第七章 序列拼接.ppt

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1、第七章序列拼接,大规模测序过程能直接测出的序列长度有限，因此需要用到序列拼接技术将测到的小片段组装出原来的长序列。一般要根据小片段的重叠部分进行拼接组装。序列拼接算法可按数据量进行设计，在实际测序时，数据量很大，往往需运用较复杂的算法，,复习第2章的例2.2。,一段DNA序列用两组不同的切割位点切开，形成两组DNA小片断，第一组为：TTGGGTTCAATCAACGTACCGACTG第二组为：(1)CGTA(2)TGGGTAA(3)ACTGTCA(4)CCG(5)ATCT请拼接出原来的DNA序列。,两相同序列按不同位点切割后的拼接,先在其中一组切割片段随机选一个片段（例中是片段），在第二组切割片

2、段找出与这个片段有末端重叠部分的片段（例中是片段(2)），再对齐排列。,两相同序列按不同位点切割后的拼接,两相同序列按不同位点切割后的拼接,然后根据末端重叠将其他片段一一接上，不能留缺口。,霰弹法测序就是若干条相同的DNA序列按不同的位点切割。可通过找出“最短公共超串”来完成序列拼接：在得出的所有小片段序列中，选择若干个小片段连接起来成大片段，如果所有的小片段序列都可在这条大片段中找到完全重叠的序列，则这条大片段就是原来的DNA序列。可用图论方法求解最短公共超串问题。,霰弹法测序的DNA序列拼接,霰弹法测序得到如下几个片段：a=ATGCTb=TGGGc=GATTTCd=TCGT可用图表示它们的

3、重叠关系。,霰弹法测序的DNA序列拼接,顶点代表小片段，有向边上的数字代表了两片段重叠的字符个数。因为各小片段间不存在某一小片段是另一小片段的子串，所以按图中的哈密顿路径得到的表决序列即为该例的最短公共超串。,霰弹法测序的DNA序列拼接,路径abcd可以得到左上图排列，最终拼按出的原DNA序列为ATGCTGGGATTTCGT；路径adbc可以得到右上图排列，最终拼按出的原DNA序列为ATGCTCGTGGGATTTC。,霰弹法测序的DNA序列拼接,霰弹法测序的DNA序列拼接,在上述的图中，属于子串的小片段不能作为顶点，要全部剔除。最后拼接结果可能有多个，需根据其他的条件再进行。筛选。,杂交测序法

4、就是将一条DNA序列的所有长度为L的小片段测出。L的大小由杂交技术决定。如当L为4时，序列CGTGACT通过杂交测定法会得到碱基数为4的全部小片段（即CGTG、GTGA、TGAC、GACT）。也可通过找出“最短公共超串”来完成序列拼接。同样可用图论方法求解最短公共超串问题。,杂交测序法的DNA序列拼接,杂交测序法（L=3）得到如下几个片段：CAT、ATT、ATG、TAT、TTG、TGC、TGT、GTA。可用图表示它们的重叠关系。如象前面所提的重叠图，用顶点代表小片段，有向边上的数字代表了两片段重叠的字符个数，在图中找出哈密顿路径。也可用另外的图表示。,杂交测序法的DNA序列拼接,有向边代表小片

5、段，有向边的起点代表了该小片段的前两个碱基，有向边的终点代表了该小片段的后两个碱基。按图中的欧拉路径得到的序列即为该例的最短公共超串。,杂交测序法的DNA序列拼接,欧拉路径一（Euler路径一）对应的拼接结果为CATTGTATGC，欧拉路径二（Euler路径二）对应的拼接结果为CATGTATTGC。,杂交测序法的DNA序列拼接,特定的序列拼接算法有一定的局限性，如在霰弹法测序中可能出现不同的切割方法中某些切割位点相同的情况，在杂交测序法中若序列中有多个重复序列时将不能被测出重复的次数，等等。所以根据不同的条件、要求、数据量等来选择序列拼接算法，并要按一定的可信度及其他条件去处理结果。,Presentations,Presentations,生技第三组：用实例演示Align程序生制第三组：用实例演示ClustalW程序生科第三组：用实例说明BLOSUM打分矩阵与PAM打分矩阵的区别,