2022年生物化学下完全整理 .pdf
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1、学习资料收集于网络,仅供参考学习资料第十章需要再看一遍Ch1 代谢总论( view twice) 1.新陈代谢的特征主要包括几个方面?( 1)物质代谢是基础,能量代谢是一切生命活动的基本保障;( 2)分解代谢是汇聚的,合成代谢是分支的;( 3)分解代谢和合成代谢不是简单的逆反应,他们通常有不同的途径;( 4)各代谢途径具有数量不多的通用活性载体;( 5)代谢主要由6 种反应组成(氧还,共价修饰,水解,异构,基团转移,增减功能基团),反应机制通常比较简单,一些代谢有共同化学反应称为代谢基序;( 6)各代谢途径具有严密的调节方式,以达到平衡和经济。( 7)代谢调节是动态的。2.生物体互逆的代谢途径
2、不是简单的可逆反应。其意义是什么?增强生物体对代谢调控的应变能力,避免能量浪费。3.熟记各类活性分子(载体)。ATP 是通用能量载体;NAD+,NADP+,FMN,FAD是通用电子载体;乙酰 -CoA 是通用酰基转移载体。4.NAD 、 NADP 和 FAD 等通用电子载体以及ATP(通用能量载体)、CoA(通用酰基载体)结构上都有ADP。从进化上的角度进行解释。代谢途径的规律和保守性是生物进化理论的重要依据,体现了生物的统一性;都有 ADP,是支持生命起源于RNA 的一个证据, RNA 作为酶和信息储存分子。Ch2 生物能学介绍 (view twice) 1. 生物圈中能量的来源和转化。(1
3、)能量直接或间接的来自于太阳能;(2)自养生物通过吸收太阳能转化为化学能储存在化合物中,异养生物通过分解这些化合物而获得能量;2. 什么是高能化合物?有哪几类高能化合物?掌握一些主要的高能化合物。(1)水解可释放出大于25 千焦 /摩尔自由能的化合物;(2)磷氧键型;氮磷键型;硫酯键型;甲硫键型(3)主要的高能化合物:磷酸肌酸(氮磷键型),磷酸肌醇式丙酮酸(磷氧键型),NTP,乙酰 -CoA(硫酯键型) ,腺苷基蛋氨酸(甲硫键型)。3. ATP 提供能量的机理。ATP 的两个磷酸肝键水解可形成更稳定的化合物并形成大量自由能;ATP 具有中等的磷酰基团转移势能,ATP 通过基团转移活化底物的形式
4、提供能量而不是直接水解(但肌肉收缩等生化过程是直接ATP,GTP 水解提供能量);在 ATP 参与的反应中,ATP 可以提供磷酰基团,焦磷酰基团,腺苷酰基团;腺苷酸化是一些生化反应增加能量偶联的机制;萤火虫发光的机制是ATP 分解成 AMP 和 PPi; 4. ATP 和磷酸肌酸在生物体内能量代谢中各起什么作用?ATP 是能量的载体;磷酸肌酸是能量的储存者;(证据:通过磷酸肌酸迅速转化成ATP 途径)Ch3 糖酵解和己糖的分解(view twice) 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - -
5、- - - 第 1 页,共 28 页 - - - - - - - - - 学习资料收集于网络,仅供参考学习资料1.糖酵解十部反应小结准备阶段4 步,消耗 2 分子 ATP: (1)葡萄糖 -己糖激酶 - 葡萄糖 -6-磷酸特点:第一个调控位点;不可逆的反应;消耗 1 分子 ATP; ATP 以镁离子 -ATP 复合物形式参与反应;己糖激酶同工酶D(葡萄糖激酶)为肝细胞特有,哺乳动物体内有4 种己糖激酶;具有激酶一般特点,底物诱导狭缝关闭特点。调节:己糖激酶主要由底物浓度调节,主要受葡萄糖-6-磷酸调节;葡萄糖激酶对葡萄糖的亲和力比己糖激酶低100 倍,不受葡萄糖-6-磷酸抑制,其主要作用是维持
6、血糖水平。(2)葡萄糖 -6-磷酸 -磷酸己糖异构酶-果糖 -6-磷酸特点:果糖 -6-磷酸第 1 位的 -OH 伸出,为下一步磷酸化做准备;是一步由醛糖到酮糖的过程。(3)果糖 -6-磷酸 -PFK1- -果糖 -1,6-双磷酸特点:第二个调节位点;不可逆反应;是限速步骤;消耗一份子ATP; ATP 以镁离子 -ATP 复合物形式参与反应;磷酸果糖激酶 -1(PFK-1) 是限速酶,受激素多级调节。调节:变构抑制剂:柠檬酸;ATP;变构激活剂:果糖-2,6,-双磷酸 (F-2,6-BP);ADP,AMP; F-2,6-BP 是最强的激活剂,其通过增强PFK-1 与 F-6-P 以及抑制ATP
7、 的抑制作用来激活,其水平受到PFK-2 以及 FPBase-2 共同作用调节。(4)果糖 -1,6-双磷酸 -醛缩酶 -甘油醛 -3-磷酸( GAP)+ 磷酸二羟丙酮(DHAP) 特点: DHAP 与 GAP 是异构分子;该步虽为裂解反应,但是实际方向可逆;体内更倾向于逆反应。作用阶段6 步,生成 2 分子 NADH,4 分子 ATP。(5)磷酸二羟丙酮(DHAP)- 磷酸丙糖异构酶-甘油醛 -3-磷酸( GAP)特点: GAP 不断被移走,反应不断向右进行;葡萄糖碳原子顺序变化:GAP 中 1 号碳来自于原3或 4 号碳, 2 号碳来源于原2 或 5 号碳, 3 号碳来自于原1 或 6 号
8、碳。(6)甘油醛 -3-磷酸( GAP)+NAD+无机磷酸 - 甘油醛 -3-磷酸脱氢酶 -1,3 双磷酸甘油酸+NADH+H+特点:氧还反应与磷酸化反应相结合,通过酶形成半缩硫醛中间物;实际上因为GAP 两分子,生成两分子被还原的NADH; 碘乙酸是甘油醛-3-磷酸脱氢酶抑制剂,通过碘乙酸与酶的结合确定酶活性位点在其半胱甘酸巯基上;半胱氨酸的巯基亲和攻击羰基碳,形成半羧硫醛中间物,氧化羰基硫酯键,使氧化磷酸化偶联。砷酸会形成氧化砷酸化,解偶联,使磷酸化与氧化分开组织ATP 合成但是不组织糖酵解反应,砷酸酯易水解,直接获得第7 步反应产物甘油酸-3-磷酸。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下
9、载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 2 页,共 28 页 - - - - - - - - - 学习资料收集于网络,仅供参考学习资料(7)1,3-双磷酸甘油酸 +ADP- 磷酸甘油酸激酶-3 磷酸甘油酸 +ATP 特点:第一个底物水平磷酸化步骤,生成两分子ATP。(8)3-磷酸甘油酸 -磷酸甘油酸变位酶-2-磷酸甘油酸特点: 3-磷酸甘油酸由于空间位阻的影响成为2-磷酸甘油酸,为下一步脱水做准备。(9)2-磷酸甘油酸 -烯醇化酶 -烯醇式丙酮酸特点:是一步脱水反应;低能键变高能键,为下一步磷酸化做准备;(10)
10、烯醇式丙酮酸+ADP- 丙酮酸激酶 -丙酮酸 +ATP特点:是第三个调控位点;不可逆反应;第二步底物磷酸化,产生两分子ATP; 丙酮有一步从烯醇式转变为酮式的反应。调节:丙酮酸激酶主要受ATP 调节;变构抑制剂: ATP;丙氨酸变构激活剂:果糖-1,6-双磷酸2.丙酮酸脱羧酶作用机制丙酮酸脱羧酶是乙醇发酵中的一种酶,其仅在酵母与微生物中存在。其脱羧机制是通过焦磷酸硫铵素中的噻唑环可以形成活性碳负离子,与丙酮酸结合使后者脱羧。3.糖酵解乳酸发酵的生理意义(1)在缺氧条件下为生命活动提供能量的途径,尤其对肌肉的收缩很重要;(2)某些组织所依赖的获能或主要获能的方式,如视网膜,癌组织,神经;成熟红细
11、胞完全依赖于乳酸发酵供能;(3)生成的乳酸可以被利用,在肝脏经糖异生乳酸途径重新生成糖。4.举例说明同工酶在代谢调节中的意义(1)同工酶是催化同一反应的不同酶,其具有相同的氨基酸序列,位于不同细胞或不同亚细胞结构,在酶动力学,辅酶因子,调控活性方面有所差异。(2)举例:乳酸脱氢酶LDH 。LDH 是由两种肽链A,B 按不同比例组成的异构体,五种同工酶分别存在于不同组织,如A4 存在于骨骼肌细胞,B4 存在于心肌细胞,A4 易于与丙酮酸结合将丙酮酸还原为乳酸,B4 易于将乳酸氧化为丙酮酸。(3)同工酶在不同的组织器官表现不同的调节方式,同一细胞不同位置作用不同,不同的发育阶段或生理状态不同的同工
12、酶起作用,不同同工酶对变构调节的反应不同。5.为什么肿瘤组织糖酵解速度比正常组织快?因为肿瘤细胞乳酸发酵增强,葡萄糖消耗增加。肿瘤细胞生长速度快超过血管的生成,肿瘤组织处于低氧状态通过糖酵解途径提供能量,因而葡萄糖的消耗和酵解速度超过一般的组织。6.磷酸戊糖途径生理意义磷酸戊糖途径是从葡萄糖-6-磷酸开始在葡萄糖-6-磷酸脱氢酶的催化下形成6-磷酸葡萄糖酸,进而代谢生成磷酸戊糖作为中间代谢物。生理意义: 1.产生 NADPH ,其作为供氢体,作为谷胱甘肽的辅酶,参与超氧阴离子反应具有杀菌作用,参加肝脏生物转化反应。2.合成核糖 -5-磷酸。3.是植物光合作用从CO2 合成葡萄糖的部分反应。4.
13、非氧化阶段将5C 变成 6C,与糖酵解途径连接起来,使产物可根据需要调节。7.蚕豆病的病因是什么?如何体现疾病与遗传环境相互作用?名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 3 页,共 28 页 - - - - - - - - - 学习资料收集于网络,仅供参考学习资料蚕豆病病因是葡萄糖-6-磷酸缺乏症,是一种伴性遗传病,导致NADPH合成不足,谷胱甘肽缺乏辅酶, 无法抑制体内因为线粒体呼吸,磺胺类药物引起的体内的自由的羟氧自由基的毒性作用,从而导致红细胞溶解,血红蛋白释放至血液,
14、引起黄疸和肾功能障碍。诱因有进食黄豆,磺胺类抗生素等。但这类患者抗疟疾的抵抗力比一般人强。Ch4 三羧酸循环 (view twice) 1.丙酮酸脱羧氧化生成乙酰CoA (1)反应部位:真核细胞位于线粒体基质中(2)丙酮酸脱羧酶复合体:3 个酶, 5 个辅酶3 个酶:丙酮酸脱羧酶(TPP),二氢硫辛酸乙酰转移酶(硫辛酸),二氢硫辛酸脱羧酶(FAD) 5 个辅酶: TPP(acyl), FAD(electron), CoA(acyl), NAD+(electron), 硫辛酸( both) (3)五步反应:【1】丙酮酸先与E1 的 TPP 连接,释放一分子的CO2。【2】与 TPP 解连接,与E
15、2 上的硫辛酸通过一个-SH 连接,硫辛酸环打开。【3】与 CoA-SH 结合,生成acyl-CoA, 硫辛酸回复两个-SH 结构。【4】E3 上的 FAD 被还原生成FADH2 ,硫辛酸彻底恢复环状结构。【5】NAD+ 被还原为 NADH ,FADH2 被氧化还原为FAD。2.TCA 循环的 8 步反应(1)乙酰 -CoA+草酰乙酸 -柠檬酸合酶 -柠檬酸特点:柠檬酸合酶的诱导契合效应,其需要先与草酰乙酸结合再与乙酰-CoA 结合,避免乙酰 -CoA 的水解。(2)柠檬酸 -乌头酸酶 -顺乌头酸 +H2O- 乌头酸酶 -异柠檬酸特点:柠檬酸有前手性,其与酶活性位点上有互补性结合,所以生成的产
16、物只能是异柠檬酸。(3)异柠檬酸 +NAD+- 异柠檬酸脱氢酶-NADH+ -酮戊二酸 +CO2特点:生成一分子NADH, 释放一分子CO2。第一步氧化( 4 ) - 酮 戊 二 酸 +CoA-SH+NAD+- - 酮 戊 二 酸 脱 氢 酶 复 合 体 - 琥 珀 酰-CoA+NADH+CO2特点:生成一分子NADH, 释放一分子CO2。第二步氧化(5)琥珀酰 -CoA+GDP- 琥珀酰合成酶 -琥珀酸 +GTP+CoA-SH特点:底物水平磷酸化(6),( 7),( 8)连续的三步氧化,水化,氧化(6)琥珀酸 +FAD- 琥珀酸脱氢酶 -延胡索酸 +FADH2 特点:第三步氧化丙二酸是琥珀酸
17、脱氢酶强有力的抑制剂琥珀酸脱氢酶是TCA 唯一的位于线粒体内膜的酶,直接与呼吸链相连。(7)延胡索酸 +H2O- 延胡索酸酶 -L- 苹果酸特点:延胡索酸酶缺乏会导致严重的神经系统缺陷,肌张力障碍,线粒体脑肌病。(8)L-苹果酸 +NAD+- 苹果酸脱氢酶 -草酰乙酸 +NADH 特点:第四步氧化3.三羧酸循环的限速步骤,能量生成反应,碳原子去向。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 4 页,共 28 页 - - - - - - - - - 学习资料收集于网络,仅供参考学习
18、资料限速步骤:第一步的乙酰 CoA+草酰乙酸 -柠檬酸合酶 -柠檬酸第三步的 异柠檬酸 +NAD+- 异柠檬酸脱氢酶-酮戊二酸 +NADH+CO2第四步的 -酮戊二酸 +CoA-SH+NAD+-酮戊二酸脱氢酶复合体-琥珀酰-CoA+NADH+CO2 能量生成反应:第五步的琥珀酰 -CoA+GDP- 琥珀酰合成酶-GTP+ 琥珀酸 +CoA-SH碳原子去向4.什么是回补反应?意义是什么?TCA 循环的中间产物可以作为合成葡萄糖,氨基酸,核苷酸等物质的前体,这些中间产物用于合成其他物质,为了维持 TCA 循环的完整必须有回补反应来维持TCA 的正常进行。 这些补充途径中主要是对草酰乙酸的补充,如由
19、磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)合成草酰乙酸,其次还可以合成苹果酸。5.什么是乙醛酸反应?和三羧酸反应的区别是什么?乙醛酸反应是三羧酸反应的修改体,存在于一些无脊椎动物和植物中,利用乙酸或乙酸盐转化为糖的反应,如在种子萌发时将脂肪转化为糖。反应部位在乙醛酸体。植物细胞内脂肪酸氧化分解为乙酰CoA 之后,在乙醛酸体内生成琥珀琥珀酸、乙醛乙醛酸和苹果酸;此琥珀酸可用于糖的合成。区别:是两步不同的反应。乙醛酸反应的结果是两分子乙酰CoA 进入循环, 释放了一个琥珀酸。6.脚气病,汞中毒以及砷中毒的机制。脚气病:维生素B1 缺乏导致丙酮酸无法进入TCA 循环,使以葡萄糖为唯一能量来源的神经供能系统出现障碍。
20、砷中毒, 汞中毒: 两种化合物与丙酮酸脱氢酶复合体中E2 的硫辛酸的两个-SH 结合导致丙酮酸代谢障碍Ch5 氧化磷酸化( view twice) 1.电子载体的种类(1)NAD+,NADP+ 特点:吡啶核苷酸类电子载体;分解代谢的酶常以NAD+ 为辅酶,合成代谢的酶多以NADP+ 为辅酶;水溶性,可与酶可逆结合,甚至转移到另一种酶上;以 H-离子形式传递电子;既存在于胞液中,又存在于线粒体中,彼此不能自由通过线粒体内膜;NAD(P)H 在 340nm 处有光吸收。(2)FAD,FMN 特点:黄素核苷酸类电子载体;可与蛋白质紧密结合,因此结合的蛋白称为黄素蛋白;FAD,FMN 仅作为蛋白的活性
21、位点,电势的强弱取决于结合的蛋白质;通过 H 原子形式传递电子;名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 5 页,共 28 页 - - - - - - - - - 学习资料收集于网络,仅供参考学习资料氧化型 FAD,FMN 在 570nm 处有吸收峰;还原型FADH2 ,FMNH2 在 450nm处有吸收峰。(3)CoQ 特点:辅酶Q,又称为泛醌;以氢原子形式传递电子;在线粒体内膜以膜结合和游离两种形式存在;在电子传递链中处于中心位置,接受多种黄素类蛋白脱下的氢原子,在黄素类蛋
22、白和细胞色素之间作为一种灵活的载体;对质子移动与电子传递的偶联起重要作用。(4)细胞色素特点:根据吸收光谱的不同分为细胞色素a,b,c,其各自血红素辅基结构上有差异;细胞色素类载体单纯传递电子;每一种还原型与氧化型的最大吸收峰不同。(5)Fe-S 蛋白特点:铁硫中心+结合蛋白;铁硫中心:铁与无机硫原子或者蛋白质Cys 残基的 S相连;铁硫中心有不同的结构,电子传递链中至少有8 种铁硫蛋白;铁硫蛋白载体单纯传递电子2.呼吸链的组成以及电子传递呼吸链是由四个大的多蛋白复合体以及两个电子传递载体CoQ 和细胞色素C (1)复合体 I 特点: NADH 进入呼吸链最后传递到Q;复合体呈 L 型,比一个
23、核糖体大;放能的电子传递与需能的质子泵出相偶联,一对电子传递可以泵出4H+;最后的电子受体是Q,QH2 可以移动到复合体III; NADH+Q+5HN+-QH2+4HP+NAD+;抑制剂:阿米妥;鱼藤酮;粉蝶霉素A;氧化 1NADH 最终泵出 10 质子。(2)复合体II 特点: FADH2 进入呼吸链最后传递到Q;复合体由四条肽链组成;其它黄素蛋白与线粒体内膜结合,将电子集中到FADH2 ,最后传递到Q;能量不足不足以泵出质子;抑制剂:丙二酸;(也是琥珀酸脱氢酶的抑制剂)氧化 1FADH2 最终泵出 6 质子。(3)复合体III 特点:电子从QH2 传递到细胞色素核心区域为细胞色素b,Fe-
24、S蛋白,细胞色素c1; 细胞色素 b 有两个亚血红素辅基,bH 和 bL; 电子从 QH2 传递到细胞色素通过Q 循环机制:第一步:QH2 把一个电子通过Fe-S 蛋白,细胞色素c1 传递给细胞色素c;另一个电子通过bH,bL,Fe-S 蛋白传递给Q,生成 Q-;原来的 QH2 变为 Q。第二步: QH2 把一个电子通过Fe-S 蛋白,细胞色素c1 传递给细胞色素 c;另一个电子通过bH,bL,Fe-S 蛋白传递给Q-生成 QH2;原来的 QH2 变为 Q。总反应为 QH2 分两步将电子传递给细胞色c;名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - -
25、 - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 6 页,共 28 页 - - - - - - - - - 学习资料收集于网络,仅供参考学习资料放能的电子传递与需能的质子泵出相偶联;每一对电子传递将4H+从基质泵出到膜间腔;细胞色素 C 是一个可溶性蛋白, 位于内膜膜间腔侧可以将电子传递到复合体IV; QH2+cytc1(oxidative)+2HN+-Q+cytc1(reduced)+4HP+; 抑制剂:抗霉素A (4)复合物IV 特点:电子从细胞色素c 转移到 O2; 其重要功能的是三个亚基,电子载体包括:三种铜离子,两种亚血红素;还原一分子O2 需要 4 个电子, 4
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