2022年生物化学要点 .pdf
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1、1 生物化学要点第章绪论一、生物化学概念生物化学是运用化学的原理和方法,研究生物体的物质组成和遵循化学规律所发生的一系列化学变化,进而深入揭示生命现象本质的一门科学,有生命的化学之称。二、生物化学研究内容1. 生物体物质的化学组成、结构、性质和功能2. 生物体内的物质代谢、能量转换和代谢调控3. 生物体的信息代谢4. 运用生物化学原理和方法,为农业、工业、医药卫生、环境保护等服务,开拓富有经济价值的生物资源酶制剂、药品、食品添加剂、杀虫剂三、生物化学的发展1 静态生物化学时期 二十世纪二十年代以前: 研究内容以分析生物体内物质的化学组成、性质和含量为主。2 动态生物化学时期二十世纪前半叶 :物
2、质代谢途径及动态平衡、能量转化, 光合作用、生物氧化、糖的分解和合成代谢、蛋白质合成、核酸的遗传功能、酶、维生素、激素、抗生素等的代谢3 机能生物化学及分子生物学时期二十世纪五十年代以后:生命的本质和奥秘:运动、神经、内分泌、生长、发育、繁殖等的分子机理第一章蛋白质化学一蛋白质的生物学意义生物体的组成成分;酶; 运输;运动;抗体;干扰素;遗传信息的控制;细胞膜的通透性;高等动物的记忆、识别机构。二蛋白质的元素组成C5055% 、H68% 、O2023% 、N1518% 、 S04% 、N的含量平均为16% 凯氏 Kjadehl 定氮法的理论基础:蛋白质含量蛋白氮三蛋白质的组成氨基酸是蛋白质的基
3、本组成单位。从细菌到人类,所有蛋白质都由20 种标准氨基酸组成牢记三字符号和结构式。C如是不对称C除 Gly ,则: 1具有两种立体异构体D- 型和 L-型; 2具有旋光性手性左旋 -或右旋 + 氨基酸的重要理化性质: 1一般物理性质:无色晶体,熔点极高200以上,不同味道;水中溶解度差异较大极性和非极性 , 不溶于有机溶剂。 具有紫外吸收性质 280nm 。2两性解离和等电点:氨基酸在水溶液中或在晶体状态时都以离子形式存在,在同一个精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 1 页,共 22 页2 氨基酸分子上带有能放出质子的NH3+正离子和
4、能接受质子的COO-负离子,为两性电解质。调节氨基酸溶液的pH,使氨基酸分子上的+NH3基和 COO-基的解离程度完全相等时,即所带净电荷为零,此时氨基酸所处溶液的pH 值称为该氨基酸的等电点pI 。 3化学性质:与茚三酮的反应:Pro 产生黄色物质,其它为蓝紫色。在570nm蓝紫色或440nm黄色定量测定几g ;与甲醛的反应:氨基酸的甲醛滴定法,可以用来直接测定氨基酸的浓度和蛋白质水解程度;与异硫氰酸苯酯PITC的反应,重复测定多肽链 N 端氨基酸排列顺序,设计出“ 多肽顺序自动分析仪” 。四肽肽是一个氨基酸的-羧基和另一个氨基酸的-氨基脱水缩合而成的化合物。氨基酸之间脱水后形成的键称肽键酰
5、胺键。肽链写法:游离-氨基在左,游离-羧基在右,氨基酸之间用“ ” 表示肽键。五蛋白质的结构蛋白质是氨基酸以肽键相互连接的线性序列。在蛋白质中, 多肽链折叠形成特殊的形状构象。在结构中,这种构象是原子的三维排列,由氨基酸序列决定。蛋白质有四种结构层次:一级结构,二级结构,三级结构和四级结构不总是有。一蛋白质的一级结构一级结构就是蛋白质分子中氨基酸残基的排列顺序,即氨基酸的线性序列。在基因编码的蛋白质中,这种序列是由mRNA 中的核苷酸序列决定的。一级结构中包含的共价键主要指肽键和二硫键。二蛋白质的空间结构是指蛋白质分子中所有原子在三维空间的排列分布和肽链的走向。由于羰基碳-氧双键的靠拢,允许存
6、在共振结构,碳与氮之间的肽键有部分双键性质,由CO-NH 构成的肽单元呈现相对的刚性和平面化,肽键中的4 个原子和它相邻的两个-碳原子多处于同一个平面上。蛋白质构象稳定的原因:1酰胺平面; 2侧链基团R 的影响。1. 蛋白质的二级结构:指蛋白质多肽链本身的折叠和盘绕方式。1 -螺旋: Pauling 和 Corey 于 1965 年提出。结构要点: 1螺旋的每圈有个氨基酸,螺旋间距离为,每个残基沿轴旋转100。 2每个肽键的羰基氧与远在第四个氨基酸氨基上的氢形成氢键,氢键的走向平行于螺旋轴,所有肽键都能参与链内氢键的形成。3)R 侧链基团伸向螺旋的外侧。4Pro 的 N 上缺少H,不能形成氢键
7、,经常出现在-螺旋的端头,它改变多肽链的方向并终止螺旋。2 -折叠结构:是一种肽链相当伸展的结构。肽链按层排列,依靠相邻肽链上的羰基和氨基形成的氢键维持结构的稳定性。肽键的平面性使多肽折叠成片,氨基酸侧链伸展在折叠片的上面和下面。-折叠片中,相邻多肽链平行 或反平行 较稳定。3 -转角:为了紧紧折叠成紧密的球蛋白,多肽链常常反转方向,成发夹形状。一个氨基酸的羰基氧以氢键结合到相距的第四个氨基酸的氨基氢上。4自由回转:没有一定规律的松散肽链结构。酶的活性部位。2. 蛋白质的三级结构指多肽链上的所有原子包括主链和侧链在三维空间的分布。3. 蛋白质的四级结构多肽亚基的空间排布和相互作用。亚基间以非共
8、价键连接。三蛋白质结构中的共价健和次级键六蛋白质分子结构与功能的关系蛋白质分子具有多样的生物学功能,需要一定的化学结构,还需要一定的空间构象。一蛋白质一级结构与功能的关系1. 种属差异精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 2 页,共 22 页3 蛋白质一级结构的种属差异十分明显,但相同部分氨基酸对蛋白质的功能起决定作用。根据蛋白质结构上的差异,可以断定它们在亲缘关系上的远近。2. 分子病蛋白质分子一级结构的氨基酸排列顺序与正常有所不同的遗传病。二蛋白质构象与功能的关系别变 构作用: 含亚基的蛋白质由于一个亚基的构象改变而引起其余亚基和整个
9、分子构象、 性质和功能发生改变的作用。因别构而产生的效应称别构效应。如血红蛋白是别构蛋白, O2结合到一个亚基上以后,影响与其它亚基的相互作用。七蛋白质的性质一蛋白质的相对分子量蛋白质相对分子量在10 0001 000 000 之间。测定分子量的主要方法有渗透压法、超离心法、凝胶过滤法、聚丙烯酰胺凝胶电泳等。最准确可靠的方法是超离心法Svedberg 于1940 年设计:蛋白质颗粒在2550104 g 离心力作用下从溶液中沉降下来。沉降系数的单位常用 S,1S=110-13s二蛋白质的两性电离及等电点蛋白质在偏酸溶液中带正电荷,在偏碱溶液中带负电荷,在等电点时为两性离子。电泳: 带电颗粒在电场
10、中移动的现象。分子大小不同的蛋白质所带净电荷密度不同,迁移率即异,在电泳时可以分开。三蛋白质的胶体性质布郎运动、丁道尔现象、电泳现象,不能透过半透膜,具有吸附能力。蛋白质溶液稳定的原因:1外表形成水膜水化层;2带相同电荷。四蛋白质的变性天然蛋白质受物理或化学因素的影响,其共价键不变, 但分子内部原有的高度规律性的空间排列发生变化,致使其原有性质发生部分或全部丧失,称为蛋白质的变性。变性蛋白质主要标志是生物学功能的丧失。溶解度降低, 易形成沉淀析出,结晶能力丧失,分子形状改变,肽链松散,反应基团增加,易被酶消化。变性蛋白质分子互相凝集为固体的现象称凝固 。有些蛋白质的变性作用是可逆的,其变性如不
11、超过一定限度,经适当处理后, 可重新变为天然蛋白质。第二章核酸的化学一核酸的概念和重要性1869 年, Miescher 从脓细胞的细胞核中别离出了一种含磷酸的有机物,当时称为核素nuclein ,后称为核酸nucleic acid ;此后几十年内,弄清了核酸的组成及在细胞中的分布。1944 年,Avery 等成功进行肺炎球菌转化试验。1952 年,Hershey 等的实验说明32P-DNA可进入噬菌体内,证明DNA 是遗传物质。除少数病毒 RNA 病毒以RNA 作为遗传物质外,多数有机体的遗传物质是DNA 。不同有机体遗传物质信息分子的结构差异,使得其所含蛋白质表现分子的种类和数量有所差异,
12、 有机体表现出不同的形态结构和代谢类型。RNA 的主要作用是从DNA 转录遗传信息,并指导蛋白质的合成。二核酸的组成成分碱基熟记腺嘌呤、鸟嘌呤、尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶的结构式、戊糖核糖或脱氧核糖、磷酸。各种核苷三磷酸和脱氧核苷三磷酸是体内合成RNA 和 DNA 合成的直接原料。在体内能量代谢中的作用:ATP 能量 “ 货币 ” ;UTP 参加糖的互相转化与合成;精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 3 页,共 22 页4 CTP 参加磷脂的合成;GTP 参加蛋白质和嘌呤的合成。第二信使 cAMP 、 cGMP。三 DNA 的结构一 DN
13、A 的一级结构因为 DNA 的脱氧核苷酸只在它们所携带的碱基上有区别,所以脱氧核苷酸的序列常被认为是碱基序列。通常碱基序列由DNA 链的 5 3方向写。 DNA 中有 4 种类型的核苷酸,有 n 个核苷酸组成的DNA 链中可能有的不同序列总数为4n。二 DNA 的双螺旋结构1953 年, Watson 和 Crick 提出。DNA 的双螺旋模型特点: 1两条反向平行的多聚核苷酸链沿一个假设的中心轴右旋相互盘绕而形成。 2磷酸和脱氧核糖单位作为不变的骨架组成位于外侧,作为可变成分的碱基位于内侧,链间碱基按AT,GC 配对碱基配对原则,Chargaff 定律 。 3螺旋直径 2nm,相邻碱基平面垂
14、直距离0.34nm,螺旋结构每隔10 个碱基对 bp重复一次,间隔为 3.4nm。 4碱基平面与纵轴垂直,糖环平面与纵轴平行;5两条核苷酸链之间依靠碱基间的氢链结合在一起G-C 三个氢键, A-T 二个氢键; 6螺圈之间主要靠碱基平面间的堆积力维持。DNA 的双螺旋结构的意义:该模型揭示了DNA作为遗传物质的稳定性特征,最有价值的是确认了碱基配对原则,这是DNA 复制、转录和反转录的分子基础,亦是遗传信息传递和表达的分子基础。该模型的提出是20 世纪生命科学的重大突破之一,它奠定了生物化学和分子生物学乃至整个生命科学飞速发展的基石。DNA 双螺旋的构象类型:B-DNA 、A-DNA 、Z-DN
15、A 。四 DNA 与基因组织基因是 DNA 片段的核苷酸序列,DNA 分子中最小的功能单位。包括结构基因与调节基因。基因组是指细胞内遗传信息的携带者DNA 的总体。基因组的特点:1. 原核生物基因组的特点:1DNA 大部分为结构基因,每个基因出现频率低。2功能相关基因串联在一起,并转录在同一mRNA 中多顺反子 。 3有基因重叠现象。2. 真核生物基因组的特点: 1具有重复序列。2有断裂基因 由于内含子有存在 。内含子 intron):基因中不为多肽编码,不在mRNA 中出现。外显子exons :为多肽编码的基因片段。例外:组蛋白基因和干扰素基因没有内含子。 。五 RNA 的结构与功能RNA
16、分子是含短的不完全的螺旋区的多核苷酸链。一 tRNA tRNA 约占 RNA 总量的 15%,主要作用是转运氨基酸用于合成蛋白质。端有 CCAOHC 环含有 T 和;7.含有修饰碱基和不变核苷酸。二 rRNA 占细胞 RNA 总量的 80%,与蛋白质40%共同组成核糖体。三 mRNA 与 hnRNA mRNA 约占细胞RNA 总量的 35%,是蛋白质合成的模板。真核生物mRNA 的前体在核内合成,包括整个基因的内含子和外显子的转录产物,形成分子大小极不均匀的hnRNA 。四 RNA 的其它功能1981 年,Cech 发现 RNA 的催化活性, 提出核酶 ribozyme 。大部分核酶参加RNA
17、 的加工和成熟,也有催化C-N 键的合成。 23SrRNA 具肽酰转移酶活性。六核酸的性质一一般理化性质: 1为两性电解质,通常表现为酸性。2DNA 为白色纤维状固体,精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 4 页,共 22 页5 RNA 为白色粉末,不溶于有机溶剂。3 DNA 溶液的粘度极高,而RNA 溶液要小得多。4RNA 能在室温条件下被稀碱水解而DNA 对碱稳定。5利用核糖和脱氧核糖不同的显色反应鉴定DNA 与 RNA 。二核酸的紫外吸收性质:核酸的碱基具有共扼双键,因而有紫外吸收性质,吸收峰在260nm蛋白质的紫外吸收峰在280n
18、m 。核酸的光吸收值比各核苷酸光吸收值的和少3040%,当核酸变性或降解时光吸收值显著增加增色效应 ,但核酸复性后,光吸收值又回复到原有水平减色效应。三核酸的的变性:双螺旋区氢键断裂,空间结构破坏,形成单链无规线团状,只涉及次级键的破坏。 DNA 变性是个突变过程,类似结晶的熔解。将紫外吸收的增加量到达最大增量一半时的温度称熔解温度Tm 。四分子杂交:在退火条件下,不同来源的DNA 互补区形成氢键,或DNA 单链和 RNA链的互补区形成DNA-RNA杂合双链的过程。七核酸的序列测定目前多采用Sanger 的酶法和Gilbert 的化学法双脱氧核苷酸法。第三章糖类的结构与功能一糖类的结构与功能最
19、初,糖类化合物用Cn(H2O)m表示有例外 ,统称碳水化合物。糖类是多羟基的醛或多羟基酮及其缩聚物和某些衍生物的总称。糖类的生物学意义: 1是一切生物体维持生命活动所需能量的主要来源;2是生物体合成其它化合物的基本原料;3充当结构性物质; 4糖链是高密度的信息载体,是参与神经活动的基本物质; 5糖类是细胞膜上受体分子的重要组成成分,是细胞识别和信息传递等功能的参与者。二多糖多糖是由多个单糖基以糖苷键相连而形成的高聚物。多糖没有复原性和变旋现象,无甜味,大多不溶于水。多糖的结构包括单糖的组成、糖苷键的类型、 单糖的排列顺序3 个基本结构因素。多糖的功能:1贮藏和结构支持物质。 2抗原性荚膜多糖
20、。 3抗凝血作用 肝素 。 4为细胞间粘合剂透明质酸。 5携带生物信息糖链。三多糖代表物一淀粉与糖原天然淀粉由直链淀粉以-(1,4)糖苷键连接与支链淀粉分支点为-(1,6) 糖苷键组成。淀粉与碘的呈色反应与淀粉糖苷链的长度有关:链长小于6 个葡萄糖基,不能呈色;链长为 20 个葡萄糖基,呈红色;链长大于60 个葡萄糖基,呈蓝色。糖原又称动物淀粉,与支链淀粉相似,与碘反应呈红紫色。二纤维素与半纤维素纤维素是自然界最丰富的有机化合物,是一种线性的由D- 吡喃葡萄糖基借-(1,4)糖苷键连接的没有分支的同多糖。微晶束相当牢固。半纤维素是指除纤维素以外的全部糖类果胶质与淀粉除外。四糖复合物 是糖类的复
21、原端和其他非糖组分以共价键结合的产物。一糖蛋白与蛋白多糖两种不同类型苷键:N-糖苷键肽链上的Asn 的氨基与糖基上的半缩醛羟基形成;O-糖苷键肽链上的Ser 或 Thr 的羟基与糖基上的半缩醛羟基形成。精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 5 页,共 22 页6 糖蛋白中寡糖链末端糖基组成的不同决定人体的血型。O 型: Fuc岩藻糖A 型: Fuc 和 GNAc 乙酰氨基葡萄糖B 型: Fuc 和 Gal半乳糖二糖脂与脂多糖 脂类与糖或低聚糖结合的一类复合糖。1. 甘油醇糖脂:甘油二酯与己糖半乳糖、甘露糖和脱氧葡萄糖结合而成。2. N-酰
22、基神经醇糖脂第四章脂类和生物膜一脂类不溶于水, 但能溶于非极性有机溶剂。主要包括脂肪 可变脂,磷脂、 糖脂、 固醇基本脂 。一脂肪三酰甘油1 分子甘油和3 分子脂肪酸结合而成的酯。脂肪酸分为饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸熟悉“必需脂肪酸”概念和种类。二甘油磷酸酯类磷脂在水相中自发形成脂质双分子层。三鞘脂类 由 1 分子脂肪酸, 1 分子鞘氨醇或其衍生物,以及1 分子极性头基团组成。可分为三类:鞘磷脂类、脑苷脂类糖鞘脂、神经节苷脂类。四固醇甾醇类固醇类都是环戊烷多氢菲的衍生物。二生物膜 电镜下表现出大体相同的形态、厚度69nm 左右的 3 片层结构。真核细胞由于生物膜的分化形成细胞器。膜的化学组成:
23、1膜脂:主要是磷脂、固醇和鞘脂。当磷脂分散于水相时,可形成脂质体。 2膜蛋白。3膜糖类。膜的结构:?双层脂分子构成E. Gorter, F.Grendel, 1925) ?三明治式结构模型(H.Davson, J.F.Danielli, 1935) ?单位膜模型 (J.D.Robertson, 1959) ?流动镶嵌模型(S.J.Singer, G.Nicolson, 1972)膜的流动镶嵌模型结构要点:1膜结构的连续主体是极性的脂质双分子层。2脂质双分子层具有流动性。 3内嵌蛋白 “ 溶解 ” 于脂质双分子层的中心疏水部分。4外周蛋白与脂质双分子层的极性头部连接。5双分子层中的脂质分子之间或
24、蛋白质组分与脂质之间无共价结合。 6膜蛋白可作横向运动。第五章酶一酶的概念定义:酶是生物体内进行新陈代谢不可缺少的受多种因素调节控制的具有催化能力的生物催化剂。酶具有一般催化剂的特征:1. 只能进行热力学上允许进行的反应;2. 可以缩短化学反应到达平衡的时间,而不改变反应的平衡点;3. 通过降低活化能加快化学反应速度。精选学习资料 - - - - - - - - - 名师归纳总结 - - - - - - -第 6 页,共 22 页7 酶的催化特点:高效性、专一性、反应条件温和、活力受多种因素调控。二酶的分类与命名1961 年国际酶学委员会Enzyme Committee, EC 根据酶所催化的
25、反应类型和机理,把酶分成6 大类:1氧化复原酶类; 2转移酶类; 3水解酶类;4裂解酶类; 5异构酶;6合成酶类。用EC X1.X2.X3.X4来表示。酶的命名有两种方法:系统名、惯用名。系统名:包括所有底物的名称和反应类型。惯用名:只取一个较重要的底物名称和反应类型。对于催化水解反应的酶一般在酶的名称上省去反应类型。三酶的化学本质一大多数酶是蛋白质1926 年 J.B.Sumner 首次从刀豆制备出脲酶结晶,证明其为蛋白质,并提出酶的本质就是蛋白质的观点。 ribozyme核酶,以后 Altman 和 Pace等又陆续发现了真正的RNA 催化剂。核酶的发现不仅说明酶不一定都是蛋白质,还促进了
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