生物化学第五章--酶--刘博整理.doc
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1、Four short words sum up what has lifted most successful individuals above the crowd: a little bit more.-author-date生物化学第五章-酶-刘博整理生物化学第五章-酶-刘博整理第五章 酶第一节 导 言一、 酶的概念(一)酶是生物催化剂酶是活细胞产生的,具有催化生物反应功能的蛋白质大分子及核酸。 酶生物催化剂:蛋白质类: Enzyme (天然酶、生物工程酶) 克隆酶、遗传修饰酶蛋白质工程新 核酸类:Ribozyme ; Deoxyribozyme 模拟生物催化剂酶催化的生物化学反应,称为
2、酶促反应(Enzymatic reaction)。在酶的催化下发生化学变化的物质,称为底物(substrate)。胞外酶与胞内酶 酶虽是由细胞产生的,但并非必须在细胞内才能起作用,有些酶被分泌到细胞外才发生作用。这类酶称“胞外酶”。大部分酶在细胞内起催化作用称为“胞内酶”。(二)酶的化学本质1酶是蛋白质1926年Sumner第一次从刀豆种子中提取了脲酶结晶,证明其具有蛋白质性质。30年代,Northrop又分离出结晶的胃蛋白酶、胰蛋白酶及胰凝乳蛋白酶,证明酶的化学本质是蛋白质。酶的相对分子质量大;酶具有蛋白质的特性如:两性解离、胶体性质、加热使酶变性、颜色反应等;酶可以被蛋白酶水解而丧失活性;
3、许多酶的氨基酸顺序已被测定;969年人工合成了牛胰核糖核酸酶。2. Ribozyme的化学本质是RNA在已鉴定过的数千种酶中,绝大多数酶的化学本质是蛋白质。但在1982年,美国科学家T.Cech发现原生动物四膜虫的26SrRNA前体具有自我拼接的催化活性。T.Cech将这种RNA命名为“Ribozyme”。核酶( Ribozyme ):指对RNA具有催化活性的RNA 。二、酶的催化特性(一)与无机催化剂相比,有如下共同点:反应前后都不发生数量和质量变化;能加快反应速度,但不改变反应的平衡点;都能降低反应所需的活化能;需要量小。(二)酶的作用特点极高的催化效率,高度的专一性,易失活(蛋白质变性)
4、,活性可调控(激活、抑制),常需辅助因子(辅酶、辅基等)1.极高的催化效率反应速度与不加催化剂相比可提高1081020,与加普通催化剂相比可提高1071013。脲酶的催化效率比Fe粉高1015倍。反应式如2H2O2 -2H2O + O2 以转换数作为标准,来比较其效率 用铁离子, 6 x 10 -4 mol/mol.s 转换数(turnover number) :每个酶分子每分钟催 血红素, 6 x 10 -1 mol/mol.s 化底物的分子数。 H2O2 酶, 3 6 x 10 6 mol/mol.s 碳酸酐酶 96000万2.高度的专一性一种酶只能作用于某一类或某种特定的物质,这种性质称
5、为酶的专一性。(1) 结构专一性 概念:酶对所催化的分子化学结构的特殊要求和选择。 类别:绝对专一性和相对专一性(2) 立体异构专一性 概念:酶除了对底物分子的化学结构有要求外,对其立体异构也有一定的要求 类别:旋光异构专一性和几何异构专一性绝对专一性:有些酶只作用于一种底物,催化一个反应, 而不作用于任何其它物质。 如:过氧化氢酶底物:过氧化氢。琥珀酸脱氢酶底物:琥珀相对专一性:这类酶对结构相近的一类底物都有作用。包括键专一性和基团专一性。键专一性:只要求作用于一定的化学键,而对键两端的基团无严格的要求。酯酶(酯键) 二肽酶(肽键)13消化道内几种蛋白酶的专一性14旋光异构专一性:当底物具有
6、旋光异构体时一种酶只能作用于其中的一种。如:L-AA氧化酶只能催化L-AA氧化,而对D-AA无作用。 顺反异构专一性:对具有顺式和反式异构的底物具严格的选择性。;例15三、 酶的组成(一)酶的组成单纯酶 (simple enzyme)结合酶 (conjugated enzyme):全酶 holoenzyme :蛋白质部分(酶蛋白 apozyme)全酶=酶蛋白+辅助因子 非蛋白部分:小分子有机化合物 (辅助因子cofactor) 金属离子辅因子:辅酶、辅基、金属离子 辅酶:与酶蛋白结合疏松,可以用透析法除去。 辅基:与酶蛋白结合紧密,不能用透析法除去。辅基和辅酶多为维生素参与形成的小分子有机物。
7、金属离子:与酶蛋白结合。结合酶(全酶)的特点: 只有全酶才有催化活性。一种酶蛋白只结合一种辅助因子,而一种辅助因子可结合多种酶蛋白。酶蛋白决定反应专一性,高效催化作用;辅助因子决定反应的种类和性质。(二)酶的结构1.酶的结构与蛋白质的结构相同,是具有一定空间结构的蛋白质。2.根据酶蛋白的结构特点,酶可分为:1)单体酶: 只有一条多肽链,分子量在13,000-35,000之间,一般是水解酶, 如蛋白酶、羧肽酶。2)寡聚酶:由两个或两个以上的亚基组成,亚基之间由非共价键相连,亚基可以是相同的,也可以不同,分子量在35,000-几百万,如丙酮酸激酶、乳酸脱氢酶。3)多酶体系:由几个酶有组织的聚集在一
8、起,功能上相互配合,第一个酶的产物是第二个酶的底物,如丙酮酸脱氢酶、脂肪酸合成酶。(三) 酶的命名习惯命名:来源 + 底物 + 酶(字) 例 胃蛋白酶 底物 + 反应性质 + 酶(字) 例 乳酸脱氢酶系统命名:所有底物反应性质 如:琥珀酸:FAD氧化还原酶 例21第二节 酶的分类酶的分类 国际E学委员会制定的“国际系统分类法”将酶促反应分为六大类:1.氧化还原酶:催化氧化还原反应的酶。例 乳酸脱氢酶催化乳酸的脱氢反应232.转移酶:催化基团转移反应,即将一个底物分子的基团或原子转移到另一个底物的分子上。例如, 谷丙转氨酶催化的氨基转移反应:243.水解酶::催化催化底物的加水分解反应。主要包括
9、淀粉酶、蛋白酶、核酸酶及脂酶等。例如,脂肪酶催化的脂的水解反应:254.裂合酶:催化从底物上移去某些基团而形成双键的非水解性反应及其逆反应的酶。主要包括醛缩酶、水化酶及脱氨酶等。例如, 延胡索酸水合酶催化的反应。265.异构酶:催化同分异构体的相互转变,即底物分子内基团或原子的重排过程的酶。例如,6-磷酸葡萄糖异构酶催化的反应。276.合成酶:又称为连接酶,能够催化C-C、C-O、C-N 以及C-S 键的形成反应。这类反应必须与ATP分解反应相互偶联。 如:Gln合成酶, 丙酮酸羧化酶。 A + B + ATP AB + ADP + Pi第三节 酶的结构与功能的关系一、酶的一级结构与功能的关系
10、(一)必需基团(essential group)概念: 酶蛋白中一些与酶的活性密切相关的基团,称酶的必需基团。常见的必需基团:His 的咪唑基、Ser/Thr 的羟基、Cys 的巯基、Glu 的羧基等。(二) 酶原与酶原的激活1.概念:(1)酶原(zymogen) :有些酶在细胞内合成或初分泌时,或在其发挥催化功能前只是酶的无活性前体,称为酶原。(2)酶原的激活:在一定条件下,酶原结构发生改变,转化为有活性的酶的过程。实质:酶原被修饰后,形成了正确的分子构象和活性中心,由此可见酶分子的特定结构和酶的活性中心的形成是酶分子具有催化活性的基本保证。2.酶原激活的机理酶原在特定条件下一个或几个特定的
11、肽键断裂,水解掉一个或几个短肽,分子构象发生改变形成或暴露出酶的活性中心34 35酶原激活的生理意义避免细胞产生的酶对细胞进行自身消化,并使酶在特定的部位和环境中发挥作用,保证体内代谢正常进行。有的酶原可以视为酶的储存形式。在需要时,酶原适时地转变成有活性的酶,发挥其催化作用。二、酶的活性与其高级结构的关系(一)酶的活性中心(active center )概念:在酶分子中由必需基团在空间结构上相互靠近,形成具有特定空间结构的区域,该区域能与底物特异性结合并将底物转化为产物,称为活性中心或 活性部位。活性中心:结合部位(与底物结合,决定酶的专一性) 催化部位(底物的敏感键在此处断裂而形成新键,决
12、定酶的高效性及反应性质)溶菌酶的活性中心:谷氨酸35和天冬氨酸52是催化基团;色氨酸62和63、天冬氨酸101和色氨酸108是结合基团;色氨酸62和63、天冬氨酸101和色氨酸108是结合基团;(二)核糖核酸酶1.变性:构象被破坏,活性中心被破坏,失去生物学活性。2.催化:具有天然构象的核糖核酸酶在底物的诱导下,构象发生一定改变,形成了正确的活性中心,使酶发挥了催化作用。(三)聚合与解聚(四)同工酶(isoenzyme)能催化相同的化学反应,但在蛋白质分子的结构、理化性质和免疫性能等方面都存在明显差异的一组酶。例 乳酸脱氢酶(LDH)43研究意义:作为遗传的标志;作为临床诊断指标;研究某些代谢
13、调节机制。应用于农业育种等。,不同组织中LDH同工酶的电泳图谱44第四节 酶的作用机理一、酶促反应的本质(一)酶的催化作用与分子活化能 化学反应自由能方程式G =H -TS(G是总自由能的变化, H 是总热能的变化,S是熵的变化)当G0,反应不能自发进行。当G0,反应能自发进行。活化能:分子由常态转变为活化状态所需的能量。是指在一定温度下,1mol 反应物全部进入活化状态所需的自由能。加快反应速度的方法:供给能量,如加温、光照等降低活化能酶和一般催化剂的作用就是降低化学反应所需的活化能,从而使活化分子数增多,反应速度加快。(二)酶与反应的过渡态互补酶(E)与底物(S)结合生成不稳定的中间物(E
14、S),再分解成产物(P)并释放出酶,使反应沿一个低活化能的途径进行,降低反应所需活化能,所以能加快反应速度。Pauling提出过渡态理论认为:E与S的过渡态互补,亲和力最强,释放的结合能使反应活化能降低,有利于S 跨越能垒,使反应加速。 证明:人工合成了过渡态类似物;用过渡态类似物制备出抗体酶。50中间产物学说 E+S可逆ESEP中间产物存在的证据:1同位素32P标记底物法(磷酸化酶与葡萄糖结合);2吸收光谱法(过氧化物酶与过氧化氢结合) ;3电镜直接观察。吸收光谱的变化可证明:H2O2酶(含铁卟啉):红褐色,在645、583、498nm处有光吸收; H2O2 -E加H2O2后:酶液由褐转红,
15、增加了561、530nm光吸收带,说明有新物质;H2O2 + E 若加入氢供体(焦性没食子酸)后:二条新带消失。H2O2 -E + AH2 A +E+ 2H2O二、酶反应机制(一)诱导契合学说(Koshland,1958):酶活性中心的结构有一定的灵活性,当底物与酶分子结合时,受底物分子的诱导, 酶蛋白的构象发生了有利于与底物结合的变化,使反应所需的催化基团和结合基团正确地排列和定向,转入有效的作用位置,这样才能使酶与底物完全吻合,结合成中间产物。(酶专一性的“诱导契合学说”)“锁钥学说”(Fischer,1890):酶的活性中心结构与底物的结构互相吻合,紧密结合成中间络合物。(二)使酶具有高
16、催化效率的因素酶分子为酶的催化提供各种功能基团和形成特定的活性中心,酶与底物结合成中间产物,使分子间的催化反应转变为分子内的催化反应。1. 邻近定向效应酶与底物结合成中间产物过程中,底物分子从稀溶液中密集到活性中心区,并使活性中心的催化基团与底物的反应基团之间正确定向排列所产生的效应。使分子间反应变为分子内反应的过程。2. “张力”与“形变”酶与底物的结合,不仅酶分子发生构象变化,同样底物分子也会发生扭曲变形,使底物分子的某些键的键能减弱,产生键扭曲,降低了反应活化能。3. 酸碱催化通过向反应物(作为碱)提供质子或从反应物(作为酸)夺取质子来达到加速反应的一类催化。(广义酸碱催化,Bronst
17、ed的酸碱定义)蛋白质中起酸或碱催化的功能基团有氨基、羧基、咪唑基、巯基和酚基。影响酸碱催化反应速度的两种因素:(1)酸或碱的强度(pK);(2)质子传递的速度。His的咪唑基最活跃。组氨酸的咪唑基:(1) pK值约为6.7-7.1,在接近中性的条件下,一半以广义酸的形式存在,另一半以广义碱的形式存在,因而它既能作为质子供体,又能作为质子受体,有效地进行酸碱催化。(2)咪唑基供出和接受质子的速度很快,其半衰期短,小于0.1毫微秒。所以许多酶活性中心都有组氨酸残基。 酶分子中可作为酸硷催化的功能基团614.共价催化催化剂通过与底物形成反应活性很高的共价过渡产物,使反应活化能降低,从而提高反应速度
18、的过程,称为共价催化。酶中参与共价催化的基团主要包括 His 的咪唑基,Cys 的硫基,Asp 的羧基,Ser 的羟基等。某些辅酶,如焦磷酸硫胺素和磷酸吡哆醛等也可以参与共价催化作用。 5.酶活性中心是低介电区域可排除高极性的水分子,使S的敏感键与E的 催化基团有高反应力,从而加速反应。第五节 酶促反应动力学一、酶促反应的基本动力学酶促反应动力学的概念:研究酶促反应速度及其影响因素,并加以定量的阐述。其中酶与底物之间的作用问题是研究酶促反应的核心问题。影响因素:包括:酶浓度、底物浓度、pH、温度、抑制剂、激活剂等。研究一种因素的影响时,其余各因素均恒定(一)底物浓度的影响 底物浓度对酶反应速度
19、的影响65用中间产物学说解释底物浓度与反应速度关系曲线的二相现象:E+S可逆ESEP当底物浓度很低时,有多余的酶没与底物结合,随着底物浓度的增加,中间络合物的浓度不断增高。当底物浓度较高时,溶液中的酶全部与底物结合成中间产物,虽增加底物浓度也不会有更多的中间产物生成。(二)米氏方程-定量表达底物浓度与酶反应速率的关系1913 年Michaelis 和Menten 提出反应速度与底物浓度关系的数学方程式,即米曼氏方程式,简称米氏方程。米氏方程式: K1 K3中间产物学说:E+S ES E+P K2 VmaxS米氏方程(Michaelis-Menten equation)V= Km + S 米氏方
20、程解释底物浓度对反应速度的影响规律米氏方程式推导过程:稳态:是指 ES 的生成速度与分解速度相等,即 ES 恒定 K1 ( EES) SK2 ES + K3 ES v= K3 ES (1)整理得:(EES)S K2+K3 令: = = Km (米氏常数) (2)ES K1则(2)变为: (EES)S Km ES整理得: ES K3ESES(3)将(3) 代入 (1) 得 V (4)Km+S Km+S当底物浓度很高,将酶的活性中心全部饱和时,即EES,反应达最大速度VmaxK3ESK3E (5)将(5)代入(4)得米氏方程式: VmaxS 71V1. Km 的求法 Km+S(1)双倒数作图法(又
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