2022年生物芯片技术的应用实用 .pdf

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1、武汉生物工程学院生物芯片技术的应用题目：生物芯片技术的应用学生：邓强系别：环境工程专业班级：0805430111 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 1 页，共 13 页 - - - - - - - - - 作者声明本人郑重声明：所呈交的学位论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。本人完全了解有关保障、使用学位论文的规定，同意学校保留并向有关学位论文管理机构送交论文的复

2、印件和电子版。同意省级优秀学位论文评选机构将本学位论文通过影印、缩印、扫描等方式进行保存、摘编或汇编；同意本论文被编入有关数据库进行检索和查阅。本学位论文内容不涉及国家机密。论文题目： 生物芯片技术在药物R&D 中的应用作者单位：武汉生物工程学院作者签名：年月日名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 2 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）I 目 录摘 要. II 关键词 . II Abstract . 错误！未定义书签。Ke

3、y words . 错误！未定义书签。前言生物芯片的应用. 错误！未定义书签。第一章生物芯片在药物靶点发现与药物作用机制研究中的应用 . 错误！未定义书签。1.1 比较正常不同组织细胞中基因的表达模式. 错误！未定义书签。1.2 研究正常组织与病理组织基因表达差异. 错误！未定义书签。1.3 建立模式生物细胞中的基因表达模型. 错误！未定义书签。1.4 建立病原作基因的表达模型. 错误！未定义书签。1.5 研究药物处理细胞后基因未达变化. 错误！未定义书签。第二章生物芯片作为超高通量筛选平台的应用. 错误！未定义书签。2.1 微孔板 /微陈列技术 . 错误！未定义书签。2.2 微流体芯片技术.

4、 错误！未定义书签。2.3 生物芯片在毒理学研究中的应用. 错误！未定义书签。2.4 生物芯片在药物基因组学中的应用. 错误！未定义书签。2.5 生物芯片在药物分析中的应用. 错误！未定义书签。结语 . 错误！未定义书签。参考文献 . 8致 谢. 9名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 3 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）II 生物芯片技术在药物R&D 中的应用摘 要随着 21 世纪的到来，制药公司正面临着一次严峻的市场

5、挑战。这些公司为了保持或增强在市场上的竞争力， 不得不寻求发展新的药物开发技术以提高药物发现的速度，缩短新药上市的时间， 减少药物开发的成本。近年来生物芯片技术的飞速发展，引起了制药业的极大兴趣，使得生物芯片技术在药物研究与开发领域得到越来越广泛的应用，已逐渐渗入到药物研发过程中的各个步骤。 本文将主要讨论生物芯片技术在药物靶点发现与药物作用机制研究、超高通量药物筛选、毒理学研究、药物基因组学研究以及药物分析中的应用。关键词生物芯片；药物；细胞；基因名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - -

6、 - - 第 4 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）1 生物芯片技术20 世纪 90 年代初开始实施的人类基因组计划（Human genome project，HGP ）取得了人们当初意料不到的巨大进展。目前已经测定了十多种微生物以及高等动植物的全基因组序列，海量的基因序列数据正在以前所未有的速度膨胀。一个现实的科学问题摆到了人们面前：如何研究如此众多基因在生命过程中所担负的功能？如何有效利用如此海量的基因信息揭示人类生老病死的一般规律，并为人类最终战胜各种病魔提供有效武器？于是，一项类似于计算机芯片技术的新兴生物高技术， 随着人类基因组研究

7、的进展应运而生了。生物芯片的种类生物芯片是近10 年在生命科学领域中迅速发展起来的一项高新技术。它主要是指通过微加工和微电子技术在固体芯片表面构建微型生物化学分析系统， 以实现对生命机体的组织、 细胞、蛋白质、核酸、糖类以及其他生物组分进行准确、快速、大信息量的检测。目前常见的生物芯片分为三大类：即基因芯片（Genechip，DNAchip，DNAmicroarray ）、蛋白芯片（ Proteinchip）、芯片实验室（ Labonachip ）等。生物芯片主要特点是高通量、微型化和自动化。 生物芯片上高度集成的成千上万密集排列的分子微阵列，能够在很短时间内分析大量名师资料总结 - - -精

8、品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 5 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）2 的生物分子， 使人们能够快速准确地获取样品中的生物信息，检测效率是传统检测手段的成百上千倍。生物芯片将是继大规模集成电路之后的又一次具有深远意义的科学技术革命。基因芯片是生物芯片技术中发展最成熟和最先实现商品化的产品。基因芯片是基于核酸探针互补杂交技术原理而研制的。 所谓核酸探针只是一段人工合成的碱基序列，在探针上连接上一些可检测的物质，根据碱基互补的原理，利用基因探针

9、到基因混合物中识别特定基因。基因芯片，又称DNA 芯片，DNA 微阵列（ DNAmicroar ray ），和我们日常所说的计算机芯片非常相似，只不过高度集成的不是半导体管，而是成千上万的网格状密集排列的基因探针， 通过已知碱基顺序的DNA 片段，来结合碱基互补序列的单链 DNA ，从而确定相应的序列，通过这种方式来识别异常基因或其产物等。 目前，比较成熟的产品有检测基因突变的基因芯片和检测细胞基因表达水平的基因表达谱芯片。基因芯片技术主要包括四个基本技术环节：芯片微阵列制备、样品制备、生物分子反应和信号的检测及分析。目前制备芯片主要采用表面化学的方法或组合化学的方法来处理固相基质如玻璃片或硅

10、片， 然后使 DNA 片段或蛋白质分子按特定顺序排列在片基上。目前已有将近40 万种不同的 DNA 分子放在 1 平方厘米的高密度基因芯片， 并且正在制备包含上百万个DNA 探针的人类基因芯片。生物样品的制备和处理是基因芯片技术的第二个重要环节。 生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体，除少数特殊样品外，名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 6 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）3 一般不能直接与芯片进行反应。要将样品进行

11、特定的生物处理，获取其中的蛋白质或DNA 、RNA等信息分子并加以标记，以提高检测的灵敏度。第三步是生物分子与芯片进行反应。芯片上的生物分子之间的反应是芯片检测的关键一步。 通过选择合适的反应条件使生物分子间反应处于最佳状况中， 减少生物分子之间的错配比率，从而获取最能反映生物本质的信号。 基因芯片技术的最后一步就是芯片信号检测和分析。目前最常用的芯片信号检测方法是将芯片臵入芯片扫描仪中，通过采集各反应点的荧光强弱和荧光位臵，经相关软件分析图像， 即可以获得有关生物信息。蛋白芯片与基因芯片的原理相似。不同之处有， 一是芯片上固定的分子是蛋白质如抗原或抗体等。 其二， 检测的原理是依据蛋白分子、

12、蛋白与核酸、蛋白与其它分子的相互作用。 蛋白芯片技术出现得较晚，尚处于发展时期，最近也取得了重大进展。例如，最近一期国际著名科学（Science ）杂志报道了酵母蛋白质组芯片 （proteomechip ）。这是目前为止第一个包含一种生物全部蛋白质分子的蛋白质芯片。相信，不久将会有包含更高等生物甚至人类蛋白质组的蛋白质芯片研制成功，并应用于生物医学基础研究和疾病诊断。芯片实验室是生物芯片技术发展的最终目标。 它将样品制备、 生化反应以及检测分析的整个过程集约化形成微型分析系统。现在已有由加热器、微泵、微阀、微流量控制器、 微电极、电子化学和电子发光探测器等组成的芯片实验室问世，并出现了将生化反

13、应、样品制备、检测和分析等部分集成名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 7 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）4 的生物芯片。例如可以将样品制备和PCR扩增反应同时在一块小小的芯片上完成。再如 GeneLogic 公司设计制造的生物芯片可以从待检样品中分离出 DNA 或 RNA ，并对其进行荧光标记，然后当样品流过固定于栅栏状微通道内的寡核苷酸探针时便可捕获与之互补的靶核酸序列。应用自主开发的检测设备即可实现对杂交结果的检

14、测与分析。这种芯片由于寡核苷酸探针具有较大的吸附表面积，可以很灵敏地检测到稀有基因的变化。同时，由于该芯片设计的微通道具有浓缩和富集作用，所以可以加速杂交反应，缩短测试时间，从而降低了测试成本。国内外研究现状生物芯片技术的飞速发展引起了世界各国的广泛关注和重视。1998 年 6 月 29 日美国宣布正式启动生物芯片计划，美国国立卫生部、能源部、商业部、司法部、国防部、中央情报局等均参与了此项目。同时斯坦福大学、 麻省理工学院及部分国家实验室也参与了该项目的研究和开发。世界各国也纷纷加大投入，英国剑桥大学、欧亚公司正在从事该领域的研究。 世界大型制药公司尤其对基因芯片技术用于基因多态性、 疾病相

15、关性、 基因药物开发和合成或天然药物筛选等领域感兴趣， 都已建立了或正在建立自己的芯片设备和技术。以生物芯片为核心的相关产业正在全球崛起，目前美国已有10 多家生物芯片公司股票上市，平均每年股票上涨75。专家统计：全球目前生物芯片工业产值为10 亿美元左右，预计今后5 年之内，生物芯片的名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 8 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）5 市场销售可达到200亿美元以上。美国财富杂志刊文指出，微处

16、理器使我们的经济发生了根本变化，给人类带来了巨大的财富，改变了我们的生活方式。然而，生物芯片给人类带来的影响可能更大。在20 世纪科技史上有两件事影响深远，一是微电子芯片，它是计算机和许多家电的心脏，它改变了我们的经济和文化生活， 并已进入每一个家庭； 另一件事就是生物芯片，它将改变生命科学的研究方式，革新医学诊断和治疗，极大地提高人口素质和健康水平。生物芯片作为基因工业的一部分，可广泛用于医学临床诊断、 药物开发、环境监测等领域，有着广阔的市场前景，对人类生活与健康将产生多方面深远影响。 鉴于生物芯片技术具有巨大理论意义和实际价值，也为了我国生物芯片技术不再重蹈计算机芯片的覆辙，我国政府、科

17、技界和商业界几乎同时意识到生物芯片技术的重大战略意义和蕴藏的无限商机， 开展了生物芯片技术研发。 其中最具代表性的事件就是 2000 年初由国内从事生物芯片技术研究的多家单位进行强强联合成立了国家生物芯片技术中心。中国工程院2000 年 1 月 6 日在京举办首次工程科技论坛，专题定为“生物芯片技术”，与会科学家呼吁：以生物芯片技术为核心的各相关产业正在全球崛起，世界工业发达国家已开始有计划、 大投入、争先恐后地对该领域知识产权进行保护。我国应迅速制定适合中国国情的对策，以避免出现像计算机产业名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - -

18、- - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 9 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）6 那样因没有自己的芯片专利和技术而受制于人的被动局面。目前国内已有多家科研单位开始从事这方面的研究。例如，清华大学、中国科学院、军事医学科学院等单位在国内率先开展了生物芯片技术研究，建立了生物芯片技术体系， 并已在生物芯片技术和产品开发方面取得了较大突破。可以相信不久将有我国自主生产的生物芯片产品投放市场。生物芯片的应用生物芯片应用前景十分广阔。如可以应用于寻找新基因、 DNA 测序、疾病诊断、药物筛选、毒理基因组学、农作物优育和优选、环境检测和

19、防治、食品卫生监督以及司法鉴定等等。使用基因芯片分析人类基因组， 可找出癌症、 糖尿病由遗传基因缺陷引起疾病的致病的遗传基因。 生物医学研究人员可以在数秒钟内鉴定出导致癌症的突变基因。 借助一小滴测试液， 医生们能预测药物对病人的功效和是否有毒副作用。 利用基因芯片分析遗传基因，未来可以使糖尿病的确诊率达到50以上。可以想象，未来人们在体检时，由搭载基因芯片的诊断机器人对受检者取血，转瞬间体检结果便可以显示在计算机屏幕上。利用基因诊断，医疗将从目前千篇一律的“大众医疗”的时代，过渡到依据个人遗传背景而异的 “个体化医疗” 的时代。生物芯片在疾病检测诊断方面具有独特的优势，它可以在一张芯片上同时

20、对多个病人进行多种疾病的检测。仅用极小量的样品， 在极短时间内，向医务人员提供大量的疾病诊断信息，这些信息有助于医生在短时间内找到正确的治疗措施。例如对肿瘤、糖尿病、传染性疾病等名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 10 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）7 常见病和多发病的临床检验及健康人群检查，均可以应用生物芯片技术。今后人们可以拥有个人化验室，无论在地球任何地方，随时可以对自己的健康状况进行监测。在药物筛选方面， 目

21、前国外几乎所有的主要制药公司都不同程度地采用了生物芯片技术来寻找药物靶标，查检药物的毒性或副作用。 用芯片技术进行大规模的药物筛选可以省略大量的动物试验， 缩短药物筛选所用时间， 从而带动创新药物的研究和开发。基因芯片在环保方面的应用表现在，可高效地探测到由微生物或有机物引起的污染， 还能帮助研究人员找到并合成具有解毒和消化污染物功能的天然酶基因。这种对环境友好的基因一旦被发现，研究人员将把它们转入普通的细菌中，然后用这种转基因细菌清理被污染的河流或土壤。另外生物芯片在农业、食品监督、司法鉴定等方面都将作出重大贡献。生物芯片技术的深入研究和广泛应用，将对21 世纪人类生活和健康产生极其深远的影

22、响。 作者简介王升启博士， 军事医学科学院放射医学研究所研究员， 国家生物芯片技术中心副主任，军队生物芯片技术重点实验室主任。总后科技银星。主要研究方向有： 基因芯片技术研究和开发； 反义技术和反义药物；中药基因组学和化学组学研究等。近年来主持国家863 项目、国家 973项目、国家自然科学基金重点项目和面上项目，以及军队和北京市重点项目等多项课题研究。在国内外刊物发表论文100多篇，获得和申请国家发明专利10 余项，出版专著2 部，获得军队和省级科名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - -

23、 - - 第 11 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）8 学技术进步奖 3 项。陈忠斌博士， 军事医学科学院放射医学研究所副研究员。 1999 年 7 月于军事医学科学院获生物化学与分子生物学博士学位后，即在放射医学研究所生物技术实验室和军队生物芯片技术重点实验室工作。主要研究方向有：病毒基因芯片技术；应用基因芯片技术研究病毒与宿主相互作用分子机理以及抗病毒药物基础研究等；近年来参与和主持国家863项目、国家 973 项目、国家自然科学基金重点项目等多项课题研究。在国内外刊物发表论文20 多篇，获得和申请国家发明专利2 项，获得军队和省级科学

24、技术进步奖2 项。参考文献1Koster H,Tang K,Fu D J et al,A strategy for rapid and efficient DNA sequencing by mass spectrometry. Nat Biotechnol, 199614(9): 1123- 8 2 Huang X C, Quesada M A, Mathies R A.DNA sequencing using capillary array electrophoresis.Anal Chem, 1992 64(18):2149- 54. 3Bains W,Smith G C. A nove

25、l method for nucleic acid sequence detrmination. J Theor Biol, 1988 135(3)303- 7. 4DNA 芯片 , 东方科技论坛第三次学术研讨会, 1998 年 12 月 ,上海 . 5Ramsay R. DNA chips: State- of-theart. Nature Biotechnology 1998 16(1): 40-44 6Marshall A and Hodgson J. DNA chips:An array of possibilities. Nature Biotechnology 1998 16:27

26、31 7McGall G H, Barone A D, Diggelmann M. et al.The efficincy of light- directed synthesis of DNA arrays on glass substrates. J Am Chem Soc 1997 119(22):5081 - 5050 8Pease A C, Solas D, Sullivan E J et al. Light- generated oligonucleotide arrays for rapid DNA sequence anlysis. Proc Natl Acad Sci USA

27、, 1994 91:5022- 5026 9Beecher Jody E, McGall, Glenn H. et al. Chemically amplified photolithography for the fabrication of high density oligonucleotide assays. Polym Mater Sci Eng 1997;76:597 - 598 10Eggers M and Ehrlich D. A review of microfabricted devices for gene- based diagnostics. Hematol Path

28、ol, 1995 9(1): 1-159 11Yershov K, Barsky V , Belgovskiy A et al. DNA analysis and diagnostics on oligonucleotide chips. Proc Natl Acad Sci USA. 1996 93:4913-4918 12Parinov S, Barsky V, Yershov G et al. DNA sequencing by hybridization to microchip octa- and decanucleotides extended by stacked pentanu

29、cleotides. Nucleic Acids Res, 1996 24(15): 2998 - 3004 名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 12 页，共 13 页 - - - - - - - - - 武汉生物工程学院本科论文（设计）9 13Yang H J. Gene Logics Flow- thru Chip(人类基因组科学与生物医药发展研讨会资料汇编,北京 ,1998,28-35 14 Wodicka L, Dong H, Mittmann M et al.

30、Genome- wide expression monitoring in Saccharomyces cerevisiae. Nature Biotechnology. 1997 15:1359 15Lockhart DJ, Dong H, Byrne M C et al. Expression monitoring by hybridization to high- density oligonucleotide arrays. Nature Biotechnology 1996 14: 1675-1680 16DeRisi J, Penland L, Brown P O et al. U

31、se of a cDNA microarray to analysis gene expression patterns in human cancer. Nat. Genet. 1996 14:457- 460 17Schena M, Shalon D, Davis R W et al. Qantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science 1995 270:467 - 470 18Shalon D, Smith JS, Brown PO. A DNA m

32、icroarray system for analyzing complex DNA samples using two- color fluorescent probe hybridization. Genome Res 1996 6:639- 645 19Wallraff G, Labadie J, Brock P et al. DNA sequencing on a chip. Chemtech 1997 22- 32 20Southern E M. DNA chips analysing sequence by hybridization to oligonncleotides on

33、a large scale TIG 1996 12(3): 110-115 21Dubiley S, Kirillov E, Lysov Y et al. Fractionation, phosphorylation and ligation on oligonucleotide microchips to enhance sequencing by hybridization. Nucleic Acide Res, 1997 25(12): 2259 - 2265 致 谢感谢老师对本论文从选题、构思、资料收集到最后定稿的各个环节给予细心的指引和教导,使我对于有了深刻的认识,并最终得以完成毕业论文。在此,我表示最衷心的感谢,老师严谨的治学态度、 丰富渊博的知识、精益求精的工作态度、积极进取的科研精神以及诲人不倦的师者风范使我在内心对她充满了崇敬之意。同时也要感谢实验员老师在使用实验仪器过程中,对我们的默默支持,以及在实验过程中学校为我们提供的实验环境和条件，还有系领导对我们的关注和帮助，这些都是使我们能够顺利完成论文不可忽视的力量源泉。名师资料总结 - - -精品资料欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 名师精心整理 - - - - - - - 第 13 页，共 13 页 - - - - - - - - -