DNA的复制和修复ppt课件.ppt
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1、 第第3 34 4章章 DNADNA的复制和修复的复制和修复 (DNA Replication and Repair)内内 容容 DNADNA的复制的复制DNADNA的损伤和修复的损伤和修复DNADNA的突变的突变 DNADNA是生物遗传的主要物质基础,生物机体是生物遗传的主要物质基础,生物机体的遗传信息以密码的形式编码在的遗传信息以密码的形式编码在DNADNA分子上,表分子上,表现为特定的核苷酸排列顺序,并通过现为特定的核苷酸排列顺序,并通过DNADNA的复制的复制由亲代传递给子代。由亲代传递给子代。19531953年年Watson & CrickWatson & Crick提提出出DNAD
2、NA双螺旋结构模型后,双螺旋结构模型后,19581958年,年,CrickCrick提出提出了了“中心法则中心法则”(Central dogma)(Central dogma)揭示了遗传信揭示了遗传信息的传递规律。息的传递规律。蛋白质蛋白质逆转录逆转录翻译翻译转录转录复制复制复制复制DNADNARNARNA第一节第一节 DNADNA的复制的复制 DNA DNA的复制:是指以原来的复制:是指以原来DNADNA分子为模板合成分子为模板合成出相同分子的过程。出相同分子的过程。一、一、DNADNA的半保留复制的半保留复制 DNADNA在复制时,两条链解开分别作为模板,在在复制时,两条链解开分别作为模板
3、,在DNADNA聚聚合酶的催化下按碱基互补的原则合成两条与模板链互补的新合酶的催化下按碱基互补的原则合成两条与模板链互补的新链,以组成新的链,以组成新的DNADNA分子。这样新形成的两个分子。这样新形成的两个DNADNA分子与亲代分子与亲代DNADNA分子的碱基顺序完全一样。由于子代分子的碱基顺序完全一样。由于子代DNADNA分子中一条分子中一条链来自亲代,另一条链是新合成的,这种复制方式称为半保链来自亲代,另一条链是新合成的,这种复制方式称为半保留复制留复制(semi conservative replication)(semi conservative replication)。Paren
4、tal StrandsStrand duplication1/2 old1/2 newStrand separation半保留复制的实验证明半保留复制的实验证明 19581958年年MeselsonMeselson和和StahlStahl的实验首次有力地的实验首次有力地支持了半保留复制方式。支持了半保留复制方式。实验步骤:实验步骤:. . 大肠杆菌放在大肠杆菌放在1515NHNH4 4C1C1培养基中生长培养基中生长1212代。代。 . . 再将细菌移到只含有再将细菌移到只含有1414NHNH4 4C1C1的培养基中的培养基中 培养。培养。 . . 裂解细胞。裂解细胞。 . . 将裂解液放在将
5、裂解液放在CsC1CsC1溶液中进行密度梯度离溶液中进行密度梯度离 心。心。. . 在紫外光下可以看到形成的区带。在紫外光下可以看到形成的区带。 二二 、DNADNA复制的起点和方式复制的起点和方式v复制子复制子: DNA: DNA复制从起点开始直到终点为止,每复制从起点开始直到终点为止,每一个这样的一个这样的DNADNA单位称为复制子或复制单元单位称为复制子或复制单元(replicon)(replicon)。v复制起点复制起点: DNA: DNA复制在生物细胞中要从复制在生物细胞中要从DNADNA分子分子上特定位置开始。这个特定的位置就称为复制起上特定位置开始。这个特定的位置就称为复制起点点
6、(Origin of replication)(Origin of replication),用,用oriori表示。表示。v复制叉复制叉: DNA: DNA复制的生长点形状如同分叉故称为复制的生长点形状如同分叉故称为复制叉复制叉(replication fork)(replication fork)。 原核生物的染色体和质粒,真核生物的细胞器原核生物的染色体和质粒,真核生物的细胞器DNADNA都是环状双链都是环状双链分子。实验表明,它们都在一个固定的起点开始复制,复制叉移分子。实验表明,它们都在一个固定的起点开始复制,复制叉移动方向大多是双向的,即形成两个复制叉或生长点,分别向两侧动方向大多
7、是双向的,即形成两个复制叉或生长点,分别向两侧进行复制;进行复制;也有的是单向的,只形成一个复制叉或生长点也有的是单向的,只形成一个复制叉或生长点DNA的双向和单向复制的双向和单向复制复制叉复制叉起始点起始点起始点起始点起始点起始点复制叉复制叉复制叉复制叉未复制未复制DNA单向复制单向复制双向复制双向复制环状环状 DNA复制时所复制时所形成的形成的q q结构结构起始点起始点复制叉的推进复制叉的推进 用遗传学和用遗传学和生物化学的方法生物化学的方法可以确定大肠杆可以确定大肠杆菌染色体菌染色体DNADNA的复的复制起点在基因图制起点在基因图谱上的位置。谱上的位置。起点起点oriCoriCilvth
8、r0/180Lacattl l255075malAcysCtryAhistrpTre终点终点大肠杆菌复制起点和终大肠杆菌复制起点和终点在基因图谱上的位置点在基因图谱上的位置83 min33 minEvidence points to bidirectional replicationLabel at both replication forksDNA复制的不同方式复制的不同方式 A.A.直线双向直线双向B.B.多起点双向多起点双向C.C.型双向型双向D.D.型单向型单向 E.E.滚动环滚动环F.F.环环A. 直线双向直线双向三、三、DNADNA聚合反应有关的酶聚合反应有关的酶酶酶反应式反应式:
9、 n1dATP DNA polE dAMP n2dGTP + DNA dGMP n3dCTP Mg2+ dCMP n4dTTP dTMP DNA 1 1DNADNA的聚合反应和聚合酶的聚合反应和聚合酶 19561956年,年,KornbergKornberg在大肠杆菌提取液中发在大肠杆菌提取液中发现现DNADNA聚合酶,以后陆续在不同生物中找到。聚合酶,以后陆续在不同生物中找到。+(n1+n2+n3+n4)PPiDNADNA聚合酶的反应特点:聚合酶的反应特点:以四种脱氧核苷酸三磷酸以四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)(dNTP)为底物为底物; ;反应需要模板的指导反应需要模板的指导; ;反应需要
10、有引物反应需要有引物3 3-OH-OH存在存在; ;DNADNA链的生长方向是链的生长方向是5353产物产物DNADNA的性质与模板相同的性质与模板相同。 DNA聚合酶催化的链延长反应聚合酶催化的链延长反应35533553由由DNA聚合酶催化的聚合酶催化的DNA合成反应合成反应ABCD 模板模板- -引物引物 产物产物2.2.大肠杆菌大肠杆菌DNADNA聚合酶聚合酶大肠杆菌共有大肠杆菌共有5 5种不同的种不同的DNADNA聚合酶:聚合酶:DNADNA聚合酶聚合酶,IIII,IIIIII,IVIV,V V。DNADNA聚合酶聚合酶(DNA polymerase,DNA pol)(DNA poly
11、merase,DNA pol)理化性质:理化性质:纯化的纯化的DNA polDNA pol由一条多肽链组成,多肽链中由一条多肽链组成,多肽链中含有一个锌原子。酶分子空间含有一个锌原子。酶分子空间结构近似球体。结构近似球体。DNA polDNA pol约约含含10001000个氨基酸残基,个氨基酸残基,MWMW为为103 kD103 kD。 经蛋白酶处理后经蛋白酶处理后,酶分子分裂成两个片段:大,酶分子分裂成两个片段:大片段(片段(KlenowKlenow片段)有聚合酶片段)有聚合酶和和3535外切酶活性,小片段外切酶活性,小片段有有5353外切酶活性。外切酶活性。53外切酶活性外切酶活性35外
12、切酶活性外切酶活性聚合酶聚合酶NCKlenow片段片段(MW68 kD)小片段小片段(MW35 kD)蛋白酶蛋白酶功能:功能:聚合功能聚合功能: : 通过核苷酸聚合反应使通过核苷酸聚合反应使DNADNA链沿链沿5353方方向延长。在引物向延长。在引物DNADNA或或RNA-OHRNA-OH末端,以末端,以dNTPdNTP为底物,按模板为底物,按模板DNADNA上的指令由上的指令由DNApolDNApol逐逐个将核苷酸加上去,就是个将核苷酸加上去,就是DNA polDNA pol的聚合的聚合作用。酶的专一性主要表现为新进入的脱氧作用。酶的专一性主要表现为新进入的脱氧核苷酸必须与模板核苷酸必须与模
13、板DNADNA配对时才有催化作用配对时才有催化作用。 3535外切酶活性外切酶活性校对作用校对作用: : 这种酶活性的主要功能是从这种酶活性的主要功能是从3535方向方向识别和切除不配对的识别和切除不配对的DNADNA生长链末端的核生长链末端的核苷酸(对单链作用)。苷酸(对单链作用)。5353外切酶活性就是从外切酶活性就是从5353方向水解方向水解DNADNA生长链前方的生长链前方的DNADNA链,主要产生链,主要产生5-5-脱氧核脱氧核苷酸。苷酸。这种酶活性只对这种酶活性只对DNADNA上配对部分上配对部分( (双链双链) )磷酸二磷酸二酯键有切割活力作用,方向是酯键有切割活力作用,方向是5
14、3 53 。每次。每次能切除能切除1010个核苷酸。个核苷酸。这种酶活性在这种酶活性在DNADNA损伤的修复中可能起着重要损伤的修复中可能起着重要作用(切除由紫外线照射而形成的嘧啶二聚作用(切除由紫外线照射而形成的嘧啶二聚体)。对冈崎片段体)。对冈崎片段55末端末端RNARNA引物的去除依赖引物的去除依赖此种外切酶活性。此种外切酶活性。5353外切酶活性外切酶活性切除修复作用切除修复作用: :焦磷酸解作用焦磷酸解作用: DNApol: DNApol的这种活性的这种活性可以催化可以催化33末端焦磷酸解末端焦磷酸解DNADNA分子。分子。焦磷酸交换作用焦磷酸交换作用: : 催化催化dNTPdNTP
15、末端的末端的PPiPPi同无机焦磷酸的交换反应。同无机焦磷酸的交换反应。这两种作用,都要求有较高浓度的这两种作用,都要求有较高浓度的PPiPPi,因此,在体内由于没有足够高的因此,在体内由于没有足够高的PPiPPi而无而无重要意义。重要意义。 DNADNA聚合酶聚合酶 (DNA polII)DNA polII)DNADNA聚合酶聚合酶缺陷的突变株仍能生存,这缺陷的突变株仍能生存,这表明表明DNA polDNA pol不是不是DNADNA复制的主要聚合酶复制的主要聚合酶。 19701970年发现了年发现了DNApolDNApol。此酶为多亚基,。此酶为多亚基,MW 88KDMW 88KD,每个细
16、胞内约有,每个细胞内约有100100个酶分子。个酶分子。催化特性催化特性:5 533聚合酶活力聚合酶活力: : 该酶催化该酶催化DNADNA的聚合的聚合,但是对模板有特殊的要求。该酶的最适模,但是对模板有特殊的要求。该酶的最适模板是双链板是双链DNADNA而中间有缺口而中间有缺口(gap)(gap)的单链的单链DNADNA部份,而且该单链空隙部份部份,而且该单链空隙部份不长于不长于100100个核个核苷酸苷酸。 3535外切酶活性,但无外切酶活性,但无5353外切酶活外切酶活性。性。 该酶不是复制的主要聚合酶,因为此酶该酶不是复制的主要聚合酶,因为此酶缺陷的大肠杆菌突变株的缺陷的大肠杆菌突变株
17、的DNADNA复制都正常。复制都正常。DNADNA聚合酶聚合酶组成组成 :DNA pol DNA pol 全酶是由多种亚基组成全酶是由多种亚基组成的蛋白质,而且容易分解。现在认为它是的蛋白质,而且容易分解。现在认为它是大肠杆菌细胞内真正负责重新合成大肠杆菌细胞内真正负责重新合成DNADNA的的复制酶。复制酶。组建作组建作用用DNA-dependent ATPaseDNA-dependent ATPaseDNADNA聚合酶聚合酶 两个两个 亚基夹住亚基夹住DNADNADNADNA聚合酶聚合酶异二聚体异二聚体DNA Polymerase III holoenzyme CoreCore clamps
18、t t2 2t t subunits hold2 cores in a dimerg g complex(clamp loader)g gReplicationForkLeading Strand synthesisLagging Strand synthesis功能功能A A聚合聚合: : 以模板作指导,以四种脱氧核糖核苷酸作为以模板作指导,以四种脱氧核糖核苷酸作为底物,并且需要有底物,并且需要有33 的引物链存在,的引物链存在,通过核苷酸聚合反应使通过核苷酸聚合反应使DNADNA链沿链沿5 533方向延方向延长。长。 催化脱氧核苷酸掺入催化脱氧核苷酸掺入DNADNA链的速率分别是链的速率分
19、别是DNADNA聚合酶聚合酶和和I I的的1515倍和倍和3030倍。倍。B B 3535外切酶活性外切酶活性大肠杆菌三种大肠杆菌三种DNADNA聚合酶比较聚合酶比较DNA聚合酶聚合酶分子量分子量每个细胞的分子统计数每个细胞的分子统计数5 -3 聚合酶作用聚合酶作用3 -5 核酸外切酶作用核酸外切酶作用5 -3 核酸外切酶作用核酸外切酶作用合成速度(核苷酸合成速度(核苷酸/分)分)持续合成能力持续合成能力DNA聚合酶聚合酶103,000400+1,000-1,2003-20088,000100+-2,4001,500830,00010-20+-15,000-60,000500,000比较项目比
20、较项目DNA聚合酶聚合酶III切除引物切除引物修复修复修复修复复制复制功能功能聚合酶聚合酶IV IV 和和V:V:20192019年发现年发现, ,它们涉及它们涉及DNADNA的错误倾向修复的错误倾向修复(error prone repair(error prone repair)DNADNA连接酶是连接酶是19671967年在三个实验室同时发现的。年在三个实验室同时发现的。它是一种封闭它是一种封闭DNADNA链上切口酶,借助链上切口酶,借助ATPATP或或NADNAD水解水解提供的能量催化提供的能量催化DNADNA链的链的5 5-PO-PO4 4与另一与另一DNADNA链的链的3-3-OHO
21、H生成磷酸二酯键。生成磷酸二酯键。 这两条链必须是与同一条互补链配对结合的这两条链必须是与同一条互补链配对结合的(T4 (T4 DNADNA连接酶除外连接酶除外) ),而且必须是两条紧邻,而且必须是两条紧邻DNADNA链才能链才能被被DNADNA连接酶催化成磷酸二酯键。连接酶催化成磷酸二酯键。 DNADNA连接酶的主要功能就是在连接酶的主要功能就是在DNADNA聚合酶聚合酶催化催化聚合,填满双链聚合,填满双链DNADNA上的单链间隙后封闭上的单链间隙后封闭DNADNA双链双链上的切口。这在上的切口。这在DNADNA复制、修复和重组中起着重要复制、修复和重组中起着重要的作用。的作用。3.DNA3
22、.DNA连接酶连接酶(DNA ligase )(DNA ligase )连连接接酶酶连连接接切切口口Mg2+连接酶连接酶ATP或或NADAMP+PPi或或NMN+AMPATCGPTTPPPA A CCTGAPACPPPPOHTGGATCGPTTPPPA A CCTGAPACPPPTGGP切口33555533模板链模板链模板链模板链DNADNA的一条链的复制是半不连续的的一条链的复制是半不连续的四、四、DNADNA的半不连续复制的半不连续复制冈崎片段:冈崎片段: 19681968年,冈崎等用年,冈崎等用3 3H H脱氧胸苷标脱氧胸苷标记记T4T4噬菌体感染的大肠杆菌,然后通过碱性密度噬菌体感染的
23、大肠杆菌,然后通过碱性密度梯度离心法分离标记的梯度离心法分离标记的DNADNA产物,发现短时间内产物,发现短时间内首先合成的是较短的首先合成的是较短的DNADNA片段,接着出现较大的片段,接着出现较大的分子。最初出现的分子。最初出现的DNADNA片段长度约为片段长度约为10001000个核苷个核苷酸左右,称为冈崎片段(酸左右,称为冈崎片段(Okzaki fragmentOkzaki fragment)。)。复制叉的复制叉的移动方向移动方向解旋酶解旋酶DNA聚聚合酶合酶III解链酶解链酶RNA引物引物引物体引物体DNA聚聚合酶合酶ISSB3 3 5 前导链前导链滞后链滞后链3 5 复制的起始复制
24、的起始DNADNA链的延长链的延长DNADNA链终止链终止5 RNA引物引物3 3 RNA引物的合成:引物的合成: 以以DNA为模板,为模板,NTP为原料,在引物合成酶催化下,合成为原料,在引物合成酶催化下,合成10-几十个核苷酸。几十个核苷酸。 为什么?为什么? 这是保证这是保证DNADNA聚合过程高度精确的又一措施。已知聚合过程高度精确的又一措施。已知DNA DNA 聚聚合酶具有合酶具有3 35 5 外切酶功能校对复制过程中的核苷酸外切酶功能校对复制过程中的核苷酸,也就是,也就是说聚合酶在开始形成一个新的磷酸二酯键前,总是检查前一说聚合酶在开始形成一个新的磷酸二酯键前,总是检查前一个碱基是
25、否正确,它不能从头开始合成。因此先合成一条低个碱基是否正确,它不能从头开始合成。因此先合成一条低忠实性的多核苷酸来开始忠实性的多核苷酸来开始DNADNA的合成,并以核糖核苷酸来表的合成,并以核糖核苷酸来表示是示是“暂时暂时”的,当的,当DNADNA聚合以后再将其切除,以高忠实性聚合以后再将其切除,以高忠实性的脱氧核苷酸取而代之,确保复制的忠实性。的脱氧核苷酸取而代之,确保复制的忠实性。 核酸的拓扑结构是指核酸分子的空间结构。核酸的拓扑结构是指核酸分子的空间结构。两条互相缠绕的双螺旋核酸分子表现出许多拓扑两条互相缠绕的双螺旋核酸分子表现出许多拓扑学的关系。在学的关系。在DNADNA的复制、重组、
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