DNAStar详细中文使用介绍说明介绍材料.doc

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1、Sequence Analysis Softwarefor Macintosh and WindowsGETTING STARTEDIntroductory Tour of the LASERGENE SystemMAY 2001DNASTAR, Inc.1228 South Park StreetMadison, Wisconsin 53715(608) 258-7420Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc.All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior wri

2、tten permission is prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.Sixth Edition, May 2001Printed in Madison, Wisconsin, USATrademark InformationDNASTAR, Lasergene, Lasergene99, SeqEasy, SeqMan, SeqMan II, EditSeq, MegAlign, GeneMan, Protean,MapDraw, Prim

3、erSelect, GeneQuest, GeneFont , and the Method Curtain are trademarks or registered trademarks of DNASTAR, Inc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc. Windows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prism 373, 377 and 3700 are registered trademarks of Applera Corp., ALFis a registered trade

4、mark of Pharmacia Biotech A.B., MacVertor. and GCG. are registered trademarks of Pharmacopeia, Inc.Disclaimer & LiabilityDNASTAR, Inc. makes no warranties, expressed or implied, including without limitation the implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose, regarding the

5、 software. DNASTAR does not warrant, guaranty, or make any representation regarding the use or the results of the use of the software in terms of correctness, accuracy, reliability, currentness, or otherwise. The entire risk as to the results andperformance of the software is assumed by you. The exc

6、lusion of implied warranties is not permitted by some states. The above exclusion may not apply to you.In no event will DNASTAR, Inc. and their directors, officers, employees, or agents (collectively DNASTAR) be liable to you for any consequential, incidental or indirect damages (including damages f

7、or loss of business profits, business interruption, loss of business information and the like) arising out of the use of, or the inability to use the software even if DNASTAR Inc. has been advised of the possibility of such damages.Because some states do not allow the exclusion or limitation of liab

8、ility for consequential or incidental damages, the above limitations may not apply to you.DNASTAR, Inc. reserves the right to revise this publication and to make changes to it from time to time without obligation of DNASTAR, Inc. to notify any person or organization of such revision or changes. The

9、screen and other illustrations in this publication are meant to be representative of those that appear on your monitor or printer.目录在苹果机（Macintosh）上的安装与升级 05 通过因特网升级 06 软件安装 07 网络安装 08 疑难解答 12 在PC机（Windows）上安装与升级 17 通过因特网升级 18 软件安装 19 从 EditSeq 开始 21 从 GeneQuest 开始 31从 MapDraw 开始 44从 MegAlign 开始 54从

10、 PrimerSelect开始 65从 Protean 开始 78从 SeqMan II 开始 89 L A S E R G E N Ef o rWi n d o w s & M a c i n t o s hDNASTA R I n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 3 9e m a i l : s u p p o r t d n a s t a r. c o m在苹果机（Macintosh）上的安装与升级通过因特网升级必备条件 6下载升级程序 6软件安装必备条件 7从CD安装Lasergene 7网络安装

11、必备条件 8定义 8Dongle安装 10服务器安装 10终端机安装 11疑难解答系统配置冲突及网络问题 12解决网络问题的其他工具 13授权错误报告 14程序使用及更多的授权信息 15通过英特网升级如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。必备条件您的用户名和会员号是必需的，可以在安装盘上找到。程序升级备份您已有的Lasergene，找到您要升级的程序，并把它转移到备份的文件夹中。连接到DNAstar网站的主页(http:/)，从菜单中的Customers中点

12、击Lasergene Updates点，安提示输入密码和用户名（与会员名相同），这样就会打开下载页面，找到Macintosh软件（Macintosh Software），就可以下载您想要的模块了。模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩到已经安装的DNAstar文件夹中替换旧的模块文件。用Macintosh Finder打开Lasergene浏览器，找到DNAstar文件夹，从FILE MENU选择Update Applications，然后插入安装盘，等待升级完毕。软件安装本节介绍若何从CD在苹果机（Macintosh）上安装Lasergene。注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。

13、必备条件一张个人的Lasergene安装盘；一张Lasergene软件光碟；足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。从光盘安装Lasergene插入安装盘和安装光盘，双击图标，则出现下面的窗口，点击继续则出现安装窗口。窗口中有两种安装选择：简易安装和一般安装。简易安装可以运行于68K-family and Power Macintoshes。而一般安装可以安装工作站文件、执行文件和样品资料，我们推荐使用简易安装，如果使用一般安装可以节省5Mb的空间。注意安装完毕后，要重新启动计算机。网络安装Lasergene网络系统是可以运行于局域网计算机上的软件。他有两部分组成：一是资料

14、服务器，服务器要有较大的硬盘和较高的运行速度；二是与服务器相连的终端机。后者通过一个称为dongle的Lasergene硬盘设备相连进行管理。必备条件安装磁盘（服务器版）客户端磁盘，包括安装盘（终端版）和Disk 1（终端版）。Lasergene软件光盘DNAstar网络用dongle盘足够的硬盘空间和内存：服务器至少30Mb的硬盘，8Mb的RAM。终端机至少1Mb的硬盘，32Mb的RAM。定义在安装Lasergene网络系统之前要熟悉以下术语：u 应用程序：指EditSeq, GeneMan, GeneQuest, MapDraw, MegAlign, PrimerSelect, Prote

15、an, and SeqMan II。u 应用程序服务器：是指存储应用程序的电脑，通常与dongle服务器是同一个服务器，但也可以不同，当在局部硬盘上安装网络程序时，也可以在同一个网络系统中同时存在多个不同的应用程序服务器，而且应用程序服务器不一定是苹果机，储存应用程序的机器也不一定必须能够运行该程序，仅仅是储存而已。u 终端机安装（又称工作站安装），安装网络版本Lasergene运行的最小软件部分，它包括以下在内：LicenseKeeper，Navigator，和系统资源。u 终端机：这可以是任何不作为Dongle Server的网络上的机器。终端机是任何最少穿过终端机安装的机器，这样是使得L

16、asergene应用程序运行需要的最少、最低限度的软件。u Dongle：Dongle是网络版Lasergene需要的硬件装置。每个网络系统都需要单独的Dongle。dongle是末端上带1个短的电缆的小的矩形的装置。有2不同的种类的dongles：一种是在计算机背后可与调制解调器端口连起来，有9个pin插头；另一种有4个别针阳插头，连接鼠标和键盘。u Dongle服务器：这是装有Dongle的机器，它肯定是最少穿过终端机安装的苹果计算机，这机器应该始终保持运行。u Navigator：是为了更简单的进行Lasergene应用设计的工具。在必要的情况下，Navigator将自动安装网络组件，而

17、且为网络安装诊断工具。u LicenseKeeper：和Dongle交流的持有人的系统扩展部分。它告诉dongle哪个应用被开始，这样，dongle才允许末个机器程序运行。u 服务器安装： 指Lasergene软件的完整安装，包括应用程序、LicenseKeeper、Navigator和系统资源。Dongle安装使Lasergene网络版能够运行的第一个操作就是安装dongle。在你安装之前，请检查你的dongle是否有9-别针连接器（connector)或4-别针连接器（connector)。u 关闭你打算装dongle服务器那台苹果计算机的电源。u 如果你的dongle有9-别针连接器（c

18、onnector)，把它连接到你的计算机调制解调器的端口上。调制解调器端口是一个有9个外置接口的设备，位于你的苹果计算机的后面的展示板上，电话听筒图标的附近。u 如果你的dongle有4-别针连接器，从键盘断开鼠标，把dongle接在键盘上，接着，把你的鼠标接在dongle上。u 重新启动苹果计算机。u 如果你的dongle被接在苹果计算机上，你必须按照dongle服务器那样进行软件安装。如果你打算将这机器作为文件服务器，请安服务器安装的方法安装。如果你不打算将这机器作为文件服务器，请安终端机安装的方法安装。在对dongle服务器施行成功的软件安装之后，在启动时应该出现右面的服务器图标。服务器

19、安装（Server Installation） u 这个安装和在第5页上所描述的软件安装过程基本相同的。由于大部分的网络包括机器很多的不同的种类的（68 K，和Power Macintosh机器），所以我们推荐您选择简易安装。u 在完成软件安装之后，如右图操作共享Lasergene应用程序文件夹，这样，其他的网络用户才可以使用。如果你不能确定怎样操作，请和你的网络管理员联络。终端机安装（Client Installation）u 终端机安装必须在全部需要对Lasergene服务器操作的机器，但不是文件服务器的机器。u 插入安装磁盘终端机版本，然后按照在第5页上软件安装的方法安装。u 随后通过苹

20、果机菜单的选择命令将文件服务器和终端机相连。一些网络可以使用其他的方法进行相连。如果这步你有问题，请和你的网络管理员联络。u 从终端机上的DNASTAR文件夹中运行浏览器。u 从文件菜单，选择寻找应用程序，你应该收到如下信息：全部应程序用都被浏览器找到了。现在就可以从文件服务器运行Lasergene应用程序了。疑难解答系统配置冲突一些系统配置可能会在安装过程冲突，如果你不能从Lasergene光盘成功地安装，可以关上不必要的配置：u 用计算机控制板上的配置管理器关闭任何不必要的扩展程序。u 或重新启动你的机器，继续安装。网络疑难找不到dongle服务器是网络问题中最常见的问题。当你开始运行DN

21、ASTAR应用程序时，你会遇到这问题，提示信息显示：DNASTAR许可服务器没有应答，请再试一次。可能有以下几个原因：u 是否装有dongle的计算机被关闭，如果是重启dongle机器即可。u 是否dongle没有接在苹果计算机上，或者不在调制解调器端口或鼠标接口，按照第8页Dongle Installation命令在苹果计算机上重新安装dongle。记住在除掉或者插入dongle之前先关闭计算机。u 如果你的dongle被接在IIfx，Quadra 900或Quadra 950等机子上，你不仅需要重新安装，还要进行如下操作： 从菜单中选择Control Panels中的Serial Swit

22、ch双击，就会出现右面的窗口。 将Faster 换成Compatible。然后重启计算机。 如果dongle已适当地被接在调制解调器端口上，但是计算机不识别，那可能是你的计算机在 booting 期间里不是别调制解调器端口的记号。用LicenseKeeper按下面的方法寻找调制解调器端口：l 启动Navigator。l 按OptionNETWORK MENUSet LicenseKeeper的顺序打开右边的LicenseKeeper对话框。l 把Dongle Delay参数放到3秒上。l 单击LicenseKeeper，接着Done。l 重启苹果计算机。l 如果问题还没解决，和DNASTAR联

23、络。其他解决网络问题方法要了解您的计算机和全部可通过网络运行DNASTAR的 dongle服务器，选择NETWORK MENU中的Diagnose LicenseKeeper。计算机将告诉您是否dongle被安装到你的计算机上，是否存在LicenseKeeper系统配置。同时显示LicenseKeeper站点识别和版本编号。无论你的计算机的授权状态如何，Navigator都会报告所有已连接的dongle服务器的状态。许可服务器报告在网络地带附近形成，可显示全部对你的网络应答的dongle服务器的用户名，站点识别和版本编号。通常，你的LAN包括单一的dongle服务器，但是，大的网络上可以有几个

24、。如果你的计算机被接在大的LAN上，打开这个报告可能会慢一些。确定全部LicenseKeeper服务器的地点要求network request被送到在LAN上每个区。至少需要1秒钟才能确定是否有回应。LicenseKeeper错误报告如果授权系统没有安装，或者和dongle服务器连接困难，Navigator将会发现问题，报告错误信息。下面斜体为错误类型，其后是各自的原因。u LicenseKeeper系统扩展没在系统文件夹或扩展文件夹中。重新安装Lasergene客户端软件。Navigator不能和系统扩展连接，也没在系统文件夹中发现。对于System 7或较晚的Macintoshes，如果你

25、重启计算机时按下Shift键，则可能发生这问题。u 当计算机起动的时候，按下了鼠标按钮或Shift键。重启你的机器。因为系统扩展在启动时被失活了，所以Navigator不能和系统扩展交流。你的机器上安装了较老版本的Mac机网络协议。安装53或更新版本的Mac机网络协议。安装的Mac机网络协议不支持系统扩展。在小的网络或closely-knit的安装上，这将不是问题，因为dongle服务器与其他的客户机在同一个区。如果必要，DNASTAR能为较新版本的Mac机网络协议（AppleTalk）提供驱动和installation script。u 不能在网上注册LicenseKeeper。和DNAST

26、AR联络。由于你的计算机上有太多的其他的网络处理，系统扩展不能进行网络操作。这种情况很少见，但如果您的计算机是网络中介的话，有时也会发生。u LicenseKeeper系统扩展所需的内存不够。关闭不必要的系统扩展。如果你的操作系统在你的计算机上使用了全部的内存，这也会发生。u 系统文件夹被保护。去除系统文件夹保护，重启计算机。系统文件夹里的文件和已经使用的文件不能够保存。磁盘压缩和口令保护的扩展时会发生这些问题。u 重新安装Lasergene工作站软件。系统扩展使用的系统文件夹里的文件不存在了。应用程序的使用为了了解已连接的用户的数目，用户使用了什末程序，程序使用的时间，可以从NETWORK

27、MENU打开Application Usage。窗口中还会显示有关诸如客户/服务器状态，站点识别和LicenseKeeper系统扩展的版本编号等一般信息。当这窗口打开时，Navigator将没10秒钟更新一次应用程序的使用信息。更多的LicenseKeeper信息计算机启动时，LicenseKeeper将自动寻找网络的区信息和每个区的dongle服务器。只有标识号与LicenseKeeper系统扩展相符的dongle服务器才能够被识别。这允许1台以上dongle服务器在相同的网络的范围内操作。如果网络管理员改变了有dongle服务器的区名并重新启动dongle服务器，那末区外的所有终端机也必须

28、重新启动。 系统扩展作为Dongle Server成功启动时，在启动期间会出现这个图标。 系统扩展作为终端机成功启动时，在启动期间会出现这个图标。 系统扩展被安装，但是由于较少的内存或失活（启动时按下了鼠标）而不能启动时会出现这个图标。WINDOWS上的安装与升级通过因特网升级必备条件 18下载升级程序 18软件安装必备条件 19从CD安装Lasergene 19通过英特网升级如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。必备条件您的用户名和会员号是必需的，可以在安

29、装盘上找到。程序升级备份您已有的Lasergene，找到您要升级的执行程序，并把它转移到备份的文件夹中。连接到DNAstar网站的主页(http:/)，从菜单中的Customers中点击Lasergene Updates点，安提示输入密码和用户名（与会员名相同），这样就会打开下载页面。找到windows软件（Windows 95/98/NT Software.），就可以下载您想要的模块了。模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩完毕。看到“Application name” has been updated.说明升级完毕。软件安装本节介绍若何从CD在PC机（Windows）上安装Lasergene

30、。注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。必备条件一张个人的Lasergene安装盘；一张Lasergene软件光碟；足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。从光盘安装Lasergene插入安装盘和安装光盘，双击安装图标，则出现下面的窗口，点击继续则出现安装窗口。随后一次出现下面窗口，请按照提示做出选择然后点击Next，直至完成安装。从EditSeq开始EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。EditSeq能读取大部分的序

31、列格式包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外， 序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。序列被打开后，EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外， EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式输出序列。如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：，或者经http:/.

32、内容打开已有序列 23寻找开放读框 24DNA序列翻译 24遗传密码选择使用 25遗传密码修改 25序列的反向互补及反向转换 26BLAST检索 27序列信息查看 28序列校读 29序列的保存与输出 29打开已有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时，用Set Ends命令去除5和3污染序列。l 从文件菜单（FILE MENU），选择Open。l 打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。l 单击位于对话框右下角的Set End

33、s按钮。Set Ends被打开（如右）。l 在5框和3框中键入50和850，点击OK。单击Open打开序列。当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的801 bp的片段。Set Ends选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。寻找开放读框在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。l 从SEARCH MENU找到ORF，点击打开会出现右边的对话框。l 单击Find Next寻找第一个ORF的位置。l 继续点击Find Next直到你把ORF的位置选定在位置183-455。ORF的坐标会出现在EditSeq

34、窗口的顶端附近。DNA序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。如果你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。l 选定ORF，从GOODIES MENU菜单中选择翻译（Translate）。l 翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如右图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。使用其它遗传密码根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我们将标准的遗传密码转换成Ciliat

35、e Macronuclear密码 。l 从GOODIES MENU菜单选择Genetic Codes打开，子菜单显示如左。l 单击“Ciliate Macronuclear”就实现了遗传密码的转换，EditSeq现在使用的就是Ciliate Macronuclear的遗传密码。l 同样可以将遗传密码转换为其它类型。遗传密码的编辑这一节中我们修改Ciliate Macronuclear的遗传密码。l 从GOODIES MENU菜单选择Edit Selected Code。这将打开右面的窗口，窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。l 如以DNA形式展示密码，点击DNA按钮。l 编辑时，单

36、击任何要编辑的密码，从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。l 如使用不同的启始密码子，单击Set Starts按钮。第二的遗传密码窗就会被打开，可以进行起始密码子选择。l 单击任何氨基酸（或者codon位置），该密码子就会变成绿色，而且旁边出现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。如要去除，只需单击它即可。如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。序列的反向互补及反向转换下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。l 选定序列。l 从GOODIES MENU菜单，选反向互补序列（Reverse Complement），或者把序列颠倒过来（Reverse Sequence）命令，则被选定的序

37、列就被翻转互补或翻转过来了。BLAST检索下面我们将在NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比较。注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网，跳过这部分，继续下一部分。l 选定序，或者从EDIT菜单中选择Select All。l 从网络检索菜单（NET SEARCH MENU），选择BLAST查找。BLAST对话框就会出现。l 程序默认为blastn，数据库默认是nr，参数转换请参照帮助。l 单击OK开始查找。l 寻找结果显示为两部分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比

38、较的具体结果。有关“score”和“expectation”的详细的信息在NCBIs网点http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.可以找到。一般来说，更主要的score和更低的expectation提示较好的相似性。l BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开，或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关信息。下面我们从用“Create Document”钮来打开评分最高的5序列开始：l 单击Create Document。一个小的对话框出现。l 在左上角有一个下拉菜单显示默认（default）。单击下拉菜单，选顶端（Top）。并在右面的文本框中写入5。l 单击OK，Ed

39、itSeq自动查对多余序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一个，请点击OK。EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开一个单独的EditSeq窗口。下面我们用“Batch Save”钮将3-10序列保存为EditSeq文件：l 选定从顶端起第3个序列。单击Batch Save。小的灰色的对话框出现。l 单击下拉菜单，选Next。并在右面的文本框中写入8。l 点击Set Location，显示文件夹对话框。l 选定你要保存序列的位置。单击OK回到灰色的对话框。l 单击OK保存序列，文件扩展为“.seq”。在下载过程期间，EditSeq自动查对重复的序列。如果EditSeq提示

40、至少2序列是同一个，请点击OK。l 除非你收到错误信息，否则可以认为你的序列已经成功下载。最后我们可以使用“Launch Browser”钮查看序列的详细信息l 选定序列。l 选择Launch Browser。l 你的网络浏览器将打开右面的窗口。序列信息查看现在我们要使用EditSeq菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信息。l 选定序列的一部分。如果你倒是希望全选序列，从EDIT MENU菜单，选择Select All。l 从GOODIES MENU菜单，选DNA Statistics。就会出现右面的窗口，显示序列信息。序列校读在我们学习保存和输出序列之前，下熟悉一下EditSeq的

41、校读功能这功能能帮助你校正测序胶中的错读。l 选定序列。l 单击校对发音图标（序列窗口底部张开的嘴），或者从SPEECH MENU，选Proof-Read Sequence。l 电子的音声就会开始朗读所选的序列。（注：如果你听不见任何声音，检查你的计算机的喇叭是否已经打开。）l 要改变音声read-back的速度，从SPEECH MENU菜单，选择Faster or Slower。l 要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECH MENU菜单，选择Proof-Read Sequence。序列的保存与输出首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选New中的New DNA，或者New Protein。l 将序列写入出现的窗口。l 如果你输入非法字符，计算机会发出警告。然后，我们将序列保存为EditSeq文件：l 从文件菜单，选Save。l 选定保存位置。l 给序列命名。l 单击保存则可。以GenBank或GCG格式保存序列：l 从文件菜单，选Export。l 选定保存位置。l 为seq