基因工程及其应用4.ppt
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1、第八章第八章.基因工程及其在医药学中的应用基因工程及其在医药学中的应用 重组重组DNADNA技术技术DNA Recombination Technique 基因工程相关概念基因工程相关概念基因工程相关的酶学基因工程相关的酶学基因工程的载体基因工程的载体目的基因的制备和分离方法目的基因的制备和分离方法载体与目的基因的连接载体与目的基因的连接重组体的鉴定与分析重组体的鉴定与分析隆基因的表达隆基因的表达本章主要内容本章主要内容重组重组DNA技术的发展史技术的发展史1865年年 G.J.Mendel的豌豆杂交试验的豌豆杂交试验1944年年 O.T.Avery的肺炎球菌转化实验的肺炎球菌转化实验1973
2、年年 美国斯坦福大学的科学家构建第一个重组美国斯坦福大学的科学家构建第一个重组DNA分子分子1977年年 美国南旧金山由博耶和斯旺森建立世界上第一家遗传工美国南旧金山由博耶和斯旺森建立世界上第一家遗传工程公司,专门应用重组程公司,专门应用重组DNA技术制造医学上重要的药物。技术制造医学上重要的药物。1980年年 开始建造第一家应用重组开始建造第一家应用重组DNA技术生产胰岛素的工厂技术生产胰岛素的工厂1997年年 英国罗林研究所成功的克隆了多莉英国罗林研究所成功的克隆了多莉1. 克隆克隆(clone) 来自同一始祖的相同副本或拷贝的集合。来自同一始祖的相同副本或拷贝的集合。获取同一拷贝的过程称
3、为克隆化获取同一拷贝的过程称为克隆化(cloning), 即无性繁殖。即无性繁殖。(一)(一)DNADNA克隆克隆2.2.克隆化克隆化(cloning)(1)(1)分子克隆分子克隆( (molecular clonemolecular clone),),即即DNA DNA 克隆克隆 ; ;(2)(2)细胞克隆;细胞克隆;(3)(3)个体克隆(动物或植物)。个体克隆(动物或植物)。技术水平技术水平: : 3. 3. DNA克隆克隆应用酶学的方法,在体外将各种来源的应用酶学的方法,在体外将各种来源的遗传物质遗传物质与与载体载体DNADNA接合成一具有自我复制接合成一具有自我复制能力的能力的DNAD
4、NA分子分子复制子复制子(replicon),继而继而通过转化或转染通过转化或转染宿主细胞宿主细胞,筛选出含有目的,筛选出含有目的基因的基因的转化子细胞转化子细胞,再进行扩增,提取获得,再进行扩增,提取获得大量同一大量同一DNADNA分子,也称分子,也称基因克隆或重组基因克隆或重组DNA (recombinant DNA) 。 DNA克隆克隆目的目的: : 分离获得某一感兴趣的基因或分离获得某一感兴趣的基因或DNA; 获得感兴趣基因的表达产物(蛋获得感兴趣基因的表达产物(蛋白质)白质)。重组重组DNA技术操作的主要步骤技术操作的主要步骤载体载体质粒质粒噬菌体噬菌体病毒病毒目的基因(外源基因)目
5、的基因(外源基因)基因组基因组DNA cDNA 人工合成人工合成PCR产物产物限制酶消化限制酶消化开环载体开环载体DNA目的基目的基因因连接酶连接酶重组体重组体转化转化体外包装,转染体外包装,转染带重组体的宿主带重组体的宿主筛选筛选表型筛选表型筛选酶切电泳鉴定酶切电泳鉴定菌落原位杂交菌落原位杂交目目 录录(二)工具酶(二)工具酶 限制性核酸内切酶限制性核酸内切酶 DNADNA聚合酶聚合酶 DNA DNA连接酶连接酶 逆转录酶逆转录酶 碱性磷酸酶碱性磷酸酶 末端转移酶末端转移酶 TaqTaq DNA DNA聚合酶聚合酶1.1.限制性核酸内切酶限制性核酸内切酶 (restriction endon
6、uclease(restriction endonuclease, RE), RE)(1) (1) 定义定义识别识别DNA的特异序列的特异序列, , 并在识别位并在识别位点或其周围点或其周围切割切割双链双链DNADNA的一类内切酶的一类内切酶。GGATCCCCTAGGGCCTAGGATCC GBam Hu与甲基化酶共同构成细菌的限制与甲基化酶共同构成细菌的限制修饰系统:限制外源修饰系统:限制外源DNA,保护自,保护自身身DNADNA,稳定细菌遗传性状。,稳定细菌遗传性状。u、(基因工程技术中常用基因工程技术中常用型型)EcoR 属属 种种 株株 序序Escherichia coli RY13株
7、株大肠杆菌大肠杆菌 RY13株的第一种酶株的第一种酶 回文结构回文结构(palindrome) Bam HGTCCAGGCCTAGGATCC GGGATCCCCTAGGHindGTCGACCAGCTGGACCTG平端切口平端切口粘端切口来源不同的限制酶,但能识别和切来源不同的限制酶,但能识别和切割同一位点,这些酶称同功异源酶割同一位点,这些酶称同功异源酶。GGATCCCCTAGGGCCTAGGATCC GBam HGGATCCCCTAGGGCCTAGGATCC GBst 同尾酶同尾酶有些限制性内切酶虽然识别序列不完全有些限制性内切酶虽然识别序列不完全相同,但切割相同,但切割DNA后,后,产生相
8、同的粘性末端,产生相同的粘性末端,称为同尾酶。这两个相同的粘性末端称为配称为同尾酶。这两个相同的粘性末端称为配伍未端伍未端(compatible end)。 GGATCC CCTAGG AGATCT TCTAGAGCCTAG GATCC GATCTAG GATCT A合成双链合成双链cDNA分子或片段连接分子或片段连接缺口平移制作高比活探针缺口平移制作高比活探针DNA序列分析序列分析填补填补3 末端末端2. DNA聚合酶聚合酶3.TaqDNA聚合酶聚合酶 (TagDNA polymerase) 是一种耐热的依赖于是一种耐热的依赖于DNA的的D NA聚合酶,具有聚合酶,具有聚合酶聚合酶活性,该酶
9、最适反应温度为活性,该酶最适反应温度为75 80 合成合成cDNA替代替代DNA聚合酶聚合酶I进行填补,进行填补, 标记或标记或DNA序列分析序列分析4.逆转录酶逆转录酶(1)具有完整具有完整DNA聚合酶聚合酶I的的53 聚合、聚合、 35 外切活性,而无外切活性,而无53 外切活性外切活性.。 常用于常用于cDNA第二链合成,双链第二链合成,双链DNA 3 末端标记等末端标记等.5. Klenow片段片段6. DNA连接酶连接酶 (DNA ligase)功能功能:催化催化DNA中相邻的中相邻的5 磷磷 酸基和酸基和3 羟基末端之间形成羟基末端之间形成 磷酸二酯键,使磷酸二酯键,使DNA切口封
10、切口封 合或使两个合或使两个DNA分子或片段分子或片段 连接连接.功能功能:催化多聚核苷酸催化多聚核苷酸5 羟基羟基 末端磷酸化,或标记探针末端磷酸化,或标记探针.7. 多聚核苷酸激酶多聚核苷酸激酶功能功能: 在在3 羟基末端进行种核羟基末端进行种核 苷酸多聚物加尾苷酸多聚物加尾8.末端转移酶末端转移酶(三)目的基因(三)目的基因 cDNAcDNA (complementary (complementary DNA)DNA)基因组基因组DNA (genomic DNA)DNA (genomic DNA)功能功能: 切除切除5末端磷酸基团末端磷酸基团9.碱性磷酸酶碱性磷酸酶 (三)基因载体(三)
11、基因载体 (cloning vector)1.1.概念:概念:携带目的基因,实现其无性携带目的基因,实现其无性繁殖或表达有意义的蛋白质所采繁殖或表达有意义的蛋白质所采用的一些用的一些DNA分子。分子。来源分类:质粒载体来源分类:质粒载体噬菌体载体噬菌体载体病毒载体病毒载体人工染色体载体人工染色体载体用途分类:克隆载体用途分类:克隆载体表达载体表达载体 穿梭载体穿梭载体2. 2. 常用载体常用载体: :克隆载体克隆载体(cloning vector)能使插入的外源能使插入的外源DNA序列被复制、扩增序列被复制、扩增而不能表达,这样的载体为而不能表达,这样的载体为克隆载体克隆载体。表达载体表达载体
12、(expression vector) 使插入的外源使插入的外源DNA序列转录翻译,表达序列转录翻译,表达出多肽链,出多肽链,这样的这样的载体称为载体称为表达载体表达载体。这类载体中含有来源不同的复制子结构,这类载体中含有来源不同的复制子结构,即具备即具备原核细胞原核细胞复制所需的序列结构,又具复制所需的序列结构,又具有能使外源片段在有能使外源片段在真核细胞真核细胞表达所需的结构表达所需的结构元件和相应的选择标记基因元件和相应的选择标记基因,所以能在两种受所以能在两种受体细胞中复制并检测,克隆的外源基因在此体细胞中复制并检测,克隆的外源基因在此类载体直接从一种受体转入另一种受体中进类载体直接从
13、一种受体转入另一种受体中进行复制和表达行复制和表达穿梭载体(穿梭载体(shuttle vector)3.载体具备以下条件载体具备以下条件:1.具有自我复制能力具有自我复制能力具有多个单一限制性酶切位点具有多个单一限制性酶切位点具有选择性遗传标记具有选择性遗传标记分子量小,拷贝数高分子量小,拷贝数高具有较高的遗传稳定性具有较高的遗传稳定性 松弛型的复制子、多克隆位点、松弛型的复制子、多克隆位点、 筛选标记筛选标记. 常见常见:质粒、噬菌体质粒、噬菌体克隆载体必需结构克隆载体必需结构:具有具有复制子复制子,筛选标记筛选标记,位于多,位于多克隆位点的上下游具有转录效率克隆位点的上下游具有转录效率较高
14、的较高的启动子启动子,起始密码子和核起始密码子和核糖体结合位点糖体结合位点,转录终止子转录终止子结结构构表达载体结构特点:表达载体结构特点: 存在于细菌染色体外的能独立复制存在于细菌染色体外的能独立复制的双链闭环的的双链闭环的DNA分子。分子。质粒质粒 (plasmid)质粒质粒细菌质粒细菌质粒质粒的复制类型质粒的复制类型严谨型(严谨型(strigent plasmid):复制与宿主染色体同步受宿主染色体复复制与宿主染色体同步受宿主染色体复制的限制,在宿主细胞中拷贝数低约制的限制,在宿主细胞中拷贝数低约份拷贝份拷贝松弛型(松弛型(relaxed plasmid):复制不受宿主染色体复制的复制不
15、受宿主染色体复制的限制可独立复制,在宿主细胞中拷限制可独立复制,在宿主细胞中拷贝数高基因工程常用载体贝数高基因工程常用载体常用质粒载体种类:常用质粒载体种类:pBR322pUCpBR322:人工构建重要质粒人工构建重要质粒优点:具有较小的分子量优点:具有较小的分子量具有两种抗生素抗性基因,可作具有两种抗生素抗性基因,可作为筛选标记为筛选标记具有高拷贝数具有高拷贝数是松弛型质粒是松弛型质粒目目 录录pUC质粒特点:质粒特点:来源于来源于pBR322质粒的复制起质粒的复制起始点始点具有两种抗生素抗性基因,但基因具有两种抗生素抗性基因,但基因内无核酸内切酶位点内无核酸内切酶位点含有大肠杆菌含有大肠杆
16、菌半乳糖苷酶半乳糖苷酶-肽肽段编码基因统称段编码基因统称LacZ基因基因靠近靠近LacZ基因基因端有一段多克隆位点,端有一段多克隆位点,影响影响LacZ基因功能基因功能含有一个调节含有一个调节 LacZ基因表达基因表达的阻遏蛋白基因的阻遏蛋白基因LacIpUC质粒质粒优点:优点:具有更小的分子,更高的拷数具有更小的分子,更高的拷数适于组织化学检测重组体适于组织化学检测重组体噬菌体噬菌体(phage) 噬菌体噬菌体DNA改造系统改造系统 gt系列(插入型,适用系列(插入型,适用cDNA克隆)克隆)EMBL系列(置换型,适用基因组克隆)系列(置换型,适用基因组克隆)噬菌体噬菌体(phage)载体系
17、统分类:载体系统分类: M13噬菌体噬菌体DNA改造系统(含改造系统(含lacZ基因)基因)M13mp系列系列pUC系列系列左臂左臂右臂右臂非必需序列非必需序列重组分子重组分子左左臂臂右右臂臂不能包装的病毒颗粒左臂左臂右臂右臂插入单一酶切位点或插入单一酶切位点或一对内切酶位点一对内切酶位点噬菌体噬菌体DNA改造系统改造系统左臂左臂右臂右臂粘性质粒粘性质粒( (cosmidcosmid) )结合质粒克隆载体和结合质粒克隆载体和噬菌噬菌体克隆载体的优点体克隆载体的优点结构:质粒粒DNA接上接上噬菌体噬菌体 粘性末端粘性末端(cos).粘性质粒粘性质粒(cosmid):具有具有噬菌体噬菌体 粘性末端
18、特性粘性末端特性具有质粒耐药性标记具有质粒耐药性标记具有多个限制性酶切位点具有多个限制性酶切位点具有高容量的克隆能力具有高容量的克隆能力接上真核细胞复制子和启动子及选择标记,接上真核细胞复制子和启动子及选择标记,就能在真核细胞中存在和表达就能在真核细胞中存在和表达粘性质粒的特点粘性质粒的特点l酵母人工染色体酵母人工染色体 (yeast artificial chromosome, YAC)l细菌人工染色体细菌人工染色体 (bacterial artificial chromosome, BAC)l动物病毒动物病毒DNADNA改造的载体改造的载体 (如腺病毒,(如腺病毒,腺病毒相关病毒,逆转录病
19、毒)腺病毒相关病毒,逆转录病毒)其它其它(四)目的基因(四)目的基因 cDNA (complementary DNA) 基因组基因组DNA (genomic DNA)(一)目的基因的获取(一)目的基因的获取1. 1. 化学合成法化学合成法要求:已知目的基因的核苷酸序列要求:已知目的基因的核苷酸序列或其产物的氨基酸序列或其产物的氨基酸序列 。2.2.基因组基因组DNADNA文库文库(genomic DNA (genomic DNA library)library)3. cDNA3. cDNA文库文库(cDNA library)(cDNA library)4. 4. 聚合酶链反应聚合酶链反应(po
20、lymerase chain (polymerase chain reaction, PCR)reaction, PCR)(见第(见第2222章)章) 化学合成获取化学合成获取目的基因目的基因* 化学合成法获取目的基因化学合成法获取目的基因由已知氨基酸序列推测可能的由已知氨基酸序列推测可能的DNA序列序列基因组基因组DNA文库获取文库获取目的基因目的基因(genomic DNA library)组织或细胞染色体组织或细胞染色体DNA基因片断基因片断克隆载体克隆载体重组重组DNA分子分子含重组分子的转化菌含重组分子的转化菌限制性内切酶限制性内切酶受体菌受体菌基因组基因组DNA文库文库存在于转化细
21、胞内存在于转化细胞内由克隆载体所携带的所由克隆载体所携带的所有基因组有基因组DNA的集合的集合* 从基因组从基因组DNA文文库获取目的基因库获取目的基因目目 录录EcoR IGenomic LibraryInfect cells限制酶切位点限制酶切位点限制酶消化限制酶消化 除去中间片段除去中间片段cos LR coscos L左臂左臂R cos右臂右臂真核生物染真核生物染色体色体DNA限制酶部分消化限制酶部分消化 外源外源DNA与载体与载体DNA混合混合 连接反应连接反应 体外包装体外包装 用重组噬菌体用重组噬菌体感染大肠杆菌感染大肠杆菌 20 Kb DNA 片段片段 cos LR cos20
22、 Kb 外源外源 DNA 片段片段 基因文库基因文库目目 录录cDNA文库获取目的基因文库获取目的基因(cDNA library)mRNA cDNA 双链双链cDNA 重组重组DNA分子分子 cDNA文库文库 反转录酶反转录酶 载体载体 受体菌受体菌 复制复制* 从从cDNA文库获取目的基因文库获取目的基因 逆转录酶逆转录酶A A A A T T T T AAAASISI核酸酶核酸酶 DNA聚合酶聚合酶碱水解碱水解 T T T T目目 录录引物引物cDNAcDNA 文文 库库 基于核酸杂交的筛选基于核酸杂交的筛选; ; 基于抗原抗体反应的筛选。基于抗原抗体反应的筛选。在文库中筛选目的基因原理在
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