生物化学实验指导-LSW.doc
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1、Four short words sum up what has lifted most successful individuals above the crowd: a little bit more.-author-date生物化学实验指导-LSW实验一 植物DNA的提取与测定实验一 植物DNA的提取与测定一、目的本实验目的是学习从植物材料中提取和测定DNA的原理和方法,进一步了解DNA的性质。二、原理细胞中的DNA绝大多数以DNA-蛋白复合物(DNP)的形式存在于细胞核内。提取DNA时,一般先破碎细胞释放出DNP,再用含少量异戊醇的氯仿除去蛋白质,最后用乙醇把DNA从抽提液中沉淀出来。
2、DNP与核糖核蛋白(RNP)在不同浓度的电解质溶液中溶解度差别很大,利用这一特性可将二者分离。以NaCl溶液为例:RNP在0.14 mol/L NaCl中溶解度很大,而DNP在其中的溶解度仅为纯水中的1。当NaCl浓度逐渐增大时,RNP的溶解度变化不大,而DNP的溶解则随之不断增加。当NaCl浓度大于1mol/L时,DNP的溶解度最大,为纯水中溶解度的2倍,因此通常可用1.4 mol/L NaCl提取DNA。为了得到纯的DNA制品,可用适量的RNase处理提取液,以降解DNA中搀杂的RNA。关于植物总DNA的提取主要有两种方法:1 CTAB法:CTAB(十六烷基三甲基溴化铵,hexadecyl
3、trimethylammonium bromide, 简称CTAB):是一种阳离子去污剂,可溶解细胞膜,它能与核酸形成复合物,在高盐溶液中(0.7 mol/L NaCl)是可溶的,当降低溶液盐的浓度到一定程度(0.3 mol/L NaCl)时从溶液中沉淀,通过离心就可将CTAB与核酸的复合物同蛋白、多糖类物质分开,然后将CTAB与核酸的复合物沉淀溶解于高盐溶液中,再加入乙醇使核酸沉淀,CTAB能溶解于乙醇中。2 SDS法:利用高浓度的阴离子去垢剂SDS(sodium dodecyl sulfate,十二烷基硫酸钠)使DNA与蛋白质分离,在高温(5565)条件下裂解细胞,使染色体离析,蛋白变性,
4、释放出核酸,然后采用提高盐浓度及降低温度的方法使蛋白质及多糖杂质沉淀,离心后除去沉淀,上清液中的DNA用酚/氯仿抽提,反复抽提后用乙醇沉淀水相中的DNA。一般生物体的基因组DNA为107109 bp,在基因克隆工作中,通常要求制备的大分子DNA的分子量为克隆片段长度的4倍以上,否则会由于制备过程中随机断裂的末端多为平末端,导致酶切后有效末端太少,可用于克隆的比例太低,严重影响克隆工作。因此有效制备大分子DNA的方法必须考虑两个原则:(1)尽量去除蛋白质、RNA、次生代谢物质(如多酚、类黄酮等)、多糖等杂质,并防止和抑制内源DNase对DNA的降解。(2)尽量减少对溶液中DNA的机械剪切破坏。几
5、乎所有的DNase都需要Mg2+或Mn2+为辅因子,故实现(1)尽量去除蛋白质的要求,需加入一定浓度的螯合剂,如EDTA、柠檬酸,而且整个提取过程应在较低温度下进行(一般利用液氮或冰浴)。为实现(2)需要在DNA处于溶解状态时,尽量减弱溶液的涡旋,而且动作要轻柔,在进行DNA溶液转移时用大口(或剪口)吸管。提取的DNA是否为纯净、双链、高分子的化合物,一般要通过紫外吸收、化学测定、“熔点”(melting temperature, Tm)测定、电镜观察及电泳分离等方法鉴定。本实验采用CTAB法提取DNA并通过紫外吸收法鉴定。三、实验材料、主要仪器和试剂1实验材料新鲜菠菜幼嫩组织、花椰菜花冠或小
6、麦黄化苗等2主要仪器(1)高速冷冻离心机 (2)751型分光光度计(3)恒温水浴(3)液氮或冰浴设备(4)磨口锥形瓶3试剂(CTAB法)(1)CTAB提取缓冲液:100 mmol/L Tris-HCl (pH8.0),20 mmol/L EDTA-Na2,1.4 mol/L NaCl(如表1),2% CTAB,使用前加入0.1%(V/V)的-巯基乙醇。表1 CTAB提取缓冲液配制试剂名称M.W.配制1 000ml配制500mlTris121.1412.114 g6.057 gEDTA-Na2372.247.4448 g3.7224 gNaCl58.4481.816 g40.908 g用HCl调
7、pH值。(2)TE缓冲液:10mmol/L Tris-HCl, 1mM EDTA( pH8.0)。(3)DNase-free RNase A: 溶解RNase A于TE缓冲液中,浓度为10mg/ml,煮沸1030min, 除去DNase活性,20贮存(DNase为DNA酶,RNase为RNA酶)。(4)氯仿-异戊醇混合液(24:1,V/V):240ml氯仿(A. R.)加10mL异戊醇(A.R.)混匀。(5)3mol/L乙酸钠(NaAc,pH6.8):称取NaAc3H2O 81.62 g,用蒸馏水溶解,配制成200 ml,用HAc调pH至6.5。(6)无水乙醇TE缓冲液,Tris-HCl(pH
8、8.0)液,NaAc溶液均需要高压灭菌。四、操作步骤(1) DNA抽提1称取25 g新鲜菠菜幼嫩组织或小麦黄花苗等植物材料,用自来水、蒸馏水先后冲洗叶面,用滤纸吸干水分备用。叶片称重后剪成1cm长,置研钵中,经液氮冷冻后研磨成粉末。待液氮蒸发完后,加入15mL预热(6065)的CTAB提取缓冲液,转入一磨口锥形瓶中,置于65水浴保温,0.51 h,不时地轻轻摇动混匀。2加等体积的氯仿/异戊醇(24:1),盖上瓶塞,温和摇动,使成乳状液。3将锥形瓶中的液体转移到离心管中,在室温下4 000 r/min离心5min,静置,离心管中出现3层,小心地吸取含有核酸的上清到另一干净的离心管中 (注意吸取上
9、清时不能吸入界面物质),弃去中间层的细胞碎片和变性蛋白以及下层的氯仿。4根据需要,上清液可用氯仿/异戊醇反复提取多次。5在抽提后的上清液中加入1/10倍体积的3 mol/L NaAc(pH6.8)和2倍体积的95乙醇,混匀,室温放置5 min,以10 000 r/min离心5min,倾去乙醇液,将离心管倒置于吸水纸上,吸干液体。6加入1 ml 70乙醇洗涤DNA沉淀,按步骤5所述方法弃上清,于空气中或用电吹冷风使DNA沉淀干燥。7用适量含RNase A酶(20 g/ml)的TE溶解DNA。(2) DNA含量及纯度测定1吸取5 l DNA样品,加水至1 ml,混匀后转入石英比色杯中。2分光光度计
10、先用1 ml蒸馏水校正零点。3在260 nm紫外光波长下读出光密度值,代入下式计算DNA的含量。4测OD260/ OD280值,DNA纯品的OD260/ OD280值为1.8。如果OD260/ OD280值大于1.8,说明存在RNA,可以考虑用RNA酶处理样品;小于1.6,说明样品中存在蛋白质,应再用酚/氯仿抽提以及氯仿单独抽提,之后用乙醇沉淀纯化DNA。五、结果计算DNA浓度(g/ml)OD260稀释倍数0.020L式中OD260 为260 nm处的光密度;L为比色杯光径(cm);0.020为1 g/ml DNA钠盐的光密度。六、附注如果植物样品不经液氮处理,提取液中的CTAB浓度需要提高到
11、4%(W/V)。在许多情况下,使用0.1%(V/V)巯基乙醇,并不能完全抑制叶片中的氧化作用,但是,这种氧化作用不会影响限制性内切酶的活性。如果使用的巯基乙醇浓度高于0.1%(V/V),则会大大降低DNA的得率。七、思考题1制备的DNA在什么溶液中较稳定?2为了保证植物DNA的完整性,在吸取样品、抽提过程中应注意什么?实验二 蛋白质的两性性质及等电点测定一、目的(1)通过实验了解蛋白质的两性性质及等电点与蛋白质分子聚沉的关系。(2)掌握通过聚沉测定蛋白质等电点的方法。二、原理蛋白质是两性电解质。蛋白质分子中可以解离的基团除N端氨基与C端羧基外,还有肽链上某些氨基酸残基的侧链基团,如酚基、巯基、
12、胍基、咪唑基等基团,它们都能解离为带电基团。因此,在蛋白质溶液中存在着下列平衡:蛋白质分子阴离子 两性离子 阳离子 pH pI pH = pI pH pI电场中: 移向阳极 不移动 移向阴极 调节溶液的pH使蛋白质分子的酸性解离与碱性解离相等,即所带正负电荷相等,净电荷为零,此时溶液的pH值称为蛋白质的等电点。在等电点时,蛋白质溶解度最小,溶液的混浊度最大,配制不同pH的缓冲液,观察蛋白质在这些缓冲液中的溶解情况即可确定蛋白质的等电点。三、仪器和试剂1仪器试管架;试管:15ml6;刻度吸管:1ml4,2ml4,10ml2;胶头吸管2。2试剂(1) 1mol/L乙酸:吸取99.5%乙酸(比重1.
13、05)2.875ml,加水至50ml。 (2) 0.1mol/L乙酸:吸取1mol/L乙酸5ml,加水至50ml。 (3) 0.01mol/L乙酸:吸取0.1mol/L乙酸5ml,加水至50ml。(4) 0.2mol/LNaOH:称取NaOH2.000g,加水至50ml,配成1mol/LNaOH。然后量取1mol/L NaOH 10ml,加水至50ml,配成0.2mol/L NaOH。(5) 0.2mol/L盐酸:吸取37.2%(比重1.19)盐酸4.17ml,加水至50ml,配成1mol/L盐酸。然后吸取1mol/L盐酸10ml,加水至50ml,配成0.2mol/L盐酸。(6) 0.01%溴
14、甲酚绿指示剂:称取溴甲酚绿0.005g,加0.29ml 1mol/L NaOH,然后加水至50ml。(7) 0.5%酪蛋白溶液:称取酪蛋白(干酪素)0.25g放入50ml容量瓶中,加入约20ml水,再准确加入1mol/L NaOH 5ml,当酪蛋白溶解后,准确加入1mol/L乙酸5ml,最后加水稀释定容至50ml,充分摇匀。四、操作方法1蛋白质的两性反应(1)取一支试管,加0.5%酪蛋白1ml,再加溴甲酚绿指示剂4滴,摇匀。此时溶液呈蓝色,无沉淀生成。(2)用胶头吸管慢慢加入0.2 mol/L盐酸,边加边摇至有大量沉淀生成。此时溶液的pH值接近酪蛋白的等电点。观察溶液颜色的变化。(3)继续滴加
15、0.2 mol/L盐酸,沉淀会逐渐减少以至消失。观察此时溶液颜色的变化。(4)滴加0.2mol/L NaOH 进行中和,沉淀又出现,继续滴加0.2 mol/L NaOH,沉淀又逐渐消失。观察溶液颜色的变化。解释以上(1)(4)的颜色及沉淀变化的原因。注:溴甲酚绿的变化范围pH3.8 (黄色) 5.4 (蓝色),pH4.5时开始有颜色变化。2. 酪蛋白等电点的测定(1)取同样规格的试管7支,按下表精确地加入下列试剂:试剂(ml)管 号12345671.0mol/L 乙酸1.60.8000000.1mol/L 乙酸00410000.01mol/L 乙酸00002.51.250.62蒸馏水2.43.
16、2031.52.753.38溶液的pH3.53.84.14.75.35.65.9(2)充分摇匀,然后向以上各试管依次加入0.5%酪蛋白1ml,边加边摇,摇匀后静置5 min,观察各管的混浊度。(3)用-、+、+、+等符号表示各管的混浊度。根据混浊度判断酪蛋白的等电点,最混浊一管的pH值即为酪蛋白的等电点。五、注意事项缓冲液的pH值必须准确。六、思考题1解释蛋白质两性反应中颜色及沉淀变化的原因。2该方法测定蛋白质等电点的原理是什么?实验三 双缩脲法测定蛋白质含量一、目的 掌握双缩脲法测定蛋白质含量的原理和方法。掌握分光光度计的使用方法。二、原理 碱性溶液中双缩脲(NH2-CO-NH-CO-NH2
17、)能与 Cu2+ 产生紫红色的络合物,这一反应称为“双缩脲反应”。蛋白质分子中的肽键也能与铜离子发生双缩脲反应,溶液紫红色的深浅与蛋白质含量在一定范围内符合朗伯-比尔定律,而与蛋白质的氨基酸组成及分子质量无关。其可测定范围为 1- l0 mg 蛋白质,适用于精度要求不高的蛋白质含量测定。Tris,一些氨基酸,EDTA等会干扰该测定。 三、器材、试剂和材料 1器材 (1) 分光光度计 (2)分析天平 (3)振荡器 (4)刻度吸管: 1 m12, 5 m12, 10 m11 (5)具塞三角瓶: 100 ml (6)漏斗: 13个 2试剂 (1)双缩脲试剂:取硫酸铜(CuSO4 5H2O)1.5g
18、和酒石酸钾钠(NaKC4H4O6 4H2O) 6.0 g ,溶于500 m1蒸馏水中,在搅拌的同时加入 300 m1 10% NaOH 溶液,定容至 1000 ml ,保存于塑料试剂瓶中或内壁涂一层纯净石蜡的普通试剂瓶中。如无红色或黑色沉淀出现,此试剂可长期使用。 (2) 0.05 mol/L 的 NaOH 。 (3) 标准酪蛋白溶液:准确称取酪蛋白 0.5 g 溶于 0.05 mol/ L 的 NaOH 溶液中,并定容至 100 m1, 即为 5 mg/m1 的标准溶液。 3材料 小麦、玉米或其它谷物样品,风干、磨碎并通过100目铜筛。 四、操作步骤 1标准曲线的绘制 取 6 支试管,编号,
19、按下表加入试剂: 试剂管号123456标准酪蛋白溶液(ml)00.20.40.60.81.0H2O(ml)10.80.60.40.20双缩脲试剂(ml)444444蛋白质含量(mg)012345A 540 nm振荡15 min,室温静置 30 min,540 nm 比色,以蛋白质含量(mg)为横坐标,吸光度为纵坐标,绘制标准曲线。2样品测定(1)将磨碎过筛的谷物样品在 80 下烘至恒重(连续两次称重差值不超过0.5 mg),取出置于燥器中冷却待用。 (2)称取烘干样品约 0.2 g 两份,分别放入两个干燥的三角瓶中。然后在各瓶中分别加入5 ml 0.05mol/L 的NaOH溶液湿润,之后再加
20、入20 ml的双缩脲试剂,振荡15 min,室温静置反应30 min,分别过滤,取滤液在 540 nm 波长下比色,读取吸光度。在标准曲线上查出相应的蛋白质含量(mg)。 五、结果计算 六、注意事项 1三角瓶一定要干燥,勿使样品粘在瓶壁上。 2所用酪蛋白需经凯氏定氮法确定蛋白质的含量。 七、思考题 1. 干扰本实验的因素有哪些?2. 双缩脲法测定蛋白质含量的原理是什么?实验四 温度、pH及酶的激活剂、 抑制剂对酶活性的影响一、目的1. 巩固温度、pH值、激活剂、抑制剂对酶活性影响的认识。2. 学习测定酶的最适温度、最适pH值的简单方法,学习检测激活剂和抑制剂的方法。二、原理酶是指化学本质为蛋白
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