生物数据库ppt课件.ppt

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1、“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。1生物信息学数据库数据库介绍与数据检索“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。2生物信息学与功能基因组学http:/www.bioinfbook.org “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安

2、防控工程”。3面对堆积如山的生物学数据面对堆积如山的生物学数据“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。4主要内容 一、分子生物学数据库简介 二、 NCBI （ Entrez）简介 子数据库，数据格式，数据检索，工具软件“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。5 思考题：根据自己的知识和经验，你认为网上应该会有哪些分子生物学的数据库？数据库中应该存

3、放哪些数据？应该提供什么类型的数据处理服务。 以下是一些关键词： DNA，RNA，Protein，Genome，物种，文献，疾病，结构，蛋白质家族，Gene，染色体。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。6一、分子生物学数据库分子生物学数据库各自按照一定的目标收集和整理收集和整理实验数据，并提供相关的数据查询数据查询、数据处理的服务数据处理的服务，并大多提供网络服务网络服务。建立生物分子数据库生物分子数据高速增长（HGP）分子生物学及其相关领域研究人员需要迅速获得最新

4、实验数据“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。7生物数据分类 生物信息数据库种类繁多，就目前来看， 大体可以分为四个大类： 1.基因组数据库； 2.核酸和蛋白质一级结构序列数据库； 3.生物大分子（主要是蛋白质）三维空间 结构数据库； 4.根据以上三类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。也称专门数据库、专业数据库或专用数据库。一次数据库“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网

5、应用为重点的“群众性治安防控工程”。8生生物物分分子子信信息息生物分子结构数据 生物分子功能数据 最基本直观复杂核酸序列数据 生物分子数据类型蛋白质序列数据 “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。9生物学数据库统计Nucleic Acids Research杂志每年的第一期中详细介绍最新版本的各种数据库。 http:/nar.oxfordjournals.org/ http:/www.oxfordjournals.org/nar/database/c/ “雪亮工程是以

6、区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。101 核酸序列数据库2. RNA 序列数据库3. 蛋白质序列数据库4.结构数据库5. 基因组数据库（非脊椎动物）6. 代谢酶相关产物7. 人类和其他脊椎动物基因组8. 人类基因和疾病9. 其他数据和其他基因表达数据库10. 蛋白组资源11. 其他分子生物学数据库12.细胞器官数据库13.植物数据库14.免疫学数据库“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网

7、应用为重点的“群众性治安防控工程”。11核酸序列数据库 国际上著名的一级核酸数据库国际上著名的一级核酸数据库 （1）美国生物技术信息中心的GenBank http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/ （2）欧洲分子生物学实验室的EMBL http:/www.embl.org/ （3）日本遗传研究所的DDBJ http:/www.ddbj.nig.ac.jp/“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。12数据相同 GenBank数据库每天与欧洲分子生物学实验室的核

8、酸序列数据库（European Molecular Biology Laboratory Nucleotide Sequence Database，EMBL）和日本的DNA数据库（DNA Data Bank of Japan DDBJ）进行数据交换，以保证数据库内容在全世界范围的同步性。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。13特殊类型核酸序列数据库： 非编码RNA数据库（ncRNA）； 表达序列标签数据库（dbEST）； 序列标签位点数据库（dbSTS）； miRB

9、ase ； tRNAdb等。 “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。14基因组相关数据库： 人类基因组数据库（HGD）； 基因组序列数据库（GSDB）； 基因组在线数据库（GOLD）等。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。15核酸三维结构数据库： 核苷酸三维结构数据库（NDB）； 普纳大学核酸结构数据库（BNASDB）等。“雪亮工程是以区（

10、县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。16基因表达数据库： 基因表达库（GEO）； 斯坦福微阵列数据库（SMD）； ArrayExpress； CGED； GXD； BodyMap 等。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。17人类基因突变及疾病相关数据库： 人类基因变异数据库（HMGD）、人类遗传双等位基因序列数据库（HGBASE）、人类孟德尔遗传在线（OM

11、IM）、国际单体型计划（HapMap）、人类单核苷酸多态性数据库（dbSNP）、肿瘤基因数据库（TGDB）、疾病关联数据库（GAD）、癌症基因数据库（CGAP）、人类表观遗传数据库（HEP）、人类DNA甲基化与癌症数据库（MethylCancer）等。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。18蛋白质序列数据库 随着分子生物学的发展，人们获得了越来越多关于蛋白质蛋白质序列、结构和功能的信息序列、结构和功能的信息。世界各国的生物学家和计算机科学家合作利用这些信息构建了蛋白

12、质序列数据库、蛋白质三维结构数据库、蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据库）、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库、DNA和蛋白质相互作用数据库等蛋白质相关数据库。 “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。19常用的蛋白质序列数据库： PIR MIPS Swiss-Prot UniProt“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。20蛋白质功能、

13、结构域和蛋白质家族有关的数据库： PROSITE InterPro Pfam ProDom SMART 等 “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。21蛋白质三维结构相关数据库： PDB BioMagResBank SWISS-MODEL Repository ModBase CATH SCOP ReLiBase TOPS SWISS-3DIMAGE BioImage等 “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理

14、为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。22蛋白质二维凝胶电泳数据库： WORLD-2DPAGE Phoretix links “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。23信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库： DIP INTERACT ProNet KEGG CANSITE SPAD CSNDB等“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的

15、“群众性治安防控工程”。24 DNA和蛋白质相互作用数据库：DPInteract 蛋白质翻译后修饰相关数据库：O-GlycBase、PhosphoBase、RES蛋白质等蛋白质“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。25UniProt-UniProt-通用蛋白质资源库通用蛋白质资源库 （http:/www.uniprot.org/）是存储和链接其他蛋白质数据库的资源库，并且是蛋白质序列和具有综合功能注释目录的中心资源库。使用UniprotKB可以检索准确、可靠的蛋白综合

16、信息。使用UniRef可以减少冗余，加速序列相似性搜索。使用UniParc可以检索存档序列和它们来源的数据库。 “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。26http:/www.uniprot.org （蛋白数据库）“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。27MIPS数据库 慕尼黑蛋白质序列信息中心（MIPS）（http:/www.helmholt

17、z-muenchen.de/en/ibis），它的重点工作是基因组生物信息学，特别注重基因组信息系统分析，包括应用生物信息学方法注释基因组、表达分析和蛋白质组学方面研究。MIPS支持和维护一系列基因组数据库以及系统，可以提供细菌、真菌和植物基因组比较分析服务。在该站点提供基因组分析工具、数据库检索系统、表达分析、蛋白相互作用等网络服务。 “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。28http:/www.helmholtz-muenchen.de/en/ibis“雪亮工程是

18、以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。29其他重要的蛋白质序列数据库： PRINTS Pfam“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。30PRINTS PRINTS（http:/www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/index.php）是蛋白基序指纹图综合数据库，每个指纹图都是使用数据扫描程序ADSP或V

19、ISTAS序列分析软件包反复优化后定义的。数据库中有两种类型指纹图，根据指纹图的复杂性分为简单和复合指纹图：简单指纹图基本上是单一的基序，而复合指纹图包含多个基序。 “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。31Pfam 蛋白质一般是由一个或多个功能区域组成，这些功能区域通常称作域（domain）。在不同的蛋白质中不同的域以不同的组合出现，导致在自然界发现多种多样组成成分的蛋白质。识别出现在蛋白质中的域可以了解蛋白质的功能。 Pfam数据库（http:/pfam.sang

20、er.ac.uk/）是一个大的蛋白质域家族集合，每个家族是用多序列比对和隐马模型（HMMs）分析结果的代表。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。32http:/www.pdb.org/ （结构数据库） “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。33http:/www.ensemblensembl.org/index.html“雪亮工程是以区（县

21、）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。34ENSEMBL简介ENSEMBL旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释(automatic annotation)并加以维护的软件。该计划由英国Sanger研究所Wellcome基金会基金会及欧洲分子生物学实验室（EMBL）所属分部欧洲生物信息学研究所（EBI）共同协作运营。该计划开放所有源信息开放所有源信息，所有由该计划所产生的数据及软件都可以免费及自由地从网络上获取并使用。该计划所开发并使用的大部分软件是用Perl语言编写的，并基于Bi

22、opPerl的基础框架。其他基因组计划亦可轻易使用Perl语言的应用程序接口(Application programming interface，API)。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。35http:/www.g geneo ontology.org/biological process生物过程生物过程molecular function分子功能分子功能cellular component细胞组分。细胞组分。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治

23、中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。36National Center for BiotechnologyInformation (NCBI)www.ncbi.nlm.nih.gov二、NCBI子数据库，数据格式，数据检索，工具软件。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。37NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov 美国国家生物技术信息中心（National Center for

24、Biotechnology Information, NCBI） NCBI成立于1988年，其主要工作是开发以GenBank为代表的数据库，进行计算生物学研究，开发用于分析基因组数据的软件工具，发布生物医学信息。 Entrez是NCBI著名的用于提取序列信息的工具，它将科学文献、DNA和蛋白质序列数据库、蛋白质三维结构数据、种群研究数据以及全基因组组装数据整合成一个高度集成整合成一个高度集成的系统的系统。类似于EBI的SRS，是一个查询、提取和显示系统。 “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点

25、的“群众性治安防控工程”。38首页“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。39学习利用NCBI http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。40sitemap【旧版本】“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息

26、化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。41第一个子数据库GenBank介绍http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。42简介GenBank is the NIH（ 美国国立卫生研究院） genetic sequence database, an annotated collection of all publicly available DNA seque

27、nces ( Nucleic Acids Research, 2011 Jan;39(Database issue):D32-7 ). There are approximately 126,551,501,141 bases in 135,440,924 sequence records in the traditional GenBank divisions and 191,401,393,188 bases in 62,715,288 sequence records in the WGS division as of April 2011.The complete release no

28、tes for the current version of GenBank are available on the NCBI ftp site. A new release is made every two months. GenBank is part of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration , which comprises the DNA DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology Laboratory (EMBL), and

29、 GenBank at NCBI. These three organizations exchange data on a daily basis.“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。43GenBankGenBank简介 GenBank是一个综合数据库，该数据库中包含了已经公开的30万余种不同物种生物的核酸序列核酸序列，这些数据主要来源于全世界不同实验室和大规模测序计划项目。 由美国国家医学图书馆的国家生物技术信息中心构建、维护和管理。该中心位于美国马里兰国家健康

30、研究所（NIH）。GenBank数据库的序列数据来源于序列发现者提交的序列、批量提交的表达序列标签（expressed sequence tag, EST）、基因组测序序列（genome survey sequence, GSS）和其他测序中心提供的高通量数据，还包括美国专利商标局提供的已发表专利的序列数据。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。44统计（http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics ）“雪亮工程是以区（县

31、）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。45“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。46 ftp:/ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。47数椐库访问示例 视黄醇结合蛋白

32、RBP4（retinol-binding protein） 一种大量分泌的、小体积的蛋白，能结合血液中的视黄醇（维生素维生素A）。视黄醇可从胡罗卜中以维生素A的形式获得，疏水程度大。RBP4帮助转运这个配体到眼睛为视觉系统所用。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。48数据库检索工具 集成检索系统：集成检索系统：Entrez“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群

33、众性治安防控工程”。49Entrez .“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。50“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。51http:/www.ebi.ac.uk/Tools/“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。5

34、2 SRS SRS is a powerful data integration platform, providing rapid, easy and user friendly access to the large volumes of diverse and heterogeneous Life Science data stored in more than 400 internal and public domain databases. more “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用

35、为重点的“群众性治安防控工程”。53From the NCBI home page, type “rbp4”and hit “Search”From the NCBI home page, type “rbp4”and hit “Search”“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。54“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。55“雪亮工程是以区

36、（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。56“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。57图形显示“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。58数据库格式 思考题：如果从数据库里面得到一个序列，你希望能得到些什么样的附加信息？以什么样的格式提

37、供？ 所谓格式是对信息描述的统一规范，规范的格式为数据的收集、整理、交流和应用提供了方便。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。59 1，FASTA（pearson）式FASTA格式是记录序列最简单的一种格式，将一个DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或氨基酸字符串。 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/fasta.shtml“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理

38、为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。60FASTA格式的一个例子“”开始的单行：该序列的一些基本信息。后面是分行开始的单行：该序列的一些基本信息。后面是分行的序列数据的序列数据特点：具有极大的可读性，特点：具有极大的可读性，FASTA格式在许格式在许多分子生物学软件包中得到了广泛的应用。多分子生物学软件包中得到了广泛的应用。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。612，GBFF（GenBank flatfile）格式http:/www.n

39、cbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html头部头部：包含整：包含整个记录的信息个记录的信息“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。62http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=158187534“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程

40、”。63locusname长度长度分子类型分子类型分类码分类码修改时修改时间间“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。64GenBank 分类码“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。65DEFINITION行该行主要对该行主要对GenBank记录所包含的生物学意义作出总结。记录所包含的生物学意义作出总结。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社

41、区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。66检索号登录号或检索号登录号或检索号“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。67http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。68VERSI

42、ON在数据库中，如果某条序列数据发生了变化，即使是单碱基的改变，在数据库中，如果某条序列数据发生了变化，即使是单碱基的改变，它的版本号也将增加，同时得到一个新的它的版本号也将增加，同时得到一个新的GI号，而检索号保持不变。号，而检索号保持不变。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。69GISequence identification number“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频

43、监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。70关键词“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。71SOURCE“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。72Reference“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。73 “雪

44、亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。74第二部分：FEATURES（特性表）它描述基因和基因产物以及与序列相关的生物学特性。它描述基因和基因产物以及与序列相关的生物学特性。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。75FEATURES这一部分描述基因和基因产物以及与序列相关的生物学特性。这一部分描述基因和基因产物以及与序列相关的生物学特性。特性表格

45、式是按表单的特性表格式是按表单的方式设计的，包含方式设计的，包含3个主个主要部分。第一，特性要部分。第一，特性关关键词键词；第二，特性；第二，特性位置位置；第三，第三，限定词限定词，相关特，相关特性的辅助信息，限定词性的辅助信息，限定词使用一组标准化的对照使用一组标准化的对照词汇表以利于计算机从词汇表以利于计算机从中提取信息。中提取信息。“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。76FEATURESThe format design is based on a tabul

46、ar approach and consists of the following items: Feature key a single word or abbreviation indicating functional group Location instructions for finding the feature Qualifiers auxiliary information about a feature “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。77特

47、性表http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/collab/FT/index.htmlKey Location/QualifiersCDS join(544.589,688.1032) /product=T-cell receptor beta-chain”which might be read as: This feature, which is a partial coding sequence, is formed by joining elements indicated to form one contiguous sequence encoding a

48、 product called T-cell receptor beta-chain. “雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。78 第三部分：序列第三部分：序列“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。79其他子数据库介绍其他子数据库介绍“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以

49、公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。80http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/“雪亮工程是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程”。81参考序列数据库 NCBI Reference SequencesThe Reference Sequence (RefSeq) collection aims to provide a comprehensive, integrated, non-redundant, well-annotated s

50、et of sequences, including genomic DNA, transcripts, and proteins. RefSeq is a foundation for medical, functional, and diversity studies; they provide a stable reference for genome annotation, gene identification and characterization, mutation and polymorphism analysis (especially RefSeqGene records