生物化学复习资料之DNA的复制.doc
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1、Four short words sum up what has lifted most successful individuals above the crowd: a little bit more.-author-date生物化学复习资料之DNA的复制生物化学复习资料之DNA的复制、转录、翻译部分生物化学复习资料之DNA的复制、转录、翻译部分DNA的生物合成第一节 DNA的复制一、半保留复制(semi-conservation replication)(一)证据:1. 用氮15标记大肠杆菌DNA,然后在氮-14中培养,新形成的DNA是杂合双链,即双链中一条是重链(约重1),一条是轻链。
2、第二代则有一半全是轻链,一半是杂合双链。2.大肠杆菌DNA在用氚标记的胸苷复制近两代,放射自显影,未复制部分银密度低,由一条放射链和一条非放射链组成;已复制部分有一条双链是放射的,一条双链有一半是放射的。这证明大肠杆菌DNA是环状分子,以半保留方式复制。(二)特点:子代保留一条亲代链,而不是将它分解。这说明DNA是相对稳定的。双螺旋DNA(或RNA)是所有已知基因的复制形式。二、复制的起点和单位(一)基因组能独立进行复制的单位称为复制子。原核生物是单复制子,真核生物是多复制子。每个复制子有起点。通过测定基因出现的频率可以确定起点位置,距离起点越近的基因出现的频率越高。起点有发动复制的序列,也有
3、决定拷贝数的序列。起点的结构是很保守的。(二)复制终止点:已发现Ecoli的与复制终止有关位点,其中含有23bp的保守序列,由tus蛋白与此位点结合参与复制的终止。真核生物中似乎没有复制终止点。(三)复制多数是双向、对称的,但也有例外。通过放射自显影可以判断复制是双向还是单向:先在低放射性培养基中起始复制,再转移到高放射性培养基中,如是双向复制,其放射自显影图是中间银密度低;单向复制则为一端低。(四)单向复制有一些特殊方式:1.滚动环:噬菌体X174DNA是环状单链分子,复制时先形成双链,再将正链切开,将5连接在细胞膜上,从3延长,滚动合成出新的正链。2. 取代环:线粒体DNA复制时是高度不对
4、称的,一条链先复制,另一条链保持单链而被取代,呈D环形状。这是因为两条链的复制起点不同,另一条链的起点露出才能复制。三、有关的酶(一)反应特点:1. 以四种dNTP为底物2.需要模板指导3 需要有引物3-羟基存在4. DNA链的生长方向是5-35.产物DNA的性质与模板相同(二)大肠杆菌DNA聚合酶1DNA聚合酶I:单链球状蛋白,含锌。有聚合酶活性和外切酶活性,其中3-5外切酶活性起校正作用,5-3活性起修复和切除引物作用。DNA聚合酶I主要起损伤修复作用。每秒可聚合10个碱基。切除氨基端5-3外切酶活性后称为Klenow fragment,用于引物标记等。2. DNA聚合酶II:单链,以切口
5、双链DNA为模板,作用不清楚。3. DNA聚合酶III:起DNA复制作用,功能与聚合酶I相似。全酶共10种亚基,含锌。每秒可聚合1000个碱基。(三)真核生物DNA聚合酶:有a、b、g、五种,性质与大肠杆菌的酶相似,多无外切酶活性。a相当于聚合酶III,用于引发、滞后链合成;b主要起修复作用,位于线粒体,合成前导链,但前50个碱基由a合成。(四)DNA连接酶:使双链DNA切口处的5-磷酸和3-羟基生成磷酸二酯键。需供能,细菌用NAD,动物和噬菌体用ATP,形成焦磷酸键的活化形式,再由3羟基发动亲核攻击,形成磷酸二酯键。大肠杆菌的连接酶作用于粘末端,T4的还可作用于平末端。四、半不连续复制(se
6、mi-discontinuocos replication)(一)复制叉由5向3方向连续复制,称为前导链;另一条链复制叉由3向5移动,而DNA复制方向不变,形成许多不连续片段,称为冈崎片段,最后连接成完整的DNA,称为滞后链。(二)首先由引物合成酶由5向3方向合成10个核苷酸以内的RNA引物,然后聚合酶III在引物3-羟基上合成DNA,再由聚合酶I切除引物,填补空白,最后DNA连接酶将冈崎片段连接起来,形成完整DNA。(三)复制具有高度忠实性,其错配几率约为10-10,从热力学上考虑,碱基发生错配的几率约为10-2,酶对底物的选择作用和校正作用各使错配几率下降10-2,所以体外合成DNA的错配
7、几率为10-6。体内复制叉的复杂结构提高了复制的准确性,修复系统对错配加以纠正,进一步提高了复制的忠实性。五、解链复制时必需解链,如靠旋转,则大肠杆菌DNA要达到每分钟6000转。其实复制时是用拓扑异构酶和解螺旋酶来解链的。拓扑异构酶I可切断一条链,牵引另一条链通过切口,再连接起来。每次可消除一个负超螺旋,不需要ATP。同转录有关。拓扑异构酶II每次引入2个负超螺旋,需要ATP。引入负超螺旋可消除复制叉前进带来的张力,促进解链。解螺旋酶通过水解ATP来解开双链,每对碱基需2个ATP。单链结合蛋白(SSB)可与解开的单链结合,防止复性和水解。六、DNA复制体的结构七、与DNA复制有关的酶和蛋白质
8、因子由30多种,他们在复制叉上形成离散的复合物,彼此配合,进行高度精确的复制,这种结构称为复制体。引物合成酶与另外6种蛋白构成引发体。在DNA复制叉上进行的基本活动包括:(一)双链的解开(二)RNA引物的合成(三)DNA链的延长(四)切除引物,填补缺口,连接相邻的DNA片断(五)切除和修复尿嘧啶和错配碱基。八、真核生物DNA的复制(一)真核生物有核小体结构,复制速度慢,复制叉每分钟移动约10003000碱基对,而细菌约为50千碱基对。真核生物有许多复制起点,复制子只有细菌的几十分之一,所以复制时间在同一数量级(E.coli 4.2Mb,酵母、果蝇40Kb,植物300,蛙200,鼠150Kb)。
9、快速生长的原核生物,其复制起点可连续复制,而真核生物采取多复制起点的方法加速复制。(二)真核生物复制时,核小体打开,组蛋白直接转移到子代前导链上,滞后链用新合成的组蛋白。所以DNA是半保留的,而组蛋白是全保留的。真核生物冈崎片段长度约为200碱基对(E.coli 12Kb),相当于一个核小体的长度。(三)真核生物的增殖周期可分为DNA合成前期(G1期)、DNA合成期(S期)、DNA合成后期(G2期)和有丝分裂期(M期)等四个时相,间期为分裂期作准备,进行生物大分子和细胞器的倍增。前期合成DNA复制必须的蛋白质和RNA,复制期先复制常染色质DNA,再复制异染色质。然后进入有丝分裂的准备期。前期变
10、动较大。分裂期后,有些细胞进入前期,开始下一个周期;有些失去分裂能力;有些脱离分裂周期,或进行分化,或进入静止期(G0期)。成年动物大部分细胞处于静止期。九、DNA复制的调控复制有复杂的调控机制。有正调节,也有负调节。有顺式作用,即以某DNA序列为调控因子;也有反式作用,即以基因的产物,如蛋白质或RNA为调控因子。原核生物的复制起点与细胞膜相结合,复制与细胞膜有密切关系。真核生物复制从核膜开始,与质膜也密切相关。dnaA浓度决定起始频率。第二节 DNA的修复一、 DNA的损伤(一) 环境作用1. 物理因素 紫外线:形成嘧啶二聚体,使转录终止,复制受阻。 电离辐射:X-射线等,主要通过电离作用造
11、成损伤。可造成多种损伤,如DNA断裂、碱基脱落、杂环破裂、氧化等。2. 化学因素 烷化剂:有活泼烷基,可转移到碱基或磷酸上,如硫酸二甲酯、芥子气等。鸟嘌呤的O6和N7最易烷化,导致错配(GT)或脱落。磷酸三酯不稳定,易断裂。双功能试剂可造成交联。 碱基或核苷类似物:FU、BrdU、6-巯基嘌呤等。可竞争抑制核苷酸合成或掺入核酸导致错配。 亚硝酸盐及亚硝胺:前者造成脱氨,后者氧化后生成烷化剂和自由基。 代谢活化化合物:如苯并笓、黄曲霉毒素等。经混合功能氧化酶催化形成环氧化物,与核酸结合,造成突变。以上物理及化学因素统称诱变剂。3. 生物因素 DNA、RNA肿瘤病毒可插入基因组,引起突变。(二)
12、自发性损伤1. 复制时的碱基错配2. 互变异构:ANH时可形成A=C,GOH时可形成GT三键配对3. 碱基脱氨:C-U,A-I,G-X4. 碱基丢失:大肠杆菌每代丢失一个嘌呤,哺乳动物可达一万个。嘧啶丢失几率只有嘌呤的120。二、 光复活 光复活酶可被可见光(300600纳米,400纳米最有效)激活,分解由于紫外线照射而形成的嘧啶二聚体。此酶广泛存在,但人体只存在于淋巴细胞和皮肤成纤维细胞,且是次要修复方式。三、 切除修复(一) 细胞内有多种特异的核酸内切酶,可识别DNA的损伤部位,在其附近将DNA单链切开,再由外切酶将损伤链切除,由聚合酶以完整链为模板进行修复合成,最后有连接酶封口。(二)
13、碱基脱氨形成的尿嘧啶、黄嘌呤和次黄嘌呤可被专一的N-糖苷酶切除,然后用AP(apurinic/apyrimidinic,缺嘌呤或缺嘧啶)核酸内切酶打开磷酸二酯键,进行切除修复。DNA合成时消耗NADPH合成胸腺嘧啶,可与胞嘧啶脱氨形成的尿嘧啶相区别,提高复制的忠实性。RNA是不修复的,所以采用“廉价”的尿嘧啶。(三) 切除修复不需光照,也称暗修复。大肠杆菌中有UvrABC系统,可切除修复嘧啶二聚体。人体缺乏相应系统则发生“着色性干皮病”,皮肤干燥,有色素沉着,易患皮肤癌。可加入T4内切酶治疗。四、 重组修复 以上修复发生在复制前,称为复制前修复。复制时未修复的损伤部分会留下缺口,通过遗传重组进
14、行修复:从完整的母链上将相应序列移至缺口处,用再合成的序列填补母链的空缺。此过程也叫复制后修复。重组修复中原损伤没有除去,但若干代后可逐渐稀释,消除其影响。所需要的酶包括与重组及修复合成有关的酶,如重组蛋白A、B、C及DNA聚合酶、连接酶等。五、 诱导修复 DNA严重损伤能引起一系列复杂的诱导效应,称为应急反应,包括修复效应、诱变效应、分裂抑制及溶原菌释放噬菌体等。细胞癌变也可能与应急反应有关。应急反应诱导切除和重组修复酶系,还诱导产生缺乏校对功能的DNA聚合酶,加快修复,避免死亡,但提高了变异率。单链DNA诱导重组蛋白A,可水解Lex A蛋白,使一系列基因得到表达,如RecA、UvrABC、
15、SOS修复所需的酶等,产生应急反应。应急反应可作为致癌物的简易检测方法。采用缺乏修复系统、膜透性高的E.coli突变株,并添加鼠肝匀浆液。 六、Ada蛋白 也叫适应性蛋白,可识别甲基化的DNA,将甲基转移到自身的半胱氨酸上,不可逆,故称“自杀修复”。可修复磷酸及鸟苷上的甲基。 七、真核细胞修复特点1. 多聚腺苷酸核糖化:由多聚(ADP-核糖)聚合酶催化,用NAD合成并转移到相应蛋白上。可增加一些修复酶的活性,如连接酶。2. 转录修复偶联:转录时,若模板链损伤,则转录暂停,转录因子TFIIS使聚合酶退回,CSA/CSB及TFIIE召集修复。若DNA双链损伤,则模板链优先修复。 RNA的生物合成第
16、一节 转录一、 定义(一) 转录单位(二) 启动子(promoter)(三) 终止子(terminator)二、 RNA聚合酶(一) 酶的特性:以4种NTP为底物,需模板和镁离子,合成方向也是53,但不需要引物。(二) 酶的分类:1. 噬菌体的RNA聚合酶结构简单,是单链蛋白,功能也简单。2. 细菌则具有复杂的多亚基结构(450Kd),可识别并转录超过1000个转录单位。3. 真核生物的酶有多种,根据a鹅膏蕈碱(环状8肽,阻断RNA延伸)的抑制作用可分为三类:聚合酶A对它不敏感,分布于核仁,转录核糖体RNA;聚合酶B对低浓度敏感,存在于核质,转录信使RNA;聚合酶C位于核质,对高浓度敏感,转录
17、小分子量RNA,如转运RNA、5SRNA等。各种RNA聚合酶都是由10-15种不同亚基组成的多亚基复合物。4. 线粒体和叶绿体也有RNA聚合酶,结构简单,能合成所有种类RNA。(三) 酶的构成:大肠杆菌的全酶有5个亚基(2),含2个锌。催化形成磷酸二酯键,结合模板,亚基称为起始因子,可使RNA聚合酶稳定地结合到启动子上。称为核心酶。亚基在不同菌种间变动较大,而核心酶比较恒定。酶与不同启动子的结合能力不同,不同启动因子可识别不同的启动子。70识别启动子共有序列,32识别热休克基因,60在氮饥饿时起作用。通过随机移动起作用,不需解链。(四) 模板:以完整双链DNA为模板,其中仅一条链可转录。转录时
18、局部解链,转录后DNA重新形成双螺旋结构,所以DNA是全保留的。三、 转录过程分为起始、延长和终止三个阶段。起始包括对双链DNA特定部位的识别、局部(17bp)解链以及在最初两个核苷酸间形成磷酸二酯键。第一个核苷酸掺入的位置称为转录起点。起始后起始因子离开,核心酶构象改变,沿模板移动,转录生成杂交双链(12bp),随后DNA互补链取代RNA链,恢复DNA双螺旋结构。延伸速度为50nt/s,酶移动17nm。错误几率为10-5。聚合酶到达终点时,在终止辅助因子的帮助下停止反应,酶和RNA链脱落,转录结束。四、 启动子和转录因子(一) 定义:酶识别、结合、开始转录的一段DNA序列。强启动子2秒钟启动
19、一次转录,弱启动子10分钟一次。(二) 原核生物:大肠杆菌在起点上游约10碱基对处有保守序列TATAAT,称为pribnow box,有助于局部解链。在其上游还有TTGACA,称为35序列,提供RNA聚合酶识别的信号。(三) 真核生物:复杂,差异较大。1. 信使RNA的启动子通常有三个保守区,25到30有TATA框,是解链位置,并决定转录起点;75位置有CAAT框,与RNA聚合酶的结合有关;更上游还有GC框,某些转录因子可结合。后两个称为上游因子,对转录起始频率有较大影响。2. 小RNA的启动子在转录区内部,有一些辅助因子帮助RNA聚合酶识别。五、 终止子和终止因子(一) 定义(二) 所有原核
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