2022年2022年教学目的使学生了解原核生物和真核生物的RNA聚合酶 .pdf
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1、课次: 10 教学目的:使学生了解原核生物和真核生物的RNA聚合酶、启动子和终止子, 掌握原核生物和真核生物的 RNA聚合酶、启动子的结构特点及原核生物终止子。重点:原核和真核生物RNA聚合酶的组成和转录特点,启动子的结构特点及原核生物终止子。难点:复习旧课:提问3 人,了解教学效果。导入新课:第五章转录基因表达时以DNA 的一条链为模板合成RNA ,这一过程就是 转录(transcription ) 。所需的酶叫做依 赖 DNA 的 RNA 聚合酶 ( DNA-dependent RNA polynerase ,DDRP) 。转录产生初级转录物为RNA 前体 (RNA precursor )
2、 ,它们必须经过加工过程变为成熟的RNA ,才能表现其生物活性。细胞中的 RNA 分成三种: mRNA (信使 RNA ) ,tRNA (转运 RNA )和 rRNA (核糖体RNA ) 。在 DNA 的两条多苷酸链中只有其中一条链作为模板,这条链叫做模板链 (template strand) ,又叫做无意义链。 DNA 双链中另一条不做为模板的链叫做编码链 ,又叫做有意义链,编码链的序列与转录的 RNA 序列相同。第一节转录酶和转录因子RNA 合成的基本特征:5 3 方向;底物三磷酸核苷酸(NTP)不对称转录,以单链DNA 为模板。不需要引物,合成是连续的。一原核生物的RNA 聚合酶大肠杆菌
3、RNA 聚合酶( RNA polynerase)需要 DNA模板, Mg离子,和 4 种 3- 磷酸核苷( ATP ,UTP ,CTP和 GTP ) 。RNA pol 和 DNA pol 也有 2 点不同:(1)RNA pol 没有任何校对功能; (2)能起始新的RNA链。细菌 RNA pol 由 5 种多肽亚基组成为2 ;分子量达50 多万,可以合成3 类不同的RNA( tRNA,mRNA 和 rRNA ) 。其大小和功能如表所示:表 E.coli RNA Pol 的结构和功能亚基基因分子量( KDa)数目组分可能的功能rpoA 40 2 核心酶酶的连接,装配,决定哪些基因被转录rpoB 1
4、55 1 核心酶与转录全过程有关,和底物(核苷酸)结合rpoC 160 1 核心酶结合 DNA 模板10 1 核心酶rpoD 70 1 因子辨认起始点 , 二 真核生物的RNA 聚合酶真核生物 RNA 聚合酶、和线粒体RNA 聚合酶,分子量大致都在500KD左右,它们专一性地转录不同的基因,因此由它们催化的转录产物也各不相同。表 2 真核生物的R NA 聚合酶种类分布合成的 RNA 类型核仁28s,18s,5.8s rRNAs 核质hnRNA ,SnRNA 核质tRNA ,5sRNA ,SnRNA Mt 线粒体线粒体 RNAs 不同的真核聚合酶对各种抑制剂的敏感性也不同(表)某些常用的转录抑制
5、剂抑制剂靶酶抑制作用利福霉素细菌的全酶与亚基结合,阻止起始名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 1 页,共 10 页 - - - - - - - - - 链霉溶菌素细菌的核心酶与亚基结合,阻止延长放线菌素 D 真核 RNA 聚合酶与 DNA 结合,并阻止延长-鹅膏蕈碱真核 RNA 聚合酶、 III 与 RNA 聚合酶结合2.1 真核 RNA聚合酶的结构特点:所有真核 RNA聚合酶都是大分子蛋白质,分子量可达500KDa或更多。它们典型的有8-14 个亚基。RNA pol 的
6、大亚基有一个羧基末端功能区(carboxy-terminal domain CTD) ,它含有一个多次重复的一致序列Tyr-Ser-Pro-Ser-Pro-Ser,这个序列是RNA pol 独有的。此 CTD在 Ser 丝氨酸或 Thr 苏氨酸残基上可高度磷酸化,这个酶带有非磷酸化亚基叫做RNApola,而带磷酸化亚基叫做RNA pol o,CTD参与转录的起始。2.2 线粒体和叶绿体的RNA pol线粒体和叶绿体转录的RNA pol 较小,更类似于细菌的RNA pol 。第二节启动子一 原核生物的启动子启动子( promoter)是 DNA 分子可以与RNA 聚合酶特异结合的部位,也就是使转
7、录开始的部位。1 启动子( promoter)的结构不同启动子对RNA 聚合酶的亲和力各不同,根据其合成蛋白质的多少区别为强弱启动子。1.1 转录起始点:多为嘌呤, CAT,A 为起始点1.2 -10 区又称为 Pribnow 盒(原核生物 )。其保守序列为TATAAT(T80A95T45A60A50T96) ,其中 3端的“ T”十分保守。 A.T 较丰富,易于解链。和转录起始位点I 一般相距5-bp。只有少数几个核苷酸的差别。其功能 是: (1) RNA pol 紧密结合部位 ;(2) 形成开放启动复合体;(3) 使 RNA pol 定向转录。1.3 -35序列 又称为Sextama 盒
8、(Sextama box ) ,其保守序列为TTGACA (T82T84G78A65C54A45) ,与 -10序列,相隔16-19bp 。其功能是 : 为 RNA pol 的识别位点。亚基才能识别并结合-35 序列,为转录选择模板链。1.4 -10和-35 之间距离:1 ) -35 和-10 序列相距约16-19bp , 其距离稳定,过大或过小都会降低转录活性。2)该距离大致是双螺旋绕两圈的长度。这两个结合区是在DNA分子的同一侧面,此酶是结合在双螺旋的一面。3)原核生物亦有少数启动子缺乏这两个序列之一。RNA聚合酶往往不能单独识别这种启动子,而需要有辅助蛋白质的帮助。1.5 启动子附近其他
9、DNA序列:起始位点上游50 到 150bp 之间的序列是启动子的完全活性所必需的。上游序列可以吸引拓扑异构酶,后者可导致结合的局部产生有利于转录起始的超螺旋状态。远离部位序列富有AT ,能增进转录起始的频率。2 原核生物不同基因的启动子的共同特点:( 1)结构典型,都含有识别(R) ,结合( B)和起始( I )三个位点;( 2)序列保守,如-35 序列、 -10 序列结构都十分保守;( 3)位置和距离都比较恒定;( 4)对 RNA聚合酶的亲和力高低影响转录频率和效率;( 5)常和操纵子相邻;( 6)都在其控制基因的5 端;( 7)决定转录的启动和方向。二真核生物的启动子与原核的启动子的区别
10、:( 1)多种元件: TATA框, GC框, CATT框, OCT等;( 2)不同元件的组合情况:位置、序列、距离和方向都不完全相同;( 3)需转录因子参与转录的全过程。转录因子先和启动子结合,再与 RNA聚合酶形成转录起始复合物,开始转录的过程。2.1 RNApol的启动子通用型启动子(无组织特异性)、结构最复杂、位于转录起始点的上游、有多个短序列元件组成名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 2 页,共 10 页 - - - - - - - - - ( 1)帽子位点( c
11、ap site) :转录起始位点( 2) TATA框( Hogness 框或 Goldberg-Hogness 框)结构特点:位于 30 处一致序列为T82A97T93A85A63 (T37)A83A50(T37)功能:定位转录起始点(类似原核的Pribnow 框)TATA是绝大多数真核基因的正确表达所必需的故也称为选择子(selector)3) CAAT 框( CAAT box)结构特点:位于 75bp 处,一致序列为GGC/TCAATCT 功能:前两个 G 的作用十分重要( 转录效率 ) ,增强启动子的效率、频率,不影响启动子的特异性?以上三个保守序列在绝大多数启动子中都存在( 4) GC
12、 框 (GC box)位于 90 附近,较常见的成分,核心序列为GGGCGG,可有多个拷贝,也可以正反两方向排列( 5)其他元件,八聚核苷酸元件(octamer element OCT元件):一致序列为 ATTTGCAT KB元件:一致序列为 GGGACTTTCC ATF元件:一致序列为 GTGACGT 还有一些位于起始点下游的相关元件(6) 起始子( initiator,Inr ) :位于起始点 -3 +5 Py2CAPy5 构成,可能提供RNA pol 识别。当有的基因缺少TATA框时,可能由Inr 来替代它的作用,无论 TATA是否存在, Inr 对于启动子的强度和起始位点的选择都是十分
13、重要的。2 RNA pol启动子RNA pol 的启动子由两部分序列构成:核心启动子 (core promoter )或 核心元件 (core element ) ,位于起始位点的前后,从-45 到+20,负责转录的起始。上游控制元件(upstream control element,UCE ) ,从 -180 延伸到 -107 ,此区可增加核心元件的转录起始的效率。这两个区域都有一个特殊的成份,就是G.C 丰富区( G.C 含量达 85% ) 。3 Pol 启动子的结构及起始RNA pol 启动子负责tRNA,5SrRNA ,某些 SnRNAs 的转录,这三类基因的启动子结构不同。基因内启动
14、子:如 5S RNA 和 tRNA,位于起始位点的下游的转录区内,因此也称为下游启动子( downwtream promoter)或基因 内启动子 (intragenenic promoter)或称为 内部控制区 (internal contron regin ,ICR) 。又分为两类:型 内部启动子含有两个分开的boxA 和 boxC 序列。而 型 内部启动子含有两个分开的 boxA 和 boxB。RNA pol 的三种类型启动子的结构如图 5-2 所示。 167 页基因外启动子: 如 snRNA 基因的启动子, 包含有 3个上游元件, 为 TATA 框、 次近端序列元件 (proximal
15、 sequence element, PSE)和八聚体OCT元件。第三节终止子一 原核生物的终止子(terminator)终止子的作用是在DNA 模板的特异位点处终止RNA 的合成。两种不同的终止子:1 强终止子 / 内部终止子 / 不依赖 因子 的结构 特征 :(1)具有一个反向重复序列,由它转录出mRNA 可形成茎环结构,可阻止RNA pol 的前进;(2)茎的区域富内含G-C,使茎环不易解开;(3) 强终止子 3端上有 6 个 U,由于它和模板形成的连续U-A 配对较易打开,从而便于释放出RNA 。2 依赖 因子的终止序列中,也没有固定的特征,不都能形成稳定的发夹;在茎中的G 、C含量少
16、,茎环易打开。在其3 端也没有寡聚U。因子 46Kda 的蛋白, 6 聚体( 275KDa)存在。 因子具有依赖RNA的 ATPase活性和解旋酶活性。其功能是作为RNA pol 的一种辅助因子,当其浓度为RNA pol 浓度的 10% 时在体外可发挥最高的活名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 3 页,共 10 页 - - - - - - - - - 性。因子作用机制的可能性:1 因子与新生RNA 链结合,延着RNA 移动,并可能用ATP 放出的能量将RNA 链从酶和模板
17、中释出。比RNA pol 沿 DNA 移动要快。2 因子可能与RNA 聚合酶结合,接触RNA-DNA 杂合链、并导致其解链,而将聚合酶和RNA 解离下来。二 真核生物的终止子真核生物由于RNA 转录后很快就进行了加工,因此很难确定原初转录物的3末端。爪蟾 5sRNA 的 3末端有 4 个 U,它们前后的序列为富含GC 的序列,这是所有真核生物RNA聚合酶转录的终止信号。这种序列特征高度保守,从酵母到人都很相似。RNA 聚合酶 I 的转录终止信号是18bp, RNA 聚合酶 II 还不清楚是否有明确的终止元件。归纳小结:原核和真核生物RNA聚合酶,启动子、终止子。布置作业:问答题1.亚基的主要作
18、用是什么?2.真核生物RNA 聚合酶有何功能特点?3.概括典型原核生物启动子的结构和功能。教学后记:课次: 11 教学目的: 使学生了解原核生物和真核生物的转录机制、原核生物转录产物的加工,掌握真核生物RNA聚合酶 II的转录因子的作用特点。重点:真核生物RNA聚合酶 II 的转录因子的作用特点。难点:转录起始的过程复习旧课:提问3 人,了解教学效果。导入新课:第四节转录的机制转录可分为三个阶段:起始,延伸和终止。一 转录的起始1 原核生物转录的起始1 当 RNA 聚合酶的亚基发现其识别位点时,全酶就与启动子的-35 区序列结合形成一个封闭的启动子复合物。2 由于全酶分子较大,其另一端可在到-
19、10 区的序列,在某种作用下,整个酶分子向-10 序列转移并与之牢固结合,在此处发生局部DNA12-17bp 的解链,形成全酶和启动子的开放性复合物。3 酶移动到转录起始点,在开放性启动子复合物中转录起始位点和延长位点被相应的rNTP 核苷酸前体充满,在RNA 聚合酶 亚基催化下形成RNA 的第一个磷酸二酸键,表示了RNA 转录开始。4 在第一个核苷酸形成时因子从全酶解离下来,靠核心酶在DNA 链上向下游滑动,而脱落的因子与另一个核心酶结合成全酶反复利用。2 真核生物转录的起始2.1 RNA pol 的转录起始转录因子与RNA聚合酶形成转录起始复合物,共同参与转录起始的过程。普遍转录因子, 或
20、者是基本因子TFX, 存在于所有启动子起始的RNA合成过程中。 它们与 RNA聚合酶共同组成转录起始复合物,转录才能在正确的位置上开始。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 4 页,共 10 页 - - - - - - - - - 表 人类 型基因的转录因子因子分子量功能RNAPol10K 依赖模板合成RNA TF A 12, 19, 35K 稳定 TFD和 DNA的结合,激活TBP亚基TF B 33K 结合模板链( -10 +10) ,起始Pol 结合,和TFE/F 相互
21、作用TF D TBP, 30K TAFs TBP亚基识别TATA ,将聚合酶组入复合体中,TAFs 识别特殊启动子TF E 34K( ),57K() 结合在 Pol的前部,使复合体的保护区延伸到下游TF F 38, 74K 大亚基具解旋酶活性(RAP74 ), 小亚基( rap38 )和 Pol结合,介导其加入复合体TF H 具激酶活性, 可以磷酸化PolC端的 CTD ,使 Pol 逸出,延伸TF I 120K 识别 Inr ,起始 TFF/D 结合TF J 在 TF F后加入复合体,不改变DNA的结合方式TF S RNA合成延伸(1) 第一步是原称为TFD 的转录启动因子和TATA框结合形
22、成复物体,为RNA pol 指明结合位置。(2) TF A的参与使TFD和 TATA框结合得更稳定。(3) TF B在起始点邻近区域,从-10 到+10 可以部分地保护模板链,还可以使TFE/F 相互作用。(4) TFF 的大亚基 RAP74 ,具有 ATP-依赖性 DNA解旋酶活性,和起始时DNA链的熔解有关。小亚基是 RAP38 ,和细菌的 因子有部分同源,紧密地和RNA pol 结合。 RNA Pol结合位点在模板链上达到下游 +15,在非模板链上达到+20,其长度贯穿了整个复合体,上游也被其保护了。(5) TR E结合在 pol 的前部,使复合体的保护区延伸到下游双链的+30 处。(6
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