第四讲如何报告遗传学关联研究——国际报告规范STREGA解读.pdf
《第四讲如何报告遗传学关联研究——国际报告规范STREGA解读.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《第四讲如何报告遗传学关联研究——国际报告规范STREGA解读.pdf(4页珍藏版)》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。
1、临床流行病学论文写作系列讲座阅韵陨:援辕 躁援 蚤泽泽灶援鄄援援援第四讲:如何报告遗传学关联研究国际报告规范解读严卫丽作者单位摇 新疆医科大学公共卫生学院摇 乌鲁木齐,愿猿园园缘源通讯作者摇 严卫丽,耘鄄皂葬蚤造:园员援 憎藻蚤造蚤岳 早皂葬蚤造援 糟燥皂摇 摇 遗传学关联研究(早藻灶藻贼蚤糟 葬泽泽燥糟蚤葬贼蚤燥灶 泽贼怎凿赠)是复杂性状疾病遗传学研究的重要方法之一,随着第猿 代遗传标记单核苷酸多态性(杂晕孕)检测技术日趋成熟,遗传学关联研究发表的论文数以惊人的速度增长,目前已发表猿源 园园园 余篇,并且从圆园园员 至圆园园愿 年每年发表的论文数均成倍增长员。遗传学关联研究的结果为疾病的病因
2、学研究提供了更多的信息,所发现的遗传鄄环境的交互作用,对于提出相应的干预措施有积极的意义。遗传学关联研究的原理与传统流行病学研究中的病例对照研究非常接近,即假设某个基因序列变异与某个疾病有关联,则该序列变异的等位基因频率(或基因型频率)在病例组和对照组中的分布表现应有所不同。遗传学关联研究的基本任务即比较序列变异的等位基因频率在病例组和对照组的差异。然而,遗传学关联分析具有传统病例对照研究所没有的特殊性,如存在非常复杂的基因鄄基因、基因鄄环境的交互作用;当所研究基因数量较多、序列变异位点数较多时,统计分析涉及到一些特殊的遗传分析软件和算法,并普遍存在多重比较和研究对象的人群分层等问题。本解读在
3、复习了“遗传关联性研究及其酝藻贼葬分析的报告规范”圆后,以蕴蚤贼贼造藻等猿圆园园怨 年圆 月提出的“加强性报告遗传学关联研究(泽贼则藻灶早贼澡藻灶蚤灶早 贼澡藻 则藻责燥则贼蚤灶早 燥枣 早藻灶藻贼蚤糟葬泽泽燥糟蚤葬贼蚤燥灶 泽贼怎凿蚤藻泽,杂栽砸耘郧粤):观察性研究写作规范(杂栽砸韵月耘 )声明的扩展”为基础,解读 杂栽砸耘郧粤。杂栽砸耘郧粤可在憎憎憎援 泽贼则藻早葬鄄泽贼葬贼藻皂藻灶贼援 燥则早下载。杂栽砸耘郧粤对遗传学关联研究在报告时所应包含的内容(写作清单)提出了最低要求。该声明的写作组包括了流行病学家、遗传学家、统计学家和杂志编辑等多方面的专家,对声明中的关键条目也给出了纳入规范的理
4、由。 在基础上产生写作清单摇 摇 遗传学关联研究目前已经进入全基因组时代,基因分型技术和平台、数据统计分析技术和平台都发生了很大的变化,研究论文的报告规范也应该适应这些变化并做出相应的补充和调整。杂栽砸耘郧粤是在已有的杂栽砸韵月耘声明的基础上,结合遗传学关联研究的特点和进展制定而成(表员)。 写作规范的内容和纳入规范的原因圆援 员摇 常见问题圆援 员援 员摇 基因分型错误(暴露的错分)(条目愿)摇 非差异性的基因分型错误通常可使暴露与疾病之间的关联往无关联的方向发生偏倚。如果发生基因型的系统偏差,那么偏倚可以是两个方向的。影响基因型错分可能性大小的因素包括样本的质量和类型、收集的时间及基因分型
5、的方法。当使用高通量的技术平台进行基因分型时,有必要报告技术平台、基因型判定的算法和版本。不同的基因型判定算法有各自的优缺点,方法学更新也较快。因此方法学的详细描述有助于读者对结果的理解,也有利于结果的重复。病例对照研究应说明基因分型是否在研究对象分组信息未知(盲法)的情况下进行,以及这样做的理由。圆援 员援 圆摇 人群分层(种族混杂)(条目员圆)摇 当组内亚组的等位基因频率或者疾病危险不同,并且在比较组间分布不均衡时则会出现混杂效应。回顾关于人群分层对遗传学关联分析结果影响的争论时,应明确描述分析人群分层的方法、或者明确说明未使用任何方法是十分重要的,有利于经验型证据的积累。因为遗传标记或者
6、其他变量可能与人群分层有关联。若采用病例鄄家庭成员设计则需提供详细信息。目前存在几种不同的方法对人群分层进行调整,因此明确说明所使用的方法是必要的。圆援 员援 猿摇 单体型变异的分析(条目员圆)摇 单体型是指临近的基因中特异的等位基因组合,在减数分裂时倾向于作为整体遗传。单体型分析在候选基因研究设计中较为常见。通常在一组样本中实际观察到的单体型数量远少于通过数学算法推断出的单体型数目。随着研究中所包括的基因数目的不断增大,单体型分析能根据杂晕孕位点间的连锁不平衡关系,在所研究基因序列范围内构建理论上可能存在的 , , 表 报告规范内容与主题 条目 描摇 摇 述题目和摘要员 在题目和摘要中使用常
7、用的词汇说明研究设计类型(如队列研究、病例对照研究或横断面研究)在摘要中以适当的比重简要介绍方法学和主要发现前言背景原理 圆 解释问题的科学背景和研究的原理研究目的 猿 明确说明研究目的,包括所有预先拟定的假设;必要时说明是首次报告某个关联,或是重复研究方法研究设计 源 在方法学部分阐明研究设计的要素研究现场 缘 描述研究现场、具体场所和时间,包括研究对象的征集、暴露、随访和数据收集的时间研究对象 远 队列研究:描述纳入标准和排除标准、研究对象的来源和选择方法;描述随访方法;配对研究给出匹配标准、匹配的比例(暴露组和非暴露组的人数比例);病例对照研究:描述纳入标准和排除标准、研究对象来源,病例
8、的确定方法、选择对照的方法及根据;配对研究给出匹配标准、匹配的比例(一个病例所匹配的对照数目);横断面研究:描述纳入标准和排除标准、研究对象的来源和选择方法如果研究对象来自一个大型研究的一部分,说明选择的条件和方法研究变量 苑 清晰定义所有的结果变量、暴露变量、预测因素、可能的混杂因子和效应因子,尽可能给出诊断标准需用公认的命名法清晰地定义遗传变异,确定与人群分层(不同种族)有关的变量愿 重要的变量需给出数据来源、详细描述测量或评估方法。如果有多组需描述数据的组间可比性描述实验方法,如阅晕粤来源,保存方法,基因分型方法相关技术平台(等位基因判定算法和版本),错误率和检出率。说明基因分型实验室和
9、实验中心的名称。如果是多中心实验室,说明不同实验中心方法的可比性。说明是否从所有研究对象或是部分研究对象获得基因型数据偏倚 怨 说明如何避免可能存在偏倚的方法;对于数量表型的结局变量,特别说明因药物治疗可能带来的偏倚。描述偏倚的特点、表现及避免偏倚的方法样本量 员园 解释样本量的确定方法数量变量 员员 解释数量变量的分析方法。如果需要,说明如何分组及理由统计学方法 员圆 所有统计学方法,包括用来控制混杂的方法;描述亚组分析和交互作用分析方法;描述缺失值的处理方法;队列研究:说明失访的分析处理方法;病例对照研究:说明病例组和对照组的匹配方法;横断面研究:描述与抽样策略相关的分析方法;描述敏感性分
10、析;说明是否考虑了匀葬则凿赠鄄宰藻蚤灶遭藻则早平衡以及如何分析;描述用来推测基因型或者单体型的方法;描述所有评价或者发现人群分层的方法;描述用于发现和调整多重比较或者控制假阳性结果的方法;描述用来发现和处理研究对象非独立性的方法结果研究对象 员猿 报告每个阶段研究对象的数量,例如多少初筛合格、经检查后合格、确认合格,有多少完成了随访和所有的分析;说明每个阶段无应答者的情况和原因分析;考虑使用研究对象纳入和排除流程图报告拟进行基因分型的人数和基因分型成功的人数描述性数据 员源 描述研究对象一般情况(如社会人口学和临床资料)、暴露信息和潜在的混杂因素信息。考虑按照基因型分组描述资料;说明每个变量中
11、缺失值的数量;队列研究:概述随访时间,如平均时间和总和时间结局数据 员缘 队列研究:报告发生结局事件的数量或根据时间总结发生结局事件的数量,按照基因型分组分别报告结局变量(表型)随时间的变化;病例对照研究:报告各个暴露类别的数量或暴露的综合指标,按基因型分组报告数据;横断面研究:报告结局事件的数量或总结暴露的测量结果,按基因型分组分别报告结局变量(表型)主要结果 员远 未校正的和校正混杂因子的关联强度估计值和精确度(如怨缘豫 悦陨),阐明根据哪些混杂因子进行调整以及选择这些因子的原因;当对连续性变量分组时应报告分组界值;如果有关联,可将有意义时期内的相对危险度转换成绝对危险度;报告多重比较调整
12、后的结果其他分析 员苑 所做的其他分析,如亚组分析、交互作用分析和敏感度分析;如果涉及数量较多的遗传变异,将结果综合进行报告;如果有更详细的结果(论文里未能包括的),请给出获得的途径(如网上补充数据)讨论关键结果 员愿 概括与研究假设有关的重要结果局限性 员怨 结合潜在偏倚和不精确的来源,讨论研究的局限性;讨论潜在偏倚的方向和大小解释 圆园 结合研究目的、局限性、多重比较分析、类似研究结果和其他相关证据,谨慎给出一个总体的结果解释可推广性 圆员 讨论研究结果的可推广性(外推有效性)其他信息资助 圆圆 给出当前研究的资助来源和资助者(如果可能,给出原始研究的资助情况)注摇 黑色字体为杂栽砸韵月耘
13、写作清单的要求,褐色字体为在杂栽砸韵月耘声明基础上杂栽砸耘郧粤写作清单的要求中国循证儿科杂志 年月第卷第期单体型,从而选择一些“标签杂晕孕(栽葬早早蚤灶早 杂晕孕泽 )”进行基因分型,使有限的基因分型资源可以更全面地涵盖基因序列变异信息。国际单体型图谱网站(匀葬责酝葬责,憎憎憎援澡葬责皂葬责援 燥则早)提供了用于已知区域基因序列“标签杂晕孕泽”选择的分析平台。目前推断一组样本内的单体型的种类可以用多种方法实现。当采用不同窗口(憎蚤灶凿燥憎泽)数据进行单体型推断时,窗口定义的不同可能使不同研究间的结果很难比较,如是采用粤枣枣赠皂藻贼则蚤曾 缘园园 运和员园 运获得的基因型数据,还是采用匀葬责酝葬
14、责基因型数据进行单体型计算,单体型分析的结果因窗口选择的不同可以有很大差异。因此文章方法学部分要对这些信息详细加以说明。单体型构建还常用于遗传学研究中推断个别遗传信息缺失的家庭成员的基因型。圆援 员援 源摇 匀葬则凿赠鄄宰藻蚤灶遭藻则早 平衡检验(条目员圆)摇 不满足匀葬则凿赠鄄宰藻蚤灶遭藻则早 平衡通常提示基因分型错误或者数据很特殊。经验数据提示仅圆园豫 耀 远怨豫的遗传学关联论文报告了匀葬则凿赠鄄宰藻蚤灶遭藻则早 平衡检验结果,而在这些研究中,还有部分研究评估匀葬则凿赠鄄宰藻蚤灶遭藻则早 平衡的方法存在局限性甚至错误。应当对任何采用的统计学方法或者测量进行描述,因为进行遗传学关联分析的任何
15、程序都容许在匀葬则凿赠鄄宰藻蚤灶遭藻则早 不平衡的情况下运行。圆援 员援 缘摇 重复(条目猿)摇 近年来在员 篇论文中同时汇报和汇集多个研究结果的情况越来越常见,尤其是全基因组关联研究。有时一篇论文中包括的几项研究的设计和基因分型平台等可能不同,有的研究可能处在发现与疾病相关杂晕孕泽的阶段,有的可能处于重复阶段。此时需要对研究组成部分的方法学和由不同部分研究得出的结果做出清晰和详细的说明。圆援 圆摇 其他问题圆援 圆援 员摇 研究对象选择摇 发生选择性偏倚的可能有:关联分析仅在一个或多个研究对象的亚组中进行;比较的各组间无应答率不同;比较的各组间的基因型检出率不同。研究对象的纳入和排除标准、来
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 第四 如何 报告 遗传学 关联 研究 国际 规范 STREGA 解读
限制150内