谢调节等各种重要生理活动(Cai et al., 2008;Eulgem et al., 2000)。 WRK
22、Y 是植物特有的一种 N-端含有 7个绝对保守的氨基酸序列(WRKYGQK)及 锌指结构(CX 47 CX 2223 HXH/C)的转录调控因子(Paul et al,2010;Shree et al, 2009),它能够通过与核心序列为(T)(T)TGAC(T/C)的 W-box顺式元件特异结合而调节 基因的表达(Cai et al,2008;Van-Verk et al,2008)。它们明显受真菌(Chloe et al,2007;Xing et al,2008)、冷害、高温、干旱及盐胁迫(Mare et al,2007; Rizhsky et al,2002;Seki et al,200
23、2) 等诱导并参与胚胎形成(Lagace et al, 2004)、种皮及腺毛发育(Johnson et al,2002)等多种过程,是植物生长发育和环境 适应过程中的重要调节因子。研究该类基因的表达特性及调控机理,对于阐明植物对生 物胁迫和非生物胁迫反应的分子机制具有重要意义,也是通过基因工程改良植物抗逆性 状所必须做的基础性工作。 1.1 WRKY的结构特征及其分类 高等植物典型的转录因子一般由4个功能区域组成,即:DNA结合域、转录调控域、 核定位信号和寡聚化位点。 WRKY转录因子最主要的结构特点是各成员的DNA结合域中 都至少含有一个由大约60个高度保守的氨基酸残基所组成的WRKY结
24、构域,其中N端具 有的WRKYGQK氨基酸残基在所有成员中基本绝对保守, 这也是WRKY转录因子命名的 由来。 WRKY转录因子的C端是一个C2H2 (氨基酸组成模式: C-X45-C-X2223-H-X1-H) 或C2HC(氨基酸组成模式: C-X7-C-X23-H-X1-C)的锌指结构(Eulgem et al, 2000)。 WRKY转录因子另一个重要特征是绝大多数WRKY域中都含有内含子, 并且存在的位置 高度保守(Eulgem et al, 2000),可能是参与调节转录后加工过程。如在TLR(toll-like receptor)类信号分子中存在不同的内含子剪切机制,在信号转导中起
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