CoMFA使用说明.doc

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1、-/CoMFA使用说明第一步：分子数据库的准备以及登陆sybyl(回车键)在其它软件上将一系列分子进行优化，存成mol2的格式，如果模板分子是从晶体中取出，则将其它分子在模板分子的基础上进行改造即可，将系列文件的mol2格式传到sybyl后，注意：在其它软件上构建的分子在sybyl中有可能不认，所以要检查每一个分子。最好在sybyl中构建分子！登陆工作站的方法是在下面的界面中输入用户名和密码login：exercisepassword：jiao8514进入sybyl的方法，在下列界面中输入sybyl sybyl界面第二步 建立分子数据库，将优化后的分子放入一个数据库文件中1、建立新的数据库：f

2、iledatabase/new：给数据库命名，后缀为 *.mdb2、向建立的数据库中放入分子，首先将模板分子放入，然后一一放入其它分子 fileread选定分子调出，built/editname molecule给分子名字ok 计算分子电荷：computecharges可供选择的计算电荷的方法很多，一般小分子用：GasteigerHuckel大分子用：MMFF94蛋白用：pullman 将分子放入数据库， filedatabaseput molecule 按上列顺序将其它分子一一命名，然后放入数据库 注意：每放完一个分子后，将前一个分子去掉，方法：build/editzap（delete）mo

3、lecule 建好数据库后，可以检查库中有多少分子。方法Filedatabaselistmoleculeok，结果会在下方的shell中出现数据库中的分子。3、分子叠加 filealign database 弹出下列界面在database to align 中选择已经建好的数据库在template molecule 中选择模板分子在commin substructure 中选定分子的公共部分其它的选项采用默认ok，命名已经叠合好的数据库名字，注意：给数据库的路径，否则该数据库就被保存在exercise的目录下。第三步 填入参数调出刚才叠合好的数据库，方法：filemolecule spread

4、sheetopen 选中数据库名称弹出下列界面【用new-database-选择相应的数据库】填入数据，一般第一列加入活性数据用鼠标选中第二列，点击autofill，弹出下列界面选中CoMFAok, 弹出下列界面点击type（s）中的steric其它选用默认值，点击add coloum给出该列的名称ok，该列被自动加上了立体场参数，重复上面步骤，在新的一列加上electroatatic参数。第四步 数据分析添加参数后的表格如下：点击QSARPartial Least Squares，弹出如下界面 1、 留一法 点击leaveoneout为红色去掉use samples，在Column filt

5、ering中填入过滤值，建议为2（能量大于此值的分子将被过滤），在components 中填入主成分数，可以大一些，这是PLS的优点之一，即我们填入的主成分数过大，它也能自动找到一个合适的主成分数。最后在Analysis Name 中填入文件名。点击Do PLS，提示为PLS命名ok该过程较慢，需要耐心等待。计算完毕，在shell中出现component 值和R2的值，注意此时的主成分数需要在下一步Nocrossvalidation中的component中填入。2、非交叉验证：点击Nocrossvalidation在上面的界面中点击Nocrossvalidation，填入上一步得到的主成分数，

6、命名Do PLS，当返回表格后，点击end上面的结果，F值，立体场，静电场等会在shell中出现第五步 查看CoMFA图在分析表格中点击QSARView QSARCoMFA,出现下列表格选择show stericsshow或show electrostatics，出现立体或静电彩图第六步 平动转动：1. 准备工作程序文件：rotate.sh, rotate.spl, trans.sh, trans.spl, generate_box.awk需要准备的文件：align.mdb, activity.txt结果输出文件：rotate (graph.file, message ), trans (gr

7、aph.file, message, original)2. 具体步骤2.1 转动2.1.1 命令：sh rotate.sh注意：可以改变的地方.dbname改成要进行转动的数据库；txtname为活性数据文件；output_file是结果输出文件名；increment为转动角度；select 是val的数目。此步生成很多数据库，完成后把没用的数据库删除。其中调用的rotate.spl文件可以修改step_size, charge, probe_atom, min_sigma, principal_componet2.1.2 结果分析：graph.file文件中前三列是X，Y，Z轴的转动角度（

8、0，30，60，90，）对应着数据库的名字（0，1，2，3，），例如下图中的第二行（30 0 0）对应数据库database1_0_0.mdb.第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2值。2.2 平动2.2.1 命令：sh trans.sh转动后得到最好的数据库基础上进行平动。同理转动，修改dbname, txtname, output_file, step_size, increment.同理可以修改trans.spl中的step_size, charge, probe_atom, min_sigma, principle_component.2.2.2 结果分析graph.f

9、ile文件中前三列是X，Y，Z轴的平动步长（0.00，0.20，0.40，0.60，）对应着数据库的名字（0，1，2，3，），例如下图中的第二行（0.00 0.00 0.20）对应的格点文件original中的r0_0_1.rgn.第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2值。找到最佳q2对应的格点r0_0_1.rgn，打开original文件，截取相应部分令存为trans.rgn，可以用于后续的交叉验证分析。第七步 从工作站上抓图进入工作的文件夹，再打开一个Unix窗口，Desktopopen Unix shell在shell中运行下面两个程序：snapshot和imagewor

10、gs在工作的文件夹下进入sybyl打开数据库：filedatabaseopen 调出叠合分子：analyzedatabase RMSD Fitting调出经过最小二乘法后的活性数据表格： filemolecule spreadsheetopen分别调出立体场合静电场的彩图，去掉其它分子，只剩下模板分子，改成ball方法：viewmixed renderingballallok将光标放在snapshot上，压住左键下拉，将要抓的图圈住（前提是将彩图转到方便观看的角度）右键 newfile name*.rgb右键 save as 文件名.rgb点击 flower图标打开fileopen*.rgbaccept 调出刚才的rgb 文件filesave asfile formatTIFFaccept 将rgb文件格式改为TIF格式即可。